mrpl34 (mrpl34)



Basic Information


Item Value
gene id mrpl34
gene name mrpl34
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 53670348 ~ 53674103 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence


>XM_036985666.1
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>XM_036985667.1
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>XM_036985668.1
TGAAAAAAAGTGAATATTATATATAATGAATACTATAAGGTCGTCGGTTTACCGGTTTCATGGAGTGATATGTTCCACTAGGTAATTGCGTTCTTCAAATGAATATAAAATGGAATGCTTGAGAAGTCATGGCAAGCAGGAATTTTGCACTAGAGCTTCCAGGATCCAGTGGCGCCCAGCCGCGATCACTAAGTGGTTGGGTTCTGTCCTGGGCCAGTGTACCTCCCCTGACCTCTCGGTGTGGTCCTCTCACATCACAGGCAGAGGGGGCAGGAGTGTTCCAGCAACTCCCCTGGCACCACCAGCAGGTTCGCACAGGGAAGCGGGGCACAGAGTACCAGCCCAAGAATATAAAGCGGAAGCGGACCCACGGCTGGATCAAGAGGATCAGCACGCAGGGTGGCATCGAGGTGATTCTCCGTAGGATGCTAAAAGGACGGAAATCCCTCTCACACTAACCACCCAATGGACTATTTTGTCAGTAAACTTATCGAAGTTGTGGTGCAAAGGTGCCCAGGTTTTACTACCATGTGGAAGATGCCCCAAAAAATAGGCACGAAACATGGCACTGCCTTCCAATTATGTAGGCAACACCATGCACATTTACATTAAAACATTCCAAACAATCCCTTTACAAGTAAGAATGTTGAATAAACTTAATTGAACTTACTCTATTGATTGTCTGTTGTGTTGGTAGAAATTTTtgacaaaatatccacaggaaagtattattAACCTGACTTCGAAACGTCAGTCTCTGTGTAGCAATCAAGATTTGTTTGCTCATGACCAAAGGCACATGCACAAGATGGAAGTACATGCACGTGATGCATGCATGTAACCAACGTCTGCAGGTGTTGACATGGTTTTTCGCATATTCCAGGAGATATACATTTCAACGGCAGTACCTGCGCTCTAAAAAGTGGGGTAAACAACACTTTCCTATGTATATTTTGTCAAAAATGTTGAGTGGCTGAAGCATCAACCACACAGACAACCAGTAGAGTAAATTCAGATgtcattttattcaacattctggcttgtaaggaAAACTTGATGATTTCACATAAAAGTCTGATTTATTAGGCAATCTAAGAACCTGCAGACTTGTTGGTACAGTTTTGTTTAGAGCTGGATGTCTGAGTTATTGGATATGTGAAGGcagcagtggcggtcagtgctatttaagatgagggaggaagcAAAAAATTAATGAgcgtggccttatttctattactcCATGTTGGAtgactcattcatattccattcacccagttcagtgTAACAGCGATAGCTTTAGGCTAAGCATCACGAGGTTGCACAACCTAgcgaatgaaagtttacaatgtaggtgcacacaggtcgagagaaaaattTGACGTGACAGTGAcacaccttgcacactcttgcctgcatctagctgatatagggtgtagtcattagtccaacagttgcaaacgagttTCTAATGAACAAATTCAGTTATGTTTATCCCCTTtccgtttttcaacagaatcggtggaataaatacacccctgatcaagcgtaaacacagttcactttcatagcagccacgttgtattccttctctcaTCTATACCTCACACCTTTTCCCTTCACATCAgccgaaaaaacctttccaagccaaaccatataaccactacacacagcctacatctttgtcaccatattagctaaagtaatgtcatagtcaaAATAGCCAATAGAACGAACACGTTAGTAAATCCGCTACAATCAttcagtaacgttacagtgtaacGGGAAAAGTGTGACGGGAAAAGGTAAGCAGTCTAGCACTTACACTGGCGGGCcacggtggcaataaattagtcaaACCAAAAGCTTTCCATGACTTGGAAgagttgtgttggatagtcatagccagctagctaacgtagcatcccactgtttgagtaggctaaactagctagcagcattttctagctaagtaagtgaaattgaaagtgaaaaaaatggacaatctctctcttcttcattttggaagaaatacATTGTTCAAAACGGTTTAACTATTGTCTTTATctgtctttgagtcaactactcaccacgttatgcactgcagtgctagctagctgtagcttatgatttcagtactagatttattccctgatcctttgattgggtgaacaacatgtcagttcatgctgcaagagctctgataggttggaggatgtcctccggaggttgtcataattactgtgtaagtctatggaaaggggtgagaaccatgagccccgtaggttttgtattgaagtcagtgTACCCAGAGGAAGATGGAAGCTATCTGTCCTCCGGCTAGACCGTGGTGCTATCCTACAGATtgttgttgaggctactgtagaccttcattgcaaaacagtatgttttaataaattatttggtgaggTGAAAATATTTAGTATTTTATCAAAAAAGCATAACTTTTTACATGTTTTACAGTTTTTATTttaatgaaattcactgaggaggatggtcctccccttcatccTATGAGTAGCATCTACTGGAAGGAAGATGAATTTGCAGAAGTATTTGACCATGAAATGGATTCTCAATGTCTTTCTCATCTATTTCAGACTCAATCTTGGAAAGGCTTGGTAGGTTGGTGCAGTAAGTCAATTTAGCTTAAATGGCATAGGGAATCAACTGTGACAAAATTAGTTTTACTTATGCACCTGTCAACATGCAGTGGTGCGGTTGAACTAGTTCCTGCATTTGAATATTGGACTTTTAATATGTAAGTGATGGGATATAAGCATCTGTGCTGCTTGTGTAAGCTATTTAGTTGCTGCGAAAATAAACACATCTTCGGACCTTCATACCATGCTGATA
>XM_036985665.1
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>TU820195
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>TU820196
GTTTAGAACCTGTGCGTTGATGTTGTTTCAATGTCAGTGAAAAAAAGTGAATATTATATATAATGAATACTATAAGGTCGTCGGTTTACCGGTTTCATGGAGTGATATGTTCCACTAGGAATTTTGCACTAGAGCTTCCAGGATCCAGTGGCGCCCAGCCGCGATCACTAAGTGGTTGGGTTCTGTCCTGGGCCAGTGTACCTCCCCTGACCTCTCGGTGTGGTCCTCTCACATCACAGGCAGAGGGGGCAGGAGTGTTCCAGCAACTCCCCTGGCACCACCAGCAGGTTCGCACAGGGAAGCGGGGCACAGAGTACCAGCCCAAGAATATAAAGCGGAAGCGGACCCACGGCTGGATCAAGAGGATCAGCACGCAGGGTGGCATCGAGGTGATTCTCCGTAGGATGCTAAAAGGACGGAAATCCCTCTCACACTAACCACCCAATGGACTATTTTGTCAGTAAACTTATCGAAGTTGTGGTGCAAAGGTGCCCAGGTTTTACTACCATGTGGAAGATGCCCCAAAAAATAGGCACGAAACATGGCACTGCCTTCCAATTATGTAGGCAACACCATGCACATTTACATTAAAACATTCCAAACAATCCC

Function


symbol description
mrpl34 Predicted to be a structural constituent of ribosome. Predicted to act upstream of or within translation. Predicted to be located in ribosome. Predicted to be part of mitochondrial large ribosomal subunit. Orthologous to human MRPL34 (mitochondrial ribosomal protein L34).

NR:

description
probable 54S ribosomal protein L34, mitochondrial isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036985666.1 False 2904 mRNA 0.42 2 53670348 53674103
XM_036985667.1 False 2894 mRNA 0.41 2 53670355 53674103
XM_036985668.1 False 2874 mRNA 0.41 2 53670433 53674103
XM_036985665.1 False 3141 mRNA 0.41 2 53670598 53674103
TU820195 False 612 TUCP 0.49 2 53670396 53671859
TU820196 True 609 TUCP 0.49 2 53670396 53671859

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC110530110 LOC106569025 coding upstream 215315 53452148 ~ 53455033 (+)
LOC110530108 LOC106568973 coding upstream 334295 53325588 ~ 53336053 (+)
LOC118965525 NA coding upstream 390006 53258440 ~ 53280342 (+)
gng12a gbg12 coding upstream 420789 53191105 ~ 53251843 (+)
wls LOC106568975 coding upstream 488869 53153881 ~ 53181479 (+)
LOC110530115 LOC106568965 coding downstream 377 53674480 ~ 53680005 (+)
LOC110530118 LOC106568961 coding downstream 70425 53744528 ~ 53767156 (+)
rps28 NA coding downstream 251915 53926018 ~ 53927959 (+)
LOC110530122 LOC106568957 coding downstream 281100 53955203 ~ 53962940 (+)
LOC110530127 NA coding downstream 471007 54145110 ~ 54155237 (+)
G721928 NA non-coding upstream 38962 53630906 ~ 53631386 (+)
G721913 NA non-coding upstream 53129 53616974 ~ 53617219 (+)
G721844 NA non-coding upstream 170588 53499460 ~ 53499760 (+)
G721845 NA non-coding upstream 172428 53496324 ~ 53497920 (+)
G721846 NA non-coding upstream 174117 53495805 ~ 53496231 (+)
G722003 NA non-coding downstream 95651 53769754 ~ 53770054 (+)
G722016 NA non-coding downstream 113327 53787430 ~ 53788286 (+)
G722037 NA non-coding downstream 142302 53816405 ~ 53870740 (+)
G721689 LOC106583873 other upstream 292643 53377232 ~ 53377705 (+)
LOC110530024 LOC106568723 other upstream 3029182 50607401 ~ 50641183 (+)
LOC110530019 LOC106568718 other upstream 3276512 50384296 ~ 50397007 (+)
LOC118965615 NA other upstream 3816156 49853027 ~ 49854435 (+)
G716993 LOC100136012 other upstream 4123263 49546212 ~ 49547085 (+)
LOC118965528 LOC106568937 other downstream 950071 54557953 ~ 54670115 (+)
LOC110530153 LOC106568927 other downstream 1459927 55120291 ~ 55136638 (+)
LOC110530939 LOC106568914 other downstream 1785593 55457870 ~ 55461071 (+)
si:ch211-267e7.3 LOC106568906 other downstream 2036137 55710156 ~ 55724271 (+)

Expression



Co-expression Network