XLOC_025830


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025830
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58425000 ~ 58429124 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052389
CCCTTTTTggctgttttgaaaaaaaaaaccctaatgtGATCCAAACCGTGAGACTTGCGATCCCTATACACCACTAGCCACCATGAAATAAACACAGCACAACTGTAATCGGTTCATCCATACAGTTTTATTTCCAGGCTTTTTGGTAACCCAAGTTCAATGTTAGTCAtgctgttacacacacacagcgatcAGAGATCTTCAGAAAGGCATTGGgtctagtctacactgcagtatTTCTAAGAAGAACCGCGCATATTCAGCACCAGTAATAATCAGATTGTGCATTCCTTCACTACGCATGTCAAATTTTACAATCATCAaccgctaataataataataataaataatgtagaaAACTATTCTTTTACTTAAAACATTGAACTCCGGTTCCAGGATGGCTGAAACAATCAACTCTGGATGGAGGAGGTAACCGATTTAATATCGTCAACAAATACTAACGTGGTCGTCGTCACCAGAAATTTGATTGTTTTCCCAGCAAGGTAGGTATTATTACAAGACAATCCCAAACTTGGTCTACATTTGGTAATTTAACCACTTTAACACTTTAATGAACACTGCtgaatgctttattttaataatattacaaaatcaaGAGCTGTATTTTTCCGCTGCACGCTATCATCTGATCATGCTTTCCAACACATCGCTGACCGAGAAGCACATCATCCTACAAAAGCTTGGATGGTGTATGAAAATAATGACAGGAGTTTAATGCCAAAAATCACTTATATAGCTGAAGGACGGCTGCGGAACAGTAGCACCATTTTCCaaaaccagtgtttcccaacagTGTTCCTGAAGACAcatcaacagtacacattttcaagcTCTCCCTAATCAACCAcatcatcagaacattagaagagactccaaaacctgaatgggtcagataagggagacatccaaaatactGTTGGTGcgtcttcaggaacagggttgggaaacagcATTCATAACACTGAAGCGATAAGCTCAGAAATGCAAAACACCACTTTTTTCATCCCTCATAAAACAATCTACAATCTATAAACACCTCCCTGTGACTAAAGGAATGGGTCAAATCAAAAACACTTTCCGTATATCCAGTCTGTCACTATCCTAGCTGTCTGACGCTATACGTCGATGGAAAACAGCTTGTTTACACAATCAACTCAAGGTATTTATGTACTCAAAAAGATCTGAGTTACGTATTAAATATCACATGAGCAGTGTTATGTGTTACCAAACACATAAGCCAGTAATAATCGGGTATTGTGGAACTATTAAACCACAAACTATTtcatgctacactgtaaaaaaaacatccattaattagcatttttttgtattttgtaattcatgtttttattcttttccatgtttatttctgcttttgaattgctttatgagatcttgatctttcttccaacaacttttaacattgaaaagtttgaaaaagtgacttttattgacatcttTAATAGTTTAAGGtcatatattgttttgtattgctACTAATacattgtaataaactgccattaGGTAGTGATCTACACTAGTTTTTAAcactagatggcgctctaggttagtttttaccactagatggtgctctaggctagctttttttaacagtagatggcgctctaggctagtttttttttaacaatagacGGTTCTCTAAGCTATTTTCTTTACAGCAGACTGCGATCTAGGTTAGTTTACcattagatggcgctctaggctagattttaatattagatggtgatctaggctagttttaaacactagatggcgctctaggctagttgtaTACAGTAGATGGACTTTATTACAGCAGACTGCGATCTAGGTTTTTAACATTAGATGGCGCTCTCGGTTAGATTTTATTATTAGAtggtgatctaggctagttttaaacactagatggtgctctaggctagtttttaacactagATGGTGATCTAGGTTAGTAGTTTTTAACACTAGATGGTgatctaggctagcttttaacattagatggtgatctaggctagtttttttaacagtagattaCCAGTAGATGgagctattgtttttttttgttttttacagcagactgcgatctaggctagtttttaagatTAGATAGCaatttaggctagtttttacccaTTAGAtggtgatctaggctagtttttaacaagaTGGCATTCTAGGCTACTTTTTTAACAGTAGATTACCAGTAGATGGTGCTAttgggtttgtttttttccaGCAGACTGTGATCTAAGCtagttgtttttaacagcaggtgacGTCCTTACAAATGGTTTGTTAGACATCGTCTgatgctaaaaactagcctatctgcagttaaatactagcctagagcatcgtctgatgctaaaaactagcctatatgcaattaaatactagcctagagcatcgtcttatgctaaaaactagcctatatgcattaaatactagcctagagcatcgtcttatgctaaaaactagcctatctgcagttaaatactagcctagagcatcaccTCATGCTACAATCTTGTCTATCTGCAGTTAAATACTAGCCTATTTAGAGTGCAGTCTGCTGTTgaatttaacaataaaattagacagagcagagatcaacatcccacaatgcaattcacaactgtaaaaaaaacaaaaaaaaaaaaacatggaaactgttaattaagagattttttttacagtgtagtcactTTCAATATCCGTCTATGctcaaaacaaacacattcatGTCCATCAAACTGAACTTTCTACTGCTGATCCTAAGcacaggagagaaaaaaaataaataaatctgaaaacaGTAAACGAACGGCAAACAAGAACATAAATAAAACCTCTCGACactaaatgaaaacaataaataaataaaaacgtaacTCAAAAATCCAAAAACTGACCACAGGTCTGTCTAAAGTGCATAGTATCACAGTGGTGTTTACATGAACGCCAAAACAAAAAGTGCTTGAGACTATTAGCTAGAGTGAGTGTGTTTGCGAACGCAGAGCCACGATTTGATCCGAACAAACTATTTACACAGATTTTCAAGCATATCGTTTACATTGACAGGAGCTGATTCCGCTAGCATATCAAAGCACTGAGGTAAAGAAGCAGCAAAACAGCAAACAGTATTGCTCGAATACAAGAGATCACCGTTAGTAACGTCATCGAAATCACATGCAGCATTTTCTATTATAAGTTAATAAGTATTGCATGTGAAATGTCTAGACACTTAAAATCTAAGGCTACATACACGGTCCTACTGAATTCCATTTTGTTTATATACGTATATATTTCTAATGTTTATCAAATGACTCTCATAAAAGAATATCTGGTTCATATTCCGTTATAAAAagcttgtcaatttttttttattactattattcctGTAACAGTGTTTTCTCGCACAATCTTAGATTTTAAATTAGCGCATTAAATACttctcagatattttttttttttacaaatttaatttgtgcATTAATGTAATGgcatttagattattatttttttaaatatgcaaatagaaTTGGGGATATAAAGCTGTTGCAAAAAATTGGAGAAACCCATTCTAAGATTTTCTAAATGCATTATTCTCGATTGAATCAACTTTGAgcttagtgtttaacagcagatgacgctctaggctagtttttaacatcagataggctagtttttaacattagCAATAGCAATTTAGGCATTTTTATAACAATAGTTTGAACTTTAGGTTAGTTTTTAGTAttagatggtgctctagtcttgtttaacagaagatcggctagtttttaacattagACTGCGATTTAGGCTAGTTGTTATCAATAGAGGGGGCTTTAGGCTGGATTTTAACATTTAATGGCAATTTaagctagcttttaacagcagctaggctagttttaaaaaatagcaatttatgcta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052389 True 3955 lncRNA 0.35 2 58425000 58429124

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025829 sdr42e2 coding upstream 8032 58379450 ~ 58416968 (+)
XLOC_025828 vwa3a coding upstream 52349 58354852 ~ 58372651 (+)
XLOC_025827 AL772300.2 coding upstream 71413 58344862 ~ 58353587 (+)
XLOC_025826 NA coding upstream 119122 58300038 ~ 58305878 (+)
XLOC_025825 CABZ01038494.1 coding upstream 132504 58231560 ~ 58292496 (+)
XLOC_025831 zgc:171489 coding downstream 26304 58455428 ~ 58468835 (+)
XLOC_025832 AL772300.1 coding downstream 40811 58469935 ~ 58470519 (+)
XLOC_025833 si:ch211-165g14.1 coding downstream 43181 58472305 ~ 58487848 (+)
XLOC_025834 NA coding downstream 125306 58554430 ~ 58595650 (+)
XLOC_025835 NA coding downstream 151465 58580589 ~ 58615939 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 28175964 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025824 NA non-coding upstream 212314 58210375 ~ 58212686 (+)
XLOC_025823 NA non-coding upstream 231140 58188654 ~ 58193860 (+)
XLOC_025822 NA non-coding upstream 232301 58187987 ~ 58192699 (+)
XLOC_025836 NA non-coding downstream 159080 58588204 ~ 58624381 (+)
XLOC_025837 NA non-coding downstream 225400 58654524 ~ 58680069 (+)

Expression


Co-expression Network