LOC110527878 (LOC106582858)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110527878
gene name LOC106582858
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 46341988 ~ 46374962 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036983364.1
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>XM_036983363.1
TCCACTACATTGACCATTTTCATTGCTTTGATTTCTGGTGCGTCCTAGTGAACCCTAAAAACTAATGGTAGCGTTAGTGTGTTTCTGCAATGAGACAGAAGGATATTACAATGTTTTCCCAAGGCAACTGTTAGGAATCAAGAACAGGTGCAGAGCCATCTGGAGAACCCCACCAAGTATCACATCCAGCAGGCCCAAAGGCAGCAGGTGAGGCAGTACCTGTCCACCACCCTCGGGGGTAAGCCTGGCAGCCAGGCCAGCAGTCTGCAGTGCCACAGCCAACCCCCAGAGCACGGGATGCCCCCCGGCCCAGGCAGCACTGCCCCCAACAGCCCCATGGCCCTGCTGACCCTCACCTCAAACTGTGAGAAGGAGatggacgatgtcatcgatgacATTATTAGCTTGGAAACCAGTTATAATGATGATATTCTTGGCTTTATGGACCCCGGACTCCAGATTACAAATACTCTCCCTGTATCTGGTAACCTTCTGGACATGTATGGAAACCACGGACTTACCAGCAGTAACGCCTGCCCTGGTAGTTTATCCAACATAAAAAGGGAATTCTCAGCTCCTGGCATGATGAACATACTTGACAAGACTGCATCCTGTGGCCAGTTTGACAACTACCAAAGGCCCGAGGGCTTTCCAGTTGCTGAGGTCCGAGCGATGGCCAAGGAGAGACAAAAAAAGGACAACCACAACTTAATTGAACGAAGGAGGAGGTTCAACATCAACGATCGAATCAAAGAGCTTGGAACCTTGATTCCTAAGTCAAATGATCCGGACATGCGCTGGAATAAGGGCACCATTCTGAAGGCCTCGGTGGACTACATCAGGAAGCTGCAGAGGGAGCAGCAGAGAGCCAAGGAGCTGGAGCTTAGACAGAGGAGGCTGGAGCATGCCAACCGCCATCTGATGCTCCGCATACAGgagTTGGAGATGCAGGCGCGGGCTCATGGTCTTGCGGTTGTGCCGTCCCCTTCCCTCTGCTCCTCTGAGCTGATGGCCCGAGCCATCAAGCAGGAGCCCATCCTAGGAGACTGTCCGTCAGACCTGTACCAGAAGTCGGGCCCCGACATGTCCCCTACCACCACACTAGACCTCAACAACGGCACCATCCACTTCAATGACAGCCCTTTGGATGCAGGGGAACCAGGGGCCTATGGCTCCAACAAGGCCTCCACTAAACTGAAGGACATAATAGACAACACCCTGTCACCCATATCATCCCTTCTGTCCTCCGTGTCTCCAGACGCctccaacagcagcagcaggcgtAGCAGCAGCTCAAGCATGGAGGAGAATAATCCTGGTTGTTAGCACTGCCCACGAGCTCAAGTCACACTCACATTTTAGCATATTGTTATTACTGTGATTGTTATTACTAGGTTCTGCTATTGATCTATTCCATGAGACACTTCTGTGCTGGCATCCTAAGATGTCCTCCAGCTTTCCTTCCCTCGTCTACAGACATTCTGTATTTTGCTTTTGTTTGTTTTGCAATATCATTGTGTCTCTGTCTGGAACCAAATCGGACGGTTCAGATTAGTCTACTCTGCTCCTTAGCTGGCTGCTGAGATTTACTGTACAATAAGATGAACTTTTCATGGGTGAATTATTTGAGAGAAAGTGCACAATAACATGACAAGATTTGATATTTTTCTCATGTCATGACTATTTGTCAAATTAgtttaaaacatttgtttatGACAGTATATGATATCatacagaaatatatatttaGTTGAATACTTTGTTCATTAACTGATAATAACATTGTACTAAGCATTTAAGATGAGCTAATACCTCTTACCCTTAAATTAAATTCAGAAGCAATGGTTTGAAAGCCACAATTTTATTTTTGCGAATAAGAAACAACTTGCAGGAACAATGAATGCCCTTTTAATGACTTTTTTCCCCTACATGGTGATAGCTAAAGTGAAGATATTTGTACAAAACGACACTGTAAATATAAACATTTTGTGATTTTTTTGGGAGTTTGTTTTTTTATTGAGTAGGTCTTTAATTAAGTATTAAATTAAGTGAatcgatttttatttttattccccTGGCTATTAACATATAATTTACATCTGTGCTCTTATCCCATACAAAGTTGTAATGCACATGAAGATAATATTTTGAAGAGTTCAAACAGTTATTTAGCTCAGAAGGAGCACCTGCCAGCATTGTTCTTGTATGTGAAGTACTGAAATACTATCCCTAATATTACTTTATAATTACTAATATTATTTCCTTAAATAACTTTCTATAAGATGGTTGACTGTAGGAGCTAGCCCATTTATAAAATAATGTAGTTGATGTAACCAACACATTCCCCTATTTCATGTCTTCTGAGCCACTTATCTGACCTAACCTGAATATGAATGTTATTATTTATTGTGTTGTGCCACTCAGTCCTCGACTTGCGCTAATCATGTGGTTGCTGGACCCGTGTACGAGGGTCAGAGGTATGAAGTGATTTTTTTGTACTGTCTATCATTGTGTTATCTTCGGTGGCAGGTAAGCTGAAAACATTATACAATTTAGTATCAGTGGAGCTCTGGAACAAGTGCCTTTCATTTCAGAAAAGTTAGGGGGAGTTAAAAAATGCATTTAATGAGCCTCAATATACATATTTTGTGCAATATTAAAGCGCATTGTGCTTTAAAAATGTGTTTGTAATGATGT

Function

NR:

description
PREDICTED: microphthalmia-associated transcription factor-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036983364.1 False 4690 mRNA 0.41 8 46341988 46348143
XM_036983363.1 True 2697 mRNA 0.43 9 46341988 46374962

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110528957 LOC106565741 coding downstream 8361 46317529 ~ 46333627 (-)
gpr27 LOC106582853 coding downstream 369976 45969430 ~ 45972012 (-)
LOC110527871 LOC106582850 coding downstream 591151 45734357 ~ 45750837 (-)
ppp4r2b LOC106582851 coding downstream 610474 45725312 ~ 45731514 (-)
chl1b LOC100380675 coding downstream 1029011 45236873 ~ 45312977 (-)
praf3 praf3 coding upstream 82053 46457015 ~ 46460324 (-)
LOC110527887 LOC106582866 coding upstream 670356 47045318 ~ 47141560 (-)
LOC110528959 LOC106582867 coding upstream 769943 47144905 ~ 47146014 (-)
LOC110527888 LOC106582868 coding upstream 885363 47260325 ~ 47284791 (-)
LOC110527117 LOC106565757 coding upstream 914528 47289490 ~ 47294719 (-)
G613934 NA non-coding downstream 59892 46281884 ~ 46282096 (-)
G613932 NA non-coding downstream 62832 46278721 ~ 46279156 (-)
G613913 NA non-coding downstream 88114 46253479 ~ 46253874 (-)
G613911 NA non-coding downstream 91838 46249913 ~ 46250150 (-)
G613881 NA non-coding downstream 132444 46205021 ~ 46209544 (-)
G614020 NA non-coding upstream 6970 46381932 ~ 46382225 (-)
G614156 NA non-coding upstream 55305 46430267 ~ 46430496 (-)
G614160 NA non-coding upstream 64561 46439523 ~ 46439754 (-)
G614162 NA non-coding upstream 66206 46441168 ~ 46441439 (-)
G614165 NA non-coding upstream 75480 46450442 ~ 46451846 (-)
G613411 LOC106582852 other downstream 466288 45874965 ~ 45875700 (-)
G611674 NA other downstream 1856236 44484855 ~ 44485752 (-)
G610570 LOC106582807 other downstream 2762024 43579093 ~ 43579964 (-)
LOC110527816 LOC106582802 other downstream 2805023 43526691 ~ 43537037 (-)
LOC110527812 LOC106582796 other downstream 2903075 43435578 ~ 43439076 (-)
G616880 NA other upstream 2112085 48487047 ~ 48529168 (-)
G617624 LOC106582928 other upstream 2809462 49184424 ~ 49186096 (-)
G617632 NA other upstream 2820642 49195604 ~ 49195970 (-)
mustn1b mstn1 other upstream 2920293 49295040 ~ 49297305 (-)

Expression


Co-expression Network