XLOC_025083 (LO018550.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025083
gene name LO018550.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 9332984 ~ 9342773 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00049616
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>TCONS_00049615
GTTCAAACTCCAAAGAGTGTGGTGGAGTTCAGTCTTAACCCATTCCCTCTGCATTTCTGCtatattttaagaaaatacaGATATGGATAAGAGTAGTGAAGAACTGGATTTGGAAAAGGACTATCTGGAGGAAATGGAGGCTATAGAAGCTCTGGAAGCCATGGGAACGCTAGAATCTGCTCCGCCGTATCCTGGCCATGCAGGAGATTATGGAGGAATAAACCTGGGCCACAACTTGGCTTATATCTCGTCTCCATATCCCAACGTTAACATGGGGTACACCTCATTCCCAGAGCCCGGAGGTAACACACACTTTCAGGGAGGTACAAACCCTGGGACGTATCCTCAAACTACCACTGTCACGACTACAGTGAGGATGCCCAACCTGAGTGATTTACCTGCTCAAACCATGTGTCCCCACTGTAAGCTCCAGGTCATCACTATAACAGAGCACTTCTCTGGACTATCAGCCTGGGTGGCCTGCGGATGTCTCGCCCTCATTGGGTGTTGGCCGTGTTGTCTAATGCCCTTCTGGATGGACTCTTGTAAAGATGTTGAGCATCGCTGCCCAAACTGCAACAATATTTTGTGCTACTACAAGCGCCTGTGATCTAGAAACAAACATGTCCTTCTTAGTCGaacacaggggtgtccaaactcatggagggtcggtgtcctgcagattttagctccaacttgcctcaacacacctgcaaggatgtttctagaaagcctggtaagagcttgattagctagcccaagtgtgtttgattggggttggaactaaactttgcaggacaccgggccTCCACGAGCTTGAACATGCCTGGTGTAATGGATCAGCTCAAAACATTTCACTTCACAATAATAACGATAGCATATATGATATTGAATGCACAGTCTGTGGTGGAGTTTAAACAAATACTGATCACTTACAGAACACAAAACAATGACAGAGCTAGCAAAATTTCACTGTAAAACATTCCTTGTAAATTTGTGGTAAGATACTGTCTTTCTGTTTCGCAGTTGCACTGTAATGTTGTCACAGTAAAGTACTGACAGCTTTAGTTACTGccatttactgtaatttaacactATTTTTCCATTTAACAGCTCTACTGTAATGTCTCATTAATGTACTGACAGCTGTGGttccagttatttactgtaatttacagTTTTGccagttttttttccattttacagTTGCGCTGTAGTTTTACAGTAAAGTACTGACATTTAGTTACTGccatttactgtaatttaactaTTTTGCGACACTTTCCATTTAACAGTAGGCTTTAAATTCACTGCTAAATACTGTCAGCTGTAGTTCATGCCAGttactgttttttctttttatcagtTTCACCACTGTTTTTCCATGTTACAGTCATGCTGTAAAGTCACAGAAAAGTACTGGCAGCTTTGATTCCGGCCATTTACCATAATTTTACAGTTATGCtgttatttttactgtaattttactgtaattttcacCACCATTTTTTGTCCCATTTTACAATTATGCTGTAATGGCACAGTAAAGTACTAGCTGCTGCGGTTTCAGccatttactgtaatttaacagtttcactacagtttttatatttagttGCACTGTAATTTGACCGAGCTGGCAGCTTTAGTACCTgccatttattgtaatttaaaagtTTGGCCACCATTTTGCCATTTTACAGTTGCACTATAATTTCACAGTAAAGTactgtaatttatcatttgcaccaTAACTTTTCCATTTTCCAGTTTTGCTGTTATTAAAGTACTGGCAGCTGTGATTCCGGCCATTTACCATAATTTTACAGCTTCAATACTGTTTTACATTTGGTAATTTTACCGCAAAGACCACAGCTTCAATTGTGAAATACAATACAAATCCCTTACCATTTGTTCTACTGTCTGACATGCTAACAGATCGAGTACAAATTATTTACtctggaaaaaaaaggaaaaaaagaatgaTATAGTTCATTTGCCATTATTAAAAAACACTGTTAAACATCTGCTAACAATCTTTTAACAGTATTTTAACAGTGTATGGCAAGTGTTCACAACTTCActgtataaaatatgaatataaatattgtaCAAAACAGAATATTTAATAACTCTGCTTGTAATTGTGGATCTCAGTAATGTCTGAGATATTGTAGTATTTTAAAGTTAGTTTAATGCATATATGAATTCATGTTAATATatgaaacatttattcatttattcacacacccacacacacatacacacacacacacatacacacacacacacacacatacacacacacacacacacatacacacacacacacacacacactcaaacactacggacaatttagcctacccaattcacctgtacatgtctttgggggaaaccggagcgcccggaggaaacccatgcgaatgcagaaagaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgagtcgatgttcgaaccagcgaccttcctgctgtgaggtgacagcactacccactgcaccactgcgtcgccccatatatgaaacattttatggcaaataattaaacaaacatatCATTTAGAAGTGTATACAGTTATATGACATTGCTATCAATCCCTACTCTACTACAATCCTCACCTTTCACAATTAGCCTCCATTAAATGTGGTTTCAGGGTTaacaactgttattattattaaataaagcaaaatgaGCTTATCATTGACTAAATGAGTTCTTTCTGGACTTAACCTGTGGACCTTAGTAAAGCGCACTATTTTTAATTAACAGCAATTATGTTGATTGTGACCTTCAGTTGTTCGATCTTGGTAATTATTATTTCTCCCCTGAGAGTTTAAATTGTAgcctgactgaatcatttgatcATATACTGCAGTTATTATGCAATTCCCATTcattataaaagtgtttttttttttttaatgtttagattttttaatcTCTTTAATAATTATTACGTTTTCAGGGTCTTTGACGTTTACTGTGAGAATATGTAatatcaacttaatttttttttatcatttactttGTAACTCTTATATGGAGTGTCGATACCACTAAAATATGCTCTGACAGCTTTTTCAGAATAAAGTACAGCTTTAAGGCATCatcaaatgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatataaaaagattttCCATTACACACAAAATCTGTTATTGCTATGCTTGTAGAAACATTTGGACCACTCAACGAAAGAAGTACAAggtacacatgtacacacacgcaATCTGCAAAACAACCAGCAGAGAGCGCAGTAAACTACTTTATAAATCAAGTCACTCCACTAACTACACCAATAATACAAAAACCACATACTGACTTTAAACTTAAACTGAAAAAATCAAAtctagataaaaaaattaaagccaATTCAAAATATTAGTATATACAatttcaaaaacaacaaaaatatatattacattgttTATGTACATGGAACTCTTGCAAAGCAAAGCCTGTTGTGTTTTACTCAAgattttctttgttgttgttcaAACTGAACATCTGCCAGAAAGTCTCTTAATTATTTCATGGGGAAAAAGATTTAACACTATTTTATAAACCTTTAAAGACAGACCTGCTCCAAGTTTATCAGTGGTGTACagcaacaaattacaaataaattactgtaattgagtagtttgtcTCAAGTAGTTTTAAatgtgtgtacttttactttcccttgagtacattttagtgc

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000111583

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00049616 False 3883 mRNA 0.37 8 9332984 9342773
TCONS_00049615 True 3757 mRNA 0.36 4 9332984 9342773

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025082 znf1124 coding upstream 241159 9071806 ~ 9091825 (+)
XLOC_025081 CR926128.8 coding upstream 290889 9041989 ~ 9042095 (+)
XLOC_025080 CR926128.13 coding upstream 291416 9041462 ~ 9041568 (+)
XLOC_025079 CR926128.11 coding upstream 291931 9040947 ~ 9041053 (+)
XLOC_025078 CR926128.7 coding upstream 292461 9040417 ~ 9040523 (+)
XLOC_025084 gpr139 coding downstream 37104 9379877 ~ 9422448 (+)
XLOC_025085 trap1 coding downstream 245932 9588705 ~ 9626674 (+)
XLOC_025086 NA coding downstream 381023 9723796 ~ 9725382 (+)
XLOC_025087 cbx2 coding downstream 809319 10152092 ~ 10164759 (+)
XLOC_025088 NA coding downstream 837118 10179891 ~ 10231275 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 20905966 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025077 CR926128.14 non-coding upstream 292991 9039887 ~ 9039993 (+)
XLOC_025090 NA non-coding downstream 1403627 10746400 ~ 10749345 (+)
XLOC_025091 NA non-coding downstream 1590713 10933486 ~ 10938406 (+)
XLOC_025092 NA non-coding downstream 1600354 10943127 ~ 10994605 (+)

Expression


Co-expression Network