LOC110527403 (LOC106574539)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110527403
gene name LOC106574539
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 17042409 ~ 17097924 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021608648.2
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>TU661421
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>TU661419
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>TU661420
TGGGATGGTTTGGATCTTATCTCTCATAGAAGCCGCCTGCTGGACCCGATAACGTTCGGAACACACAGAAGTGGAAAGGACGGGATTATCTTTCGGCTTTTCAATGCACTGACTACTGGCATACGGTGCACGAGGGCCTTTCTTATCACGGCCATCTCCATCCAGAAGAACGGACAAATATCTGCACTTTCAGCGAGATCTTATCGACACAACAATCTATTGTTTCCCAGCTGGGTGTTCACAAGGCACAAGATTTTTATCTTCAGAAATATTTATCACATAGTCGTTAACTATACTATCAACTATACTATCATCTCCCAACGAATTGATATACCACAACTTGAAATTAGATGGTTCTGAGATAAAACAGCATTTTGTTAGATTCGACTGTTCAAAATCTCCAAAAGTAAACAGCAAATCATTTCTTAAGGCTGTCAACAGTAGCCTATAATTCATGTCATGAATTGGACTAAATAAAATGGTTTGTGAGAAAAAACTAAGGGAAGCACAGAGTTAATTTGGAGTTGGAGTTTACTCCAACAGCTATCAGGAATCATCAGACAGTTGTGTCTCTCAACTGTTTGTCAAGctcttttTGGATACGAACTGAAAAACATATGAAAAGACTGAAAATGATGCTGAGTCCAGACCAAGCTGATTCCGACCTCGGATGGGGACAATCCGACGCAGAGTCGGTGCTCAATGACCTCAAGGTCGGGTGCCTGTCCGACGAAAcgatggagggggaggggaagacgAGGTCGCTGGCCCAACCGACCCTCagcagggaggagaagagacggAGGAGACGTGCAACGGCCAAGTACCGCTCGGCCCACGCCACGCGCGAGAGGATCCGCGTGGAAGCGTTCAATGTGGCCTTCGCTGAACTGAGAAAGTTGCTGCCAACCCTTCCCCCTGACAAGAAACTCTCCAAGATCGAGATCCTTAGACTTGCAATATGCTATATCTCCTATCTCAATCACGTTCTGGATGTCTAGTTGAAATGAGTGAGATACATTTTCAAATGGGAGAATTGGACAAGGAGAATGGAGGGACCAGAAAGAAATATGGGTGACATCATGTCACTTATGAAATCGGGGATACATGAAAGTTGCCAGAAAGtacaaaaaaaagggggggggggagaaggagtctgcagcctacagcctacttaTCCATGATTTTGAAGAAAATGCCTGTTTGATATTGCGTTTGGTGAGGCTGGGTAACCCAGATGAACGAAAGAGCGGATGTAAACGGAATGATATAGCTGCTTTATAGACATAGCATAGTTGATGTTTCCATAAAGGAGAACAAGTTCAAATGCATTAGTGCCACTTATGACGCGTACAATTGTGACCTTTATCATTGTTATTTAAGTTTAtggaattatttatttaaatgtgttaatattAAGGTTATcttatttatttatgtttaaaATAGACTAACGTCTTTTATGTAAATGTCCATTGTTTGTATCATTGTATACATGTATATTTTAGGCTGTGATGTTGAAATTCGAAAATGATGTTGTTGCTCTTCAAAATGGCACTTTCTGTTTTTGTATAATACGTTGTTTTTTATTGAATTAGTACGTTAAGTGTAATATACTTTTATTCATGTCTATTGTCTATCAGGCAACGATAAGCACTTAATCATGTTGGGTTAAGTAAACTCATAAACGTCAAAACTTCGTTTAGTTCCCTTAAGTGTGAAGGGGAAGGAAGTTAATCATAACTTAACAATAGACTGAAGCCTACTAaagaaaaacatccacacaaGTTTAATTCGACTAACCGGATATAAAAAGCAAAATTCTAAATGAATGACATCGTTTGTGTTGATATCACTTTACAATTCAGAGGCAAACCTCTTTTGCTGTGACCAAAAAATCATTTCAAAATAGTCTGATTTctattaaatgtttttatttcctTAAAAGTTAGaggtatttatttatatatctgTCTCTGCTTTGTATCTCAAAAAACACAATAAGTAATTTTATAGCGAAGAAAAACATATCTTCTATCCAAAGATTTTTTGTCTCTTCAGGGTTGTGTACTTGTTGCTTTATGCAGATATTTTGTAGTAGAGTTATTGTGACAGCTGGTTTTTAAGGAACGCATTTTTAATATTTTCCGGTGGTGTTTTTTGAttaaaaaaaggaaagaaatACATGCTATTGA

Function

NR:

description
helix-loop-helix protein 2-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021608648.2 False 2234 mRNA 0.38 2 17094545 17097529
TU661421 False 2099 TUCP 0.38 3 17042409 17097924
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TU661420 True 2195 TUCP 0.38 2 17094595 17097540

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110527402 LOC106575321 coding upstream 35126 17057757 ~ 17065172 (+)
LOC110528797 LOC106575326 coding upstream 78998 17002517 ~ 17015547 (+)
LOC110527400 LOC106575325 coding upstream 95051 16948114 ~ 16999494 (+)
LOC110527399 LOC106574533 coding upstream 146784 16940571 ~ 16947761 (+)
trnan-guu-2 NA coding upstream 163448 16931024 ~ 16931097 (+)
LOC110527404 LOC106575319 coding downstream 11135 17108664 ~ 17158356 (+)
LOC110528798 poglut1 coding downstream 89589 17187118 ~ 17189472 (+)
LOC110527406 cc001 coding downstream 92003 17189532 ~ 17197507 (+)
LOC110528799 LOC106575315 coding downstream 119399 17216928 ~ 17260295 (+)
LOC118965348 LOC106574556 coding downstream 225136 17322665 ~ 17326351 (+)
G579651 NA non-coding upstream 62326 17031291 ~ 17032219 (+)
G579591 NA non-coding upstream 74779 17016519 ~ 17019766 (+)
G579639 NA non-coding upstream 115580 16978677 ~ 16978965 (+)
G579638 NA non-coding upstream 119139 16975132 ~ 16975406 (+)
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G579696 NA non-coding downstream 10717 17108246 ~ 17108491 (+)
G579697 NA non-coding downstream 11570 17109099 ~ 17109383 (+)
G579704 NA non-coding downstream 22256 17119785 ~ 17120071 (+)
G579566 NA other upstream 274655 16818542 ~ 16819890 (+)
LOC110528786 omp-1 other upstream 630853 16457220 ~ 16463699 (+)
LOC110528915 LOC106574584 other upstream 1046538 16046065 ~ 16048048 (+)
LOC110528906 LOC106574480 other upstream 1089552 15993464 ~ 16004993 (+)
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si:ch211-181l5.2 cl10a other downstream 236195 17333699 ~ 17336419 (+)
G580179 NA other downstream 301264 17398793 ~ 17400533 (+)
G580315 LOC106575303 other downstream 572746 17670275 ~ 17680668 (+)
G580365 NA other downstream 715813 17813342 ~ 17816848 (+)
G580997 NA other downstream 1394698 18492227 ~ 18492909 (+)
trnak-cuu NA coding upstream 112070 16930267 ~ 16930339 (+)
G579596 NA non-coding upstream 104273 16933131 ~ 16938136 (+)

Expression


Co-expression Network