XLOC_025797 (CR759836.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025797
gene name CR759836.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 56645710 ~ 56685946 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050674
gagCAGAGATGATTCTTCAATACTTGTCATTCTCATTGCTGCTCTTTTGTTTCTCTCCACTAGTGTTGGCAAATGGTAACTCCACAGACACTTTCTGTGACCGGCGCTGTATGGCAAATGTTATGGTCAAAAAAGAGCTGTTCAGTGGACCACTGAACGATAACTGTACCATCTTAGTAAACATCACTTCCATACAATATGAAACTATGTCTTTTAACACAAAGGAGATGCAAATGACCAGTCGTATCAAGGTAAACCTGGAATGGAAGGATCCTGATCTCGGATGGATGCAGGAGAAAGCTAGATATCCAACAATTATTTTGCCTGTTGATAAAATCTGGACTCCACGGCTAGTTTTGGACAATGCAATAGACACAACAGTGGAGCCCTACACGCATGATGTTCAGGTGAGCAGGGATGGCGTCGTGGACCATGCACTTATATTGTTCACGACGGTGAGCTGTGAAATCAACCTGTTCACCTATCCTTTTGTATCAGGATCCTGTCCTGTGGCCATCAATGGATGGACAGAGAAAGGTTGTTCACTCAAACTTGACATTTCTGATGATGTGACTTTGGTTGGCGGTGATCGAGGAGAGTGGAAGACTACAGGTGTGAAAAAAATAGTGGATCCATCGCACCGCGTTTATCTTGAAGTCTTTCTCTCTATCAACCCATTCGGTGCATTTGTGACCCTGATCCTGCCTAGTGTGCTAATAATGCTGACAGACCTGGGAAGCTTCTCTGTGCCATTTGAAGGAGGAGAACGCAACACTTTTAAGGTCACCTTGGTCCTGAGCTTCACCATGTTCCTCCTCATCCTCAACGATCACCTGCCGAATGGTGGCAACTGTAGTCCTGTCCTCTATTATCACTTCACCTTCTGTCTGACGTGTCTGGTGTTGAGTATACTCATATCAATGGTGCTTACACGTCTATCTGTGGACGACAGCATTCTGATCTGTAGACGATCCGCCAAGGTTCATCCATCAGACCAGAACACCAAAACGCAATCCAACAATTTGGATCAGGAGAAAGATACTGGTGTGACAACACCGAAGACTGGTGATGTGGCTTCAGAGATCGCAACCCTCCAGGAAACCGTCAACATCTTGGGGAGGATTGATGAAAGAGCAGATCATGTGGAGAAAAAACTGGCATTTGCCAACCGCGTAGACAAATTCGTCTTTGGTTTTTTTATAAGCATTTACATTCTTTATGCGATAACTGTAATCGCTATAACCCAAACTGATATTTGCAAGGTCAATAATCTGGACTTCTGGGATATGTCTAGCAATGCAGATAACAGCTTTGACTACTCCTACACAAATGCCTAGTCCTCTTCAACTGAttgattgtgtgtgtttctggTGGTGAATATAATCTGATGATATATCTCAAAATGATATGAATCTTGCAAATAGAATTACTGAGTTAttctcatttttaaagaaaatatataaaccCCAACTACCATAATGTTTATTTCTCACTGCTCTGCGTATATTCTGCATGcgtttgtaattttaataatatcaaCCAGCCCCATTTTCATAATTACGCAACCATAGTTTATAACcatagttttgtttaataaatattgctAAAAAAATTTATGTCACAGGTTACTATAAGCgatgctgtttgtggagttgtttaatgatcccactgctgagattttgagggattgaatgtgttttatttcggttGATTTAATCTAGGGATTTGACTGTAGTAGTTTTGCATTTCTCTTCAGTGATTATTGTTTAtagcaaagaaaaataaacttaatGAAAAGTCAATGTTGAGTGTCAACCTTTCTACCAgtgttaaaataaacatatttagaagTTTGGTTTGGGTCGAAATTGAGCCCGTCTGGGGTCTCAGTGGATCTCTCAAACTGCCATCTCCCTGTATGTGTTTTTACTACTTTTGCTCCTGTTTCCTTAACAAATCTGAAGTCCATAATTTCAAAATTAAAACACACTTCTGGCCCTGGCGAAATTGTCCACCCACAATTTTATACTTCGCTCTTTGTACCTCTGAGCCCGGCCTTGTTCAGTGTTATAAACAAGTTCCTTACGACCGGTACTTTGCCGGCCAGTTTAAAGACTGTTACCGTCACACTTCTGTTCAAGAAGGCCTCACAAAACCCATCTGACTTAAAAAAGACCCATTTCCGCCTTACCCTTCATCTTAAAAAGTGTAGAAAAAATTGTACTTAATCAGTTACAAAGTTTTCTATCTCAGACTGGTATCGCTGAGCCTCTTCAATCGGCTCATAACACTGAATCCGCTCTATTAAGAGTTCTGAGTGACATCTAACTCCACACTGATGCTGGTAATCATGTGGCCTTAATTCTGCTGGATTGATCTGAAGCCTTCGATACCATTGGCCACTCTGTGTTATTATCTCGGCTAGAGTCCTGGGTTGGGCTGAGGGGCACAGTGCTGAAATGGGTTAAATcggtggttctcaaacttttttcatcaagtaccacctcagaaaaaaattgtcactccatgtaccaccaaaatgagcagtattgaaatacagtagtgtagtaggcccagtaaagcagctacaactctgcacagtaaaacaaacgtggcagattacctcagtaatataggctatatgtcacatatggcacattatatataatttttgatacattttgaaatatatgtaggttgtacatgacatatttcattcctccgcgtaccactagaaggaagcccgcgtaccactagtggtacacgtaccacagatTGAGAATGACTGGATTAAATCAAACATCTCCAACAGGaagttttttttgtcaaaattgataaCTTTTCCTCCTGTACGGCACTGTTGACGTGTGGTCTTCCCCAAGGCTCAATTTTATTACCTTCACTCTTCTCTCTCTACATGCTCCCATTAGGTTCTATTTTCAGGAAATATGTAGATGCACTTTCATCTTCATGCAGATGATACACAAATCTATCTGTCACTGGACGAATCATCTGTTGTGAACTCCCGGTTACTGTGCCTGGAGGAGGTAAAAGCATGGCTTTCtgagaagtttttatttttaaatgagggGAAAACAGAGGTTATTATATTTGGGCCCAGTGATTTGTCGGACTGTAAACGCCCCAGGTACGTAACCTGGGCGTAACATTAGATCAGAACTTAGGGGGGTCAAACGGTCTTGTTCTTAATTCTGTCAGTGTGGAAAACTGTGGTGATATCTTTTAATTAGGcgaatttttttctgctttttttgtttaatcTGTTAAACCTTTTATGCTCTCTTATATTATGTGCCTACtgctgttatatttttattttttctgtaaagcATATTGTGCGGCCCTGTGTCCCAACTGCTGTATACGtgctatataaattaattaaacttgaACTAAGTTTCTGGGTACAAAATTTATGACTTGTTAAAGTAATTGCATcatgagttcataatagtccaaaacgcatcaataatatttataaatcagTTTATTCTTCTTTCAGGTTAAAAGactaatcagttttttttttctatttttttgcatttcaCTCTCACGTTCGTCTATTTCTAAAAGGATTTGAGAAGAACTTCAATAATCCCGTGCAAGTTACTATGATGAGGTCAGGTACATTACTTCAAATATAGCAGCAGGGATAGAAGTGAAACCGCTCACACTTTCCACACACTTTTAGAAAGCCTTGTAAGGAACAATAGGACATTCAGCAGATTCTGTTCTTCTTTTTGGCATGTGGCTGTTAGAGAAAGGTATAAACAAAGGTCAGCGCCAGCTCCAAATGGGCAggtcagctccaagtgggtgggacttgagctccaagtgggctgttcAAAcctcctgggcccggtttttcaaaagtaatccactaggattttggataagggattggatcaaatcttgaaaatgggtttttcaaaagaaaaaaacggattacgtaatcggattagatcacgtaatccaatcttggttttgatccggaacaaacctttagtttgggtttttcagaccttttttgtaggatctggatcactttgatccaaaaaacctggattaaactgatcccatcagaagggtggatttagcgtggatttcatgcccaaaatgtaatgaaaacttaaaaaatgtattaaataatactatttttggatcatgcagtatcttacgagatatactatttattcataaggttttaattttatttgttcatctgtcaggctatagtgagtataggctttaacgtattcagcctttcagtataggcctacagcaaagtagaacgAGTTTGGCCttataaaataatcccccaaacagctgtcaaaactgactaaaaacaatcaattttattatgtcaccaactgatatatatatattcatctcaatgaaaaagatttttctttttagaatatgtattagtgatgcatgcaatgattacggaataacaaaaaaatgcaaagaatggcaatcactgatttttgaaatctctttcaacaattgcaaaaaagaGACTTAAAGGGCAAaagcacagcttcgtctggcagaggaacaactgactctgaccaaactgcagcaaaccaaggccagacttgagatccgcctcctaaaggctacactcagacaagctgctctctccacatcagatgaggaagtctgaactcattgtggagtttttgacattaagtctttttcttttttttttaatttacatctatatttgaaacttataaatatcctcaatgtacagtgttgtaggtctcagatgagtggactgctggaagaggatggggtgaggtttttcttgtttttattatttattattattattattattttaataattattaaattttcttagttttcatttcaaataaaataaagatatattgACCCCACCCTGGCTATTctactctttacatatctatagtttacattgtgatgtcctatcctgtttgagcactggttatcca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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000115573

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050674 True 5691 mRNA 0.39 9 56645710 56685946

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025796 CU019632.1 coding upstream 22838 56619195 ~ 56622872 (+)
XLOC_025795 rac1b coding upstream 51425 56574623 ~ 56594285 (+)
XLOC_025794 cacng5b coding upstream 251692 56366395 ~ 56394018 (+)
XLOC_025793 NA coding upstream 285060 56358682 ~ 56360650 (+)
XLOC_025792 prkcab coding upstream 303591 56163276 ~ 56342119 (+)
XLOC_025798 rnf213a coding downstream 13241 56699187 ~ 56813923 (+)
XLOC_025799 NA coding downstream 135753 56821699 ~ 56822203 (+)
XLOC_025800 amn coding downstream 190334 56876280 ~ 56877918 (+)
XLOC_025801 otop2 coding downstream 219157 56905103 ~ 56918442 (+)
XLOC_025802 NA coding downstream 264009 56949955 ~ 56957558 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 26396674 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025791 FP326652.1 non-coding upstream 537801 56099256 ~ 56107909 (+)
XLOC_025790 NA non-coding upstream 991446 55646873 ~ 55654264 (+)
XLOC_025789 NA non-coding upstream 1157469 55482120 ~ 55488241 (+)
XLOC_025806 NA non-coding downstream 740214 57426160 ~ 57480996 (+)
XLOC_025807 NA non-coding downstream 748315 57434261 ~ 57436304 (+)
XLOC_025808 CT573423.1 non-coding downstream 950428 57636374 ~ 57641090 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000112_03167204_03177153 NA coding CI01000112 null 3167026 ~ 3177153 (-)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G13865 NA non-coding NC_048565.1 CM023219.2 15282659 ~ 15282863 (+)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G12253 NA non-coding NC_053112.1 CM020909.1 45283944 ~ 45284161 (-)