XLOC_025731


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025731
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 51895324 ~ 51900899 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052796
aCTGTCACAGGCACAAAGACACTAtagtttggtttatttttattgtagtaCAGTAGGCATGAGTCATGAGGACATACGGTTGACAGCTATGAGGCAGTAACCATAGACTTCTCCCTTGGACGCTACAACATTCAGTTCACTCACATTTTAGCTCTCTCTGGCAGCCATAACCAATGAAGCGCTGATGCTCTGAATGAGAAACAGTACCTACTTCCGCAAGGTTTAGCACAGTATAAAACTCTTGAAAGGCATACAGCAAGAAAGCGAGGGTACAGTGCAGTGATTGTGACTTACAGCATTGGCACAAATGTGTATGGGCTCCAGTGATTCAAGGCAGAGCATGATGGGTACATCTGTACGTTACATTTAAACAGATCATCAtgtaaaacagctttttttctgtGTAACACCTCATGATTTAGGGACAAAAgacaaaatatagaaatatacatGGGGCCCACATGCCATCTGGACCTTCTGGATTGTTTTGTAGAACATCTATTTGGATTGGATCTAACAAAAATAACACTTCTGAGACAAGGCATCATCACAGACGGAGGACCTGATCTGCAGGAGCTGCCATTGCTGTTTGGAACACGCTTTGTTCGCAGACGACAGGGGTCATTTCTGTTACGCTGTACATTTTCATGTCACCATTGCATTGTCAATGGATgaaatattaaactatattaatgttaaaattgaaatattaaactattttttttactacaataGTAGTCTGGAGTGCAGCCATCTTGTCACATAATGATATGCGAGTTGCAATGTGTGTTACATTGATATCCAGAGTGATCTCtggaacataactattttacttaATGTTAGAAAAGTGTgtcaatttataaaaatacataccatttaatttgtataaatatGCACTATTTTTAAAGGGATGCATGCCTCTAAATTCTGCTTCTTACCCTGTTCCTTATTGAGGGAAGACCAAATTAtagtaaaatgtacaaattagattgtctaaattaatactaaattagtaactaaatcaaaaagttataaattgcCATGAGATTCCTTTAGTATGTCAAATGTTGGAATTTatgaaacatattttataaaaagaaCTAAAAAATCTGTTTTCCCAATTGAGAGCATGTATGTAAAAACACAAATGCATTCAATTTTGatgaaaaatacaacattttgggTTAAAAGTGTGGTAGGGGGTAGATCACACCAAACACGCTTTTTATATCGAGAGGtgccttttttaaatggtttactaacggcTGCGAGCATTTTAGTCGCTGTTTATGCGCCCTGCGCGCCTCGCGTTTTACTCGCCTGCTGTGTCTCGAGTTTTTGCCCTTGCACGCTGTgcactgttgccaactatttttaaGGCGCTAAGCTCTGCCCAAAAAGCTACTAAAAGTCACTAGATTGCATCATATGTCAATTTGACTATTACTAACATCACGTTCCACcgtttgtttgtttaacagcctatggttaataaaggggtatatatttgcactatgtatgcatgtcaatttaactgaATTTGTTGGTGTTTGAATAAAGTATAGCATTATAGATGTGttgtgaatttgcagtaatctttCAGACCTAATATACCCAGACAAGTTCCGAAACTGTCACtgaaatatctgtgattgtgaacaagaaaagaataaacagtcaaataaaattgttaaaataaattagaagTAGATCTGTTTGACTGTACAAAGGAAATACCTCACACTGCCGATGCCAAGTCATTTGCTGTTGGTACGCAGAGGAGTGATCTGTTCTCAGGCTGCAGTTGGGAGAGACTGCtctacgaggactgactgggccacCTGTAAGTGCTCTAAGCAGGGGAGGGGCCTAAGGTATTATCCGCAGCTCATTAAGAAGAATAGGAATGCTGCAGTATGGACACATGAGAGTCTATTACAATCTACAGTAACAAAAAAGtagctagatttgtcgctaggtgcttttttaaaaaagaattctcCACGAGGGTCTGAAAAATTGCTAAATATAGCGACAATTCGTTAATTTGGCAACACTGTCGCTGTGCGCTCGCAGTTGACACAATGTCAACTCTGTCAAATGTAAGTCACATCTATTTCATttaaatgaaagcagaggtgTGTTTTCAGTTAAGgtgtctgcagtgtttgtgtttttaagacaATAACGGAGACTTTTGATGATGGAGAAGAGACTTGTGGttactgttttgagttatccagtGCTGTATGATTCACAAATCtcgaatatcacaatattaattaaaattaaaattatattaatatcaacagcaacactcacgCACATTACTCAGCTGATTCACCTGTTgccaacactgaaaaaaatgatgttgcaaaactgttgcaaacaatttatttgtgttgaatttaaacaaacatatttaatttaataaaattccacttaatttgtatgtttaaattcaacctaAAACCCAAAAAAAGGCAGTGTTGTGCGCCTCgcattttataaacaaaaaagcGTGTTCAGTGTAATTGGAccctaaatgagtaaatgcacaTGCAAATACTTTCCATTATAAGCTCACAAAAAGTAGCTCAAATGTAAGTTTGCATTTGCTCAGGTGGTATTACGGATTAGGAAGCTTGCACTCCAGACTGCCTTGAAGCACTGTTAGCCAAAactgatttaaataatgtttatttccaACACAGATCAATCATATAGCTTTAATGACTTATTAAAGCACAGGTAGCCATTGACTCGCATTGGTTTCAGCTAAAAGTCTTCATTAAGGTTCATTAAGGTGACTTATCAACTGGAGATAAGTCACCAACATCTTGGATGGACTAAAGgtaagtaaatgatttatttgggGTAAATCCATctctattattttatattcataactGAAATCTTGCTAGCATAAAAATTGTAGTTATTAAGCATTATGAAAGGTTTGGTCTCAGTGACCAATAGAGATGTAATGATTCACCATGAGCCGGttgaaaatcaattaaaatatgtGACTACTCAAATTGGTAGAAATGTTGAACGGATCgtgatacatgttttgaacagaggCGGCGCTGTGTTTACATGTGCAAACTCACTTTACCTGCACGTCAGGGGCAAGCAAGAGGTGGAGCGGCGGACTAAAATGACGGGTGAAGTGCACCAGataaaacacaaactgtgtgcaaatactaATTTACTTGCACTAACAGAACAACaaatatgatgcacataaaccatcagcacagtgaaaaactacCGTCACAGATGTCTATACGCTAAAAACTTAACAAGTCAAGCCATGTGGTAAGCAGTTCTGCTTACTCTGATTCTGTGCATCAATGTTTTCATTGcgaaagtgtgaagatgtttttcagactgagAAAAAGTGAAAGGTGTTATGTTACAGAAGcagttattagattatttttacccTCTCCTTTTTCAAGTTAGTTTATGCATAGTTTAATATTTAgcttattgaatatttaaaaatgttcaagattaTCTCTTCTTACGTGTATCACACTGATTACAAAAGTCatattaattactcaccttcaTAATCGTGTTCAACTCCTGTATTTATTCtactatttagttattttaaaaataattttttaattgattttgtttttattattatatattttttttaaatagcaatttagttatggcagaaaatGTAGTTATTAAATTTAGTTATTGCAAAAAATGTGCAGCACTTATGAAAAAATGAAAGGGCTCTAATTCATCTTAAATTTgtgttaaataatttagtttaaagAAATTGTGACAAAATCGTGAATTGTGAGATTAGTATTGTGAATTGTGTCGAATTGGAGTCGGTAATCGTAACATCTCTAGTAACCAATAATGATTGATTCTAAGTTTATTTGGATGTATTTTTCTAATTGAACAAAGACATTCTCACCTAAAGACACCGACTTCTGAACACCCAGAATGTttcatgattttattattttaatattattctttTTGTAGTAGTTTCAACGGCTGCATAACAGGAATGACCCATGTGCAAACTATAATGTATTGAAGCTGTCATAATAGAATGTTGCTTTACTGCCTGTTCTCCTGGAATACTGTCATTACTTTTCTGAACAAACACGTACTGCAATGCATTacttcattctttaaaatattcctGAAATTTACATAGAAATCTAGGGATCTTAAGATCTAACAGGCGAATAACTAATTTGCTATTGATTAAACTGCATAATGATATATTAATTTGAGTTTTGATTATAAGAGGTGTATAAACGATATTTCACACTATGAGAGTGCTTTTGTAcattgtacatttaaacaaagcaGAACATAAGACAGTATGAGTACTTTAAAGTGTGTTCGTTAAAATAACCTAATTTAGATACATACCCTTGACACCCCTGAGCTAAAGCTTAGACAAAAGTGGTCTCTTCTCTTGCTCAATTCCATTAATTTAAATAGGGGACTATTTTATTGGGCAGAACCTTTCATAGCTCTTATTATTTGCAGCTCATTGGGTCAATCTAAAAAACACATAAAGCATTATGACAAGTATCTCGGACTCTAAACCACATATTGACAATATGGAGGATGACAAGCAGATGAGGAGAGCAGACTTGTATCTATATTATTTCCTACGggttatgtgcaaaaaaaaaagaatgatttcAGCATGATACAGTTACTGAATTGTGCAAATAAGTTATAATCTTCACAAATCATGTTTTTGATACATAGATAATAAATATGCTGTGTTGTAAAGATCTCTGTTCTTTAAACTGTTGTCCTCAAAAGACTGTCACTCAACCACCATCTGTCTACAAACACAACGGAGGGGCTGGCTAATCCACTACAGGATGAGGCACTGTGACCAAACAGCATATCAGGTTAACAGGTCTTTTTAGTccagaatgtaaaaaaaatacagaatagCGTTCAGTTTGATAAGACCGAGTCAAACCACAAAGGTTCTTACACCTCTTCAATTAAAAGGGTAATGGCCACTTCACTCTTGGGCTCCATTCTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052796 True 5057 lncRNA 0.35 2 51895324 51900899

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025730 NA coding upstream 136613 51758345 ~ 51758711 (+)
XLOC_025728 chmp6a coding upstream 217742 51660158 ~ 51677582 (+)
XLOC_025727 ttyh2l coding upstream 237602 51563695 ~ 51657722 (+)
XLOC_025726 NA coding upstream 448328 51417422 ~ 51446996 (+)
XLOC_025725 NA coding upstream 872267 51011289 ~ 51023057 (+)
XLOC_025732 FUT9 coding downstream 177899 52078798 ~ 52089800 (+)
XLOC_025733 FUT9 coding downstream 191700 52092599 ~ 52110809 (+)
XLOC_025734 adgre14 coding downstream 244612 52145511 ~ 52166846 (+)
XLOC_025735 NA coding downstream 323204 52224103 ~ 52264146 (+)
XLOC_025736 BX511132.2 coding downstream 374792 52275691 ~ 52294508 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 21646288 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025724 NA non-coding upstream 1086131 50808637 ~ 50809193 (+)
XLOC_025723 NA non-coding upstream 1099107 50795321 ~ 50796217 (+)
XLOC_025737 BX511132.1 non-coding downstream 466403 52367302 ~ 52379472 (+)
XLOC_025738 NA non-coding downstream 476679 52377578 ~ 52389039 (+)
XLOC_025739 NA non-coding downstream 489353 52390252 ~ 52392205 (+)
XLOC_025746 BX511096.1 non-coding downstream 719159 52620058 ~ 52620175 (+)

Expression


Co-expression Network