XLOC_025271


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025271
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 21312584 ~ 21320485 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052643
TGCTATTTCTCAAAGTAAATTTATATTGCAATAGGTTATCAAAAAGTTCTTGTATAATCATTTATGGTCGAATTTTGGCAATGCTGTATAAAATGTAGACTTTTTTtgttcttatctgacaggagtATTGTCGGCGTGGTCTTCTCCTGCTTAAGCTCATCTGCGTGGAATAGACGATGATCGTCTGCGGATCTTGGTAGTAACAAATGGCTATTCAAGTAACTGTTGCCTCTCCATCAGACTgaaccagcctggccattctcctctgacctctggcatcaacaaggtatttttGCCCCAAGAAAGtctgctcattggttgtcttCTATTCAGACCCTTCTGtgtgaaaatcacagtagatcagcagtttctaaaatacccagaccagcctgtctggcaccaacccCATCCTGATACTCAATTTGAACTTACTGGCACAGGAACTTTGCCTTTTAAAAATATAACGGTCAATTAAAAGCATATAAAGGTATGAACAAATATTGGTGGGTTGGTCTTGGCAATGAAATCATACtgaacaatatttaataataacactTAAACCATAGCAATGTACTCTCTAATTGAATTCTATAAATTGATATGTATAACATCTAATAGCAAAGGCTTTgtgtttccacattttttttggcTGTCACATTTCGGACAGCATCTCCTAATTTGGTGTGACTCAATGGGAATGTGTGTAATGTCCCCCCCAAGAGGCTAATGTCATACTACAGATGCCTTCCTTCACCAGATAGGCTGCTCGGGCACGACATGTAGCCGCATTTGCTGGCTTCCTCCATAACTGTAACCCCACTGGTTAAGTGGCTTCCAGCTGCTCGTACAGACAGCTTTATGATGAAATACACGATTTCACTGCCTCTCCTCCCCAGAGGTCTGACCGCATAACTGGGTGGGGTTTGGGTGGAGAGAGGGCCGGTGGAGGGCACGCTGTTGAGCAAACAGAATTAAACCAATCGTGGTGCAAGAGAGTCAAAAGAGGACATGATCATCTGCGGCCCGACTCCGAGCAGCTGCTCGGTATCACAACGCAGGACGGCACACTCCACACCCCAATGAGTGTTGTTTAACATTCCTGTCCACTTGTGTGCAAAGCTCCATCTGGATTACAGATCTGGATGGTTCATCTAAATAATAGGATGTAGCCAACAGATCGCAAATCACTCATCTGTTTCGGAAAGTTCACTGAGGCCATGAGCAAAGAAATGTCACCATGCTAACACTAGAAACAATAATGTAATGGGTAATAAGCTAATAATATGCTTAccttaaagagttagttcacccaaacttTTTTCACAAGTTCATTACTAAGATAACCCTGAGatttttgttcatcttcagaacacattGTAAGATGTTTTGAATCTGAATGACTCTCCATAGACATCAACTGTACCAAGACCTTCAGAAAAGCAACCAAAAGCATTGCCAAACCATGCTATGTGACTTCAGATATTTAAACGTAATCATAGAAAGCTCCAGGAAGAATTTGTgctaaaaaacactgtaaatattacTTTGTTTACTACAAGCAATATTTAGTACTAGCAGCAAAATATACAAGCATTATATTGTCTGTATTAAATGTACAACTTAACCTCAAGTGGAATACATTGTCAaacaaagtagtttttttttctttctgtttttgctTCACAAAAGTGTTCTaggagcttcgtatgattacagttgatcCACTGAAGTCACACAGACTGTTTTGACAATACTTTtggttctttttctggacttAAAATGTCTTGGGATTGTTCCAGTCTATTCATGATGAGAGAGCTCATCTAAAACATcatatttgtgttctgaaaatgaacgaaggtctcaggaGAATAGAACAACATGAGAGTGCGTAATTAATAACAGGTGTTGTATTACTAatcctttaaatgtgttttaaagggcacctatgacaaaaaaatatcttttgtaagctatttggacagaagtgtgtgtagGTACAGTGTGTCCACTGCCATATTGGGGTgacataaacacaataagtctctttttaaatttactgacattaaaatagggtccaaatccctcccattctgaggcccaccacaacgtgatgtaGAAGTTTGGTTTCCCCGCCcatcgaattgattgacagccacatattaacatgCCTTCACAGTTATacatataatcatatccacaagacaggacgcgtgcaaagcaactggggtaaaaagatctgttcagcgctctgtgatcatcaatcatcatgaaatgtgatcaagaataagCTTTACAAGCTTAAatcgtttttaaaacagtgcatgtttgtaatcaattacagcaattttaccgtctttaccTTATCAACAAAGCCGCATGAcagtaaaattataaaagaagacccTTCAATcctggtttattttgtacataaacataaaggatgtccatacagcagtggatattaacatgtatcttgtcacatttgtcatgcaaaaacagtgcaaagttagactgtcactgtgctgtttatctgacgcaggcAAGGTGGAAATTGACAGGCACGTGGAAACGGTGAGCGGGGAGAACCAGTATTAAAGGCACTGGCAGCAAAAACCACTACATAGTGTTCAGAGCAGAAGATTCCAatgttctgaaaggtataataaataatctgatgggtgttttgagctgaaactttacagacgcattctggagacacaaaagacttatcttaaatcttgaaaaaggggtaaaataggtgtcctttaaagcTGAGTTGACAGTGGGTGTGCCACAAGCTCCACTAGATGGCACTCCATCCTGCACCTCTGCAATTCACCTAGACTACAACTCCCACAAAGCATTGCACCAATCAacctaattggatttgcatacaTATCCTCTACTCTACTGCCAAAATCCAGTCAGTTACAAAAGTCACCAAGATTTCAAAACGGCTAattctcatttttaaaatggaaaactgCAGTACTTCTTGTACaactgtcaggattctgccacttgggtcttgttaattcttgttttggagtccagacactagtcctgtcatgtCTTGTATGTTATGCTTGGCTTGAGTTTTCTCAGCTCCTTCATTTTCCGTCATTGTCTGTCAgaagccctgtttacactgtcaggtaaATGTCACCCAATTCCAATTTTTTGATcgtatgtgacacagatcggatcggttctatgaccgtgtaaacacaaaaaaatgcatgcattggATATTCAGAAATCGGTTTTAGGCCTCCTTCatttgtggaaataaatcagatataaatatgatatgtgacaatgcgactaccatgtaaacaggcagatcaaaTTTATTGAGGTCTTCagttttgtacgtcattaaacttgtgacaatgtAGTAATCCTCCGCAGTTTAATGACGGAAAAGAAGTGGAGAAGAAGTTTGTGTAGAGATGCAGAcgctgtaaaaaacaacaacagaggaaacatagAAAAGGACAGTGGTCAGTCGACACAATTTGTTCCCACCAGACCTCTCTTGTACCCACAAAtttctctgaatggtggaggacacatatataaaccaactttacatatttcgcagagctaaaagcaagacaatttcttccatcggggctagtgtggcacagatgctagaaccggCCTTTACACATGCGCAACGTCGTAAATTGtatgcaaaatgtaaacacatGTATCGGATATGGGTCACAAATAAAAGAACCAGTTAATGGACAGGCAAAAAagtcagatataggcaacaaattggAATTGGCCATCAAGACCTGAcaatgtaaacggggcctaatatGTCTTTGTATGAGGGCTGTTTTGGTCGCTTTAGCGTGATGTTCTCTTAGCATGCTAAGAGAATGTTTCTTAGCATGCTTTAGTGTCGTGTTTCATGTAAATGCACGGTTAATGaattctctcattggctgtgtgtTCAAGTCCTGTCTTCTCGTGAGCACATGGCTTTTGTTGTCTttgtcatgtgctctcctgtctattgtttAGTCCCACTCTCCTTGTTAACACATTATTATGcagttcacctgtttgtttgttaattctttcTGCTTATAGCTCCCTCTTGTCTGATGCCCTGTGCCAGTTTGTCGTCTTTCTTTCCAGTGTCTACTCATGTCATGTCCAGTCCTCTCCAGCCGTACTCTTCCCTGCAAGCCCAGTCAAGCCTGTGCTAGTTATGTTTTTTCCCCTcggggttgttgtttttttttctcgatttttttacttttattattactaaaCCCATTTGAgttcctgcacttgagtccttcTCCTTACCTTCTTGAAACCCTGACAACAAGATTTTACTatgtacatacatttaaaaaatatatgggCCATGGTTAACTGTAACTAAAATATGACAATATTAACTAGatctttttttctaatatttgcaCATGATCACTCTagtaaacaagtaaaaataaatatatgatcaAATTTGGGGCATCGTGATTAAAAGCAGGGACCCTTATAATCTGCAGAGAAATGCTTAAGCTATACATCTCATGTTTAATAGGGGATTAACATGATTCCAGTGAAGCCCATAAACACCAACTGGTCATGCTCTAGCAGGTCTGACAGGAAGTCGGGTTAATGTGTGtgaatttcagaatgaaaacaaatacTCTTGTCTCTAATTATAATCTCCAGACTTCCCCTGACACTATGTCAAAAATGCATAGGAAGTACTCACATGGGACACGGCTGGCATGCCATGGTGCGGAGTTCGTGACAAATCCATGCTTTGATGCAGTGACGATGACCCATGTTCCTGGCCGGTACAAGAATGTAAGTGTGACAATCCCATCTTCTCCCACAAGGTTGGATGCTAGGATTGTTTGGTTTCCACACACTTGGACTGTGGATTCCCTAAGAGGTGACAAGTCACTGTTGTCGAAGACCTGGACTTTAATCAGGACTTCTGTGAAGACAAGAAGTAGAGA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052643 True 7902 lncRNA 0.37 1 21312584 21320485

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025270 NA coding upstream 60777 21245897 ~ 21251807 (+)
XLOC_025269 zgc:153968 coding upstream 81916 21225750 ~ 21230668 (+)
XLOC_025268 zgc:112038 coding upstream 94451 21200763 ~ 21218133 (+)
XLOC_025267 zgc:123295 coding upstream 113840 21189766 ~ 21198744 (+)
XLOC_025266 NA coding upstream 169213 21137095 ~ 21143371 (+)
XLOC_025272 NA coding downstream 58511 21378996 ~ 21597908 (+)
XLOC_025273 crhr1 coding downstream 349060 21669545 ~ 21889616 (+)
XLOC_025274 NA coding downstream 609443 21929928 ~ 21997558 (+)
XLOC_025275 cdc27 coding downstream 715378 22035863 ~ 22155532 (+)
XLOC_025276 NA coding downstream 837448 22157933 ~ 22162482 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 8928254 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025265 NA non-coding upstream 245746 21057854 ~ 21066838 (+)
XLOC_025264 zwi non-coding upstream 281711 21025153 ~ 21030873 (+)
XLOC_025263 BX936284.1 non-coding upstream 397430 20913310 ~ 20915154 (+)
XLOC_025283 BX649557.1 non-coding downstream 1248502 22568987 ~ 22569106 (+)
XLOC_025285 NA non-coding downstream 1525851 22846336 ~ 22848196 (+)

Expression


Co-expression Network