LOC110527805


Basic Information

Item Value
gene id LOC110527805
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 42991447 ~ 43001777 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036983278.1
GAGAAAGTATGCAATGTTCATATATGCTGCAGCTCCAACCCCCATCAAACTTCAACTGGGGTATTCGTGACCAAACGGGGATACGGCAGACAAACGTAAGggatcacacacaaacagagtgagatagaggaaaggagggaggggaagagggagagaaagaaagagggaagaaagTAAGGAGGCAGTGTCAGTTTATTCCAAGGTAAACTTTATTAAAGGCGACTGTCTGTAATAGAAGGACATTTTAagaataatatacacactgaaTAGTAGGCTAAACTGTCCTGCAATTCCATTGCGGTTTTTATTAAGTAGGCTGACAGGAAAACCAACTGGTGGGAGCAAGGTACCAATCACGGCTAAGTCtgcccctccctaaccctctccccTGAGGCCTGAGCTCTGGGCATCCAAGCCCACACCCCCATTTCACTTCGCTGGTGGACAGACACAGGGATGAGCAACAGTGGGACCAAGGAGCCGTCACCACAGCCAGGAGTGGCCCAATCACCTGCCTCCACACCTCCACGCAGGGGCCGGGGACGCCCACGGAAACAACAGCAGGAGCCCACTGGCCCCCCAACCCCAAAGAGACCCAGAGGACGACCCAGAGGAAGCAAGAACAAGGGGCCTCGTGCCACCCCCAAGGAAGTAGAGCCAGTCGGGGAGAGAAGACCTCGGGGCCGGCCAAGGAAATGGCCCCAGAAAGTAGTTCAAGAGGTGATCCAGGAACAGCAGAGTCCTTCAGAAGAAACTGAGGGCCCCTCACAGTCTCTGTCCGCTGAGGCTTCGCCATCTCAGGCTCCAGCCCAGGAAGTGGCAGAGGGGGAGTAGACAATGTGCCACAAAACTACCTCAAGGTTTGGGCAGAGACAAAGAGGTGTACAATCTAACCTCCATTGTCATGAGGATTCCAAAAACAACAGATAATAGCCCTGCTTTGTAGAACAGTAGGCCTGATGGTGGTATTGTGACTGGAGTCTGTCCAGCACTGAGGCTGGGTCAATGATGGACATAGCTTTGGTCAGTTGATTGATTACTTAGGATTCGGTCAGTGGGTGGGGCTGTTCACTGATTGGTTgacgtgtgcgtgtgcatgcgtgcgtgtgtgtatgcgtttgTGGTGTTAATGGTGGGGAGggtttaaaaatacaaataaaagatgCAGTTGCTGTCATCAAATGTGACTGACATTTCAAAACACATTACCTGGACAAAATTCATGACCCATTTGACCCTATTGTCACACAGGAGCTCGGCTCAAACGTAATTGTCTGTCCTGATTGTGAAGAAACACAGGGATATTTTGTTAGATATACGTTGGAATGGGAATACATGATCGTGAACAGAATTCAGAAGTCTGAACTCAACAGTGACATGACTTCACATCACACATCAGGTTTTGTTTTTACTACATTGCTCTAACCACACTCAATAAAACCTTAGGGGGCCATACTTGCGAACGTTAGAACAAGTTTTTGTTCAAGCTTAAGCATCTGCCAATTTAAATTGTTGACATAGTTGGATATGATCAAATGCTACACGTTGGCTGTTCCCATTAAATAACCTGGCACAtttagccctatgctaacctcACCAGGTGGCAGTGATTATTTCCTGTAACAAATCCTGCATCTGCCTATCAAAGATCTTAAACTTTTTCTACACAAACCAATGGCATTTCTTAAAATATATGCCCAGAGGGATATATTTAAACCTCCTGGTGGAGCGCTGTTCTGGCACTGGCAGCACTACACCCCATGAGTAGCAGTAGCCTACGTGTCGGTCTGCAAGAGGGACACCAAAAAGTTCCTCATTAAAGATATTTGTAAATCTTAATTTACAAGGTTCTGGCTGCACTACACACTATCACAATAAATGTCATTCTTTCATTTCAAAGGAAAAAACATTATCTCCCCTGGGATTCAAGCTTGCCGCAAACGGCAAATGGTACCAGGAACCAGGCTGGCGACACTGTGAGCTAATTGTCCACTTGAGGTTGCTTGTGTTGATCCAGCAACTTTGAATAGCAGATCCTGCCATTTGACTTCTGTTAAGGGCGCTTCCATGGACAAGTGTTGGATAATGTCCAAATACGTATTTTGATTAGCTGATACAGAATTTCAACCAGatataaatacacatatataCAGCCACCTGGTGAGCTTAGCATGTGTCAGGTTATGTAATGGGAACAGCTAACATGTAGCCTTTGATCACGTACAACTACATCAAcgattttaattggctgatgcTTAAACTAAAACTTCAACCTGTTCTATTGTTCACAAGTATGGCCCCCGGGTATTGTTTGACTTAATATGGCTATGTGCATAGCTATTCAGGTGTGATTCATGTGTTATTCTACTCAGTTATGATATTATTCCATTTTTATTGTGTATTTCTGATCTGTTTTTGACATTCACAATATTACTTGACACACATAAACCTCATTAAGACCATAACTCACCTCAGTTCCTTTGCCTTTCAGTCTACCTCAGTCACAGAAAAGCAGAGAACTCTTTATAGCCTCTCCCCAtaccaaaaaaaacaaacaaagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacctactcaggACAATCCCATACACACTGTACCCACTAGCCTCACACTCTCACTTCCACTTCCATGCTGACTGACTCTTTAAGCGGGTCCCAGCAGCAGCCTTTAGTGGTAATGCTCTGATGAAATATCTGAGATAAGACTTGGGTCTAGATTCTATCAGATCCGTGCTAGATTCACATTGCGGTTGTTTTTGGAGGTGGAACtgcgttggagctgtcaaatccacaagcggctccCTGAGTTACCTTATCGCGGACACTGCCATTAGATGGAACGAAACCACACCCGACATTATATCCAACAGATCTATCATGGATCATTTCTATCATGGATAGAGCCTACACTTTCTATCGCCTTTTTGGGCTAACGCAGGGATAGGGATAATAAGGAAGGGAAGGGTTGGTGACACACATGATTAGTTAGCTCCTACCGTAGTAATACTGGACCTCTAACACTGCCAAAACATCCCCTATGCGGATGTCGGCTAACGTGGGGTAACACTCGATCTGATTGAATCGAGGCCTTGGTCTATCTACCTGGGTTCAAAATGACCCAATATTTTACTGTTTACTGTAGTTGGTTACTTACTCATGACTTTCTTTTTTATTGTTTTATCACGACCTCTGTGAGCCCTTACATTTTTCCCTCTCTTCACTTTTTACGTAAGATACCATGCGATCATTACTTCATTTCAAGCTTTCACTTTCACACTACAGATGTGTTGCATTAACAATCCTAACATTAGTTGAACTGATGTCAGTGAAGTGACGTGAAATAGTGAGTTAACACTTTGTTTTGGATCTTACTGTAATGTATTTCTGGAGTGCGTGGACTTATCCACGTGCAATCTTTTTCTAGGGAAGGTTCAAGCGTTTAGTTTTCTGTCAGTTGCAAGTTAGTATGTCTGTGAGTCTTTTCCAACCTATACTTTTTCTCTTGTTACTTCACCTCTTTGGATGGCATCACTGTTTGCGCTGTGGACTACCTCTGAAACTAGTCTGCTTTGGCCCTCAGAGGGGTGACTGGCTGGTTTTAGCTTTGCTTGTCCCCTGCAGTCTTACCATAGCTATGGGACAACTATATCAGAGGTCCACTCACCTCACTTTGTCCGTAAcagcatactgtatatagatgtaggatcttaattttatCATATTTTTGTTGCTGAGATTTTTTCCTGCACTGCAAACTTGTAGTATATGAGATTGAAAAAGGCTTCTAAGGTTGTgaattccactttgaaatttcagacttgatttgccctaatgaaaaatgtatcaaacctTACAAAAatgtaatccacataataattcacatttcttgttgctgcaggattatgtttctgctgtagcaaactggatcaaattaagatcctacatctgtaggtaaATAAACCCAAAGTACTGTACTATGATGTCAGTAAGAGTGCCTCCTAACCTAACCACAGTCATACCTCAGCAATGTCAGGATAGCCACTATCTATATTTTAATCACAGTGTTGCTCTAAATGAGCTGACTGATATTGATATATTCAGTATAAATATTTTAGGAGTTTATTTCATGTACTTGTTGTTATGCTTTATgtatgagtttaaaaaaaatattgaatagaGTAGTTAGGTTTTCTTATCTTGTAACATCTCCAGTTGTAATCTTTTTTTGTGTTTGCGATCGATGAAAAGGTCTCCCTTTTTTATTTTAGTCTTTCATATATTGTTTGATTTATTTTAGATTTCAATCCATTTGAACTTGAATACACAACTCAAATGGCTGTTTTCTAATTTGACTCTGATCTGTCTCGCTTCATTGTGTGTTTGCATGAGTTTAGAGGTGCTACTTGGTCTTTCTGTTACCAATAAAAAGGTTCACATAT
>XM_036983279.1
CACCCCTCCTACCCCCACCGCTCTCCTGGAGCATGCTTTAATAGAGAAAGTATGCAATGTTCATATATGCTGCAGCTCCAACCCCCATCAAACTTCAACTGGGGTATTCGTGACCAAACGGGGATACGGCAGACAAACGTACCAATCACGGCTAAGTCtgcccctccctaaccctctccccTGAGGCCTGAGCTCTGGGCATCCAAGCCCACACCCCCATTTCACTTCGCTGGTGGACAGACACAGGGATGAGCAACAGTGGGACCAAGGAGCCGTCACCACAGCCAGGAGTGGCCCAATCACCTGCCTCCACACCTCCACGCAGGGGCCGGGGACGCCCACGGAAACAACAGCAGGAGCCCACTGGCCCCCCAACCCCAAAGAGACCCAGAGGACGACCCAGAGGAAGCAAGAACAAGGGGCCTCGTGCCACCCCCAAGGAAGTAGAGCCAGTCGGGGAGAGAAGACCTCGGGGCCGGCCAAGGAAATGGCCCCAGAAAGTAGTTCAAGAGGTGATCCAGGAACAGCAGAGTCCTTCAGAAGAAACTGAGGGCCCCTCACAGTCTCTGTCCGCTGAGGCTTCGCCATCTCAGGCTCCAGCCCAGGAAGTGGCAGAGGGGGAGTAGACAATGTGCCACAAAACTACCTCAAGGTTTGGGCAGAGACAAAGAGGTGTACAATCTAACCTCCATTGTCATGAGGATTCCAAAAACAACAGATAATAGCCCTGCTTTGTAGAACAGTAGGCCTGATGGTGGTATTGTGACTGGAGTCTGTCCAGCACTGAGGCTGGGTCAATGATGGACATAGCTTTGGTCAGTTGATTGATTACTTAGGATTCGGTCAGTGGGTGGGGCTGTTCACTGATTGGTTgacgtgtgcgtgtgcatgcgtgcgtgtgtgtatgcgtttgTGGTGTTAATGGTGGGGAGggtttaaaaatacaaataaaagatgCAGTTGCTGTCATCAAATGTGACTGACATTTCAAAACACATTACCTGGACAAAATTCATGACCCATTTGACCCTATTGTCACACAGGAGCTCGGCTCAAACGTAATTGTCTGTCCTGATTGTGAAGAAACACAGGGATATTTTGTTAGATATACGTTGGAATGGGAATACATGATCGTGAACAGAATTCAGAAGTCTGAACTCAACAGTGACATGACTTCACATCACACATCAGGTTTTGTTTTTACTACATTGCTCTAACCACACTCAATAAAACCTTAGGGGGCCATACTTGCGAACGTTAGAACAAGTTTTTGTTCAAGCTTAAGCATCTGCCAATTTAAATTGTTGACATAGTTGGATATGATCAAATGCTACACGTTGGCTGTTCCCATTAAATAACCTGGCACAtttagccctatgctaacctcACCAGGTGGCAGTGATTATTTCCTGTAACAAATCCTGCATCTGCCTATCAAAGATCTTAAACTTTTTCTACACAAACCAATGGCATTTCTTAAAATATATGCCCAGAGGGATATATTTAAACCTCCTGGTGGAGCGCTGTTCTGGCACTGGCAGCACTACACCCCATGAGTAGCAGTAGCCTACGTGTCGGTCTGCAAGAGGGACACCAAAAAGTTCCTCATTAAAGATATTTGTAAATCTTAATTTACAAGGTTCTGGCTGCACTACACACTATCACAATAAATGTCATTCTTTCATTTCAAAGGAAAAAACATTATCTCCCCTGGGATTCAAGCTTGCCGCAAACGGCAAATGGTACCAGGAACCAGGCTGGCGACACTGTGAGCTAATTGTCCACTTGAGGTTGCTTGTGTTGATCCAGCAACTTTGAATAGCAGATCCTGCCATTTGACTTCTGTTAAGGGCGCTTCCATGGACAAGTGTTGGATAATGTCCAAATACGTATTTTGATTAGCTGATACAGAATTTCAACCAGatataaatacacatatataCAGCCACCTGGTGAGCTTAGCATGTGTCAGGTTATGTAATGGGAACAGCTAACATGTAGCCTTTGATCACGTACAACTACATCAAcgattttaattggctgatgcTTAAACTAAAACTTCAACCTGTTCTATTGTTCACAAGTATGGCCCCCGGGTATTGTTTGACTTAATATGGCTATGTGCATAGCTATTCAGGTGTGATTCATGTGTTATTCTACTCAGTTATGATATTATTCCATTTTTATTGTGTATTTCTGATCTGTTTTTGACATTCACAATATTACTTGACACACATAAACCTCATTAAGACCATAACTCACCTCAGTTCCTTTGCCTTTCAGTCTACCTCAGTCACAGAAAAGCAGAGAACTCTTTATAGCCTCTCCCCAtaccaaaaaaaacaaacaaagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacctactcaggACAATCCCATACACACTGTACCCACTAGCCTCACACTCTCACTTCCACTTCCATGCTGACTGACTCTTTAAGCGGGTCCCAGCAGCAGCCTTTAGTGGTAATGCTCTGATGAAATATCTGAGATAAGACTTGGGTCTAGATTCTATCAGATCCGTGCTAGATTCACATTGCGGTTGTTTTTGGAGGTGGAACtgcgttggagctgtcaaatccacaagcggctccCTGAGTTACCTTATCGCGGACACTGCCATTAGATGGAACGAAACCACACCCGACATTATATCCAACAGATCTATCATGGATCATTTCTATCATGGATAGAGCCTACACTTTCTATCGCCTTTTTGGGCTAACGCAGGGATAGGGATAATAAGGAAGGGAAGGGTTGGTGACACACATGATTAGTTAGCTCCTACCGTAGTAATACTGGACCTCTAACACTGCCAAAACATCCCCTATGCGGATGTCGGCTAACGTGGGGTAACACTCGATCTGATTGAATCGAGGCCTTGGTCTATCTACCTGGGTTCAAAATGACCCAATATTTTACTGTTTACTGTAGTTGGTTACTTACTCATGACTTTCTTTTTTATTGTTTTATCACGACCTCTGTGAGCCCTTACATTTTTCCCTCTCTTCACTTTTTACGTAAGATACCATGCGATCATTACTTCATTTCAAGCTTTCACTTTCACACTACAGATGTGTTGCATTAACAATCCTAACATTAGTTGAACTGATGTCAGTGAAGTGACGTGAAATAGTGAGTTAACACTTTGTTTTGGATCTTACTGTAATGTATTTCTGGAGTGCGTGGACTTATCCACGTGCAATCTTTTTCTAGGGAAGGTTCAAGCGTTTAGTTTTCTGTCAGTTGCAAGTTAGTATGTCTGTGAGTCTTTTCCAACCTATACTTTTTCTCTTGTTACTTCACCTCTTTGGATGGCATCACTGTTTGCGCTGTGGACTACCTCTGAAACTAGTCTGCTTTGGCCCTCAGAGGGGTGACTGGCTGGTTTTAGCTTTGCTTGTCCCCTGCAGTCTTACCATAGCTATGGGACAACTATATCAGAGGTCCACTCACCTCACTTTGTCCGTAAcagcatactgtatatagatgtaggatcttaattttatCATATTTTTGTTGCTGAGATTTTTTCCTGCACTGCAAACTTGTAGTATATGAGATTGAAAAAGGCTTCTAAGGTTGTgaattccactttgaaatttcagacttgatttgccctaatgaaaaatgtatcaaacctTACAAAAatgtaatccacataataattcacatttcttgttgctgcaggattatgtttctgctgtagcaaactggatcaaattaagatcctacatctgtaggtaaATAAACCCAAAGTACTGTACTATGATGTCAGTAAGAGTGCCTCCTAACCTAACCACAGTCATACCTCAGCAATGTCAGGATAGCCACTATCTATATTTTAATCACAGTGTTGCTCTAAATGAGCTGACTGATATTGATATATTCAGTATAAATATTTTAGGAGTTTATTTCATGTACTTGTTGTTATGCTTTATgtatgagtttaaaaaaaatattgaatagaGTAGTTAGGTTTTCTTATCTTGTAACATCTCCAGTTGTAATCTTTTTTTGTGTTTGCGATCGATGAAAAGGTCTCCCTTTTTTATTTTAGTCTTTCATATATTGTTTGATTTATTTTAGATTTCAATCCATTTGAACTTGAATACACAACTCAAATGGCTGTTTTCTAATTTGACTCTGATCTGTCTCGCTTCATTGTGTGTTTGCATGAGTTTAGAGGTGCTACTTGGTCTTTCTGTTACCAATAAAAAGGTTCACATAT

Function

NR:

description
PREDICTED: high mobility group protein HMGI-C isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036983278.1 False 4479 mRNA 0.42 6 42991447 43001734
XM_036983279.1 True 4271 mRNA 0.43 6 42991447 43001777

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110527803 LOC106582769 coding downstream 8611 42960419 ~ 42982836 (-)
LOC110527802 LOC106582768 coding downstream 39171 42945197 ~ 42952276 (-)
LOC110527801 LOC106582766 coding downstream 58415 42929249 ~ 42933032 (-)
LOC110527798 epha2 coding downstream 80318 42891310 ~ 42911129 (-)
LOC110527797 hspb7 coding downstream 101955 42888618 ~ 42889492 (-)
LOC110527807 LOC106582772 coding upstream 1537 43003314 ~ 43027816 (-)
LOC110527806 LOC106582605 coding upstream 32865 43034642 ~ 43329567 (-)
LOC110527809 LOC106582795 coding upstream 426602 43428379 ~ 43433682 (-)
LOC110527812 LOC106582796 coding upstream 435103 43435578 ~ 43439076 (-)
LOC110527811 LOC106582799 coding upstream 437437 43439214 ~ 43458193 (-)
G610132 NA non-coding downstream 5964 42984725 ~ 42985483 (-)
G610109 NA non-coding downstream 48922 42942126 ~ 42942525 (-)
G610103 NA non-coding downstream 54826 42936397 ~ 42936621 (-)
G610102 NA non-coding downstream 55189 42935956 ~ 42936258 (-)
G610101 NA non-coding downstream 55677 42935531 ~ 42935770 (-)
G610180 NA non-coding upstream 104253 43106030 ~ 43122712 (-)
G610182 NA non-coding upstream 109076 43107127 ~ 43162969 (-)
G610254 NA non-coding upstream 241422 43243199 ~ 43243449 (-)
G610356 NA non-coding upstream 352025 43353802 ~ 43354039 (-)
G610359 NA non-coding upstream 353593 43355370 ~ 43355588 (-)
G610047 NA other downstream 155378 42835747 ~ 42836069 (-)
G608900 NA other downstream 965743 41968569 ~ 42025704 (-)
G608888 LOC106582750 other downstream 1040203 41944571 ~ 41951244 (-)
LOC110527764 LOC106582736 other downstream 1642548 41156665 ~ 41348915 (-)
G610190 NA other upstream 111371 43113148 ~ 43116144 (-)
G610183 NA other upstream 126034 43127811 ~ 43167320 (-)
G610185 NA other upstream 149793 43151570 ~ 43157089 (-)

Expression


Co-expression Network