LOC118965329


Basic Information

Item Value
gene id LOC118965329
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048571.1
NCBI id CM023225.2
chromosome length 90918291
location 89053940 ~ 89055968 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005052693.1
AGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCATGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGAATGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTAAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGCGTTAGgtcagagagggggagacaggccaagACAGACTGTGAACAGAGAggtgtgagtgtggtggaggtacctgtaccagacagggggagaaaaccagggcagacggtgaacagacagggggagacagaccaaggcagacggt
>XR_005052694.1
AGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCATGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGAATGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTAAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGCGTTAGgtcagagagggggagacaggccaagACAGACTGTGAACAGAGAggtgtgagtgtggtggaggtacctgtaccagacagggggagaaaaccagggcagacggtgaacagacagggggagacagaccaaggcagacggt
>TU752428
GTCAGATACAGGTTGAGTTATGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCATGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGATCAGATACAGGTTGAGT
>TU752429
GTCAGATACAGGTTGAGTTATGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCATGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAGAACAGGTTGAGTTAGGTCAGATACAGGTTGAGTTAGGTCAGGTACAG

Function

NR:

description
PREDICTED: serine-rich adhesin for platelets-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005052693.1 False 1451 mRNA 0.45 5 89054147 89055968
XR_005052694.1 False 1336 mRNA 0.46 6 89054147 89055968
TU752428 False 358 lncRNA 0.44 4 89053940 89055624
TU752429 True 335 lncRNA 0.44 2 89053940 89054457

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118965328 NA coding upstream 75553 88974702 ~ 89002957 (+)
LOC110510506 LOC106583833 coding upstream 79202 88853096 ~ 88974945 (+)
cass4 LOC106583834 coding upstream 201992 88790770 ~ 88852155 (+)
LOC110528691 LOC106583835 coding upstream 272375 88777804 ~ 88781772 (+)
pdrg1 pdrg1 coding upstream 527701 88517435 ~ 88528083 (+)
ptpdc1a LOC106583842 coding downstream 342907 89398875 ~ 89474883 (+)
LOC110529066 LOC106583848 coding downstream 423869 89479837 ~ 89492439 (+)
iqsec1b iqsec1 coding downstream 1040054 90096022 ~ 90162648 (+)
pparg LOC106583866 coding downstream 1234133 90290101 ~ 90409035 (+)
tsen2 tsen2 coding downstream 1357751 90413719 ~ 90459450 (+)
G661239 NA non-coding upstream 14057 89039427 ~ 89040090 (+)
G661234 NA non-coding upstream 27023 89024701 ~ 89027124 (+)
G661235 NA non-coding upstream 28907 89024301 ~ 89025240 (+)
G661233 NA non-coding upstream 31386 89022390 ~ 89022761 (+)
G661229 NA non-coding upstream 36963 89014841 ~ 89017184 (+)
G661251 NA non-coding downstream 804 89056772 ~ 89057049 (+)
G661257 NA non-coding downstream 9753 89065721 ~ 89066412 (+)
G661258 NA non-coding downstream 10294 89066262 ~ 89069366 (+)
G661155 NA non-coding downstream 36915 89092883 ~ 89098386 (+)
G661272 NA non-coding downstream 39865 89095833 ~ 89096435 (+)
G661172 NA other upstream 78317 88972984 ~ 88975830 (+)
G661162 NA other upstream 236492 88817085 ~ 88817655 (+)
G660886 NA other upstream 360071 88691894 ~ 88694076 (+)
G660853 NA other upstream 364805 88622313 ~ 88689342 (+)
G661489 NA other downstream 123325 89179293 ~ 89180204 (+)
G661491 NA other downstream 124846 89180814 ~ 89182037 (+)
G661541 NA other downstream 199792 89255760 ~ 89256424 (+)
G661692 NA other downstream 412016 89467984 ~ 89471391 (+)
G661696 NA other downstream 413861 89469829 ~ 89470119 (+)

Expression


Co-expression Network