XLOC_025605


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025605
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 39618568 ~ 39623925 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052746
AAAAAAtcctatggcacttctcgtaaagagtaggggtgtaactggccaaaatccctctcggcccttaaccatcatggcatttcaatcatccccatccactgaattggctttatcactgtctctctactccacctatagctggtgtgtggtaagcgcaccgttgtcctgtggctgccatcgcatcatccaagtgtatGCTGAAAATTGGTGATTGTGTggagaccccctcatgattgtgaagtgctttgggtgtatggccatacacgccTAATGtattacataaatacacattacatccATCacgctgttttttttcccctgttatgccgagttcagactgcatgattttagccccaattttgactCGCCTACAAGTTTTGAAAAATCGCCATCGAATGCACAAAATCACAGGCAAAGCAGTGCTTATTCAgctgagtaacaatcacacagtgtgaactattgTGACAAGATCTGAGAGAATTGCAGATGAGTCGCTGACACCCATgacatatttggcatgctaaatatctggagctgtcggccaTTCAAACCATggcgtgtgaaatgtgttcttattgaaaataacattgacgattacctacagccaatgagagtggCATCCACTAGTTAAGTATCTGCAGGTCAGCGGGAAGTTAGGGTAGAAGTTAAAAATGCTTCTTTTTGATCTATTTGAGcccaagaaatgaaggaaaaactagttgaaatttggcaggagcgcccatgtctgtttgacatgtcatccGAGAAATACCACAACCACTACCCCACTAAAAGCTTCTTTCTCAttgtgtagttaataacaaaagatacactaccttgtttccatgtcacttctcgctTGTGTTTGGatgtgagatgtagtttgcgaACCAAGACAAAGTTGTCTGCAATTCTTCCTATTCCaaagtcaagcagtgtgaaactCCCGGCCACCGatctatcttgcagtgtaaacaatgTAGCGATGAAACACAAgctcagatagtcatgcagtatgAAGACATctgtgactactttgaaaattgtgcagtctgaactcggcattaaccGCATTCCCAGTGTAAACACTGCTATTTTATGGGCTCGGCAGAATGCCTTTAACCGCCTGCTTCTTAACCTGTCGTGTACATGATATTTCATAAGAAGACCTGCTATACTTTGTCATGGATGCAGACCTGGAAACATTTGGCTGGTCTGGTGGCTTGATTCTGGGTGCAGTCTGCTGGTTCTGGTTTGTGGGAGAGGTGGGACTGTTCGGTGTGGGGACTGTCCAAGTGGGTCTCTGTGGTATTTGTGTTGGCCTAACTGGAGTGATTTTTCCTATGGATGGCTTTTCAGGAGATGAAGGGGGTGTAATGCTAGTCTTCTTCTGTCCCATAGGTTTTCCAGGCAGTTGTTTATGTATGCCACACTTAGGAGCTTGAAGCCCAGATGAGCAGTTAGAAGTGTCTAGTTTGCCAATGGGTAACTTGGTTGACCCTCTTCTAGCTTGAATAGGAATTCTGGATGACGTCTGAAGTGAGTGCTAGTAGCAAGAACAGaacatgaattaataatattatccCTTAATTCAGAACTAGAGTTTGCTTCTTGATAGTACTGAAAGAATTCATTACCTTCCTTGCCAGACTTTCCATCTTGGGTTTTGCCTCTGGCAGGTTCTTGTACGTTTGATTTGTACAAATATGTTCCCCTTCTTGTTTCTCCTCATCAGGGGCAGTTGGGTAACATGTTTCCTTCCCATTTCTACTGTAAACTTCATGACCCAGCTTCTCCTCTGTAAGTTTTCTATCAATTGTAGTTTTCATTTGTATAGGCTTGGTTTTGCATATCTTTGTTTCTTTGCTCAGTGCAACTATTGGACTTCCGGGATCAGACTGGTCCTGCTCTGTCATTTGGAGGTCGGAATCTTCTAATATCAACAGCTCAATGGATTCAAATTGTTCTGGAATTTTCATCTGAGAATTGTGCTGTTCAGATTTTATCTTTAACACTGCTTGACTGACCTCATCATTCGGTAACCTTAAATGCTCATTCACATCTTCTTCGGATCTGAGGTTATGTTGGTGTTTTGAACTACAATCTAAACAAGTCAATGACTTTTGCAGTTCCTTAATCTTAGGCAACTCTATTAACTTTGTTATCTCAGGCTTCTCTGGAATTACAGAAGTTACATCTGCCTTATCTTGCAGTATTGAGCAATTAAACACACTGTCGGTTGCATAGTGCAGGATAACATTTCCCTCTGCAGGTTTGAGCATTAGGTCTAGACTTACTTCAGGTTGTAAGTCCTGAAGTGGTTTTACAGAATGTTCCTCACACACTACATCTACACTAACCTCAGACAAAAAGCCAGAATCAGAATGTTTCATAGCTAAAAGTAGAGGCTTCTCCTCATCTATTAAAGTAATTGCAGTTGGTTGTAACCCTTGTGGTGATTCTTTTTCAGATTCCTCAAGACTTACTTTAAGTTGTAAGTCCTGCATTGCATTGTTTTCAGCTACCTCTACAGACACATTTACTTCTGTAGGTTTGAGTAGTAGGTTTGAACTTGGTTCAGGTTGCAAGTCCTGAAGTGACTTTACAGACTTTTCCTCACATGCTACATCTCGATTAACCTCACACTCAAGGTTTGGGTTTGAAATCTTCTTAGCTAACAGTAGAGGATTCTCTTTGCCTGTTAAACCTAGACTTGTATCAGGTTGTAACCCTTGTAGTGATTCTTTTTCAGATTCCTCACACACTAAATCTAGACCTTCTTCAAGTTGTAAGTCCTGCATTGCCTTCTTTTCAGATTTCtctacacacacatttacttcTGAAGTTTTGAGTTGCAAGTCTGAACTTGACCCGGGATGTAAGTCCTGGAGAGTCTGTACAGACTGTTCCTCACATACTACATCTACACTAACCTCCGACTCAAACTCTGGGTTTGAATTTCTCTTATCAAACAGCACAAACTTATCCTTACTATTTATATTCTGACTTGCATGAGGTAATACCTCTTGTAGTGATTCTATTTGTAAGTCCTGTATTGACATTTTTTCAGTTAACTCTACAGACACTGCCTTGGTTTGTCTCTCTAAAAACTGTTGAGATGCACGTGCCATATGTTGTTGCAAAACACTGCTCATCGATTCAGTGTCTACCGCTGGCTTTGATGTAACTTCAGAATCTTGTACTTGTTTGAGAAGTTTGTCATTCGATTGAGCTTGAGTATTATCTTCAGATAATAAAACTGCCCTTGAGCCATCTGGCAGGTTACTATCAGCTGTCATGTGTAGTACATGTTGAAATTCAGGCTGCTCCTGTCCAGAATGCATTTCAGGTTCAACTTTCTCTTTAATGTTTTGACAGCCTAGCTCAGGTAGTTTCTCAGCTTCCAGTATGAGCTTTGTTATTCGCTGAGGTTCATTAATGTTTTCAGCTGAACTGAGTTCCTTTGAAACCACACAGTCAATCTCTGACTTCAAACCCACTGTGTCACTGCACTCAAAGTACTCATCTGATGTTAAAGAGAAGTTTAAATAACCATTAGGAGTCTGTAAGAAACAGCAGCTTTCACTATCTTTGACCGGTTGTTTACTATCATTTATTATAGCACCTTTGTCGTTTTCTTGGGCAAAGGTGGTTTTGGAAAGTGCAGCTGTTGTTTTGCACTCTGCTGATAAGAAATTGAAGATAATACTGCAAGAGGTTTTCAAAAGTTTCGGAGTAAAATAGTTCTGAGAATTACCCAAATCTTCACAGTCTTGAGCAGGGCATGATTTTGAACGAAGAATTGCTTGCCCTTGATGACCCTTTTTGATCGGATTAGGCAAAGATTCTCGTGTTTCTTCAGGCACAAAGATATCTTCCACAGACCTGAAGTCAGCCACTGGGCTAAAACACTCATAGTATTCATCAGACAACGAAGACATGCTAGAGTCACAGTTAGACATCTTTGTACCATTCCAGCCATTTTGATTTGTTTCTGGTTTTGTTTCAATGTGGTTTTGAGTGACAACATCAGTTATGATTTGGTCATCTTGGCTTTGCTTGACAGAAGGGCTTTTTGGGATTGCAAATGACTCCACAAGATCAGATTTGTTGGAGACTGCTGATGATTTCCAGTACAACTCTTCTGAGGTATGGTTAGAACAGTTTAGAGGTTGTAAAGTATCCTGGATTCCCTTTGTATCTGAGACTGTATCGTCTTGAAAAGATGAAATTGCTTTGGCAAAGTCTTTTTTGGTGCAAATGTTTTTGCTCTGTAAAGACTTAGTGTCCAGGTCTTTTTCTGACACACAGGGTTCCTCTTTATCTACTTTATTAAATGCTAGCACATGCATCATTTTTGGCTTTTCCAAAGGCAAAACAAGATTCTCACTCTGGTTGCTCGTTTGATGTTGATTTTTATCAAAATCCATCTGAGCTTCTCCTGGTGTTTGCTTCTGAGCTGGAACCTCAGGGTGAGACGATGTTTGAGATACGGGTCCAGGACTAGCTCTCAGAAATGAAGATTCCACTGGCTCATGAACAGGATCCTTGAATCGAATGGCTTGAGACACTTCAAAGAGTTCTGAACGCATAAGGTGAGCTTGCAACGGCTTGTTAGCATCTCTTATATTAATGAAACCAATGACGTCACTCGGTGGGTCAGGATCAGGCCAGGTTGGGATATAATTGATCATGTCCGCCTTTTCCAGGTTGAGCAGTCCCGGGTGAACAGGTGGCACCACTGGGGTGACTTTGACAACTTCTGTCTGATTCTTAGAAGTGCTGTTCTGGGCACTTGTCTGGTCAGATACAGGTCCATTGGTGGTAAAAGCACAGTTGGAGACCAGAGTGTATTTCGGGTTAATGAGCTTGAGTGCTTTGGTGGCTGATGGAAGTGGAGTGGGTACTGCCTGAGGGACGTATTCAGGTTCAGGCTCACTGCTCAGATTAATCTTGCTCAGGCACACTCCATTAGATAGCATGTACATGTCCTGAAACAGTGTGTCAAATGTGTCGACTGCCTGGCCGGTGAGAACAGTGATGAGGTTTCTGTCCAGTCTGGAGGCAGACCAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052746 True 5073 lncRNA 0.42 2 39618568 39623925

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025604 prpsap2 coding upstream 5342 39600562 ~ 39613226 (+)
XLOC_025603 cln3 coding upstream 19229 39579393 ~ 39599339 (+)
XLOC_025602 aldoaa coding upstream 41516 39566999 ~ 39577052 (+)
XLOC_025601 BX537342.1 coding upstream 54069 39555762 ~ 39564499 (+)
XLOC_025600 zgc:165423 coding upstream 68479 39540014 ~ 39550089 (+)
XLOC_025606 NA coding downstream 2908 39626833 ~ 39632214 (+)
XLOC_025607 epn2 coding downstream 32263 39656188 ~ 39690218 (+)
XLOC_025608 cacna1ha coding downstream 135205 39759130 ~ 39952441 (+)
XLOC_025609 BX649356.1 coding downstream 260894 39884819 ~ 39884956 (+)
XLOC_025610 ccdc97 coding downstream 334482 39958407 ~ 39967412 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 9369532 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025599 NA non-coding upstream 354051 39258810 ~ 39264517 (+)
XLOC_025598 CR392006.1 non-coding upstream 435706 39182746 ~ 39182862 (+)
XLOC_025596 NA non-coding upstream 565858 39050589 ~ 39052710 (+)
XLOC_025591 CR388062.4 non-coding upstream 1829623 37788861 ~ 37788945 (+)
XLOC_025618 NA non-coding downstream 727748 40351673 ~ 40352408 (+)
XLOC_025619 NA non-coding downstream 780244 40404169 ~ 40404939 (+)
XLOC_025623 BX649559.1 non-coding downstream 1167795 40791720 ~ 40794879 (+)

Expression


Co-expression Network