rabggtb (rabggtb)


Basic Information

Item Value
gene id rabggtb
gene name rabggtb
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 89975532 ~ 89991005 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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Function

symbol description
rabggtb Predicted to enable metal ion binding activity and prenyltransferase activity. Predicted to contribute to Rab geranylgeranyltransferase activity. Predicted to be involved in protein geranylgeranylation. Predicted to be part of Rab-protein geranylgeranyltransferase complex. Is expressed in female organism. Orthologous to human RABGGTB (Rab geranylgeranyltransferase subunit beta).

NR:

description
geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta

GO:

id name namespace
GO:0018344 protein geranylgeranylation biological_process
GO:0004663 Rab geranylgeranyltransferase activity molecular_function

KEGG:

id description
K05956 RABGGTB; geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_036986761.1 True 3892 mRNA 0.45 8 89976008 89991005

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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G760516 NA non-coding downstream 7475 89998480 ~ 89998878 (+)
G760517 NA non-coding downstream 7929 89998934 ~ 89999607 (+)
G760524 NA non-coding downstream 48494 90039499 ~ 90040063 (+)
G759892 NA other upstream 278625 89696420 ~ 89696907 (+)
LOC118965583 LOC106569839 other upstream 316185 89560138 ~ 89659347 (+)
slc25a24l LOC106569755 other upstream 881138 89074624 ~ 89139486 (+)
G759598 NA other upstream 1113704 88861079 ~ 88861828 (+)
G759556 NA other upstream 1274113 88697974 ~ 88701419 (+)
G760623 NA other downstream 169265 90160270 ~ 90208959 (+)
G760718 NA other downstream 383082 90362653 ~ 90400472 (+)
LOC110530875 rpl37a other downstream 709290 90700188 ~ 90709778 (+)
ndufb3 ndufb3 other downstream 746286 90737231 ~ 90743084 (+)
G760857 NA other downstream 779112 90770117 ~ 90771037 (+)

Expression


Co-expression Network