LOC110530223 (per2)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110530223
gene name per2
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 57766651 ~ 57798129 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021613119.2
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>TU824758
CTGGCATTTTGCACTGCTCCAGCAAGATACAACTATTCCTTTTGAAAACCAACATAAGTCTTTGGAATCAAAGAAAAGAGACGAGGAACTACTTTAACTGACAGAAAACTCTCAGCCTCTAATCCACCCATTCTCTCCAGCGTCTTGCAGATGGTGTGATTGGGTTTGGCTTCTTCCATTCTCTACCCAGCACATCTCTGGTTTCAAACCCTCAACACACCACACCTCC

Function

symbol description
per2 Enables chromatin binding activity. Acts upstream of or within several processes, including circadian regulation of gene expression; entrainment of circadian clock by photoperiod; and locomotor rhythm. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Is expressed in heart; liver; muscle; nervous system; and ovary. Human ortholog(s) of this gene implicated in advanced sleep phase syndrome and advanced sleep phase syndrome 1. Orthologous to human PER2 (period circadian regulator 2).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021613118.2 False 10062 mRNA 0.48 20 57766652 57798129
XM_021613120.2 False 9980 mRNA 0.48 20 57766653 57798129
TU824758 True 229 lncRNA 0.45 2 57766826 57775092

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110530222 LOC106568862 coding upstream 66100 57697014 ~ 57700551 (+)
fam131a LOC106568863 coding upstream 125001 57632382 ~ 57641650 (+)
eif4g1a NA coding upstream 141397 57597835 ~ 57625254 (+)
LOC118965680 NA coding upstream 143250 57623271 ~ 57623401 (+)
LOC118965660 NA coding upstream 143811 57622713 ~ 57622840 (+)
LOC110530227 LOC106568858 coding downstream 7256 57805385 ~ 57811427 (+)
LOC118965533 NA coding downstream 52670 57850799 ~ 57854417 (+)
trnap-agg-8 NA coding downstream 117871 57916000 ~ 57916071 (+)
trnai-aau NA coding downstream 124421 57922550 ~ 57922623 (+)
trnam-cau NA coding downstream 129684 57927813 ~ 57927885 (+)
G725969 NA non-coding upstream 43590 57722844 ~ 57723061 (+)
G725949 NA non-coding upstream 87989 57677851 ~ 57678662 (+)
G725912 NA non-coding upstream 182124 57584259 ~ 57584527 (+)
LOC110530216 LOC106568865 non-coding upstream 184885 57572651 ~ 57582193 (+)
G726031 NA non-coding downstream 33260 57831389 ~ 57836550 (+)
G726045 NA non-coding downstream 60097 57858226 ~ 57860539 (+)
G726051 NA non-coding downstream 68049 57866178 ~ 57867407 (+)
G726053 NA non-coding downstream 76460 57874589 ~ 57876276 (+)
G725985 NA non-coding downstream 78696 57876825 ~ 57877752 (+)
G725907 LOC106581475 other upstream 211169 57554723 ~ 57555482 (+)
G725878 NA other upstream 251257 57513606 ~ 57515394 (+)
LOC110530213 LOC106568871 other upstream 288922 57421244 ~ 57478855 (+)
G725573 NA other upstream 782366 56983570 ~ 56984285 (+)
si:ch211-267e7.3 LOC106568906 other upstream 2048414 55710156 ~ 55724271 (+)
G727161 NA other downstream 558910 58357039 ~ 58358245 (+)
G727348 NA other downstream 848730 58646859 ~ 58674005 (+)
G728057 LOC100136012 other downstream 1182802 58980931 ~ 58981271 (+)
LOC110530248 crem other downstream 1962346 59748668 ~ 59768093 (+)

Expression


Co-expression Network