XLOC_024794


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_024794
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007136.7
NCBI id CM002909.2
chromosome length 37502051
location 32518399 ~ 32530868 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00048864
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>TCONS_00049105
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>TCONS_00049107
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>TCONS_00049409
atatatactcattctgtaggattcaTAAGCATtatgagaaatgaggacgtcaccaatgtcctcatatttcacctcctttttgtaatacctgtgtcatacctatgtcattatacagattagtgtcctgatatgtcacaaaaacatgtacacacacacagttaggctcataaatattgggacattgccacaattctaacatttttggctctatacaccaacacaatagatttaaaattaaatgaagatgtgctttaactgcagactgtcagctttaatttaagggtatttacattcgtcaggtgaacgctgtaggaattacaacagtttgcatatgtgccatCATAGTTTTCTACTATAGTAACAATTCAAGCCATTTTAGGGTGTTACAATAGTAACTATGAATGTGTGAACACCTTAAACAGCTTTCAGACTGACAACAGCCATCAAAGCATTCCCAAAGTTTCCTTTGTAGCAACAATAACAGAAACGTTTGATGGCAAACCtttgttaccatagtaactcaGTATGCTTGAACACCAAAAGATACTTTCAGAATGGCAACAATGATCAAAACATTACCAAAGGTGTCTACTTTAGCAACAATTAAAGCTATTTAAGAGTGTTATAATAGTAACTTTGCATGCATGAACACCTTAAAAAGGTTTCAGATTGACAACAGCCGTCAAAACTTTACCATAGTTTTCTACTGTAGCAATAATAACTTCAATTTTTGGTGGTAAACGTTTGTTACCATCGCACTATGATTGAACACCAAAAGATGCCTTCAGATTGACAACAGCCATCAAAACATGACCACAATTTTCAATTGTAGCAACGATTAAAGCTATTTTAGGGTGTCACAATAGTaactgtgtatgtgtgaacaagaAGCTGTTAAATTGAAAACAGCCATCAAAACTTTACCATAGTATTCTACTGTTTCACAAAATAAGTCTAATTTAGGGTGTTAAAATAGAGTAACCTAACCTTACAATAGTAACTATGCATGCATGAACACCTTAAGAACCTGTCATATTGACAACAGTCATGAATACATTGTCATAAATTGTCTACTgtagcaacaacaacagcaattttGGTGGTAAACCTTTGTTAGCATAGTATCCCTGTATGCTTGAGCACCAAAAGATGCCTTACATTGACAACAGCCATCAAAACATGACCACAAATTCCAACTGCAGCAACAAATAAAGCTATTTAGGGTGTTACAATAGTAACGATGCATGTGTGAACACCTTAAGAAACTTTCAGATTGACAACAGCCATCAAAACTTTACCATAATTTCCTACTGTAGCAATAATAACAGCTATTTTGGTGGGAAACCtttgttaccatagtaactcaGTATGCCTGAACGCCAACTGACAGCTGCCACATTGATAGCATTCCCAGGCCTCACAAACGCTCTAAAAACGCTGTCTAGGTAGACAGCTGACTTTGTTTGTTGTCAGCGGTTGTTTGTTACCTTCAGTGCGATGTTGATGGGCGTATTTCTGCCTTTCCCTCCACCATGAGAGGATCCAGAGCTGTTACTAGCCGACCTGTCTCTGCCGTCGCCGCTCTGAGCCACCCGCAGCCCGAGCCGGTGCTGCTGACCCCCGCCGCGCCGGCGACCGTCATGCCGGCTGTCCTTCGACATCAACCCGGTAAACCTGCGACTTTCCGCGGACACGAACTTCGCAGCAGAGGGCGAGAAATTAAACAGGCCACCTCTTCTTTTACACGGAGATCTGGCGGATGGTGAGGAGAACAGGACAGAGAGGGACGCCGCCAGCAGGACTGGAGGACTAACGATTTCTGActtaactcggaattctgacttacaCCGctattctgacttaataactcagaattgcaactttCTAAATCAGAATTGTGACTTACTCGTTATTCTGACTTAATAAATCAGAATTctaacaatttaatttttaataaagcgAGAATGGGCTTTCATAATACTCAATGACCTTTGTGATATTAAATAAACAGTGACAGGTTTGCTTTCCTGCACCTATTAATGCATGACCATGAAAGACTGCATGTatcttttattttactgtttaacttccATGTGCGAGCCAgtgtataataaaaactaaagtatcaaccaaatattaatgtctaatgatgttatagcttAACATTGTGTGTACGTTACcattatgacgtctatcagacgttggattttggttgccatagctgacgaataaatgtcagtatttgacatcaatatgactttagtttaagatgttggctcgacattggattttggtcactttctaacacaacctaaatccttagacgctggctagacattgaattttggtcacctcgcatcacaacctaaatctaacataatattaacatctcatgatgttgtgtgccttctggacaataactaaatgcactacagaatgttacgtttacacacatccacaaattacatgtaaatgtatcagctttgtacagcgtaatactcactactcatgagtacttctgaaatgtttactttttactcatactttaatatttacaacagttacttttactctacttgcactacatttttaggcaaatattggtatttgtgtgatttttcagtatttttccCACCACTAGTTAAATATACAGATCATAGCAATCAATTTCTCAACTATTAAAGGGCAGACCCCCCCATATATCGTTGGTGCGTTAGACATGAAGtgcttttttaaaatgctttcatcatccaaaaaaatctgaaatattaattattaatccaCACCCCCATACATTTGAATGTCTTTCagggggatcaagcattaattagaactcccctgtaattcacaccctgaGTTCAAGTAGAACTGATAAATAATACCTAAAAGTGTAAAGAGTACACACCACACCATACATGAACTTTGTACTGTATAAATACCACTCCTTTTGATCAAGTTTTATTGGTAGATTTCTTAAAAGTGTGCTTTGAATGTTTTAGAAAGGACTTCAATCTTTGTAGAATATAACAGCTGTTCTCTCTAATAAAATTAAGTGGTTAACTTTT
>TCONS_00048865
TGGAACAGACAGAGCCGCGAGGATGGCAGCGCACAAAAATACACGCAGTGAGAAGACCGTACCGAAGATTTAAGTCGGATCCAGAGCTGTTACTAGCCGACCTGTCTCTGCCGTCGCCGCTCTGAGCCACCCGCAGCCCGAGCCGGTGCTGCTGACCCCCGCCGCGCCGGCGACCGTCATGCCGGCTGTCCTTCGACATCAACCCGGTAAACCTGCGACTTTCCGCGGACACGAACTTCGCAGCAGAGGGCGAGAAATTAAACAGGCCACCTCTTCTTTTACACGGAGATCTGGCGGATGGTGAGGAGAACAGGACAGAGAGGGACGCCGCCAGCAGGACTGGAGGACTAACGGTACACTGTGGCGGATTACTAGAATTCACACCTGCGCAGATGCTTTTATTTGCTGCACATGAACACCACGATGAACGTATATAACAAGAGAAATACATATTTGCACATACTTTTCATCATCAGTACGTTATaacaagaagaaaagaaaaataataggcaattaaaataaagtaaaaaacctGACGACTGTCTATTCTGAATTAGCAGATATTATGATCTACACAGCCCTTCATCCAATTCTCTTAAAGATATGAGTATTATTATTGCATATAAACACGTATAACATAAAACTGTTATGTTAAAAACACAGCACTGCCATCAGCACATGCGATTACAAAcagtgcaaattatacattgagGATCCGGAGGGTCAAGTTTTTGGTTATGTTAGGTATCAGTAATACCTCAGTgaaccaaatttatatatttaattcagttACAATTGATTAATTAACTTGTTAttacgttttcagtgttttaagaGATATTAAGTGGTTCACTATGGAAGCCCGCTTCCACTAccgaataaaaataaatacatatataaaatgtaaaaaaaaaaaaaaattataaagtcagaattatgagttataaagtcacaaatCTGAGTTACAATAAAAAAGTCACATAAGCTTTATGTTGTGATTAGTCACGATAACAAGAAACTCTTTAATAACTTGCAATTCTAACTTAATAACTCCGAATTCCGACTTTATagcttgcaattctgacttaactctgaattgcaactttataacttggaattctgacttaataatttgcaattctgactttataactcgccaTTCTGACTTAACttggaattgtgactttataactcataatACTGATTTTAtaactcataattctgacttaactcgaaattgcaactttataactcataatactgactttataactcgcaattctgacctaactcggaattgcaacttaataacttggaattctgacttaataacttgcaattctgacgtAACTTTGGAATTCTGACTTagctcacaattctgactttataactcgcagtTCTGACTTAACTCGTAATTGCGACTTTAAAACTCAGATTTCTGActtaactcggaattctgacttacaCCGctattctgacttaataactcagaattgcaactttCTAAATCAGAATTGTGACTTACTCGTTATTCTGACTTAATAAATCAGAATTctaacaatttaatttttaataaagcgAGAATGGGCTTTCATAATACTCAATGACCTTTGTGATATTAAATAAACAGTGACAGGTTTGCTTTCCTGCACCTATTAATGCATGACCATGAAAGACTGCATGTatcttttattttactgtttaacttccATGTGCGAGCCAgtgtataataaaaactaaagtatcaaccaaatattaatgtctaatgatgttatagcttAACATTGTGTGTACGTTACcattatgacgtctatcagacgttggattttggttgccatagctgacgaataaatgtcagtatttgacatcaatatgactttagtttaagatgttggctcgacattggattttggtcactttctaacacaacctaaatccttagacgctggctagacattgaattttggtcacctcgcatcacaacctaaatctaacataatattaacatctcatgatgttgtgtgccttctggacaataactaaatgcactacagaatgttacgtttacacacatccacaaattacatgtaaatgtatcagctttgtacagcgtaatactcactactcatgagtacttctgaaatgtttactttttactcatactttaatatttacaacagttacttttactctacttgcactacatttttaggcaaatattggtatttgtgtgatttttcagtatttttccCACCACTAGTTAAATATACAGATCATAGCAATCAATTTCTCAACTATTAAAGGGCAGACCCCCCCATATATCGTTGGTGCGTTAGACATGAAGtgcttttttaaaatgctttcatcatccaaaaaaatctgaaatattaattattaatccaCACCCCCATACATTTGAATGTCTTTCagggggatcaagcattaattagaactcccctgtaattcacaccctgaGTTCAAGTAGAACTGATAAATAATACCTAAAAGTGTAAAGAGTACACACCACACCATACATGAACTTTGTACTGTATAAATACCACTCCTTTTGATCAAGTTTTATTGGTAGATTTCTTAAAAGTGTGCTTTGAATGTTTTAGAAAGGACTTCAATCTTTGTAGAATATAACAGCTGTTCTCTCTAATAAAATTAAGTGGTTAACTTTT

Function

GO:

id name namespace
GO:0048172 regulation of short-term neuronal synaptic plasticity biological_process
GO:0031109 microtubule polymerization or depolymerization biological_process
GO:0032591 dendritic spine membrane cellular_component
GO:0043005 neuron projection cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00048864 False 893 lncRNA 0.52 3 32518399 32530719
TCONS_00049106 False 1044 lncRNA 0.53 3 32518399 32530868
TCONS_00049105 False 1035 lncRNA 0.53 3 32518399 32530868
TCONS_00049107 False 628 lncRNA 0.52 3 32520979 32530729
TCONS_00049409 False 3065 lncRNA 0.37 3 32522673 32526933
TCONS_00048865 True 2684 lncRNA 0.36 2 32522673 32530719

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_024793 atp8b4 coding downstream 54250 32404938 ~ 32464149 (-)
XLOC_024792 cops2 coding downstream 136736 32366071 ~ 32381663 (-)
XLOC_024791 cep152 coding downstream 155048 32315319 ~ 32363351 (-)
XLOC_024790 zgc:101540 coding downstream 207343 32294719 ~ 32311056 (-)
XLOC_024789 CR847962.1 coding downstream 497404 32020881 ~ 32020995 (-)
XLOC_024795 isl2a coding upstream 215146 32746014 ~ 32751982 (-)
XLOC_024796 tmem266 coding upstream 256495 32787363 ~ 32869794 (-)
XLOC_024797 c2cd4a coding upstream 355275 32886143 ~ 32888115 (-)
XLOC_024798 NA coding upstream 473359 33004227 ~ 33007045 (-)
XLOC_024799 NA coding upstream 656005 33186873 ~ 33202190 (-)
XLOC_024783 CU651671.1 non-coding downstream 840206 31678079 ~ 31678193 (-)
XLOC_024780 NA non-coding downstream 1014930 31500307 ~ 31503469 (-)
XLOC_024776 CU462909.1 non-coding downstream 1200271 31318012 ~ 31318128 (-)
XLOC_024773 dre-mir-135a non-coding downstream 1474192 31044110 ~ 31044207 (-)
XLOC_024801 NA non-coding upstream 903544 33434412 ~ 33435148 (-)
XLOC_024802 NA non-coding upstream 1219931 33750799 ~ 33762426 (-)
XLOC_024803 NA non-coding upstream 1408245 33939113 ~ 33952194 (-)

Expression


Co-expression Network