XLOC_025716


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025716
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 49753768 ~ 49760696 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052790
GGACAACTTAAATCCCTTTGTTTCAAGCGCATGTTGTTGAGTATTGGTTAGCTGTTGTTATCATGGCAGGCTTTCTGATCATCTTCGACTCCATGTCTGGCCAGCCACACCATCAGCCTATCGATACAAGAATGGTTCTGGTTCTCCAGAGAAACACTTGGCAAGTTGATTCCAAGATATTCCAAGAGGTTCTGAAGGCAGAAAGATGAGCATAACAGACGCTTTGCTTCTGCAAGGCATCTGGCATCACTTCAGCTTGGCTGCAAGAAATAGAGGACTTACGCTCACATTGAAAAAGAAGGCAGACCCATGTATGCATGATTTATCAACTTCCACGATTACTTTCATGCTTGGATAACAGTAAATGACGCCAATTTTGAAAAAATCTGTTTGAAATATTCAACATGATTGTTTTGCTTTGGCAGACAACCTCAGACAAATAAGTTCATGGTCTTTGATCTCTTGTGGCGGTATTTccactttaaagaaaaaaaaacaactgaattttgtaacattttgcaCTTTATGTACCTGCAGTCAATACAAATTTACCACCAATGCATTActatcaataaatgaataaattgtgtcACTCAAAAGGCAAAACTGGTCTTGAGTGTTGCAGAAAATGCCTCTTTATCATTGACTGAACACTAAAGCAACGTTTCAATCACTGTCCACTAGccaaaacacaaaatacacatcATGTGCACAAATAACATACACCACAAAACAAAGTCATTACAAATCTCAACAGGCGATATCTACATATCtaacaattataaattaaatttgtgCAAATTGACCCACATAGTTATCTGCGATAATCATCGTCATGATCATCAAGCATTTGATGacctaaagaaaataaaaatctgcatCATTATGCCACAATATGGGGCATCAGCTGCTCATTGTCATTTAAGGTGAAGTATGCCATTTTAACACCATTAGTGGCActaaacagagattacaaatttCGAATTCTCCTTAACACACCATTTAATCGGACCAAGGACAATTCAACATCTGTAAGCTTTCTCATTCAACTTAAATGCACTCAATTGACATCTAATATGATACAACAAAATTTTTGcaattaaaatgtttactttgcCAGAATACATAGCTACTTTTGAATGGCCTAAAATGAAGCTTTTTGCCTCCATGGTGATGATTTCTGTGGCCCCACAGAACATTGACTTCAATTGCATCCTCCTTGGTAGAAGCTTCATCTCTTTTTCTATTCAGGGCTCTTGGAGTTATTCTGCCATTTATGGTACCCTTAAGTGTAAATGCAGCATCTACCAGCAGGGACTCATTGTTGATTAAAACCCACAATACACTACCCCCTCATACAGATAGTCCCAGCAAAAAAACTCAAGCCGTTGGTAGAATCGATGTTGTAATGGCACAGATGGGTCACTTGGGTGGTCACTTTAGTGGCGATGATGCTACAGAAATGACACGCCTCAAGTGCATCCTTTTTCGGAATCTCCTTTGAGTGTCTTACGACTGTATTTCTATGAAATATTGTATTGTAAATCTAGCATGAAGACGTCCTCTGAGTGAAGAAAGATTTTGATCTATGTTCTTGGTTGTAATTTGTTCGAAATCTTCTCTGGCTCTCAGAGTTCCTCCTACACATCCTGAAAATCTTTCAAAGACTTGTGGCAAAGGATTCCAATGCCATTTAGGAGATGAGAGGCAATCGAGAGAAGAAGCAGTTACTAACTAATACTGACTCTTGAACATACAGGTCTGGTGAACAGTCGTCTCCTCTGACATAGGGGAATCAAATCTGGCATACTACGCCATTAAGGCAGTGACCTAGTTCCTTTGAAGCCTTTCACATATGGCTGTGTTTTGCATGCTTAAACATACTATGCTTGTTTTCTTGAAGGGAGAACTTCACTATGATTAATAGTAGGCAAATGCTTCTAATGTGTGCTGGATGTTTTCTTCACTACACACTAGAGTTTGCTTTAAGCAACTTTCACCTCTGTGAGTTTAACTGATAGATTTGTACTTCACTTTTATGGTCaatctttgtgtttttgttttaatactgGGGTCTAAGACCTATAATAAAAGGCACACAAGCAAAATTGATCAGTCTAAATCTACACCTTGACCATGGCCATTAAAGTGAAGGAcgtttttaattaaacacaagCACTTACTCTTTACATGTACCCATAAGCGTCAATTAATTCAAAAATATATGCAAACCAAACTGTGGGTGCACAAAGTTTCTTCATTATCTTAACCAGCAAAATCAGCTTAACCCAAAAACACAAAGCTTTGTTAGTGTTCTGGCACCAAATTAGCATAAATTGTCATGGAAATTCTTGTCTAAGTTGGTCATTTCTGGATGGAAGTATTTGCAGAGTTCTACACAAACTCGCTGTTTATGTTATCTTTTGGAAAGTTCAGTTCGGTGTATCTCTTCAGTTCCTCCAGAAAGGTTGGTCAACAGTTTGCTTGGCTGATTTCACTTGGACCCTGCAATCCAGATGGGTTTTCACTACTAAATCACAGTTAAATAAGACTAGAGGTAAGACTCTATCATTCAGTTTGTTAGCATGTACATTTGTGCAAATCTTTGTTAACATGTCCACCTTTTGCTCACCATTAATCCTGGGACAGTGTCAGCTGAGCACCCTGCAATGTGAAGGACTGGTGTCCATTGTGAGTTGCCTGTTGAGGAAACTCGCACAAGTGCCAAggacacatacacatacacacacctctcGCTCAAGCTAGGGCCTAGGGTCTAGAGCCCTCAGCCAGAGGAAGCGAGAGTGATCTGGTCTTCGGGTGAGACGTATGGAGTCTCCTTTAGCTCACAAGTTGCTCTCGGCATTGCCCTGTGCAACCCTACAATACCTTTCCCTGTCCACCACCACCATGTCCTCTGTTATAGAACTGCAGGTGGAGCCATCTTGTTGTGTGGAAGTGAACTGCAGACATCCCTGCCCAATACCCATGCCATTTTGGCTGCTAGAAACCAACATCTGCTTTTCTTCTGGACTGCCGAGCCGGGAGGTAGTGGTAGCAATGTCAGGTAGCCGTGGGAGGTTGGTGGGATGGACCATGATGCTCCCACTCTTCTGAATCTGAAGGCTCTGGCTGTAGGTGTGACGATACTCCTCCTCAATGTCCCTCCCAAGCTTCCAACGTCTCCATTTCTTCAGAATCTCAGACTGAACCT
>TCONS_00052791
GTTTTCTGTGTTCTTGACTTTGGTCAGTATATTTGATTCTTTGGTGGCTTCCCTGAACCTTTTGCCTGTTTTTGGATTATCTACTACACTGGTTTTCAACCGCCGCCTGCCTGACCATACTAAATGAAGCTGAATTGGAACTACCCCTGTCTGCATATTATCCATTCGTAACAGTAATTTTGACatcttgaataaataaaaaaatagtctgCATCCTTCCTTAAAAAGTTCTAATCTAATAACCAGTTTAAAGGTTTAACAGGCAACCCAGGAAGTCAGTGTTCTCACTTTGGCAATCAGGCAAATTCATTACTATCAATATTCTTACTTTTAGCCCCTTTTAGTAAGACCTTTGCAACTTTTGGACATTGGCATTCTCTACTGAAACTATCAAGAGCAATAACAAAGACACTATTTTTcacttgaatttatttatttaccatctggatatcataataaaaaaatgcacaaacacaGTTTTTACTCTACAGCATGGCAGGCTTTCTGATCATCTTCGACTCCATGTCTGGCCAGCCACACCATCAGCCTATCGATACAAGAATGGTTCTGGTTCTCCAGAGAAACACTTGGCAAGTTGATTCCAAGATATTCCAAGAGGTTCTGAAGGCAGAAAGATGAGCATAACAGACGCTTTGCTTCTGCAAGGCATCTGGCATCACTTCAGCTTGGCTGCAAGAAATAGAGGACTTACGCTCACATTGAAAAAGAAGGCAGACCCATGTATGCATGATTTATCAACTTCCACGATTACTTTCATGCTTGGATAACAGTAAATGACGCCAATTTTGAAAAAATCTGTTTGAAATATTCAACATGATTGTTTTGCTTTGGCAGACAACCTCAGACAAATAAGTTCATGGTCTTTGATCTCTTGTGGCGGTATTTccactttaaagaaaaaaaaacaactgaattttgtaacattttgcaCTTTATGTACCTGCAGTCAATACAAATTTACCACCAATGCATTActatcaataaatgaataaattgtgtcACTCAAAAGGCAAAACTGGTCTTGAGTGTTGCAGAAAATGCCTCTTTATCATTGACTGAACACTAAAGCAACGTTTCAATCACTGTCCACTAGccaaaacacaaaatacacatcATGTGCACAAATAACATACACCACAAAACAAAGTCATTACAAATCTCAACAGGCGATATCTACATATCtaacaattataaattaaatttgtgCAAATTGACCCACATAGTTATCTGCGATAATCATCGTCATGATCATCAAGCATTTGATGacctaaagaaaataaaaatctgcatCATTATGCCACAATATGGGGCATCAGCTGCTCATTGTCATTTAAGGTGAAGTATGCCATTTTAACACCATTAGTGGCActaaacagagattacaaatttCGAATTCTCCTTAACACACCATTTAATCGGACCAAGGACAATTCAACATCTGTAAGCTTTCTCATTCAACTTAAATGCACTCAATTGACATCTAATATGATACAACAAAATTTTTGcaattaaaatgtttactttgcCAGAATACATAGCTACTTTTGAATGGCCTAAAATGAAGCTTTTTGCCTCCATGGTGATGATTTCTGTGGCCCCACAGAACATTGACTTCAATTGCATCCTCCTTGGTAGAAGCTTCATCTCTTTTTCTATTCAGGGCTCTTGGAGTTATTCTGCCATTTATGGTACCCTTAAGTGTAAATGCAGCATCTACCAGCAGGGACTCATTGTTGATTAAAACCCACAATACACTACCCCCTCATACAGATAGTCCCAGCAAAAAAACTCAAGCCGTTGGTAGAATCGATGTTGTAATGGCACAGATGGGTCACTTGGGTGGTCACTTTAGTGGCGATGATGCTACAGAAATGACACGCCTCAAGTGCATCCTTTTTCGGAATCTCCTTTGAGTGTCTTACGACTGTATTTCTATGAAATATTGTATTGTAAATCTAGCATGAAGACGTCCTCTGAGTGAAGAAAGATTTTGATCTATGTTCTTGGTTGTAATTTGTTCGAAATCTTCTCTGGCTCTCAGAGTTCCTCCTACACATCCTGAAAATCTTTCAAAGACTTGTGGCAAAGGATTCCAATGCCATTTAGGAGATGAGAGGCAATCGAGAGAAGAAGCAGTTACTAACTAATACTGACTCTTGAACATACAGGTCTGGTGAACAGTCGTCTCCTCTGACATAGGGGAATCAAATCTGGCATACTACGCCATTAAGGCAGTGACCTAGTTCCTTTGAAGCCTTTCACATATGGCTGTGTTTTGCATGCTTAAACATACTATGCTTGTTTTCTTGAAGGGAGAACTTCACTATGATTAATAGTAGGCAAATGCTTCTAATGTGTGCTGGATGTTTTCTTCACTACACACTAGAGTTTGCTTTAAGCAACTTTCACCTCTGTGAGTTTAACTGATAGATTTGTACTTCACTTTTATGGTCaatctttgtgtttttgttttaatactgGGGTCTAAGACCTATAATAAAAGGCACACAAGCAAAATTGATCAGTCTAAATCTACACCTTGACCATGGCCATTAAAGTGAAGGAcgtttttaattaaacacaagCACTTACTCTTTACATGTACCCATAAGCGTCAATTAATTCAAAAATATATGCAAACCAAACTGTGGGTGCACAAAGTTTCTTCATTATCTTAACCAGCAAAATCAGCTTAACCCAAAAACACAAAGCTTTGTTAGTGTTCTGGCACCAAATTAGCATAAATTGTCATGGAAATTCTTGTCTAAGTTGGTCATTTCTGGATGGAAGTATTTGCAGAGTTCTACACAAACTCGCTGTTTATGTTATCTTTTGGAAAGTTCAGTTCGGTGTATCTCTTCAGTTCCTCCAGAAAGGTTGGTCAACAGTTTGCTTGGCTGATTTCACTTGGACCCTGCAATCCAGATGGGTTTTCACTACTAAATCACAGTTAAATAAGACTAGAGGTAAGACTCTATCATTCAGTTTGTTAGCATGTACATTTGTGCAAATCTTTGTTAACATGTCCACCTTTTGCTCACCATTAATCCTGGGACAGTGTCAGCTGAGCACCCTGCAATGTGAAGGACTGGTGTCCATTGTGAGTTGCCTGTTGAGGAAACTCGCACAAGTGCCAAggacacatacacatacacacacctctcGCTCAAGCTAGGGCCTAGGGTCTAGAGCCCTCAGCCAGAGGAAGCGAGAGTGATCTGGTCTTCGGGTGAGACGTATGGAGTCTCCTTTAGCTCACAAGTTGCTCTCGGCATTGCCCTGTGCAACCCTACAATACCTTTCCCTGTCCACCACCACCATGTCCTCTGTTATAGAACTGCAGGTGGAGCCATCTTGTTGTGTGGAAGTGAACTGCAGACATCCCTGCCCAATACCCATGCCATTTTGGCTGCTAGAAACCAACATCTGCTTTTCTTCTGGACTGCCGAGCCGGGAGGTAGTGGTAGCAATGTCAGGTAGCCGTGGGAGGTTGGTGGGATGGACCATGATGCTCCCACTCTTCTGAATCTGAAGGCTCTGGCTGTAGGTGTGACGATACTCCTCCTCAATGTCCCTCCCAAGCTTCCAACGTCTCCATTTCTTCAGAATCTCAGACTGAACCT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052790 False 3214 lncRNA 0.40 3 49753768 49760696
TCONS_00052791 True 3644 lncRNA 0.40 2 49753845 49760696

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025715 NA coding upstream 129090 49565257 ~ 49624678 (+)
XLOC_025714 crb3a coding upstream 205539 49521106 ~ 49548229 (+)
XLOC_025713 NA coding upstream 247596 49490554 ~ 49506172 (+)
XLOC_025712 NA coding upstream 293844 49455762 ~ 49459924 (+)
XLOC_025711 tecra coding upstream 332494 49397115 ~ 49421274 (+)
XLOC_025717 zgc:103625 coding downstream 308508 50069204 ~ 50075190 (+)
XLOC_025718 rsad1 coding downstream 394549 50155245 ~ 50269145 (+)
XLOC_025719 NA coding downstream 526084 50286780 ~ 50288488 (+)
XLOC_025720 gas7a coding downstream 549988 50310684 ~ 50420221 (+)
XLOC_025721 BX649397.1 coding downstream 776431 50537127 ~ 50552748 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 19504732 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025710 NA non-coding upstream 619025 49134382 ~ 49134743 (+)
XLOC_025709 BX649515.1 non-coding upstream 621291 49132341 ~ 49132477 (+)
XLOC_025723 NA non-coding downstream 1034625 50795321 ~ 50796217 (+)
XLOC_025724 NA non-coding downstream 1047941 50808637 ~ 50809193 (+)
XLOC_025725 NA non-coding downstream 1250593 51011289 ~ 51023057 (+)

Expression


Co-expression Network