pax7b (pax7b)


Basic Information

Item Value
gene id pax7b
gene name pax7b
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 55620553 ~ 55699308 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>NM_001258336.1
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Function

symbol description
pax7b Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Acts upstream of or within regulation of xanthophore differentiation and wound healing. Located in nucleus. Is expressed in several structures, including brain; hindbrain neural rod; neural crest cell; pigment cell; and trunk. Human ortholog(s) of this gene implicated in alveolar rhabdomyosarcoma. Orthologous to human PAX7 (paired box 7).

NR:

description
paired box gene 7b

GO: NA

KEGG:

id description
K09381 PAX3_7; paired box protein 3/7

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_036981865.1 False 5745 mRNA 0.48 9 55620553 55699308
XM_036981867.1 False 5745 mRNA 0.48 9 55620553 55699308
XM_036981868.1 False 5733 mRNA 0.48 9 55620553 55699308
XM_036981869.1 False 5718 mRNA 0.48 9 55620553 55699308
XM_036981870.1 False 5706 mRNA 0.48 9 55620553 55699308
XM_036981871.1 False 5706 mRNA 0.48 9 55620553 55699308
NM_001258336.1 True 1494 mRNA 0.59 9 55624340 55698895

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110528021 dj-1 coding downstream 48826 55567122 ~ 55571727 (-)
LOC110528020 LOC106582955 coding downstream 53565 55420466 ~ 55566988 (-)
LOC110528018 LOC106582958 coding downstream 311427 55228600 ~ 55309126 (-)
LOC118965300 NA coding downstream 327732 55290527 ~ 55292821 (-)
LOC110528017 LOC106582961 coding downstream 394626 55209582 ~ 55225927 (-)
LOC110528023 errfi coding upstream 28121 55727429 ~ 55735021 (-)
tfeb LOC106583139 coding upstream 783065 56482373 ~ 56593011 (-)
tmem183a tmem183a coding upstream 899935 56599243 ~ 56604594 (-)
myog tmyogenin coding upstream 1017568 56716876 ~ 56720187 (-)
mdm4 mdm4 coding upstream 1057758 56757066 ~ 56772426 (-)
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G625645 NA non-coding downstream 124985 55495361 ~ 55495568 (-)
G625641 NA non-coding downstream 137381 55482854 ~ 55483172 (-)
G625632 NA non-coding downstream 151338 55468920 ~ 55469215 (-)
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G625812 NA non-coding upstream 102730 55802038 ~ 55802343 (-)
G625832 NA non-coding upstream 126753 55826061 ~ 55826268 (-)
G625862 NA non-coding upstream 169630 55868938 ~ 55869191 (-)
G625865 NA non-coding upstream 171449 55870757 ~ 55872516 (-)
G625472 LOC106582968 other downstream 448353 55164492 ~ 55188756 (-)
G625426 NA other downstream 545157 55072479 ~ 55075396 (-)
G622985 NA other downstream 2297722 53305536 ~ 53322831 (-)
G619733 NA other downstream 4662013 50956271 ~ 50958540 (-)
G627254 NA other upstream 992015 56691323 ~ 56696091 (-)
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G627323 NA other upstream 1147654 56846962 ~ 56852301 (-)
vamp3 vamp3 other upstream 1154259 56853567 ~ 56869607 (-)
LOC110528040 NA other upstream 1352883 57052191 ~ 57059527 (-)

Expression


Co-expression Network