XLOC_025623 (BX649559.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025623
gene name BX649559.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 40791720 ~ 40794879 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050463
ctgcattaatgaattctctatttcagcacaacactgaaatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacgtttaccgttaagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagatgtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgatagcacatattctgtcctgtctacatctctgatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattactgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattgtgaa
>TCONS_00050464
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>TCONS_00050465
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>TCONS_00050466
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>TCONS_00050467
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>TCONS_00050468
accatagatttagattaattaattttaagtcttattttactcttattatatttatctgtttttcagctacagtaattgatgttaaaaaactgatgctaccaatcactcctcacttgattgttcaagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagatgtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgatagcacatattctgtcctgtctacatctctgatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattactgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattgtgaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097780

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050463 False 542 processed_transcript 0.39 4 40791720 40794879
TCONS_00050464 False 649 processed_transcript 0.33 3 40791746 40792877
TCONS_00050465 False 749 processed_transcript 0.32 2 40791746 40792988
TCONS_00050466 False 681 processed_transcript 0.38 5 40791746 40793552
TCONS_00050467 False 537 processed_transcript 0.39 5 40791746 40794840
TCONS_00050468 True 586 processed_transcript 0.36 4 40792230 40794879

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025622 BX649559.2 coding upstream 103269 40672242 ~ 40688451 (+)
XLOC_025621 fscn1a coding upstream 202231 40576447 ~ 40589489 (+)
XLOC_025620 tnrc18 coding upstream 302874 40407352 ~ 40488846 (+)
XLOC_025619 NA coding upstream 386781 40404169 ~ 40404939 (+)
XLOC_025618 NA coding upstream 439312 40351673 ~ 40352408 (+)
XLOC_025624 arpc1a coding downstream 1231 40796110 ~ 40804455 (+)
XLOC_025625 arpc1b coding downstream 14132 40809011 ~ 40820612 (+)
XLOC_025626 mmd2a coding downstream 47018 40841897 ~ 40871366 (+)
XLOC_025627 NA coding downstream 103745 40898624 ~ 40902157 (+)
XLOC_025628 NA coding downstream 150161 40945040 ~ 40948999 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 10542684 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025609 BX649356.1 non-coding upstream 906764 39884819 ~ 39884956 (+)
XLOC_025606 NA non-coding upstream 1159506 39626833 ~ 39632214 (+)
XLOC_025605 NA non-coding upstream 1167795 39618568 ~ 39623925 (+)
XLOC_025629 NA non-coding downstream 248144 41043023 ~ 41066414 (+)
XLOC_025630 BX537310.1 non-coding downstream 705530 41500409 ~ 41500525 (+)
XLOC_025636 NA non-coding downstream 1160014 41954893 ~ 41962746 (+)

Expression


Co-expression Network