XLOC_025065


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025065
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 8847767 ~ 8849729 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052593
aacagaaaacgtCAGCCATCACGTGGATTTTCATCCTTTTGTTTACTGTGACTTACTCGGTAAGCGCACCTTTATTTTGCTAATTTTACACAAAATACACATTTGTGATTGCACATAGGCTAACTGGATGCTGATATTGTAACTTTTTTACATCTATTTTAGTGCTAAATCTGTCAATGTGCAAACTGAATCTGCATTGAGTGGAACTGGATATCTGACACAGATATTTCCTGATTACACGGTAAGTCAGAATatgataattaaaaattatatatgctATAAGCTTATCTACAAAGTCAGTTTTTAAACATATGTAGCAACAAAGTAGTATTGATTTATGTAGCATGATGAAAAGATTGTCATCTCATTGCTAATTTTAGCTTTAGCTTTTAATAGCTACCTAATATGGCTTCAATGTAGGCTTTGATAAAACATGTATTTCCCTAATGCTGTGTTTGCAAATTTTACTGTAGTTGGTTTGTATTGTAATGCTACTTTGTCGAGTACAATTGGCTAATCACCACGATAAACTGTTTTATATGTCCATTTCAGTGCTGAACCTGTGAACATGCTAACTGCATCATAGAGTGGAGCTGGATTTCTGATACAGATATTGATTACTGATTACAAGGTGAGTTTAATGAAACATGATAACAtggtaaagttattattatttgctatgTGGTATTATTGTCCTAATaactgaaaatacaattaaaaaatgttaCGCATACATTATGGTTGTTAATTTAGTCTCTTTCCTTATCATTGTAATTCTTGTCTTAGGCATCTTCTACTGTACCTGATGTAGAAAAGACCCTTGAACTACCTGCAATTCCTTGACTGATACTTTTTGGTATGTTTAGAACTGTATTTTATTACTTAAGCAACTAAGGGTGTTTTCTCTGTATTTTAGCAAACATGGTAAATTcttttgaacaaaacaaaatacacaaatacataaattaaatgttcTGCCATATTTTACCCAAGCTTTCTTTCACCTTTGGTGAATTTTACTAAATTTACTAAAATACTCCATTTTAGTTGTTTAACACGCTTTGTTGAtcataaatattaagttaaataaatcacaaacatTGCAGTGACAATTTTACAATAcacagtatatactgtacatgttgaTTTCAGTGGCTGTCCAGGTGAGTCCACAATCAACATTTTCAAATGTATGTATTGTGTTAAAAGAACAGGGCTTTGAGACTAAGTAAAATTACTTCAGCTTCCCTCACATATATTTTCAACTAGgctataaaaaataacatttcatgCGACTgctgacattgtttttttcttttaattgttttaggaGAAAAAACAGGAAGCTACATTCATAAATGGATGATCATTTTTGAGGGGCAAATAATCTGTGAGAGCATCCAGCCAATTTTTCTGTCTGGTATAGCGGCTGTGTTTTCAACTTACGACATTTTCAATGTGGAGAACCAAGCTGAGGCTGCATGCACATTGGAATTAATTCAGAGGTTAGACGCTTagattcatatatttatttctctTCACATTATTATCATATAAACTTTAACCCACACTAATTCTGAATGTATGCCTTTTTTCCAGAAGCTTCATGGGTAAACCCTGAAAAAGGCTCCAAGAGTGGACACATCCTATCGAAGGGAATGGGGAAGGTCACCCACAAAAATAATTGTCAACACTAAGGTTGCCAGTTTACTTAAAGAAGCTAATGGACTTTGAGTGGGATGTCATACAAgtgacaccacacacacacacacacacacacacacacacacacaccttacacATCCTCTTCACTAATGGCACTCATTTTATTGTGTTAGTCGCATACTTTTTTCAGGTGTTTGTTCTTGAATACCTAAACTGTTCATtgcattcttttttatttcttactAACTAATTCTGTAATTCACTTAGAAGTTTTCAGAGTAGTAATTGTTGTAGTAAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052593 True 1963 lncRNA 0.33 1 8847767 8849729

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025064 si:dkeyp-30d6.2 coding upstream 11045 8825382 ~ 8836722 (+)
XLOC_025063 NA coding upstream 33390 8814055 ~ 8814377 (+)
XLOC_025062 NA coding upstream 41018 8806318 ~ 8806749 (+)
XLOC_025061 FP243381.1 coding upstream 458096 8389555 ~ 8389671 (+)
XLOC_025060 trim35-10 coding upstream 550517 8290595 ~ 8297250 (+)
XLOC_025066 NA coding downstream 25227 8874956 ~ 8875830 (+)
XLOC_025067 NA coding downstream 128503 8978232 ~ 8978689 (+)
XLOC_025068 NA coding downstream 129007 8978736 ~ 8980215 (+)
XLOC_025069 CR926128.1 coding downstream 178765 9028494 ~ 9028642 (+)
XLOC_025070 CR926128.4 coding downstream 181641 9031370 ~ 9031520 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 21399010 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025058 BX927317.3 non-coding upstream 745076 8094011 ~ 8102691 (+)
XLOC_025055 NA non-coding upstream 1094593 7714364 ~ 7753174 (+)

Expression


Co-expression Network