G708451


Basic Information

Item Value
gene id G708451
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 41361670 ~ 41383602 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU805567
tcctgtcttgtcctgctctgtcttgtcctgtcctgccctgccttgtcttgtcttgtcctgccctgccttctcttgtcctgccctgccttgtcctgtcctgccctgtcctgccctgtcctgccctgtcttgccctgtcttgtcctgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcctgccctgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctcccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcctgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcctgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcttgtcctgccttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcgtgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgccctgtcttg
>TU805568
cctgtcttgtcctgtcctgccctgccttgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgccctgccctgccctgccctgccttgtcctgccctgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgccctgccttgtcttgtcctgccctgccttgtcctgtcctgtcctgccctgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcctgtcctgccctgccttgtcttgtcctgccctgccctgtcctgtcctgccctgtcctgtcctgccctgccctgtcttgtcctgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcttgtcttgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcctgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcttgtcctgccttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcgtgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgccctgtcttg
>TU805572
cttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcgtgccttgtcctgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgtcttgccctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccttgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgtcctgccctgtcttg
>TU805571
cctgtcttgtcctgtcctgccctgccttgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgccctgccctgccctgccctgccttgtcctgccctgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgccctgccttgtcttgtcctgccctgccttgtcctgtcctgtcctgccctgtcctgccctgtcttgtcctgtcttgtcctgccctgtcctgtcctgccctgccttgtcttgtcctgccctgccctgtcctgtcctgccctgtcctgtcctgccctgccctgtcttgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgtcttgtcctgtcttgtcttgtcttgtcttgtcttgtcttgtcttgtcctgccctgtcttgtcctgccctg

Function

NR:

description
protein GPR108

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU805567 False 810 lncRNA 0.57 3 41361670 41369634
TU805568 False 824 lncRNA 0.58 4 41361670 41383602
TU805572 False 459 lncRNA 0.57 2 41361670 41374688
TU805571 True 374 lncRNA 0.58 3 41362680 41383602

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110529916 LOC106571797 coding downstream 392192 40958142 ~ 40969478 (-)
LOC118965517 NA coding downstream 561633 40779851 ~ 40800037 (-)
LOC110529912 LOC106571799 coding downstream 582039 40724397 ~ 40779631 (-)
armc2 armc2 coding downstream 692169 40638271 ~ 40669501 (-)
LOC118965516 LOC106588149 coding downstream 1216477 40143911 ~ 40145193 (-)
LOC118965611 NA coding upstream 341919 41725469 ~ 41728987 (-)
klhl18 klhl18 coding upstream 957080 42340682 ~ 42420087 (-)
puf60a puf60 coding upstream 1048189 42431791 ~ 42526586 (-)
mycb myc coding upstream 2216152 43599754 ~ 43602305 (-)
LOC118965613 NA coding upstream 2375727 43759329 ~ 43763318 (-)
G708437 NA non-coding downstream 7973 41330406 ~ 41353697 (-)
G708441 NA non-coding downstream 8884 41347871 ~ 41352786 (-)
G708438 NA non-coding downstream 17331 41331162 ~ 41344339 (-)
G708422 NA non-coding downstream 41887 41319120 ~ 41319783 (-)
G708412 NA non-coding downstream 53501 41307647 ~ 41308169 (-)
G708458 NA non-coding upstream 8469 41392071 ~ 41392482 (-)
G708460 NA non-coding upstream 9400 41393002 ~ 41393431 (-)
G708652 NA non-coding upstream 11334 41394936 ~ 41396213 (-)
G708653 NA non-coding upstream 18443 41402045 ~ 41661627 (-)
G708655 NA non-coding upstream 21134 41404736 ~ 41473990 (-)
slc22a16 LOC106571810 other downstream 1402057 39956961 ~ 40017167 (-)
G706683 stxbp5 other downstream 2135357 39219644 ~ 39226313 (-)
G704874 NA other downstream 3047867 38313489 ~ 38313803 (-)
G704702 NA other downstream 3323324 38037725 ~ 38038346 (-)
LOC110530908 otof other downstream 3869513 37474229 ~ 37626960 (-)
G709272 NA other upstream 1336169 42719771 ~ 42720699 (-)
G709454 NA other upstream 1787158 43170760 ~ 43171082 (-)
G711133 NA other upstream 3155191 44538793 ~ 44539504 (-)
G712814 NA other upstream 4074175 45457777 ~ 45458248 (-)
crfb16 LOC106568648 other upstream 4927528 46309732 ~ 46325685 (-)

Expression


Co-expression Network