XLOC_025809


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025809
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 57766624 ~ 57768666 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052387
ATATGGAAAGAATCAAGTGTTTATTGCTCAgtacttcttttaaaaaaaaaagacattggtGCAATAACTGTTGTTACAAAGTAAATGAACAGAAGGACAGCAATTATGTGATATAACAGAGCTGTGAGAATAGAGAACATTTCTCTACCTTTAACAAAACATCCATCAGGAGAGGAAGAAAACAGTGGCCAATATAGATGGATTATCTATTAAtctaatctttcttttttttattttatttgaaacaaaaTCAGTAAAAGTGGTCTAAAATTGTCAACACACAAATACGTTAATACGAATAGAAGTCATTAACTCAATCCCTAACTATTAATTTCAAAATAAGGCACGATTTTCAAGAGGTAGAAATCTTGCAGTGAATTTGGCCGAGCATCGAGAACACATAAATCTAAAGTAAACTTCTGTAAGTCGTCAACAACATTGCATTAAATGATTGTTTAACACTTCAAAAATTAGGCTTTTCCACACAAAGCCTATCGTCtgtcacaaataaagaaaaataaagcataaGTTTACAGTAGTTAATCGGTTCATTTCACACCTAACAGCATCAAACTCTTTATCAGTTAACCACTCCAGCTGAGTAAGTTTATCAAGCTATTTGGCGGATTTAGTgcataaatatttcaaatttgataTATATGGCAGTGCAGAGATTGTAAGGAATCATGGCATTATGGTATGGCATTCTGTTCACTTTCctattgttttgatttatttccTAAAGGCTATATTAGTATAAAAACAAACCTACActaaaaaaatgctgtaaaatatacaatattactGGAAACTTTGGTTgtcagtaatactttaaaatgtataagcACACTATAAATGcacaattacaattgtgctgtaaaactataGCACAATTGCAATTGTTTATTTACTGTGCACatgtaaattttacagcattaCTGGCAACCAGAATTGCTAGTAATAAGGtacattttacagtgtaccttTAGGGAAACCATTGGAATTGATCAACCTATgtcaaatgcaaagaaaaaaaactgctggtGTTGAAAATATCTGCTAGAATAATTTGTGGGAGTGAAAaaagtctacactgtaaaaaaaatgtggggtacactgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagttgactcaacttaaaattgtaagccAAATTGCTGTGCAGCTATTTTTGAGTTCACTCGACTCTTAACCCAAGTACTGCGCTTGACTAGATTTAAGTTGAACAAGTtgacttacaattttaagttgagtcaagaAAATGTGGGgtagactgtaaaataaaaagttcactcaacttaaaaaattaagacaacttgctgcacagctatttttgagttgactcaacttttaacccaagtactgcacttgactcgatttaagtttacttacaattttaagttgaataaaaaatgtggagtacacagtaaaataaaaagttgacttaacttaaaattgtaaggcaacttgctgcacagctatttttttgagttgactcaacttttaacccaagtACTGCAACTGGCTCGATTTAAGATGAACAAGTTGAATTAAAGTTTTAAGTTGAGTTAAAAAATGTGGGGTACACtataaaaaagttgactcaacttaaaattgtaactTGCTGCACAGCTATTtgtgagttgactcaacttaactGCACTTAGGTCAATTTAAGTTGACtcaactttttaACCAAGGTACTACGattgactcgatttaagttgagcaattacaattttaagttgagtcaaagAAAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052387 True 1778 lncRNA 0.31 3 57766624 57768666

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025808 CT573423.1 coding upstream 125534 57636374 ~ 57641090 (+)
XLOC_025806 NA coding upstream 285628 57426160 ~ 57480996 (+)
XLOC_025807 NA coding upstream 330320 57434261 ~ 57436304 (+)
XLOC_025805 NA coding upstream 443128 57268363 ~ 57323496 (+)
XLOC_025804 fscn2a coding upstream 509549 57234093 ~ 57257075 (+)
XLOC_025810 tmc6a coding downstream 11007 57779673 ~ 57816877 (+)
XLOC_025811 CU571328.1 coding downstream 52247 57820913 ~ 57823547 (+)
XLOC_025812 cenpx coding downstream 57272 57825938 ~ 57830023 (+)
XLOC_025813 notum1a coding downstream 179711 57948377 ~ 57979190 (+)
XLOC_025814 NA coding downstream 212592 57981258 ~ 57986847 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 27517588 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025802 NA non-coding upstream 809066 56949955 ~ 56957558 (+)
XLOC_025799 NA non-coding upstream 944421 56821699 ~ 56822203 (+)
XLOC_025816 NA non-coding downstream 225712 57994378 ~ 57995547 (+)
XLOC_025822 NA non-coding downstream 419321 58187987 ~ 58192699 (+)
XLOC_025823 NA non-coding downstream 419988 58188654 ~ 58193860 (+)
XLOC_025824 NA non-coding downstream 441709 58210375 ~ 58212686 (+)

Expression


Co-expression Network