XLOC_002539


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002539
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 4812304 ~ 4818606 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00005984
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>TCONS_00005985
CAGAAATCTTCAGCGGTTGTCAGCCATTAATTGTGAGCGAGGGGACAGATTTGGTGGGGGTTAAACTTGCTGTTCATGCAATCTGGGAAGCGGGGCAGATACATCAGCATATCTCATTCACATCTGGAGACGGTAGATCAAGGCTGGAGTTAGTGCGGCCCGGAAATGTGTGAGCGATGAGATTATGGAGAAGGAAAGTGGTAGAAAAATCCGATATTTGGAAATGAGTTAGAGAAAGAACCATAGCACAGACACAGGAGGGTAGGCACATTggaaaaaaatgctgtttattgGACTAGGTATACcatacaaagaaaaaataaataaatgccaatGTTACAGCATGGCTGCTGGCAGTCTGTACTGgagagtttgtgtgtgagagagaaaaaagaatgATATGATACAGAAAGAGAAGGTTGTAAGGATTAAAAAAGGTGGAACAATTAAAAATTACACTTTAGGATTACAAAAATACAGCAGAATCTCAATTATGAAGCACAGCAGATATTCCCCATGGCAGAACTGTGCTCAGATGGGAGCAAAACCACCATGTCAAAGTCTAAAATCGAGTAAACCGTTTGGCAGTTTGAGGCTGAAAAATCCTGATAGACGACATTGACATTGGCTTTACTTTTggaaagtgttttgttttgtagcTTATATTCCTTTGAGAAACTACTTTGTGTAAACAGACTCAAGACATGCTCAAAGACCCCATGAataaggagaaaaaataaaataaaagctgtttgttAGCCTCAAGGCTTCCTGTCtgattcaaaatattaatatgcaACAGATGAATGCATTTAAAATTGAACTATTTTCCCCCATAAAAGTCCTCTCTAATGAGAATATCTCTCTGCGTAAGTTAATAACTAGCAATAGCATGTAGCAAATTACGTTTTGGCAACCTAGTTTCCTTAGAAATGTGCAACTCAGCCTACTTTTCTGTTTTATGAAACGTAAATAacgttgttttaaaaatgttttattgcacgttttagatgacaaatctactagagggcgctgtcgatATTTTTGCAAGTCTGAGATGTGTTACTTGGGGTATGTGTGTTGCGTTTCAGATATATGCCCTTATTTTACATGTCCACGCTTGCCATAAAGATCACCTAGACCAGTGAACCGCTAACCTAAGTAAGCACATGTATGAGAAGTGCGCTGCAACAACATAGATTTacctttattttgtattgtttttataatgttttttagaaCTGTGCTTGAACCCGAGAACTCTTTATCACAAGTATAACAGTatacaaggtgagctactgagcaaactgtcCACACCAGAAAAGTTATCAATATGGTGTAGATAGGTGAGGAAAACGTCTTTGATTTACAAATTATAAACAGTGTCAATttgtttttttggtatttatttgttgTGCAAAGTACGACATAGAAATAATCATGTATTTGTTGATAATATGTccttgtcaatattattagtgtcAAAAGGAGCAAAAGTTAACTGCCACATTGCATTCATTTGGTCTAaaatctgcagtcaaatgtatgtTTAAGTATTTTTATGGTATTGAAAAGTGTAGGCTTAAGCAGCCTAATCTCATgaagaaacgtaagtattttacttttgtcagtttagtggctaatttgtacgaatttttATGAGTTGAGTCGTAcggaaatgtatgattttaaaaaggaggcgggCCACCCAACCCtgtcccctaaacccaaccatcattgggtgatgagcaaatcgtactaaattgtacaaattagatcgtatgaattcattcaaattagccactaaatcaaaaagttacaaattgtcgtgagattgcgttggctgaagcatgtatttccTGTTagcttatgttgtttttttttaaacaggcagTTTAAATATACTCAAACTGTTTGTTACCCTCTTGTTGGTTGAACTATGCTGACATATATAATCTGTAAGCCAATACCCTAAGCTTTTAGTTTCAAGTAACTCATTGTTTACACCTGCAGTAAAATTAAACATGGCAGCTTGTACATTTGAAGTGGTACATTTGAAACGTGAAATATTCCAGctcaatttttttctaaaaacatacattttgtatgacacaaatttacacacaaaaaataattaaatagaataaaacaaaaattaaaaataggtGCTGCAGTTTCTGCATCTACCAGCAGGGGCTTATTGGCAATGACAATTACAATTATAGGCAATTACCAATgctatctcactgcaattcgtaactttttgatttagtggctcattcgtttgatctcatttgtacaaatttagtacgatttgctcatcgcccaatgatggttgggtttaagggtggggttaaGTTGGGTTGcgtataatttttaaaattgtacaaatttatacaacagaattcatacgaatttttacgaattagccactaaactgacaaaacgtaaaatagttatgtgtCCTTGTGAGAGCAGACTGGTAATTACACAATAACGGTAGGTGCTTTCACAGTGGTTTATTACCCAGTAACTCACTCATAGGAACCAGCCACCATGCCCAGTTCTAAGAACTAATTTCCACCTTTGTTATTTTCTTAGTTGGATTTGCACTATAGAAACTAGTGAGAGCACATCTAGTGCAGCATTTtacaaaacctttttaaaaagtttcatgatatttgcagcctgatctcacacgGAAACAAAACTATTGACCTTTTTTTTAgtaaagtggctaattcgttcaaATTTTATTGGTATGAAAacgtgatttttaaaaggagacttGCCCCCAAATCCTATCCCTaatcccaaccgtcattggggatgagcaaatcgtactaaaatgtacaagtAAGATTGtactaaataaattttaattagcTGCTAAATAATGAAATCACGAATCGCCACGAGATTGAATTGCATATCTGAGGTAGAACACATATGTTTAGGTTATGCAATTGTTACAGCAAAACTGAAGACTAATATGACAATTTTAGTGCTACATATCATTGAGGCTTAGAAAATAAACACGTCACAGAGAAAAACAACAGGTAAATATCGCTAAGATTAGCTTTGTGCTTCACTTTAGTTCCTATTGTGTTGGATTATACCCGGCTCTGAAAAAAAGAGCTAATTTAGGTAAATATGGCTAAGATTAGCTTTCTGCATCACTTTAGTTCCTATTGTGCTGAATTGGACCCCGCTCTGAAGTAGGAGCTATACTGAACTTTATGTAAATATGGCTAAGATTAGCTTTCTGCATCACTTTAGTTCCTATTGCGTTGGATTGGATCCCACTCTGAAGAAGCTACTGTAATTTAGGTAAATATCACTAAGATTAGATTTCTGCATCACTTTAGTTCCTAATGTATTGGAGTAGATCCTGCTCTGAAGTAGGAACTAATTTAGGTAAACGTCGCAAAGATTAGCTTTCTGCATCACTTTAGTTCCTAATGTGTTGCATTAGATCCCGCTCTGAAGTAGGAACTAATTTAGGTAAATATTGCTAGGTTTTTGCATCACTTTAGTTCCGATTGTGCTGGATTAGACCCCGCTCTGAAGTAGGAGCTACTTCAATTTAGGCAAATATTGCTAAGATTAACTTTCTGCAACACTTAAGTTCCTATTGTGTTGGATTAGATCCTGCTCTGAAGTATGAACTAATTTAGGTAAATATCTCTAAGATTAGCTTTCTGCATCAGTTTAGTTCCTATTGTGTTGGATTAGATCCCGCTCTGAAGTAGGAAATAATTTAGGTAAATATGGCTAAGATTAGCTTTCCATATCACTTTAGGTCTAATCCAGGTCTTGGATTAGACCCCACTCTGAAAAAGGAGCTACTGTAATTTAGGTAAACATCACTAAGAATagctttcttcttcattttaGTTCCTATTGTGCTGGATTTGACCCTCCTGTGTAGTAAAAGCTACTTTATTTACCCCCAAATATTCCAAAGAAACATTACATACATTTCCCAGTCCTTGCGGTGTAAAAACACTACAAAGTAGGTACTTCAGCTATTAGTTCTAGGAACTGTGAAAAAGCTGCTCCCTTATGTgcttttcttatattttttaaaaactattttgaaacagCCTTGCCAAAATAACACCCAATTGAAGTACAGGGATCCACGGAAATTACTTAAAGGTTGTGTTCTGCATGCCAGGCCAATAGGTGGCGATGTTACTTCGTAAAGAAACATTATGCATCTGGGCACATATAGTTCTGTCATCCACCATTGTTGATTTAGTTCTCAAGTATTCATGCATAATTATAGAGGATACATAATAAAAATGCGCATGACATGATTTTGAAAATTAGCATTCCAAAGCCTGCTTTCAATGTTTTCGGatattttaaacagcattttcatttaaatgacCAAAACTGCACGAAAAGATTTCCATTTTACTTAACCTGTAAACACTCCCCAAGGTTTTGGTAGACTGGAGCTGCTTTAAAGAGATTCCATACTTTCGAGATGAAAATAAATGGCATTCTACTAGAAGCTACGTTTTTTTGAAGTTGTCGTTGAATTACACTTAACACCACTGAAGCAGCATCTAAAATTAATCCACAGCATTCAGTCAGTACAAATGGTAGCTCATACAATTCCCAGCCCACGAGTTGAGTTCTATGAAGACGATGCTTTTAACAATCATATTTTGCAATCACATAAATATGAAATGCTAGCTAGTTAGCTATTAGCTAACTTTCAATATCCTGTTTTATAGAGATATTTCTACTTTATAAAGGAAAATGtatttcatggggactttaagcCTGAAAGATGTACTGCAAGTGTTTTGGCACTGGTTACAGAATAATTTTTAGGTGAAACCTTAATACATGCCACTGCTGGTTGTCCATATTTagctaaaagaaaaataaaacatagcTCAATTACTATCTAATGTATGTATCAATGTAAAATACATtgattttaacaataattttgaTTGTTGATGAAACATTTTCATCATAAA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00005984 False 5739 lncRNA 0.34 2 4812304 4818311
TCONS_00005985 True 6303 lncRNA 0.34 1 4812304 4818606

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002538 NA coding downstream 229284 4573554 ~ 4583020 (-)
XLOC_002537 NA coding downstream 234452 4508389 ~ 4577852 (-)
XLOC_002536 CABZ01073795.1 coding downstream 437114 4367430 ~ 4375190 (-)
XLOC_002535 grin3a coding downstream 496289 4279521 ~ 4316015 (-)
XLOC_002534 NA coding downstream 713121 4095871 ~ 4099183 (-)
XLOC_002540 NA coding upstream 100717 4919323 ~ 4922051 (-)
XLOC_002541 snx30 coding upstream 122161 4940767 ~ 4961929 (-)
XLOC_002542 mat2al coding upstream 151028 4969634 ~ 4980150 (-)
XLOC_002543 hnrnpd coding upstream 182017 5000623 ~ 5024520 (-)
XLOC_002544 tmem150c coding upstream 223371 5041977 ~ 5058823 (-)
XLOC_002532 NA non-coding downstream 765987 4032478 ~ 4046317 (-)
XLOC_002533 NA non-coding downstream 771799 4038226 ~ 4040505 (-)
XLOC_002546 NA non-coding upstream 403309 5221915 ~ 5223942 (-)
XLOC_002547 CU466285.1 non-coding upstream 706787 5525393 ~ 5527364 (-)
XLOC_002550 NA non-coding upstream 970014 5788620 ~ 5821584 (-)
XLOC_002554 CABZ01032180.1 non-coding upstream 1131857 5950463 ~ 5950578 (-)

Expression


Co-expression Network