XLOC_025420


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025420
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 29687549 ~ 29710222 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052698
GTAAGCGTGTTTTTCTACTCCTTTAAAACGCTGAGTTTGACAGAAAAGTGTGGCGTACATTTTGCTCATAATCGACTACAACGTGACAATGAAGATTGAGGATGTTTCATCTTTACATCGTGGCAGATGGTAAATGATGGCAAGTCCACATTTGTTTCAGAGCAGAGACAGCGTTGCAGATGGACAAGAGCGTAAAAGCTTTATTAAGCATCCAACCTCATGTTTCTGCATATTGTGCAGCAGTGGGGGTCAGCTTAATCAATTTAGTCAACTAAAACAAAACAGGACAGCAGGAAGGATAAAACTGGAAACTGCGAAGTGTTATTTATCCTGAAAAGCCATTCTTGGTGTCATGCAGTACTATAAACAAGCTGTATCATTCTCCCcatgaaacacttttacaatcaCGCTGCACACCCGTAAAGATATCCTCTCTCTCGCAGCATCAATGAGATTAAAGTACAAGAATGAAGAGATCTTTAGTAGAGGTAAGCTTTATGATGCGCACATGAAGGGGCATGCAATACCATTTATcactgagtgtgtatgtgtgcatgtggaGGGGTGAGGTTATGTCTGCCATTGCCATGGCAACAGAGTCCCTGTGTAAATTTTGTTTAAACCTTtgctttatttctttgttccaatgTTCTCATTCAGATCAAGTCACACAGCAGCGCCACAAGAAACTTTATTCCTTGTTGGGCTGGTTTGTTCCTGCACTGTCATTCTGGTTCAAAGAATCAACAGTAGACAGTGTGGATTTCTTAGATGAAGACTGGAGAAACACAGAGAAAATACAACATAACCCAGTCTTAAAGAAGAGAGTTCTACTTTTTTTCACGTTTCAGTAGATCACACAGTCAGGCTCAGTGGCCGGAGCCAGGACTCCTGTTTGCTCATTGTTCATTCCAGTGATCATGACACAGCTAATAGAGGCCGGATTAGTGTGCAGGAACAGAGTAGGCAAACACACAGAGACTAATGATGGAGACCAGCCAGTCTGCAATGCTTTCTCGTACTCTAACACCACCTCTGTGGTGTATTTCAGCATTATGGTGTTGGTATGCCCTAAcaaatgtGAAACCACGCTCCCAGTTCCCTGCTTCAGTAAATCTACTAGCCTATATGTTCCCGTCCCCCTTCCTCTCTGTGTTTGTCAGTGTGCTCTCCTCATCTGTCGTCTACGTTTTGAATCCGGAGTGGTCCAGCGCTGTACCAGACTAGAATTTTAAGCATGTCCTTTGGTCAGGAGAAGGGGGCGGTAGAGTCGGTTGCTGTATGCATGAAACTTAAAAAGGCTCTAAAGGAGGACTCTAGCATGATAACGTGCTATGTTATGCGGGTTTGCACCTAAAGGAGTTGATGTATAAAAGAGCATTTttcttatttgtgtttttactggTCTAAGCTGGATGTGGATATGTTGCTTATGTGGgttatttgcataaaataattgatttat
>TCONS_00052700
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>TCONS_00052699
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>TCONS_00052701
GTGTTTTTCTACTCCTTTAAAACGCTGAGTTTGACAGAAAAGTGTGGCGTACATTTTGCTCATAATCGACTACAACGTGACAATGAAGATTGAGGATGTTTCATCTTTACATCGTGGCAGATGGTAAATGATGGCAAGTCCACATTTGTTTCAGAGCAGAGACAGCGTTGCAGATGGACAAGAGCGTAAAAGCTTTATTAAGCATCCAACCTCATGTTTCTGCATATTGTGCAGCAGTGGGGGTCAGCTTAATCAATTTAGTCAACTAAAACAAAACAGGACAGCAGGAAGGATAAAACTGGAAACTGCGAAGTGTTATTTATCCTGAAAAGCCATTCTTGGTGTCATGCAGTACTATAAACAAGCTGTATCATTCTCCCcatgaaacacttttacaatcaCGCTGCACACCCGTAAAGATATCCTCTCTCTCGCAGCATCAATGAGATTAAAGTACAAGAATGAAGAGATCTTTAGTAGAGATCAAGTCACACAGCAGCGCCACAAGAAACTTTATTCCTTGTTGGGCTGGTTTGTTCCTGCACTGTCATTCTGGTTCAAAGAATCAACAGTAGACAGTGTGGATTTCTTAGATGAAGACTGGAGAAACACAGAGAAAATACAACATAACCCAGTCTTAAAGAAGAGAGTTCTACTTTTTTTCACGTTTCAGATCACACAGTCAGGCTCAGTGGCCGGAGCCAGGACTCCTGTTTGCTCATTGTTCATTCCAGTGATCATGACACAGCTAATAGAGGCCGGATTAGTGTGCAGGAACAGAGTAGGCAAACACACAGAGACTAATGATGGAGACCAGCCAGTCTGCAATGCTTTCTCGTACTCTAACACCACCTCTGTGGTGTATTTCAGCATTATGGTGTTGGTATGCCCTAAcaaatgtGAAACCACGCTCCCAGTTCCCTGCTTCAGTAAATCTACTAGCCTATATGTTCCCGTCCCCCTTCCTCTCTGTGTTTGTCAGTGTGCTCTCCTCATCTGTCGTCTACGTTTTGAATCCGGAGTGGTCCAGCGCTGTACCAGACTAGAATTTTAAGCATGTCCTTTGGTCAGGAGAAGGGGGCGGTAGAGTCGGTTGCTGTATGCATGAAACTTAAAAAGGCTCTAAAGGAGGACTCTAGCATGATAACGTGCTATGTTATGCGGGTTTGCACCTAAAGGAGTTGATGTATAAAAGAGCATTTttcttatttgtgtttttactggTCTAAGCTGGATGTGGATATGTTGCTTATGTGGgttatttgcataaaataattgatttat
>TCONS_00050150
TCCTTTAAAACGCTGAGTTTGACAGAAAAGTGTGGCGTACATTTTGCTCATAATCGACTACAACGTGACAATGAAGATTGAGGATGTTTCATCTTTACATCGTGGCAGATGGTAAATGATGGCAAGTCCACATTTGTTTCAGAGCAGAGACAGCGTTGCAGATGGACAAGAGCGTAAAAGCTTTATTAAGCATCCAACCTCATGTTTCTGCATATTGTGCAGCAGTGGGGGTCAGCTTAATCAATTTAGTCAACTAAAACAAAACAGGACAGCAGGAAGGATAAAACTGGAAACTGCGAAGTGTTATTTATCCTGAAAAGCCATTCTTGGTGTCATGCAGTACTATAAACAAGCTGTATCATTCTCCCcatgaaacacttttacaatcaCGCTGCACACCCGTAAAGATATCCTCTCTCTCGCAGCATCAATGAGATTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096250

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052698 False 1465 lncRNA 0.42 4 29687549 29710222
TCONS_00052700 False 1795 lncRNA 0.37 4 29687555 29699638
TCONS_00052699 False 1673 lncRNA 0.37 4 29687555 29699638
TCONS_00052701 False 1284 lncRNA 0.42 5 29687555 29710222
TCONS_00050150 True 439 lncRNA 0.41 2 29687567 29697798

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025419 CT573429.1 coding upstream 15896 29664357 ~ 29671653 (+)
XLOC_025418 eif3d coding upstream 32624 29640837 ~ 29654925 (+)
XLOC_025417 NA coding upstream 47255 29639984 ~ 29640294 (+)
XLOC_025416 sstr3 coding upstream 85070 29600917 ~ 29602479 (+)
XLOC_025415 rac2 coding upstream 143510 29510818 ~ 29544039 (+)
XLOC_025421 cacng2a coding downstream 4553 29714775 ~ 29845175 (+)
XLOC_025422 BX901883.7 coding downstream 170813 29881035 ~ 29895974 (+)
XLOC_025423 NA coding downstream 204222 29914444 ~ 29915357 (+)
XLOC_025424 BX901883.3 coding downstream 219360 29929582 ~ 29929887 (+)
XLOC_025425 ifi35 coding downstream 231555 29941777 ~ 29948955 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 538517 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025412 BX649558.1 non-coding upstream 277590 29406013 ~ 29409959 (+)
XLOC_025411 NA non-coding upstream 289398 29393465 ~ 29398151 (+)
XLOC_025410 BX005369.1 non-coding upstream 520402 29167020 ~ 29167147 (+)
XLOC_025426 NA non-coding downstream 256561 29966783 ~ 29967070 (+)
XLOC_025431 CR936968.2 non-coding downstream 644546 30354768 ~ 30355587 (+)
XLOC_025432 NA non-coding downstream 787499 30497721 ~ 30506149 (+)

Expression


Co-expression Network