XLOC_025184


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025184
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 16153224 ~ 16161459 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052630
aagccaattatgatatggagatggttaggaggccatgatggacagaggccagtgggcaaatttggcggggttaaacccctactttttttaaggacatcctgggatttttaatgactacagaGAATCAGGATCTTGGTTTAATTTATTATCCGAAAGACTgtgctcactaagcagtatagagtccccttcactatactgggggattaggacccacacaggccacaagttgagcgccccctgctggcctcactaacaacacttccggcagcaacttagctttcccatgtggtctcccgtcTAGGTACCGactgggtgcagccctgcttagcatcagtgggcaaccatgtgagagttgcagagagctagctgccggctaaaaGTAGATTAATACTCCGCATCAATACTGTGAGCTAATAGACAACACAACAATAGCAAAGGCACCGAAACCAGTTGATCcagattaaaatttttaattaaaatatgaatttatccacagattaaaaacaaaaagtaaaatggAGCTACAATCAGGCACCAAAGAATACATCAGTTGTCCTTATATTCTGAAACAATTGCGATAATGCAACAATAACATTATTTAGTATAAGCTATCTACTTGTATATTTAGCGAATTTCATCATGATAatctttgaaaaaagaaaaagaaaaaagaagacatttaccAAATGCTCTGCGTACATAAAATAGTAAAGACTTCAGATTTTCTCTCGTTTTcatacgcacgcacacatacagtCCTGGCTTAGAAATTGGCCACAGAGAGAACAACACAAAAAGCACTAGCATATTAGCATGTGTTTGGCAGTGGGATGTGTGCGCGCACTGTAAATACATCAGTGATTGTGATTGTATTCCGATTCTCAGACTGCGAAGTGAATTTGTCATGCAAGAAATACCTTGTTTCACCTCGAAATGTGTGGAAGTGCAAACGTGTGGCTGCGGAAACAAGATAAAAGTGGCAGTTTCGACTACTATCACACACACGACAACAACTGCATGTGTTGCACTGAGTTAAGACAACCCAGCCTGATTGTGGTGGGAGTGGCCTGATGAACGACTCCGGCACTTGTGATTGGTTGGCCTGTGTGACTGACGTGCGAATAAGGCAGAACATGTTTCCAATGGCAGTGGTACATTAGCGGCACAGATGCTAAAAGCCCTTGAGCAGGCACAGAAGACGGGACAATCAGCACAACGCTATTCGTGTTCGACTTTAACTGTTGGGCTTTTAGTTCTAAAACAAATTTGTCCTCTCGATTTGCATATTAGCCTTTTATAGCCGCTAGCAGATCTGGATTATCATCTGTGGATGCGCTTGTTAGCCCTATTAAACTAGAAGATGAGAGCACCACAGCGCCCCCTTCTGAAGCACACAGCAGAGGTGGAGCTCGGTAAAGGTTTTAGCAGGCTAAAGACTGGACAGACctccataaataaaataaatatgacacaaaaaaacacacccGCTCTGCAGTACTGTAGTAGTCTGGGAAATCAAACTGATGGATCTGTCCAGAGACTCTTGTGTATCAGAAAAGACCCTGTTTAAGACTACAGAGGATGCACATACACACGTACCCGACCGCCGAATCGAACGAACGCACGCATACGTCTGCAAGATTTTGGATATACATTCTGAATCGTGTTTAACGCTCATCAAGAACAGTTACTAACCTCATAATGATTCATGCAGTActatacaaaaaaagtaaaagagaTTAAAGATTTAAGCAGCATTTCCTGCTCATAAGACCCGTCAAAAGTTTGGACAAATGTTTTTGAAAGACGTCATTCAGACGACACGCTAaaagtaaatgtttttctttGGCGTTTTTGTAGAAATTACATACAGATATTGTCAAAATGTTCACAAGGATTTGGTTAAAAAGATGCATGTCATGTCAGTCCAGTAGATGGCAATGTCAGTTTTTAAAGTAACACAATGTGCTGTATTGCaccattgttgttttggttgctaAGCACTTGCTCACATGCTTATTGACCTAAAGCCtatttccactgcacacgacaaacaacaagcgacagaccggaagtcatttccaatggagagtagtccgggagttCCTATCATCTCGGAAAATTTGAGCTGCAGatctgttgaaatatttgaactccagTAAATAGACAGTATGCGAACGACCGGATgagatgtattccagtgttgtaaatgagttttaagtattcattcattcaaccgcGGTGAACgtacagagaataaaggctcttgcatttgcactcctttatttcggacactgcgaggaaagcttctctcccatggcgcacgacaaaactgaaaattctgttcgACAGCCACAAGGTAGTGTATTCCGACAGTCATGACTCATGTCCAAATgctgtgtgcagtggaaaggcggctttattCTGAGATGAGTAAGTGTGCTTATTTTTGAGATTGTTTTAGAATTTCTGATTCAGTTGCCAATGGAAGaaactattattaattaaaacatgtCAGAAGACTACTATATCTACAAACAAATATGTTCATGACTATACGTAAAAATGTAGATCAatgtaatgtatttgttatttaattgttgttttggttgcCAAGTACTTATACttgactattgaccttattctgcgaaTAATCaatcgcattactgctgccgctgcactaaTCCGCTTGTTTAGGTtccatccttcccttattcgtaaACAAAAcaccaagatacttgaactcctccaacctggagatggcaaaccacctttttccggtggagcaccatggcctcggacttggaggtgctgattctcatcccagctgcgCCACACGGCAGCAAACCAGTGCATGCTGAAgctccatgttcgatgaagccaacagaacaacattgtctgcaaataacagagatgagatcctgtggtccccgaaccagaCCCTCTCCAGCCCGAGAAGGGgcaagaacattttaataataaatattcaattaaaaatcAACAACCAAATGAATACATGAATTAAAAAAGATTGTTGACGCTAATATatgattaaaaatcaaaaattgTTCCCGGtgtcaaaaatgtattataaCATGATAAGAAAAATTCAGTTTGCAAACTCAAGCAGCATagcgagctgtttttaacgtctttAAAATCAATGGAAGCGAACGAaaccaaaaagattccaatggctccCTCTCGCATgttaagaataaggtcaatagactaAACACGTATGCATACGCATCAATTAACAACAGTTTTTACACGACGTCAATAACAATGTTTTCAAAAACGTGCAATTTGAAATCGTTTTTTAAAGTTAGCATTTTTAGACCCCAAAAAATGTGATTATGTAAATAAACAACCAAAACACTTaatgtttttcatttaaagtttttAGGTGAGGCAGCATTGAGTATGCTCACCGAAGGCTGCATCTGTTAGATTAAAAGTACAGCAAAAACATATCATGTTGAAATACGAcaatttaaatgaaatgtattattatattaacttatAATTTTTCTAcctaaatatatttttctaaaatgATTTCCTGTGatgaaaattatttcatttttcagtcatgatatgtgaatgatttctaaaggatcacatGCAACTAAAGACtcaaattacagcaaaaaaaaaaacaaaacattcagcTTTGTGTTAATAAtactacatttataataataatctaatatcattttaaaagtatttttcaaGCATGAAAGTCGTCTTTCAAAAACATCACTCATCTTCACTCTTCCAAACTTTTGTGGGTTAGTGTATCGTCCTCAAAAACTAAAGATGCAATGGAAGAGAGCTAGCGTGTTGTGAATGTGGCGAGCTGTACAGCGTCTGTCAATGATTGTGTGTTTCTCTGGGTTGTAAACAGATCCAAACTAGAGATTCTACTGGGTGTGTTCAGGTAAACCTGCTCTAGCGAATGTACACGTCTCTGCTCCACTCCTCCTGGTTGTGGTTGCGGCCTGTCGTAGCTCCTCCGGCTTCTGCGTCCTGACAGTAGCGCTCCCTCAGCTTGCCTCGCCCACGCTGATGCTGATTGGCTGGAGGTGGGACCATGTTGAGGTTCTCCTGGTCAGGCTCCGCCCCTTCGTCCTCCCAGGAGGCCTGGCGCGGAGCGTGGTGGGCTGGGTTCAGCCGGTATGAGCGGCATGGGTCAGGCTCCTCATATGGATCGGTCTCCATGTCATCGGTGTATGCAGAATCACGGCTGCCCTGGGTCTCAGAGTCAAATGTGTCCTGACGAGAGAGACCCCGGCTGCCTGTTTGCAGCTGGCTGCGTGAGGAGCGCAGTGGCTGCTTTCCGCTCAGGTCACTCTGGTAGTCTTGCAGGCCGCCACGTTCAGGCATTTCCCTCTTCTGCTCTCCATGCACCAGGAACGGCCCCTACGGCGAGCCACATCCCCAAAACACACCAGCACAGGCCAAtgcacatgcagacacacacaaaaaaagagcaGGCAGTTAATAGAAAGGTTAGAGGTCAGCTTTTGGTTTTGTTATTTCAACACATTACAAACAACGAGACTGTAGCTTACACACATTACAATTCATTACCTACTCATGCTTTTAGAGGTCTGCCCAACTGTAAAAAGCAATGTTTTTAGATGCAATCTCTATGACATGCTATAgattattgcaaaaaatataataaaatatatgtatatctatagTTGACTTCAGAAATATGCAAAAAATACctgtaaaaactttaaaaatttaaatgcatCGGACAAGCTACAGACACAAATGCACACCATGCTCAtgatgtaaaaaacaacaactagtgTTTAGCGCACTCTAGTGGCCGTGTTCAACACATCACACAATAAACTAGGCTACTTCAACATACTTGCTGATgattttttcaaaaatatgttttataatagtCATCTAATAGTCAAACGCTGTCTTGTATTTTCAACCTCTCTCAAAAAAATCATTACGTATAAAAATATTGA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052630 True 8063 lncRNA 0.38 2 16153224 16161459

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025183 CR387933.1 coding upstream 97492 16055009 ~ 16055732 (+)
XLOC_025182 mapk8ip3 coding upstream 164496 15907297 ~ 15988728 (+)
XLOC_025181 jpt2 coding upstream 250995 15893039 ~ 15902229 (+)
XLOC_025180 NA coding upstream 286822 15865921 ~ 15866402 (+)
XLOC_025179 tmem11 coding upstream 317084 15828426 ~ 15836140 (+)
XLOC_025185 NA coding downstream 25134 16186593 ~ 16241340 (+)
XLOC_025186 rpl19 coding downstream 68452 16229911 ~ 16232442 (+)
XLOC_025187 st8sia6 coding downstream 104465 16265924 ~ 16285259 (+)
XLOC_025188 CR388224.1 coding downstream 211553 16373012 ~ 16373127 (+)
XLOC_025189 kcnj12b coding downstream 288031 16449490 ~ 16458018 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 14087280 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025176 BX914211.1 non-coding upstream 357828 15755723 ~ 15795396 (+)
XLOC_025174 NA non-coding upstream 433401 15685362 ~ 15719823 (+)
XLOC_025173 NA non-coding upstream 506557 15639452 ~ 15646667 (+)
XLOC_025197 BX470185.1 non-coding downstream 712942 16874401 ~ 16883304 (+)
XLOC_025203 CU207238.1 non-coding downstream 1233780 17395239 ~ 17461885 (+)
XLOC_025215 NA non-coding downstream 1879154 18040613 ~ 18061783 (+)

Expression


Co-expression Network