G558925


Basic Information

Item Value
gene id G558925
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048570.1
NCBI id CM023224.2
chromosome length 101096859
location 90770738 ~ 90774523 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU633710
ATTACACACTCAAGGCAGCATAGGAAACACACAACATTTTTCCTTGTTTACCACCCCTGTTGCATTATGTGGCCTGAAATGCAAATCTTATTTTGTTTACCTGCAAGAGTAAAGAATGTGTGACAACAGGTAACAATCAACATAATGTTGTATTCCtaaatggtaaacaacaggtaacaatcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaGTCAACATAATGTCACCTTCCtaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaagtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaGTCAACATAATGTCACATTCCAAAATGGTAAACAATGTTGTTTTCCctaattattttttttgttttccaCAGTTGCTATTTCTCTACCAGTCTTTATTGACTAAGAGAAGCACATAATGCTATTGGAAAGCTTCAAATGGGACTGAGAGATTACACAAACGTAATCATGAATGAATTTGTCTCCGTCCTGTCT
>TU633708
acataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaatcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatgataaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaatcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaGTCAACATAATGTCACCTTCCtaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaagtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacagTCAACATAATGTTGTATTCCTAAATGATAAACAAC
>TU633709
acataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaatcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatgataaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaatcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaGTCAACATAATGTCACCTTCCtaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacagtcaacataatgttgtattcctaaatggtaaacaacaggtaacaGTCAACATAATGTCACATTCCAAAATGGTAAACAATGTTGTTTTCCctaattattttttttgttttccaCAGTTGCTATTTCTCTACCAGTCTTTATTGACTAAGAGAAGCACATAATGCTATTGGAAAGCTTCAAATGGGACTGAGAGATTACACAAACGTAATCATGAATGAATTTGTCTCCGTCCTGTCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU633710 False 674 lncRNA 0.34 3 90770738 90774523
TU633708 False 415 lncRNA 0.31 2 90770921 90774023
TU633709 True 582 lncRNA 0.32 2 90770921 90774523

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110527007 pex16 coding upstream 43716 90714625 ~ 90727022 (+)
LOC110526798 cars coding upstream 72209 90675515 ~ 90698529 (+)
LOC110506992 LOC106562470 coding upstream 328072 90441506 ~ 90442666 (+)
LOC118964965 LOC106562863 coding upstream 346072 90417861 ~ 90424832 (+)
LOC110506983 traf6 coding upstream 417390 90345783 ~ 90354922 (+)
LOC110506998 LOC106562604 coding downstream 23497 90798020 ~ 90815693 (+)
LOC110526809 LOC106562822 coding downstream 63599 90838122 ~ 90932867 (+)
LOC118964967 NA coding downstream 127510 90902033 ~ 90903249 (+)
LOC118964968 tmod3 coding downstream 206201 90980724 ~ 91023428 (+)
LOC110518689 leo1 coding downstream 268011 91042534 ~ 91063779 (+)
G558900 NA non-coding upstream 84868 90684993 ~ 90685870 (+)
G558871 NA non-coding upstream 135644 90634876 ~ 90635094 (+)
G558866 NA non-coding upstream 140844 90629689 ~ 90629894 (+)
G558986 NA non-coding downstream 11353 90785876 ~ 90786173 (+)
G559010 NA non-coding downstream 96169 90870692 ~ 90871209 (+)
G559011 NA non-coding downstream 98206 90872729 ~ 90873056 (+)
G559013 NA non-coding downstream 106929 90881452 ~ 90883328 (+)
G559020 NA non-coding downstream 124178 90898701 ~ 90899194 (+)
G558624 LOC106562471 other upstream 322882 90446102 ~ 90447856 (+)
LOC118964964 LOC106562578 other upstream 444478 90324347 ~ 90329324 (+)
G558568 NA other upstream 466271 90301409 ~ 90304467 (+)
G559027 NA other downstream 162394 90936917 ~ 90938074 (+)
G559047 NA other downstream 216263 90990786 ~ 90992088 (+)
LOC110511547 pde8a other downstream 715994 91490509 ~ 91699286 (+)

Expression


Co-expression Network