XLOC_026410


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026410
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 29623117 ~ 29625935 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052467
cattgatgttgaaacactgatgctaccaatcacccctcgcttgattattaaagtcttattccttggagggtcgagtggtcatgggacctcacctgggtttcacaactgactttggatctggtctgaaactgaagtatgctgaagatgccttttgcactctggaatttaagggccgtgttgcagacacaatttgtttgtctgtgctggagaccagaggggaagctgtctttaaaaggatggggctcttatgccatatgtgaagttacctattcaggtgctttttgggcaccagtttggagatggaagacagacgaagtcaaagaagcagagaagacacatcaaccagcaagtgtgtaaaattatcaggaaaataattgaccttgaatagacgactgcctaatttagcaagaagttttttctctctctctcatgtgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgagagagagagagagcgcactctgaagcactgctttttatatgtatgctaaatatgatgtcagatttttttgttaatatgttcttatagtattttttgaggcttcaccttcaccttttgaaagttttctaaaatgtttacacagatgtcataaagctgtaaaataaatctgtaaaatgtat
>TCONS_00052468
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>TCONS_00052469
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>TCONS_00052470
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>TCONS_00052471
tttgttcactgtaacgttaacgttaagttagtcaaataaactaaactcattatgaaacaagtcttaactgttttattaaatgaggcttataatacaattcagttgtattcttttaaactaacactaacacagtacatattgtatatttctcactggtgttaatgcagtgctaacatttactaatgagaactaattgtttatgtcactaactgtagattttattttttggtgttcaggtgtacctgataatagctgaagtgtgagccacagccattgatgttgaaacactgatgctaccaatcacccctcgcttgattattaaaggtaatgttgatgccttcctcatttttattagatttttaaatgtcaagtttttcacagatttgttgtgagcagtttcttgtacacACTCTTtttcttccagaagttccaccagtacctccagtagtagtaaatattagacaaagattttttttaactatagtttttatttttattagcaattttactgggcatgtgtgtttgtttgcttggtttttaataggcagagcatggaatgtcaactttgtttctacaaacaaatttaattattcacaaacacctctaatttagtccttctttcccccttttagtcttattccttggagggtcgagtggtcatgggacctcacctgggtttcacaactgactttggatctggtctgaaactgaagtatgctgaagatgccttttgcactctggaatttaaggtaatgtcaacaat

Function

GO:

id name namespace
GO:0050793 regulation of developmental process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052467 False 681 lncRNA 0.36 4 29623117 29624786
TCONS_00052468 False 735 lncRNA 0.40 5 29623488 29625626
TCONS_00052469 False 554 lncRNA 0.42 6 29624097 29625576
TCONS_00052470 False 665 lncRNA 0.43 5 29624097 29625935
TCONS_00052471 True 763 lncRNA 0.34 2 29624295 29625207

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026409 BX571960.1 coding downstream 70355 29552641 ~ 29552762 (-)
XLOC_026408 cyth4a coding downstream 114158 29487300 ~ 29508959 (-)
XLOC_026407 NA coding downstream 240512 29376613 ~ 29382605 (-)
XLOC_026406 BX005369.2 coding downstream 371052 29251949 ~ 29252065 (-)
XLOC_026405 BX510989.2 coding downstream 713169 28899595 ~ 28909948 (-)
XLOC_026411 BX571960.2 coding upstream 29026 29654961 ~ 29671653 (-)
XLOC_026412 si:ch73-233k15.2 coding upstream 48373 29674308 ~ 29688399 (-)
XLOC_026413 BX901883.4 coding upstream 87276 29713211 ~ 29717145 (-)
XLOC_026414 BX901883.6 coding upstream 144207 29770142 ~ 29770258 (-)
XLOC_026415 NA coding upstream 209230 29835165 ~ 29863606 (-)
XLOC_026400 BX510989.1 non-coding downstream 717625 28801366 ~ 28905492 (-)
XLOC_026417 BX901883.1 non-coding upstream 241469 29867404 ~ 29867540 (-)

Expression


Co-expression Network