LOC110530703 (LOC106569538)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110530703
gene name LOC106569538
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 78626521 ~ 78636077 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021613950.2
TTCCCATGTTGCTTTGCGAATCCCAGTCGAGCGTTTGTTCGATTTGTTGGTCTAAACATTTGTCTCTGTCTGGGCTGGAGAATAAAtaaaatttatttattttacaaaatATCTAGCCAAACAAACCGTCTCAAACTTGGTGCATAACTGAGAGTCTTTGACGCTGCACGACATGGACCAGGACTATGAGTGTCGGCTGCTCAGGCAGATCAACATCCAGAACGAGAACGCCAGCCCTTTAAAGGCCATAGATACAGTACGAGCCCTGACACCCACCAACTCCCCCCTATCGTCACCAAGCAAACATGGCGACCGCTTCATCCCCTCCCGCGCCGGCGCCAACTGGAGCGTCAACTTCCACCGCATCAATGAGAATGAGAAGTCTCACAATCAGAACAGGAAGACAAAGGATGGCACTACAGACACTAGCAAAGCGGACGGCCTGGCGTACTCTGCCCTATTGAAGAACGAGCTGCTGGGGGCAGGCATAGAGAAGGTCCAGGATCCCCAGTCAGAGGACCGTCGCCTCCAGCCCTCCACCCCCGCCAAGAGGAGCCTCTTCAGTTATTCTGTCAGTGCCAAGCGATCTCTACCCGAGGATGGCAACACAGTGTCTCCATACTCCTTGTCTCCAGTTAGCAGCAACAGTCAGAAGCTGTTACGGTCGCCTAGGAAACCCACGCGTAAGATCTCTAAGATCCCCTTTAAGGTGCTTGATGCTCCAGAGCTGCAGGATGACTTCTATCTCAACCTGGTGGACTGGTCCTCCCTCAACGTCCTCAGTGTCGGTCTGGGAACCTGCGTCTACCTCTGGAGCGCCTGCActagccagGTGACGCGTCTGTGTGACTTGTCAGTGGAAGGGGACTCTGTCACGTCAGTGGGCTGGTCAGAGAGGGGGAACTTAGTAGCGGTGGGGACACATAAGGGCTATGTACAGATCTGGGACGCAGCAGCAGGGAAGAAACTGTCAGTACTGGAGGGACACACAGCCAGAGTGGGTGCGTTGGCGTGGAATGCCGACCAGTTGTCATCTGGCAGTCGTGACAGGGTTATCCTGCAGAGGGACATCCGAGCCCCACCCCTCCAGTCAGAACGTCGTCTCCAGGGACACCGACAGGAAGTTTGCGGCCTCAAGTGGAGCACCGACCACCAGCTACTGGCCTCAGGGGGAAATGACAACAAGCTGCTGGTATGGAACCACTCCAGCGTTCTCCCGGTGCAGCAGTACACGGAGCACCTGGCAGCAGTGAAGGCCATCGCCTGGTCCCCCCATCAGCATGGCCTGCTGGCGTCTGGAGGGGGCACGGCCGACCGCTGCATCCGCTTCTGGAACACCCTGACAGGCCAGCCCCTGCAGTGCACCGACACGGGCTCCCAGGTCTGCAACCTGGcctggtccaagcacaccaacgAACTGGTAAGCACTCACGGCTACTCCCAGAACCAGATCTTAGTGTGGAAGTACCCCTCCCTCACACAGGTGGCCAAACTCACAGGCCACTCCTACAGAGTGCTTTACCTGGCCATGTCCCCAGACGGAGAGGCCATCGTCACAGGAGCCGGAGACGAGACGCTGCGCTTCTGGAACGTCTTCAGCAAGATGAGGTCCACCAAGGAGTCTGTATCTGTTCTGAACCTGTTCACCAGGATCCGGTAGCCAGAGGGGCGCAGCTGTCCGGCAGGGGGAAAAAGCGGGGTGGGGGAACAAGCGGGGTGGGGGAACAAGCCCATAGGGAATAATGTACTGCACACAACAAGTCCGACCCCTTTTCTCTTCCTAGGCCTCTGGTAGGCTAGGGTCCTTTCACATACCCAAGGCCGGGTCGTCAAGCCGATAGAGGAGTCTTCTTCCACTGCCTCACCGCCCATCATAACCAGTGTGACATCACAAGGTCACACCCCCATACCCATATTGGTGCTTTCCccggaagaggaagaagaggactcTGGAACTTTCCCCCAAGTGATTCTGTTTTTTGACAGACACTGTGTGCATAACTGCCAAATACGAAGTTTGTCCTTTTATTGaatgtttatttattgtttttcttttctttttaacATCGTTATCACGTGTCGTCGCCAGTCTGCTTCTGCAGCCTATGTTTGGTTTTTGTTTTCTGTGTGTTAATTTTTTCTGTGTCAGACTTTATGAAGAGCCTGATGCTTTTGTGTTTGTGCCtgccttaaagggatagttcacgtCTAAAATCAAACTCATGTTTTCACCATTGAAGGTATGGAAATGTATGACATGCTTTGACTTCAGGGTGAGCTGTCCTGTACCTGCTTGTAAACTAGTGATGGTTAACCCTAGGGCTTGAGAGGTGGGAGCTCACAGGTTTTTTGCATGTTGTAGACCATTGTAATTTATTCACCCTGTAAAAACACCTTTTTAAGTTCATTTGAAGTGTGATGATGCGTGATAATAATAATGGTGGAAAtcttatgttttttttaattagaaAAAAATCTGCAATTGTAATTTGAGCAGTGGCCGCAAACAAACTACATATACTCACTTACAGTTATTACCTGTAAATACTCACTTACAGTTATTACCTGTAAATACTCACTTACAGTTATTATCTGTAAATTGTATTGTTTTGGCAGTTGTCTTTTCATTTTTAACCAGTTTCTATCTtaacctacatttacctagacacaTTTCACATTATTGCTGTCTTGAGTTACAATTTCACTCAGTCTTATAATGGGCTAGTAGCATTCAAAACAGATGTAAATAACGAGGCATAACCTTTGCATTGAGACTTATACAAGAAAGAAAAAACTGATGTCAAAAGTACCATTTTTAATCTTAATCAGGGTAACTTTTTTTCCTGGGTGTAGCAGGAACTGAAAGTCACTGTAAAGAAAAAAGGAAAGCTGTTGATGGCCTCTTAAAGGCATTACTAGTgcattgtgctgtgtgtgtctgtggtaaaaaaaaaatggggaaaatatatatatttagtccATGGCACTTATCTTTTTCCTCAGCTTATGTTTTGCTCTTGACTCTAAGCAGATGTGAAAATATCTCATTTTGTCTTAATTCATTTAAAAGAAATGTTTAGGCTGATTTTTCTAGTGATTATTTTTCATTTTCTCAGTTTGGATGTGGTGTTGGTGTGACCTGGTGTGCCATCTTTGAATGAGTGGTATTTATTTGAGCTGTGTAAAAGTGTCCAGTAGTACACCCATAGCTTGTTCTGAGAGTTGAATATTATCTGAGAAAGGTGGAACGCTGATCTGTTCGGTGTATATACTAGCTCCAGTCCTAAATAAGCATTTGTACTCCTTTTATGCCACTTagaaacaaataaaaacaaagaATGCTGCCAACTTGAAA
>TU851980
GGAATAATGTACTGCACACAACAAGTCCGACCCCTTTTCTCTTCCTAGGCCTCTGGTAGGCTAGGGTCCTTTCACATACCCAAGGCCGGGTCGTCAAGCCGATAGAGGAGTCTTCTTCCACTGCCTCACCGCCCATCATAACCAGTGTGACATCACAAGGTCACACCCCCATACCCATATTGGTGCTTTCCccggaagaggaagaagaggactcTGGAACTTTCCCCCAAGTGATTCTGTTTTTTGACAGACACTGTGTGCATAACTGCCAAATACGAAGTTTGTCCTTTTATTGaatgtttatttattgtttttcttttctttttaacATCGTTATCACGTGTCGTCGCCAGTCTGCTTCTGCAGCCTATGTTTGGTTTTTGTTTTCTGTGTGTTAATTTTTTCTGTGTCAGACTTTATGAAGAGCCTGATGCTTTTGTGTTTGTGCCtgccttaaagggatagttcacgtCTAAAATCAAACTCATGTTTTCACCATTGAAGGTATGGAAATGTATGACATGCTTTGACTTCAGGGTGAGCTGTCCTGTACCTGCTTGTAAACTAGTGATGGTTAACCCTAGGGCTTGAGAGGTGGGAGCTCACAGGTTTTTTGCATGTTGTAGACCATTGTAATTTATTCACCCTGTAAAAACACCTTTTTAAGTTCATTTGAAGTGTGATGATGCGTGATAATAATAATGGTGGAAAtcttatgttttttttaattagaaAAAAATCTGCAATTGTAATTTGAGCAGTGGCCGCAAACAAACTACATATACTCACTTACAGTTATTACCTGTAAATACTCACTTACAGTTATTACCTGTAAATACTCACTTACAGTTATTATCTGTAAATTGTATTGTTTTGGCAGTTGTCTTTTCATTTTTAACCAGTTTCTATCTtaacctacatttacctagacacaTTTCACATTATTGCTGTCTTGAGTTACAATTTCACTCAGTCTTATAATGGGCTAGTAGCATTCAAAACAGATGTAAATAACGAGGCATAACCTTTGCATTGAGACTTATACAAGAAAGAAAAAACTGATGTCAAAAGTACCATTTTTAATCTTAATCAGGGTAACTTTTTTTCCTGGGTGTAGCAGGAACTGAAAGTCACTGTAAAGAAAAAAGGAAAGCTGTTGATGGCCTCTTAAAGGCATTACTAGTgcattgtgctgtgtgtgtctgtggtaaaaaaaaaatggggaaaatatatatatttagtccATGGCACTTATCTTTTTCCTCAGCTTATGTTTTGCTCTTGACTCTAAGCAGATGTGAAAATATCTCATTTTGTCTTAATTCATTTAAAAGAAATGTTTAGGCTGATTTTTCTAGTGATTATTTTTCATTTTCTCAGTTTGGATGTGGTGTTGGTGTGACCTGGTGTGCCATCTTTGAATGAGTGGTATTTATTTGAGCTGTGTAAAAGTGTCCAGTAGTACACCCATAGCTTGTTCTGAGAGTTGAATATTATCTGAGAAAGGTGGAACGCTGATCTGTTCGGTGTATATACTAGCTCCAGTCCTAAATAAGCATTTGTACTCCTTTTATGCCACTTagaaacaaataaaaacaaagaATGCTGCCAACTTGAAATGCCTAAAGAATGTTATGAATTTCTGTACTGAGAGaaactgaattttttttttttaagagaaaAAAAAGTGATTGTATATAAGGTTTTCGAGTACGTTTTTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTGTCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTGTCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATGATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATGATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATATGGAGCATGTGTAATTGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCATTTTTATCATCAACTGCGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATTGTTTGTGTGATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGGCAGAACATGTGGAATAATCCCTCAAGACATACATCACTATTGCTAAAGAGCTTTGATTGCTGTGTGTGATGAAGAATATCGTACTATGAACTGAAGCCCTCTGTTAGATGGCTCTTGTAGCTGTCCCAATGCAAAGGAATGACCAGAGGACATTGTCTCCTACAGCAGCATCCTCATCCACACCCCTGTTCCATTTCCGCACCAAGATCAGGCTGTAGTTTGTGCAGGTTTTTGCTGCTATTTGATTCAAAATAATCATTTGAATGTACAGCCTGGTCTTATAGACTAGTAAATGTAAATCTAGGACATTAGTAGGCCTTACGTAAGACAGAAGGTCACTTAGGTCAAAAATGAAAGTAGGGTGGTCGTATAAtgcgaatgtctagcaacccaaaggttgtgtgtttgaatctcatcatggacaattttagctaattagaaaatgtgcaactacttagcatgatAGCTAACCTTAAAgctttaaccttttatttaacagttaagaacaaaatcttattttcaatgacagcctaggaacagtgggttaactgcccgttcaggggcagaacgaggatttgaacttgcaaccttccggttattagtccaacactctaaccactaggctaccctgactcTTAACCCTAACCGCTAGCTGacgtgttgtggttgcaggttcacctgcATCATCAAAAGCCTATTATTTtagggtgttgctataggccaccaagtgctaacagtcagtatctacactgaacaaaaatataaacgcaacatgtaaagtattggtcccatgtttcatgagctgaaataaaacatcc
>TU851981
GGAATAATGTACTGCACACAACAAGTCCGACCCCTTTTCTCTTCCTAGGCCTCTGGTAGGCTAGGGTCCTTTCACATACCCAAGGCCGGGTCGTCAAGCCGATAGAGGAGTCTTCTTCCACTGCCTCACCGCCCATCATAACCAGTGTGACATCACAAGGTCACACCCCCATACCCATATTGGTGCTTTCCccggaagaggaagaagaggactcTGGAACTTTCCCCCAAGTGATTCTGTTTTTTGACAGACACTGTGTGCATAACTGCCAAATACGAAGTTTGTCCTTTTATTGaatgtttatttattgtttttcttttctttttaacATCGTTATCACGTGTCGTCGCCAGTCTGCTTCTGCAGCCTATGTTTGGTTTTTGTTTTCTGTGTGTTAATTTTTTCTGTGTCAGACTTTATGAAGAGCCTGATGCTTTTGTGTTTGTGCCtgccttaaagggatagttcacgtCTAAAATCAAACTCATGTTTTCACCATTGAAGGTATGGAAATGTATGACATGCTTTGACTTCAGGGTGAGCTGTCCTGTACCTGCTTGTAAACTAGTGATGGTTAACCCTAGGGCTTGAGAGGTGGGAGCTCACAGGTTTTTTGCATGTTGTAGACCATTGTAATTTATTCACCCTGTAAAAACACCTTTTTAAGTTCATTTGAAGTGTGATGATGCGTGATAATAATAATGGTGGAAAtcttatgttttttttaattagaaAAAAATCTGCAATTGTAATTTGAGCAGTGGCCGCAAACAAACTACATATACTCACTTACAGTTATTACCTGTAAATACTCACTTACAGTTATTACCTGTAAATACTCACTTACAGTTATTATCTGTAAATTGTATTGTTTTGGCAGTTGTCTTTTCATTTTTAACCAGTTTCTATCTtaacctacatttacctagacacaTTTCACATTATTGCTGTCTTGAGTTACAATTTCACTCAGTCTTATAATGGGCTAGTAGCATTCAAAACAGATGTAAATAACGAGGCATAACCTTTGCATTGAGACTTATACAAGAAAGAAAAAACTGATGTCAAAAGTACCATTTTTAATCTTAATCAGGGTAACTTTTTTTCCTGGGTGTAGCAGGAACTGAAAGTCACTGTAAAGAAAAAAGGAAAGCTGTTGATGGCCTCTTAAAGGCATTACTAGTgcattgtgctgtgtgtgtctgtggtaaaaaaaaaatggggaaaatatatatatttagtccATGGCACTTATCTTTTTCCTCAGCTTATGTTTTGCTCTTGACTCTAAGCAGATGTGAAAATATCTCATTTTGTCTTAATTCATTTAAAAGAAATGTTTAGGCTGATTTTTCTAGTGATTATTTTTCATTTTCTCAGTTTGGATGTGGTGTTGGTGTGACCTGGTGTGCCATCTTTGAATGAGTGGTATTTATTTGAGCTGTGTAAAAGTGTCCAGTAGTACACCCATAGCTTGTTCTGAGAGTTGAATATTATCTGAGAAAGGTGGAACGCTGATCTGTTCGGTGTATATACTAGCTCCAGTCCTAAATAAGCATTTGTACTCCTTTTATGCCACTTagaaacaaataaaaacaaagaATGCTGCCAACTTGAAATGCCTAAAGAATGTTATGAATTTCTGTACTGAGAGaaactgaattttttttttttaagagaaaAAAAAGTGATTGTATATAAGGTTTTCGAGTACGTTTTTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTGTCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTGTCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATGATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTGTCTGAATGGGAATATGGAGCATGTGTAATTGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCATTTTTATCATCAACTGCGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGTTTGTATCATCAACTGTCTATGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATTGTTTGTGTGATCAACTGTGTCTGAATGGGAATGTGGAGCATGTGTAATCGGCAGAACATGTGGAATAATCCCTCAAGACATACATCACTATTGCTAAAGAGCTTTGATTGCTGTGTGTGATGAAGAATATCGTACTATGAACTGAAGCCCTCTGTTAGATGGCTCTTGTAGCTGTCCCAATGCAAAGGAATGACCAGAGGACATTGTCTCCTACAGCAGCATCCTCATCCACACCCCTGTTCCATTTCCGCACCAAGATCAGGCTGTAGTTTGTGCAGGTTTTTGCTGCTATTTGATTCAAAATAATCATTTGAATGTACAGCCTGGTCTTATAGACTAGTAAATGTAAATCTAGGACATTAGTAGGCCTTACGTAAGACAGAAGGTCACTTAGGTCAAAAATGAAAGTAGGGTGGTCGTATAAtgcgaatgtctagcaacccaaaggttgtgtgtttgaatctcatcatggacaattttagctaattagaaaatgtgcaactacttagcatgatAGCTAACCTTAAAgctttaaccttttatttaacagttaagaacaaaatcttattttcaatgacagcctaggaacagtgggttaactgcccgttcaggggcagaacgaggatttgaacttgcaaccttccggttattagtccaacactctaaccactaggctaccctgactcTTAACCCTAACCGCTAGCTGacgtgttgtggttgcaggttcacctgcATCATCAAAAGCCTATTATTTtagggtgttgctataggccaccaagtgctaacagtcagtatctacactgaacaaaaatataaacgcaacatgtaaagtattggtcccatgtttcatgagctgaaataaaacatcc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021613950.2 False 3355 mRNA 0.47 13 78626521 78634078
TU851980 False 3433 lncRNA 0.39 2 78632460 78636077
TU851981 True 3379 lncRNA 0.39 2 78632460 78636077

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
plekhj1 plekhj1 coding upstream 16276 78607413 ~ 78610245 (+)
LOC110530701 LOC106569539 coding upstream 28754 78592298 ~ 78597767 (+)
onecut3b onecut3 coding upstream 265050 78335901 ~ 78361471 (+)
LOC110530995 LOC106569526 coding upstream 438472 78072559 ~ 78188049 (+)
LOC110530688 LOC106569524 coding upstream 579747 78038094 ~ 78046774 (+)
LOC110530704 LOC106569544 coding downstream 182042 78816120 ~ 78824322 (+)
LOC110530706 LOC106569546 coding downstream 196607 78830685 ~ 78861909 (+)
LOC110530707 LOC106569548 coding downstream 260513 78894591 ~ 78902977 (+)
LOC110530709 LOC106569551 coding downstream 305102 78939180 ~ 78952258 (+)
LOC110531004 LOC106569564 coding downstream 322157 78956235 ~ 78959026 (+)
G750426 NA non-coding upstream 42722 78583586 ~ 78583799 (+)
G750399 NA non-coding upstream 68898 78557346 ~ 78557623 (+)
G749834 NA non-coding upstream 97838 78528427 ~ 78528683 (+)
G749814 NA non-coding upstream 126718 78492761 ~ 78499803 (+)
G749807 NA non-coding upstream 145486 78469792 ~ 78481035 (+)
G750463 NA non-coding downstream 11034 78645112 ~ 78645675 (+)
G750474 NA non-coding downstream 30000 78664078 ~ 78664307 (+)
G750492 LOC106569543 non-coding downstream 65752 78699830 ~ 78715194 (+)
G750491 LOC106569543 non-coding downstream 81191 78715269 ~ 78715534 (+)
G750497 NA non-coding downstream 82447 78716525 ~ 78716813 (+)
G749663 tcf3 other upstream 380906 78244210 ~ 78245615 (+)
LOC110530993 LOC106569518 other upstream 739165 77863590 ~ 77887401 (+)
G749137 NA other upstream 1243910 77302737 ~ 77382611 (+)
G748959 LOC106569508 other upstream 1353861 77266652 ~ 77272660 (+)
G748917 NA other upstream 1446393 77179344 ~ 77180128 (+)
G750533 LOC106569543 other downstream 163064 78797142 ~ 78797548 (+)
G750854 NA other downstream 345152 78979230 ~ 78979981 (+)
G750935 NA other downstream 561192 79195270 ~ 79197378 (+)
ncana LOC106569686 other downstream 711359 79210727 ~ 79347454 (+)
LOC110530726 LOC106600567 other downstream 914419 79548127 ~ 79579010 (+)

Expression


Co-expression Network