XLOC_025859 (CU693479.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025859
gene name CU693479.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 59851537 ~ 59862797 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050726
CTGTTCATTTGTTGTAAAGGAATTCTCCTGTAATGACCATGAAAACAACCAAAGCGTCTCTGATATATGCCAAGTGTTCTGCAACGTCAAGCCTAAGCTGTGTGGACATCCAAAACCTGCTGATCAACATGATTCGTAGCACACTGAAATATTATAAAAAGACCACACGTCTCTAGTGAAGCTCCAGTCATAAAACGCTCATTCCCTTCAGCTGTCGCTGTGTTCAGTCAAACCATTGGCTCATTTGTGAGGTAAACACTGTGTTTTTTTCAATAGAGACCCAGCAAGAGGACATTCATAGATGTTTACAGGAAGGTGGAGTCCAAGCTTGACGTGCATGTTAAAGTACAGCAGGAGGAGTAACACCGCAGTCACTCGATACAGGGGGCTGACATCCCAAAAATAACCCTACAGAGTGTATATAGGAGACCCGCTTTCAGACGTACAGCCAGAAGACCACACAAGCAAATCAACTCACCTCAGGACAAAATCAAACACGTCCCCACTTGGAACAGTGATTATTTCGTGGATTGTGATTCTGAAACTTTTTCAGGACATTGTGAATCTGAAGTGAAAGTCCAAGATCTTAGAACCCTCCAAAAAGGATTGTAATTTCTTTTTCCCGCTCTTTTTTTGTCCTCCTCTTGAAAGGGGGAGGCAAAACCGTGGCGTCTGCAGGAATGAAGTACAGCTACCAGTACCCGGTGTCGCAGTACACACGCCCGCATTACACCAGCAGCACACAATACACACCGTCACACTACTCCAGCAGCTCGTACTCGCCTAGTTACTACAGCTCCTCAAAGTATAGCCCTACTACATTGCACACTAGAAAATACTACACACCGCCAGCCTACACTCCTGCCTACAAGCCCACATACACCTCCGTCTGTAGCAAAACATCCCGCCCGAGCAGCTCACCCCGGACTGCAGTACAAATTACTCCTTCTGTGACCCTCAAACCCGCCCGGGCCGTGCGCTTCACAAACGATGTGGTTTTCCAGGATTTAGTCCGGCACAGTGAACTGGAGCAGATCGGGAGGTTTATGAGGGCCAGGAAAGTGCGTCTGGATACCATCTTCCATTCTGGAATGGCAGCGCTTCATGAAGCCGTGCTCTCGGGAAGCCTGGAGTGTGTGAAGCTCCTGATAAAATACGGCGCCGATGTTCATCAGAGAGACGAAAACGGCTGGACACCACTGCATATGGCCTGCAGCGACGGATACCCCGAGATCGCAAAATATCTGCTGTCTCTGGGTGCCAGTGTGGAGGCAGAAAATGAAAACGGTGAAAAGCCAGCAGACCTCATCGACCCGGACTGCAAAGAGCTGCTCAAACTCTTTGAAACCGGCTGTGTCTGAGCACCGACCCGCACAAAAACAGGACAAAGCAAGCTTTCAGAAGACCATCCCATCTTCACATTTAGTGTGgttaaactctctctctctcctgaatattctttatttttcttgttttttttattttttggctgctCTACGTGACTTTATTATTATACAGTGCAGAGgatcaatatattattattgttattgctttTGGCGTCTACGAGAAAACacggtttatatctgtaaactaaTCGTAAGTGAAACGTGAGGATAAATGAACGATGGGACTTTGGGGGATTGAATGATGAAGTGTAAGTGGACTCGGAAGGTTTGAGGTGAGGAAAAAAAAGTCGAAATGATTACAGActaaagcagggatgtcaaactcagttactGGAGGGCCacagtcctgcacagtttagttccaaccctaattaaacacacttgattaaactaattgagtccttcaggcttgtttgaaacctacaggtaagggtgtcaaagcagggttggaactaaactgtgcagggctgcggccctccaggaactgagtttgacacccctgcactaaagGAAAGTTGTATTTGGATAAAAGATGAGCATTTCTCTCTGTACAAACCAGCATACTTCAGTGTTTACTGATAGATCCTATATGTCAGGGGTCTCCAACTTAATAGTAGGCTAATAGTAGCCtagttatattaaatatatctgtaaattagcaattTTCCAAATTTTGTGATtcgtgtttttatgtattttccccatttatttctgcttttgaattgcattatgccATCTTATTCTTTCTTccagcaacttttaaccttgaaaaggtgataaaagtgacttttatgagcaattttaatagtttaaagtgataaattgtctgggttggtgttgtatttcATGCTACAAAAACCTGATAATAAACtggcagcacattttctgttatctGACCtgctttatattatttcaaacgactaaaatgtcaacaatGTTAAACTGTACAGTGTaatattcaacatcaaaagtcaacagagctgtgatcaacatcccataatgcaattcacaaccataaaacAACAGACGACACAAAATACGGGAACTGATCAttaacagatttcttttttttcagttccttgagaaacagaatattaaatgagaaaacagtgggcgtggatAAAtcaagtagtagtagtagtagtaaaataggcatttcattcagaaagatggggtaAAAGGTTcgaggagagttattacaacctaacaaactcctcctgctcaccatttctgtttgttgtcaaaactgacagctggaggggcgtggttaattatgttagccacacccactcAGACACTCAGACAGACCTTTAACTGAAGTTAACTGAatgtaactgaaaacaaacaggaagtgcattttttgatttttcatttattttacaaaggCAAACATTTCTTTTCCATAATGAGAATAAACTAaacaagacacaggtgaacataatcaaatgaattgttcaccacaaatcCAGCGATGTGAGCTAACGAAATCAACATGGttggttttgatttcatgtgtactgtTAAGGGTGACAATATATTTACGTGGATGGTATATTTGAAAGACTGAGTAACAGTAACTTGAGTAGCTCTCTGCTACTTTTAGGTGTTCATAAGTAACTCTCTTATGAAATAATGTTGGAGATCCCTGCTCTATGCGTTCATTTTGGGCTTTTCCTGCCATTTTGACTTatgattattaatgtttttttttttacaattcagaAAAGTGTCTTTTATGTGACAAGGGACAAAGTCCTGTTGAAGCAGAGCGACGCCTGAAGAGagagttgtgttgtttttgtgttgtattgtattgtattatattgtgttGTCCCAGTAGATACAGGATATCAActtgacatcagattgacgttgtactccAATGTTGTGggaatgttgcattttgtttggaaccCGACgttaatgtccaacctaaaatcaaccaaatattaatgtctaatgatgttacagcctgacgttgtgtggacgttaccactacgGCGACTATCAGACATTGTATTTTGTCATACCTGACatataaatgtcagtgtttgatgtCAACATGGCATTAATACGTTGGCTTTCcaactttccaacacaacctaaaatcaaccaaatatcaacgtcatatGACATTGATACTGGACgccaaaataacattgtccttagacgctggctagactttgaattttggtcacctgacgtcacaacctaaatctaacctaaaattaacgtctaatgacgttgtgtgcctgctggggtaTGGTGTTGTGCAGTTTTGTATTGTCCCAGCAGatacaggatgtcaacatgatgtcatcagaacccaacatcaggctgacgtcaatgtcaaacgtccaacctgaaatcaaccaaatatcagcatcTTATGACGTTAGAGCTttacattgtgtggacgttaccactattgacgtctattagacgttggattttggttgccatacctgacgaataaatgtcagtatttgacgtcaatatgacgttggtttaagatgttggctcgacgctggattttagtcactttctaataacctaaaatcaaccaaacatcaacgtcaTATGACGTCataattggacatcaaaatatcgTTGTCCTTAGATGATTGCTAGACATTGAAtattggtcacctgacatcatgacttaaatctaacctaatattaacgtcttatgacgttgtgtacCTGCCTGGTATTGTGTTGTGTTTAATTGTATTGTGTTCTATTGTATGGTgttgttgtattgtattgtgttgcGTTGTGCTGTGCTGTCTGTCTGCTGGACAGCAGGAAAGCACTGAACTATAACCTGCTGTCACACTGCAagcaatgcttttcttacttagattttaggcttgtttctagtccaaatatctaaaaattctgaaATTCAGGTACATTTTCTAGACATGCAAAACAAATAGTCTTGATTTAAGCgataatatgtcaaaatgaagtgagttttttcttttgaacaagctaaataatctgccaataatcttacgtcaaaaggaaAAACCTGATTAttttactccattggcagatttatcagaacccaacgtcaggcagATGTCAATGTCAAACGTCCAAACCTAAAACtatccaaatatcaacatcttatGACGTTAGAGCTttacattgtgtggacgttaccactactgacgtctattagacgttggattttggttgccattcctgacgaataaatgtcagtatttgacgtcaatatgacgttggtttaggatgttggctcgacgttggattttagtcactttctaaTAACCAAATAGTCTTGATTTAAGcgataatatgtcaaaattaagtgagtttttcctttaaacaagctaaataatctgccaataatcttacgtcaaaaggaaAAACCTGATTATTTTACCCCataggcagattatttagcttgtttaaaggaaaaccCCACTTAATTTGGACATATTATTGCTTAAAACAAGACACAGTTTGTTGCTTgtatagaaaatgcttcttgatttaagaactttgtGATATTTGGATTAAAATTAAGAGTAAAACTCTGAGAAAAGCATGTTTTGCAGTGCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000116806

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050726 True 5258 mRNA 0.40 3 59851537 59862797

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025858 pecam1 coding upstream 29109 59784632 ~ 59822428 (+)
XLOC_025856 NA coding upstream 627341 59212160 ~ 59224196 (+)
XLOC_025855 MGAT5B coding upstream 683713 59117136 ~ 59167824 (+)
XLOC_025854 rasd4 coding upstream 798543 59051503 ~ 59052994 (+)
XLOC_025853 NA coding upstream 823700 59024934 ~ 59027837 (+)
XLOC_025860 mcrip1 coding downstream 2075 59864872 ~ 59876861 (+)
XLOC_025861 alyref coding downstream 17520 59880317 ~ 59891841 (+)
XLOC_025862 arhgdia coding downstream 36655 59899452 ~ 59947208 (+)
XLOC_025863 si:ch211-110e21.3 coding downstream 144906 60007703 ~ 60016714 (+)
XLOC_025864 zgc:174268 coding downstream 171397 60034194 ~ 60103938 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 29602501 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025851 CABZ01044154.1 non-coding upstream 884440 58961904 ~ 58967097 (+)
XLOC_025850 NA non-coding upstream 994054 58835461 ~ 58857483 (+)
XLOC_025848 NA non-coding upstream 1039704 58806215 ~ 58811833 (+)
XLOC_025865 NA non-coding downstream 174753 60037550 ~ 60043897 (+)
XLOC_025868 NA non-coding downstream 203591 60066388 ~ 60067768 (+)
XLOC_025870 NA non-coding downstream 493417 60356214 ~ 60357972 (+)
XLOC_025871 NA non-coding downstream 520325 60383122 ~ 60401867 (+)
XLOC_025872 NA non-coding downstream 525452 60388249 ~ 60388895 (+)

Expression


Co-expression Network