LOC110530497 (LOC106569328)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110530497
gene name LOC106569328
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 72350135 ~ 72416525 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021613637.2
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>XM_021613636.2
CAATGATTTACTCTCTCTGCTATTGCTTTCTGctagctctgctctgctccacatCTGACATGgcaatgtttatttttgttttttagaAACCAGTTAGATCAGATTCTGATTCCTGGCAGAGAATACATGGCGGCATGAGGACATTCAGTCATTCACAGTTAATGAGGAGAAGTTTTATATTGCAGTCTTTTAAGAGTTGACCTCACCCATGTTAGTGCATGGATGATTGTCATCTCTTTTCTAATGCTTTATTGGTCCGTCTCTGTCTATGTAAAACTGAGCAGAATGTTTTCTTTCATTCATAAGTATGTGATTCCGTCTTGATGACAGTTTGAGATATGGGATGTGACACAGACCGTGAAAGAGCTGTCGTTTTTGTGGATCTGTCTCTCCTAACATGATTTCAGCATCAACATGAACGCTGCAAATATTTTGTTACTTCTGTTACTGTTGTATCCCAGTACATTGTGTGAGCAGCTCTCCCAGCTCTCCCTGCTTGCCCTGCTACAGAAATACTGTGAGGCTCTCTCCGCACTCTACAATGTCACAGGTTTGTATTGCAATGCCACAACTGATGAGATTGGAACATGTTGGCCAAGGAGCAACACCGGACGGATGATGGAGAGACCCTGTCCAGAGTACATCAACGGGGTAAAGTACAACACCACAAGGAGTGCTTACAGAGAATGCATGGATAATGGAACGTGGGCTCTGAAGAGCAACTACTCCAGTTGTGAACCCATTTTGGAGGAGAAGaggaaataCCCAATGCACTATAAGATTGCTCTGATCATCAACTACCTCGGCCACTGTATTTCTGTGGGAGCTCTTGTCATAGCCTTCATTCTCTTCTTATGCTTAAGGAGCATAAGATGCCTTCGAAACATAATCCACTGGAACCTGATAACAACCTTCATTTTGAGGAACGTTATGTGGTTCCTACTTCAGTTGATTGATCACAATATACATGAGAGCAATGAGCCTTGGTGTCGTCTTATAACGACTATATATAACTATTTTGTGGTGACCAATTTTTTCTGGATGTTTGTTGAAGGATGCtaccttcacacagccattgtGATGACTTATTCAACAGACAAGCTAAAGAAATGGGTCTTCTTGTTCATTGGCTGGTGCATTCCATGTCCTATAATTGTTGCTTGGGCCATTGGGAAGCTTTACAATGAAAATGAACAATGCTGGTTTGGGAAAGAACCTGGAAAGTATATTGACTACATTTATCAAGGGCCGGTCATCCTTGTTCTTTTGATAAACTTCGTTTTCCTCTTCAACATAGTAAGAATTCTCATGACCAAGCTGAGAGCTTCTACCACATCAGAAACCGTACAGTACAGAAAAGCAGTCAAAGCGACGTTAGTGTTACTGCCTCTGCTGGGGATCACCTACATGCTATTTTTTGTTAATCCCGGAGAGGACGACATCTCgcaaatagtttttatttatttcaattcattTCTACAATCATTTCAGGGGTTCTTTGTTTCAGTATTCTACTGCTTTCTAAATGGCGAAGTGCGCTCAGCCGCCAGGAAAAGATGGCATCGTTGGCAGGACAACCATGCCCTGAGAGTGCGTGTGGCACGTGCCATGTCCATCCCCACGTCACCCACCAGGATCAGCTTCCACAGTATAAAACAGACAACAGCTGTTTGACCTAGATCACCAAGTTCAAAGGTCGCCTTTGGAAACGTCCCTTTTCTAGGGAAGACACTTGTCTTAAGGCATCTCTCCATAAATGTTGTCCATTtgctttatttattttcccttctgcataaagacagagacagagcactTTGAGAAAGAGACCATTAGGATTTCCAGATTATAATACCGTAACATGACGTCCTAGGACGTAACACAGAAGTCAGGACCATTCAAAACAGATGGGCAAGGTTGCCTCTCCAAATGAACATTGTGAAGTAATTGCAGAGTCTAAGTTGTACTGCCATTGCATCAAGAGCTGTTATCATACTATAGTACATCAGGTTATATTTTAATAGGTCAGGAAGGTTGACCTTTCAAGGCCCCGTGCTGGATGCTGATGAGGCAAAACAAAATCAGTGTTAGTGTCAAAAGAGACCCTAATCACTCccagcactgtactgtactagtgGTATTTATATCCATAACCCTTCATTATTTGATATCTATGAGAGGGCAGAGATAATTTAAGCAGGATTGTGCTTTAACAGTGCAGGCACGGGATGCAATTGCATTCTGTGTCTGTTGCACACCAAGTTTGAGATGAGATTAGAAAGATGTAATAATTATACTGTTAAATAAGGAAGTGATACTCTTTGGTTTGTCATCAGCACTACTTTTATGAGTTGTCAAAATGTCACCCTAAGAGCTTTTCATTTGTATAAATGTCTTAAGGCTAATTTATTTTCAGATTGTTCCTTGCCAATCACTCTCAAACTCTTTTGAACAGCATAACGTCAATGATGTGTTTTTCTCACTTCTGTATAAAAAACCCTAAGGCTACTCTAAATAAATCAAAGCTATCTTTCACTGGGTTCGAGTTCAGATTATATCCATTATCTAATGCAAATAATGGAGATGGGACTGTGATTCAGATACATTTATATGACACTTATTTCAaaaactaaacacaaacactatttTAGTGTCGCAGACCCTTATTTCAGTCCGCATAATGCCACAGCTGTCCCAAGTCAAGATACATTTTAAGGTACAGTACATTAAATCATTTTAATGTATTAAAATTATTGAATTATTTTCTCTCTTTCAAATCCCAATGTGCTGCACTTAATCATTGTCAATGCTAAGCTGTTGTGTCcaggagccagagagagatagagcctGATGAGTTAGAGTTCCATTTGGCTTCCTTAATGCTTTGCCCTGCTCAGGTCAACATGCCAAGACCTGCCCCGGTAGTGACTGACCGACCATCTGACCTGCATGGGTGttatccacctctccctccaggCCCATTGCAGTGCCATACAAGTTCCAGGCACTTAGGCAAGCCTGGTTATTCAAGCTTCAGTAAGCAGTTCTGGGAAATAGAACAGTAGAACTCATGCACCCATGGAATTAACTTGGGATTTGGAATTGTAGAAATTGTGTAAATAGATGGCATGTTGGGGACAAACTCACTAATCTGGTGTGGAGGTATTTCTCTGATTTGGGTTCAAAAGCAAACTTCTTTGGTATCAATGATACATGCTTGTTACCTGACTAGTTGCCATGAAGATAATGATTATGGCAACAATCTTTCTCATTATttttgttatgtttggagtagTAAGGAAGACCGCTCCAATAAAACAATATCACATCTGTTGAGGTTTGCTGTTGTGAAAAGGGCTTAGATATGGCTGTGACTACATCAGAAGTAATTATTGCTTTACACATTCTCTTGCAATTGAAATTGTACTCTAACCACATTTATGTTGTACAAAGTTAATTAAAATTACTTGACAAATGGTCTAAAATTGCTTGTAGGGGAAGGTATCGTTTGATAATTGCTGTGAACATGATTGACCTGTCATGACCATTAGAGTTTACATCCCTTGATTGCTCTAGGCCTAATTTTCTGGAACAGTTGTCTATGTAGCAGTTCTCTGTGATATTTTCatacaaaatgtatattttcatAATTGTGACTAAGTCCATATGCACAAGAAATCTCTTGAATCAAAGTATTCAAGCAAACAGTCCCGAGATCTATATAAATACGTAAATAACGGTCAATATTTTGCTATTTTCTGGTCCTAAACCACTAAACACTGTTGGTTGAACATCATTTTGTTATTTATGTTTGGGAGGTGCCTCCAAGTTGAATGTTTATTTTGGAGAAGTTTTACTCAGATTTAGGGGTTCTAGTTTGAGAAGGTCTAAAAATAAGAATATATCATCAAAGAGTGCGATAAAACATGTATAACCAAAATGTTTCGTTGTAATGTACATAAACTCTTTTAAAGTTTGTTGTATATTGTAATTAGTAATTGTACAAATGTTATGAcgtaaatatgtttttttctatTATACTATTGGAGTGAAAGTAATTCATTAAGAACATTCAGAGCATTCAGGTTACATGAATACCTAGGACCATCCAAAGCAATCATAGAAAGGTATGAATATTTTAATAACATTATACTTCATCATCTCACAATCTCTTCTTGTGCAGCTTAAATTGTACTTTCCATTATGTTTTTAGTCTATTGAATTCATTACAATtctgcacatacagtacatattacaATACTCCTATGAAAGTTAAAACTCACCAAGCGAAATCACCCCCAACATTCTTCTTTGATTGAAACATGAAAATGGAGATTTTTTTGTTGcaatttttatattattttatgaaTATATAATGAATAGTTTATTCAAAATGACAAATTCACCAAAGATAACAGACACGTTTACCTGAATATGTTTACTTGTTGTCAGTGCACTTTCTCTGACcaaatcatttatttttcatattttgtacAGCTTCACCATTCTCTGATGTATTCTCGATTTAATAACTTATAAATGTACAGGAATTTTGGCTGTATGTTGAAACACCAACGTTGCCTTTTAGAAAAACAGAAAAGTGTGTTTTTGTGGAAAGAAGAAAAACTGTGTTTCTACAGTAAATGTTGTACGGTGTATGATCGATATGCATTTATAAAAGTACATGTGATAAAATCAACCTTCAGATTTGAAATAAATATTCTATTCAACTCTC
>TU845021
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>TU845025
TGTACAGCAAATGGGAGTACTGATGTTTTTCTGTTATTTCCTTCACAGAAAAGCAGTCAAAGCGACGTTAGTGTTACTGCCTCTGCTGGGGATCACCTACATGCTATTTTTTGTTAATCCCGGAGAGGACGACATCTCgcaaatagtttttatttatttcaattcattTCTACAATCATTTCAGG
>TU845024
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Function

NR:

description
hypothetical protein cypCar_00025465

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021613637.2 False 4534 mRNA 0.38 12 72350135 72408277
XM_021613636.2 False 4732 mRNA 0.38 13 72350135 72416525
TU845021 False 449 lncRNA 0.29 1 72350570 72351018
TU845025 False 185 lncRNA 0.38 1 72354851 72355035
TU845024 True 260 lncRNA 0.37 1 72359315 72359574

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110530495 LOC106569329 coding downstream 41920 72237331 ~ 72308215 (-)
LOC110530493 LOC106569333 coding downstream 199096 72149066 ~ 72151039 (-)
LOC110530492 LOC106569335 coding downstream 211947 72135683 ~ 72138188 (-)
gjc2 gjc2 coding downstream 216162 72112251 ~ 72133973 (-)
iba57 iba57 coding downstream 244753 72103148 ~ 72105382 (-)
LOC110530500 LOC106569325 coding upstream 139108 72555633 ~ 72562473 (-)
LOC110530503 LOC106569322 coding upstream 146777 72563302 ~ 72634023 (-)
LOC110530505 NA coding upstream 221188 72637713 ~ 72639354 (-)
LOC110530506 LOC106569320 coding upstream 314060 72730585 ~ 72772383 (-)
npc1 LOC106569313 coding upstream 568322 72984847 ~ 73015471 (-)
G744377 NA non-coding downstream 13864 72336064 ~ 72336271 (-)
G744376 NA non-coding downstream 15510 72334396 ~ 72334625 (-)
G744370 NA non-coding downstream 23035 72326761 ~ 72327100 (-)
G744083 NA non-coding downstream 97204 72252703 ~ 72252931 (-)
G744511 NA non-coding upstream 94624 72511149 ~ 72511483 (-)
G744521 NA non-coding upstream 110167 72526692 ~ 72526902 (-)
G744572 NA non-coding upstream 225932 72642457 ~ 72643202 (-)
G744593 NA non-coding upstream 265459 72681984 ~ 72700153 (-)
G744129 NA other downstream 25143 72324192 ~ 72324992 (-)
G743961 NA other downstream 172268 72177584 ~ 72177867 (-)
G743450 NA other downstream 634510 71685190 ~ 71715625 (-)
G743447 NA other downstream 669858 71678685 ~ 71682299 (-)
G743421 NA other downstream 674350 71675445 ~ 71675785 (-)
G744608 NA other upstream 278523 72695048 ~ 72720467 (-)
G745300 NA other upstream 964776 73381301 ~ 73381701 (-)
G745292 c8 other upstream 969127 73385652 ~ 73391433 (-)
LOC110530984 NA other upstream 1526740 73939248 ~ 73944430 (-)
G746434 NA other upstream 1926104 74342629 ~ 74359974 (-)
G744399 NA non-coding upstream 631 72360205 ~ 72360472 (-)
G744400 NA non-coding upstream 2159 72361733 ~ 72361945 (-)
G744404 NA non-coding upstream 4849 72364423 ~ 72364670 (-)
G744436 NA non-coding upstream 49392 72408966 ~ 72482157 (-)

Expression


Co-expression Network