XLOC_025777 (mgrn1b)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025777
gene name mgrn1b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 54849083 ~ 54875874 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050649
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>TCONS_00050648
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Function

symbol description
mgrn1b Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in endosome to lysosome transport; negative regulation of signal transduction; and protein ubiquitination. Predicted to be active in early endosome; nucleus; and plasma membrane. Orthologous to human MGRN1 (mahogunin ring finger 1).

GO:

id name namespace
GO:0045744 negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway biological_process
GO:0043951 negative regulation of cAMP-mediated signaling biological_process
GO:0016567 protein ubiquitination biological_process
GO:0008333 endosome to lysosome transport biological_process
GO:0005769 early endosome cellular_component
GO:0005886 plasma membrane cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0046872 metal ion binding molecular_function
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-110401-3 Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in endosome to lysosome transport; negative regulation of signal transduction; and protein ubiquitination. Predicted to be active in early endosome; nucleus; and plasma membrane. Orthologous to human MGRN1 (mahogunin ring finger 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000004796

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050649 False 6560 mRNA 0.40 16 54849083 54875874
TCONS_00050648 True 6604 mRNA 0.40 17 54849083 54875874

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025776 NA coding upstream 12566 54834509 ~ 54836517 (+)
XLOC_025775 sc:d0202 coding upstream 34553 54776117 ~ 54814530 (+)
XLOC_025774 si:ch211-74m13.1 coding upstream 77274 54761569 ~ 54771809 (+)
XLOC_025773 icam3 coding upstream 96719 54744069 ~ 54752364 (+)
XLOC_025772 eif3g coding upstream 259260 54581987 ~ 54589823 (+)
XLOC_025778 aanat2 coding downstream 11908 54887782 ~ 54893706 (+)
XLOC_025779 mpg coding downstream 155811 55031685 ~ 55043150 (+)
XLOC_025780 hbaa2 coding downstream 217707 55093581 ~ 55094399 (+)
XLOC_025781 hbaa1 coding downstream 224171 55100045 ~ 55100936 (+)
XLOC_025782 si:ch211-5k11.8 coding downstream 229192 55105066 ~ 55105966 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 24600047 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025769 NA non-coding upstream 512444 54332726 ~ 54336639 (+)
XLOC_025768 NA non-coding upstream 545459 54289678 ~ 54303624 (+)
XLOC_025767 NA non-coding upstream 564898 54283767 ~ 54284185 (+)
XLOC_025766 NA non-coding upstream 577738 54270703 ~ 54271345 (+)
XLOC_025787 CT583658.1 non-coding downstream 423169 55299043 ~ 55299158 (+)
XLOC_025788 NA non-coding downstream 510341 55386215 ~ 55387657 (+)
XLOC_025789 NA non-coding downstream 606246 55482120 ~ 55488241 (+)
XLOC_025790 NA non-coding downstream 770999 55646873 ~ 55654264 (+)
XLOC_025791 FP326652.1 non-coding downstream 1223382 56099256 ~ 56107909 (+)

Expression


Co-expression Network