XLOC_002622


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002622
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 10273729 ~ 10278533 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00006005
gtagaataaaaaacaaacttattATTCATTTTGAGGCACAAAAAACGCACAAAACACAAGCtcactgtattttattttctgaaaaaagaGTGCAAAACATATGACATACCAGTATTTACAGCACTTAATAAAAGGATGCAATCACGTGACCTCGTCCAACTCACCTATCATCGATCGTTTGGGGGTaactatttacaaaacaaaatagtCACACGTTTACAGTAGAGAAACCAAACTTACAACATACAGTCCCAGACCAGCAGGCCTTATAAAAAATCCCCAAAAGGTTCAAAACTCATTTCCGTTTATTATTTTAGCTTACTAAACAGAGCCCTCTGCTGGCTAAAAGTGAAATTGCATATGATCCACTTTTCATCCCTTATCTGCGACAGACAGCATCGTCTACTTTCAGATGTGCCTTTATTAAGATACCTGAAAACATACCTTCAGAAGATTTCCCTGGTAATATGCATTGATAGACTGGGTGTGAAGTATAGCAGCTTGTATATGATACACAATCAATTGTGGTAGAACCAGATACGTAGAACTTTTTTCTCTTAACGATAGCTACCCAGAGATAAGGGTAGAACATTTACATTTCGGACAGAGGTATATGTATGTGACTTTGGGTTTTGTTTGGCTAAATCTACCAGAATATGAAAACGCTATTGGACTAATAAGGTTAATGAATGTGTTGCAATTATTAGCTGAACTTATTTAAAAGGTTTTCCTTGAATTGTAATTGCTTGTACAAAAATGGTCatagtgttgctatgcagttattggtggttgctaggtggctaCTAACTGGTCCAAACCGAATGAGCACACATCCATTTCCTTATTCAAggctttaagatttttttttatctcttatATGCCGACATGAAAATCGCACACTGTCAATTACAAAATTTATATTTCACCTCTTATCAAAATCTCACAATATGAGGTATAATTCATGTCTGTTGGAAAAAATGGATGTGTTATGCAACAAAACAGGGAGTTTAAGCAAAACTCCTGATCCTTAATATTAGCGAAATGCATTAGCATAAACACAATGATTCTCCATATATCAGGTTGTGATTTCACTTATTGCCATAACATTGATTTCATCAAATGTCTTTGCTTACTTGTGATGGATGATCTCGACATAAACTTGATCCGTGAATTTTGGCTATATGGGTctcttaaataatttaaatacaaacaaacaaaaagccttATTGATATGGTCATATTGACTAAAATGACCTGCCGTGAAAGATATTAAAGTGGTCATATCATGATTGATTCAGTCCATTTTATTTACTCATCTATCATAGAACTGGCTGTTTTTGTGTGGCTGGCTTTATTTAATGCTCTTTTCAACTTTGATGATAAACACCAGCTCTGCTTTTAAAGTTTGCGCTGCCTCATGTGACAGATTCATCTAACAATTTGAGCTAAAAATTAACTTATTTACCACTATCAgatctagggctgtgcgatttggggaaaatatctaattgcaatttttttaacagatattgTGATTTTGATTTGCGATtcaattttgtagtcaagctttagCTCAATATTTTGTATCGTAGCTTcctactgctaaaatgcagtgagtgttagtctaaaaaaggaactgaaaagatatgaACTTAATCCAGCGTTTATTCAAATTTGCTTTTaaacattcagaaattaaacactacTTTTTGTCTAAACATTAAACAGTCGTAAGTTATGGCATTAGTTATTACATGGtgtctgtggtgcttttttagttgctggttgttgtatttcctcacATTGTGGCAACAATTTTGCGACAGCTCTTACAATTGACTagtttttgttcagtgtctgtAACTTTGAAGCCAAAATATTCCCATTTTACcaatgtcctgtttttctttgatactaatttgtctattaatgcttctgaagtggtAGTTGCTATCATCATCCGACTTGTCCATGCTTTCcggtttttaaattttttttgtgggCGTTCCCCATAGTTTGGTTGCTcagttctgattgggcagaacgaaagtgtgcttaCTCAATTGACTAGTAAGACGGCAAACACAGACAGCAGAAACAAATTTGCTCTGGGAGAgggaaattatataataaatataaatgtcatATAGCAACCTCCtgcgattagctaattgcaacgCTTCAAATCGAAGCGATTAATGGCACAGCCCTGAGCAGATCCTTCGAAATAGAACTCAGCGATATGACAAAAATGCaattttgataattattttccatattgactGATATTGTATATTACGATATACGTTGTTAATGCTTGcaaatttaaaagagtaccctAACAATCACTGAAGCCACAACAATTAGaagggtccattaaatggtaTAACACATATTCGCCTAATAAACCTTCGGTGGCTGaaaattcggtacatctctaatatcaacacaattttagattcccattgttgcacatttattattatttttttttgtgttactgGCTCttggatcaatatagagtaaaaaagttcAAAGATTATCATTGtaattgacataaattttatcgcgATTCGATATAATTTCGTTTATTGgcggaaatggtgttagtgaggctagcagttggcactcaacctgcggtctgttaGACCTCAACCTGGGTCCTAATagcccagtatagtgacagggactctatactgctctgtGAACGCCGTCTTgaggatgagacattaaaccaaggtcctgactctctgtggtcatgaaaaatcccaaaatgtcctttgaaaaagtgtaggggtttaaccccggcattctggccaaatttgcccactggcttctgtccatcatgtcctcctaaccatccccacaTTATAATTGGCttcgtctcctctccaccaatcagctggtgtgtggtgtgcggtctggcgcaatatggcttcTGTCGTGTtttccaggtggatgctgcacattggtagTGGATGAGAAAATTCCcctaatgtgtaaagcactttgagtgtctagaaaagcactatataaatgtaaggaattaattaTTGGCTCAGCCCTACTTCGAAAGGATCTGCATAGCTGTAGATGCTACGCCAAGCTAGACACAGTACAATATGTGGTGAATTTTCCAGTTTTGTAGCCTATGATTGGCTCAACCATTGGAGCTTTAGCTGTAAAGTATAGCTTCATGTACAATATGCAATTTTGAAATCTAAAGTGGATGGTCATATGCTAATTGTGCTATTTAGTTGTAATAAATAAACTTATGTCAATACATACTTGAGATCTGAGATAAAGACAAGCTCAGGGTTTGCTTAATATGTTGTAGATAAATCACAGTATTACTTGTATAATTAGTTCAAATAGAGCTTAGGACTAAAGTTCGTTCGCTCATCCAATATATATTGTTAATGTTTGCAGTGGGTGGTCATATGCTAATCTAACAATTATAAATACACTATTGCACTTCACATACTGAATGTTGCAGATGAACTCTCTCATTTCAAATACAAAGGACTGTTTAATACCTCATGATATGACCtctttagacaaaaataaaaaccccAGGACGACAGAAATAGAGGAAAGTAAACAGCATGTCTTCTATCTTACACTTCTTTGCTAACACATACAGACACCAAAGTGCTCTGGGAAGCAATGCTGTCAGACCTGGAGAGAGTGTGAAAGTGAGCATCTGTCAGACACTCATTAAAAATGAAAGCCCAATTCCATTTTTATCAATAAAGCCAtgacaaaacagaaaataaacataAGCGAAATGCAAAATAATGAGCATAAAAATAAGACTCTTTATCCAGCAGATATCCGTTTGAATTCATGATTTGGCAACTTACATTCAGACATCTGACAAGTGAGTGTGTATTCAGTCTATTCCAGCAAAAAGTCGTGACTATGAAACGTCAAAGCAGTCTCATCTCCGGTACAGAGACTCGTCCCCTTTACAAGTAACAAACACTGATTAGAACTCATAAATTCACATAAAACAGGATTCAGGCCCATTTGGGTTAAAGTCAACTTGGACTTCGTCACATTCTCTCCTTCTACAAAGAAAGTGGTCGCCACTGAAGAAAGAATTTTggctttagatttattttattccatTGCTGCAGTTCACATCTGTGTCCTTCAGGGGGCACGATCATGCTCGCATAAAGCCTGTGCCCTTTTGTGCCTTGTTTTGCAAAGTGAGTCCCTCATATTCTCCACCACGAAAAGCGTAATGGTACAGTCCAGGAGTAGGAGCCACAGACAGGTGAAGGGTCATACCATTTGTGGATTGTGGGTGGTGCTATAATTCACTGTGTCGTACAGGAGGTTCGAGCTTGTGGGATAGAGCGGTGAGGACTTTATCGAATTTCTCATAACGCTCCGTTTGACTGCCTTCAGAGCCACGACTGCCCCATAAAAGCCTCATCTGAAACTCTGTACAGAAGATCTCCAACACCTCCTTTCGCTCCTGGAAATCTGAGGAAAGATTAattgtaaagaaaacaaaaagaaatatttattagAATAATATCTGTATTGTATGTGAAAATAGTGCACTGCAATTCAAAGCATAACCAAAAGTTTTGGGACATCTGTCTTTACATGCACTGGAACTGTAATGGTTTAATATGGAATTGCTCACACTTTGCAGTAGGGGTGttaacctacactggtctcacggtttgcttcggttacgattatcatgccaacgattcggttcaatttgatatctcg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00006005 True 4752 lncRNA 0.37 2 10273729 10278533

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002620 strbp coding downstream 254935 9834896 ~ 10018794 (-)
XLOC_002619 NA coding downstream 612037 9646362 ~ 9661692 (-)
XLOC_002618 BX248511.1 coding downstream 735394 9534615 ~ 9538335 (-)
XLOC_002617 morn5 coding downstream 863661 9397305 ~ 9410068 (-)
XLOC_002616 mrrf coding downstream 927369 9305050 ~ 9346360 (-)
XLOC_002623 BX323065.1 coding upstream 40775 10319308 ~ 10332427 (-)
XLOC_002624 dbh coding upstream 285728 10564261 ~ 10607118 (-)
XLOC_002625 NA coding upstream 433645 10712178 ~ 10714227 (-)
XLOC_002626 NA coding upstream 505801 10784334 ~ 10787649 (-)
XLOC_002627 nrarpa coding upstream 582226 10860759 ~ 10864331 (-)
XLOC_002615 NA non-coding downstream 1006018 9266053 ~ 9267711 (-)
XLOC_002612 NA non-coding downstream 1127087 9145508 ~ 9146642 (-)
XLOC_002611 BX323017.1 non-coding downstream 1132050 9141565 ~ 9141679 (-)
XLOC_002638 NA non-coding upstream 1616840 11895373 ~ 11898575 (-)
XLOC_002642 NA non-coding upstream 3020306 13298839 ~ 13301973 (-)

Expression


Co-expression Network