XLOC_025432


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025432
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 30497721 ~ 30506149 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052706
CTGCTATTCTTGAGGCTGTGAAAATGAACACAGAATTCTCCATTACATCACAGCTATTAGCAATAATGATAATTGCACCATGTTACTAATTTCACTCCATCACTTTTTTCCCCTGGAGTGATAAAAATGGCTCTCCACCACACCCGCTCCTCAAGTTGTTCTCTTctgatctctctctctgtccccATCTCTCTTTCAGCTCACTGAGCCGGCTGAAATATCTTTCTGACTAAATGATTTTTTTGCACTGTGGGGACGTTGCCATGGAGACTGTGGCTCCCCCGGCCCCCACCCCTCAGCGCGTGCTCTCatctgttcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtattggggAATGGGTAGTTGTGCTAACTGGCGTGTCTTCACCTCAGCAGTGTCTCCAGCTGTGCGGTTCTCATGCTGCTCGCACAGTGCCGATGTGTTGCAGGTGCAGGtctcagtgtatgtgtgtatggatcCGTCCACCTCTTcctcttgtttcttttttgttctcCTTGACACTATTTCCCTTTCTCATCACAGCGTCCTTTAAAGGGACTACATGCGGAGCTAGTCCTTTAACATCTAGGTGCCTAAACAACAGATTTCCTGTAAGTGCATTAATAAAAAACACTGAGCACAAAACCCTCAATTTGTTACTTCAGAACAGGTTCAGTGTAGTGTTGAAAGACTCagttctaaaatatatttaaaaaatggcaaATGACAGGACAAATATGATACAAAAATGTACAACTAATAAAACCAATTTAGGCGGTTATTGAAACAAGcaatcaaatcaaaatattttcTGAAAAGTATGTTTTAAATGTACACAGATTTTCTTCTATAGGAGCAGTGAAAGGGTTTCTAGTTTCCTTTTGATACTcccatttgttgtttgattatcAGTGAATGCAGTGCCACACTTGTTCATTTAAGACACATCTGCACCCAAAAATTTACTTTTGCTGttaaaactacttgtttaaaatcagTTGACACTATACAATTattatcagggtttgccacagcagaatgaaccaccaactattccagcatatgttttacacagtgaatgcccttccagccgcaacccattactgagaaacacccatacactatggccagttgcAACatgttcattctgaaaatgtagccctatatacatttctggagatcacaaattatgtagccagaagtacatgaagctgcatttcatgtttaaaacgaatgctatggtgtagtatgacgccgttccttttcgtgcttaccagctgactgcttacctctgtatagATGGCTTTCCAGCTGTCACCAgattgtccagttagctcatcatGTACGTCGACgaacttaagatgcagagaggtGTTGACCATGGTGATGGGATTTGATTCCAGTGAAAAACGCTTCCAaaaagcaagtaagacaaaaacagaatccaaaaaataaaataaacaagttaaacgAGGTAAAAATcacgtgagggcttttctttttctaaattgcttttaaaaattgtttgttgGGTTTTTGGAAGTGGGTGGACAGCTCAaccggtgcttttgaaaatactattggttgggcttagggaaggaggaggagggcaggtcagtcgatcagttagtcagtcagtcagtcaaacagtcattCGACAGCAgccactggtggatttacatgataACACCAAGCGcaaagagaaatttgagatcccaaaaagcgtacacagcggcctttggtggattaaaaaaaaacaaatactgccaAAAAaagggatgtatttggcgctctctagaaatgtatatagagatacATTTTCAGACTGAGCCTGGGTTGGCCAAATTAGTTAAtccattcacctatagcgcatgtcttttggactgtataggggaaaccagagcacccatagTAAATCCATgcgaacagggggagaacatgcaaactccacacaaaaatgccaactggccgagCCGGGACTAGattcagtgaccttcttgctgtgaggtgacagtgctgactACTGAGCCACGGTGTCGCCCATTGTTTCATGTTCAAACGACTTAAATTCATAAAatgattcattaattaattaaattgggtcaacatgaaggaaCAGCGTGGAAGCATGTTTTGCAGTGTATAACTTTTATGTTCAGACATGTCTAGACAAATATGCTCTAAATCCCAAACTGTTTCAGTCCTCAGATAGCTTGTACAGACGTGGAACAGTGTTTCTTTAGCatgtgaaaaatatttgcagtcaCAAAACATTACATCTTACTTAGAGATTACAGTAGGAAGGACAGCCAGTCGCTTTAAAAGTAGGAACAGAATGTAGCTTTGCtggaatatgaaataaaaaatgaaacaaaaaaaaaaaatctattgcacagccctagtcaTTATATCACCTTTATAGTGCAAGTAGTCTCCTAGTGGTTCAGGGACTCTACGCAGCTTGAGTACTGTGTGTATATGAGAAACTAGTCTAGCTATTTGTAAGAAGTTGCatgtattaaaaatacatttttattgtcaATGTATGAACAGCTTGTAACATGAAAAGCTTTCTCTGACGTTCAAGGATGTCTATGAAAACCAGATAAATTTTATGTTAATGACTTGGGAGGTTTTTGCAGAGAAAATCAAAAGCATGCGATGTTTACACATTTTCCCGAGAGCCTCTCTTCTGCTCTGACACATGAAAGCCTAGACAATGTTCAAAATAATGCCAAAAAGTAATGTCAATGTgacaaaataagaaaagaaaactcAAATGATGGTCTCATATTGGCATTTCTGCTGTAAATGGTGCATTGTTACTGCTGTAACAATAATAACAGTGTCATTTTCATTAACTCATCTGCTGACATGATGCTGATGAGCTGCGAACTTGTGCAAATATATTCATACTGCTATGATCAGATGCTTTCTCAGCTGTTGTTTTCTCATCACTGGCATGATTACTGGTCtggtGTTATAACAGAGAGAAACACATGCAGTATCATGTCAATGTTGAGCTCAGTAGAATAGATGCCATCTGGATATCTGTAATCAAAATATTTTtctaatcaaacaaacaaaaaaagaactttTCGTAGAGTACATTGCAGCCTTGAATCACATTTAGTTTTTTGCATTAATGTTCATTAACAAGCAAAAAGTTGATGACCGCAGCTCACTTAATGAAGTTtagattgcttgcagccggcccgcattattcaatttatggtTCACATTTCAGAAGAtataagccactataaataccctaagttccatataactgCTATCTAGTTTTGAAgaacccccccttccacccctactcctcatACTCcaagatgggtggcacggtggccctgtggttagcactgttgcctcacagcaagaacgtcaccaacgtttctgtgcggagattacacgttctccccgtgctcacattggtttcccccaggttcctcGGTTTCCTctcactgtccaaaaacatgcaacctaagttaattgactaatccaaatcggcaccatagacatgctcctagtaagtggttaactcttaagagcaatcactacctgttcattagctactacagcaggggagttccgagatctacctgagctcaaactcccctctcgccttgcaaaccagcgggagccccgggctcgaggatcttattagctcagggctctctcccaggacagctttataatcaatcataagctaagtttgaactcttgaaacagccAATGATGTCACTAATAGGTAGggtttctgaaataaaaaaacatcttacctaaaggttttgtcttgtttctagtccaaatatatatacaaaatattaatcaTGAAGCGTTATCCAGTCAAGACAattgtttagttgtttttttagaaaaataaaagctATAGTTAACATTGAGATTACACTTACAAGCGTTAAATAGATGTGTtaagaaaaaacatccaaaaaaatCCATTGTTAATtgttgatacactgtaaaaattgttgggttccacaaaattgatttgtgttgggagaacatAAAGGAGTTAAGTTAGCTTACCAGTTTGCACAAAGTAGATTGatgataaaataattaagttctgtatataattttaatgtatacgagtgccgtaaaggtgtcagaaagtttacccTGGTGCCATGAAATAAATGTGCTTTATCTGACCCTATTGCTGCGTCTTTAATCTATTAATGAGACctctattaactactatttttttaTCTGCTGTAACATTTGGACAAAATATGctcattctaatagtttaataaaatgaatttgatttttggaaatcaccaagcgacccctacCCCCCTTATTTTTccacgacccccactttgggaaccactggtgtaATAAACAAAGCTCAATTTCCACCAAATAAAACAGAAGCCAAGAAAACCAGCAAATGATATCATGTCACTTCTCAGACATTCTGCCAAAAGACAAGCACTGATTCAGCGTGTTCAATCAGCAAAGCTCTGACAAATGCCAGCAGACACCAACAGGGTTAACACGCTGATCTGACAAAGAATCTTTTGCTGTCTAGCAGTGCAGTGTGAACTGGCAATCAAAATCAGCATTTTACATTGCTCTCCTGGGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052706 True 4616 lncRNA 0.39 2 30497721 30506149

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025431 CR936968.2 coding upstream 142134 30354768 ~ 30355587 (+)
XLOC_025430 mybpc2a coding upstream 144466 30257582 ~ 30353255 (+)
XLOC_025428 akt1s1 coding upstream 297164 30190419 ~ 30200557 (+)
XLOC_025427 kcna7 coding upstream 513853 29980603 ~ 29983868 (+)
XLOC_025426 NA coding upstream 530651 29966783 ~ 29967070 (+)
XLOC_025434 NA coding downstream 137013 30643162 ~ 30655558 (+)
XLOC_025435 NA coding downstream 188025 30694174 ~ 30695807 (+)
XLOC_025436 NA coding downstream 362269 30868418 ~ 30873160 (+)
XLOC_025437 NA coding downstream 401743 30907892 ~ 30908126 (+)
XLOC_025438 cldni coding downstream 415097 30921246 ~ 30927002 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 248685 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025424 BX901883.3 non-coding upstream 567834 29929582 ~ 29929887 (+)
XLOC_025423 NA non-coding upstream 582364 29914444 ~ 29915357 (+)
XLOC_025420 NA non-coding upstream 787499 29687549 ~ 29710222 (+)
XLOC_025439 NA non-coding downstream 437139 30943288 ~ 30948454 (+)

Expression


Co-expression Network