LOC118965606


Basic Information

Item Value
gene id LOC118965606
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 16428557 ~ 16432253 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036986840.1
cacagctgtctgtgcgggtcgctacaaTATAGTTGTATTTCTTCTTTCGTTCTTTGAATTAGTTAATTATATGAATTTAAATAGTTTGATTATTCATATATTAATGTTTTAATATTTTTATAACTAGATTCGGCTCTTCACGTATGCGAGCCTCCCCCCAacgttcacctacaagagccGGCTCTAGTTGGTTGCGAGATACAGAAGAATAAGAATAAcatacagaagaagaagaagagagaatattTCCACAGCTCCACGAGTTTTTTTCGCGATTGGCGAAAGCATGATATTTGTAGTAAGTTTTAAGGTTTAGCATCAGGTTTAGGTTTCCTGAACAGCTTTTACGAAAGTTGAGTCGATGTGTAAATTAACGTTAGACCTTTGACTCCATTAACAGACTGTTAACAGACTGTTAGACTAACATTATGTTTACATCTGTGCTAGTAATACACGCAAATACAGTGCAGTGTTGTAAGTTACTGTATACGAATGTTTAGTGGGGTAACTAGTAACTAGTAGGCTACAGCTGTCAGTGTTCAGAAAGTTAACATTCAACAATTTGAAATCCATTAACTGAGTTAGATTTTCGTACTTGAACTCAAAACGAACAATTGTTTATTATCAATCTGTTAACGTTACTCAAAAGATTACCACAATTTGCAGATAGCCTGTTTGCTATCGTAAAAACGGTGTAAGAAattatagctagctaaattactTACTGCAGAGTAGGGCTAACGTTAGCCATGATCTGACTTGTAATTTAGGCTGGTAGTTGATTTTAAGGTACAGTCATGATAATGGGGATTTGTAGTTATGATTGAGATTGGACAAAAATGTGGGTAATTGGATGCTTAGATGTAACCATAGACTGTCTTTTTTTTGCAGTGTCAATTAAACAttaatagaaagagagagatatcagaCTTATTTTTAAAGAAGCACAAACAGGCAGATCAGGTAAAAACAGACCCCAGCCCTTGCATCACTACTGGACCCCAGAGCAGCTCCCTAGCTGAGTGTGGTCAGACTTCACAAGGAccagtctaccaccaccaccaccaccacctaccagACAGTCAGTCACATGCCCAGTTCAGAATTTAAGTTTAGCTTCAGTTTGTAATAGGTAATTTTGTCACATTAAGCCTCACTTTAAAATTATGGTTGATGATTCATGTGTGTTCTTGTTTTGATGGCTGTGCCATTTTTATTATACACTAATGGTTCttgtgttattttaatgtaatTGATGTATCAAGGGATGCCACAGAGACCTCTGGCTCTGAGCAAGACTGTGAGCCAGAGCTGCCAGGAGATGCCATCGAGCCCATTGCAACTGCGTCAAGCACCAGATATGCTGTTCCAAAAGGACCCAATGACATTTCAAGATCCAGAGAAGAGGGTCCTTCCTGTACAGTCATGTTTGAAAACATTTCCCAGAACTCAGCATGGTACTACTAGGAAAAGGGCTTTCAACAGCTCCTGGTATAAGGACAATTCATGGCTTGAATATTCTGTAAATCAAGATTTTACTTATTGTTTCGCCTGTAGGCATTTGTCTCTGCACAATACACCTGAATCTGCCTTCACATTACAGTCAGGTTTTTGTAACTGGAAAAAGGTCACGTTTAAAAATTATGGGTTTAAGCTCCATTCGAAGGCAGAGAATCACTGCAAAATAAGTATACAAACAGTGTGTAAAATACAGCCTAAAACAAGCTTAAGATTTTACAAATCATTGATGATGAGCACTGTAGGACAGAAAATAGTGACCAAAGTGATGGTGAGAGCTTCCAACGAGCTTATCTTTTATCAGGTGCTTGACAGTCTCACAGCTGAGCTGCAGAGACGTTTTTCAAAGAAGAATTGCGAGATAATGCAAGGGATCCAGACTCACAACCCAAAGAGTACAACATTCTTGAATGAGGAGCCTCTGTTTTCCTTTGCTCAGACCTTTGAGTCAGATTTAGAGGACCTCAAACATGAGGTTCATCAAACCAAGTGGCTTCTTGATAGGAGAGAGAAAAGTGGAAGGGACAGACTGTCTACTCTCCTTGACTTGGTTGTGTTTCTAGAACCTTATAAAGAGGTCTTCCATGAGCTGTTTCCACTTTGTAATATTTCTGTTGTTACACCCGTCAACAGTGCTTCTTGCGAGAGAAGCTTCTTAGCATTACAACTGATTAAAACCCACCTTAAGACAACAATGGTTGATGACAGGTTAAGTCACCTCGGAATTCTCAGTGTTGAGTCAAAGAGGGCATGCTCCCTCAACATGTTTGTGAAACATTTAGCCAGTTCTCACCAGAACCGCAGAATTATGCTGTTTTAAATCTACCTAGGATAATTTGGCACTTAGGCGGTCCCTCTGGTCATGATTAAAACCTGCACTGTGTACTATCTAGTACACTGACATTCTTAAATGATAAATCCCAAAGGTAGCATGTCACAGATTTCATTTGGTCTTGATTAACCCAATTCCAAAACTTTTCTTTGCTATTAGTAAACATAATATATATGAGCATTAAACATGATACTGTAAGTTTGTAATATTGATGGACACCAAAATTATTTACATTTTCAAGTCCATTTCTGATGGATACCTGTTATGTCAAATTGCAGTGTTTAAAATTAAAAAGTAAATTAACTATGGAATTTATGTAACACACAAATGCTATCTTATCTCCTTGGGGCTTGAGCTTTATTTTCTGAAAATATTTTGATGTTCAACACTTAGACCCAGATTATATATTCATGAAAACAGAGACCCAAGTCTCTGCAGTatgtgagtacagtacagtgtatgtgtgtgtgcatgtgtgtgtgagagagaaagaaagaaattgagcTGCAGTTCTGAGGTAGAGACACTGACTATTCATAGTATGTTAAagaattctagtgaagtaaccctttTGGACCACACTATCTGCCACATTGAAGAACTCCGGGgttaagtgaattatcacttctaCCTCTAATCAGCAATCATAGGATTCATTCATGCTTGTTAGATGCCAGGTTAGGGTTACACACACATTTTCTGTCGTGGTCTCCCTGAACTAGCCCTGGCCACCCCATGTATAAAATTCTAGTTTCACCACTGCTCCCAAATAGGCATAGGCCAACACACTTGggatttgaaacaatccacagctatGAAAAAAGAAGCTAATGATCCCTGGTGAATTATTTTGAAGGAGGATTATTTTGAAGAAGGATTTTAtttagacaggagtaattatCTCATTTTGGCAAAACATCAATTTACTTTAGGGGAGTCCAGCATTCTAACAGTGCACTGTGCATCCGCTAACTCTCCTTTCCAATTCACAAGAGTCTGAAACCatagatctgtatataatgacgagatactcatgtctccgccctaatAAGGGGAGTCTTTGTCCAAAAAGCGGGAAGGCCGGCGACAATTTTAGGTCTGCATATTATGCCCATAGAGACGCATTGGGATTATTCTGGACAGTTTGGCGAGAGTGAGCCCTCTCGCTTGCTTCTTCCtcgtgtcacattctgaccttagttcttttattatatttttgttttag
>TU772817
TCTAGTTGGTTGCGAGATACAGAAGAATAAGAATAAcatacagaagaagaagaagagagaatattTCCACAGCTCCACGAGTTTTTTTCGCGATTGGCGAAAGCATGATATTTGTAGTAAGTTTTAAGGTTTAGCATCAGGTTTAGGTTTCCTGAACAGCTTTTACGAAAGTTGAGTCGATGTGTAAATTAACGTTAGACCTTTGACTCCATTAACAGACTGTTAACAGACTGTTAGACTAACATTATGTTTACATCTGTGCTAGTAATACACGCAAATACAGTGCAGTGTTGTAAGTTACTGTATACGAATGTTTAGTGGGGTAACTAGTAACTAGTAGGCTACAGCTGTCAGTGTTCAGAAAGTTAACATTCAACAATTTGAAATCCATTAACTGAGTTAGATTTTCGTACTTGAACTCAAAACGAACAATTGTTTATTATCAATCTGTTAACGTTACTCAAAAGATTACCACAATTTGCAGATAGCCTGTTTGCTATCGTAAAAACGGTGTAAGAAattatagctagctaaattactTACTGCAGAGTAGGGCTAACGTTAGCCATGATCTGACTTGTAATTTAGGCTGGTAGTTGATTTTAAGGTACAGTCATGATAATGGGGATTTGTAGTTATGATTGAGATTGGACAAAAATGTGGGTAATTGGATGCTTAGATGTAACCATAGACTGTCTTTTTTTTGCAGTGTCAATTAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036986840.1 False 3575 mRNA 0.39 2 16428557 16432253
TU772817 True 719 lncRNA 0.35 1 16428739 16429457

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110529494 slc35a1 coding upstream 4586 16413775 ~ 16423971 (+)
cfap206 cfap206 coding upstream 17176 16406235 ~ 16411381 (+)
LOC110529491 LOC106571281 coding upstream 22460 16391231 ~ 16406097 (+)
LOC110529493 LOC106571284 coding upstream 37688 16387411 ~ 16390869 (+)
znf292b LOC106571280 coding upstream 45381 16357378 ~ 16383176 (+)
LOC110529497 LOC106571290 coding downstream 192590 16624843 ~ 16630268 (+)
LOC110529502 LOC106571295 coding downstream 361465 16793718 ~ 16826016 (+)
LOC110529505 LOC106571335 coding downstream 460849 16893102 ~ 16921697 (+)
LOC110529507 LOC106571333 coding downstream 489523 16921776 ~ 16925688 (+)
LOC110529193 NA coding downstream 1247952 17680205 ~ 17681988 (+)
G678326 NA non-coding upstream 148126 16221352 ~ 16280431 (+)
G678333 NA non-coding upstream 262431 16165906 ~ 16166126 (+)
G678332 NA non-coding upstream 263129 16165198 ~ 16165428 (+)
G678309 NA non-coding upstream 271884 16156304 ~ 16156673 (+)
G678305 NA non-coding upstream 273773 16154550 ~ 16154784 (+)
G678449 NA non-coding downstream 77 16432330 ~ 16432671 (+)
G678451 NA non-coding downstream 2256 16434509 ~ 16434734 (+)
G678453 NA non-coding downstream 4706 16436959 ~ 16437366 (+)
G678455 NA non-coding downstream 5818 16438071 ~ 16438380 (+)
G678442 NA non-coding downstream 23168 16455421 ~ 16458068 (+)
G678417 LOC106571283 other upstream 42612 16384802 ~ 16385945 (+)
LOC110529464 LOC106571299 other upstream 1168567 15258311 ~ 15260331 (+)
G676919 NA other upstream 1321414 15105603 ~ 15107143 (+)
LOC110529454 LOC106571249 other upstream 1669633 14749575 ~ 14758924 (+)
G681909 NA other downstream 2731683 19163936 ~ 19165640 (+)
G682611 NA other downstream 3296580 19728833 ~ 19729671 (+)
G683669 NA other downstream 4130622 20562875 ~ 20563434 (+)
G683757 LOC106571373 other downstream 4194697 20626950 ~ 20632899 (+)

Expression


Co-expression Network