XLOC_002623 (BX323065.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002623
gene name BX323065.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 10319308 ~ 10332427 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00004879
CGCGGAACTGAAGAGGAGGTTAACTCGCTCACTTCACACAGACATATGAAAGGATAAACTAGTTTCACTTTAAGAGGGAGGAGCAGAGCCCAGGAGGCGGGAGTTACGCCATGATTTATTAGGAGAAAAGGACAGCGAGGGGATCCTTCAGCTCGCGAGAGTCACGCTGatttgatgTATAAGGCACTAGTGTTGAGGAACCCTGTCTTTCATGGCTAAACAGTCAAGGCTGAGGTTAATACGCCACTGAAGACTACACCGTGTACCCGGAATAATCAAGGGGGCTGCCCCACAACCAAGCATCTCACTAAATGTCTCACCAGGAAGCTGCAGGAATGCAAGGTGTTTGTAGGAGTGAGGCATTTGTACTGTCAAGCATCCCCAAAAATGACTGCACACAAAAAGGACTTAGTGCTTTGTAACAATTGTGCCTCCCTCCTTCACTGGCCCTCCATTCTCCCTACCTTTCCTGTGACCCCAGCACTAGGCATAAAAGATCCATCAACAGTATCACTGGCTGCATTTACAAGTGAAAGGGGCCCAATAATGGAGCAGTTAGAGGAAGAATGGCTGGGCGCAGGGAGGCTCACAGATGTTGGTGGTTGAGGGGGAGGTGGGATGTAT
>TCONS_00006007
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>TCONS_00006008
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>TCONS_00004880
AGGGTCCCAGAGATTGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTAACATATAATATAAATCCAAGAATTGTGCCTGGACATCTGTTGCTGGAGATTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000082257 ENSDARG00000095365

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00004879 False 624 processed_transcript 0.49 3 10319308 10332427
TCONS_00006007 False 458 lncRNA 0.49 2 10324509 10330620
TCONS_00006008 False 3965 lncRNA 0.35 1 10327167 10331131
TCONS_00004880 True 91 miRNA 0.40 1 10329464 10329554

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002621 NA coding downstream 30625 10261345 ~ 10288683 (-)
XLOC_002622 NA coding downstream 40775 10273729 ~ 10278533 (-)
XLOC_002620 strbp coding downstream 300514 9834896 ~ 10018794 (-)
XLOC_002619 NA coding downstream 657616 9646362 ~ 9661692 (-)
XLOC_002618 BX248511.1 coding downstream 780973 9534615 ~ 9538335 (-)
XLOC_002624 dbh coding upstream 231834 10564261 ~ 10607118 (-)
XLOC_002625 NA coding upstream 379751 10712178 ~ 10714227 (-)
XLOC_002626 NA coding upstream 451907 10784334 ~ 10787649 (-)
XLOC_002627 nrarpa coding upstream 528332 10860759 ~ 10864331 (-)
XLOC_002628 exd3 coding upstream 547110 10879537 ~ 10969596 (-)
XLOC_002615 NA non-coding downstream 1051597 9266053 ~ 9267711 (-)
XLOC_002638 NA non-coding upstream 1562946 11895373 ~ 11898575 (-)
XLOC_002642 NA non-coding upstream 2966412 13298839 ~ 13301973 (-)
XLOC_002643 CR759894.1 non-coding upstream 2972638 13305065 ~ 13305183 (-)

Expression


Co-expression Network