G759937


Basic Information

Item Value
gene id G759937
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048572.1
NCBI id CM023226.2
chromosome length 91622588
location 89773472 ~ 89774912 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU863666
ACCCACCTCTGCGTTCGACTTGCCATCCAATGAGAGTGGAGACAGAAGCTGAGGATAAAGAACTTATTTTTCTACATTGATATTGGACTCTGTTAAACAGTATTATACTATAGTAGCCTTTTGTAAGAAGCTTAATAGAAATGCCAATAGTCAAGAAATCATTTAATAttttcatttcaattaacatatTCATAACAATCATACGTCCTTTCTAATATACATTTTGACCAAGATCAAATCAGTGTGAAATTGAGTTTAAGTGAGTTATTTTTTTCTGCAAAAAATGTGGTTATTGTAAAAATAGGGTCAAACATGATTGCATACCCTCTAATTAAGGTGGGTTGGGAGAGACCTTCATGCGTCTCCTCACAACTAAGAGTTCCATTAGTCAACAAACCACTTTCCATTGCTGATTAACTTGGCATCTGAGATGAACAGACATGGATTCATTTGGCATGTGATGGGGTCAAattggggtcatgataggggctgcaccaaatgattgatgtattataataattgattatgcttatgttgtattaatagaaggggaggggttatTGGACCCCACCTCCTCTACATTTATAGGATCatagactacagattaacaatatttatatattcattataatgttttaaaattgttcCAAAGTCTTTCAGGGGAGTAGAAGAGATAAGAGTCTAGTCTGACAGACCTCTATAAATCAACTTGGGGACATTTACTGCTGAGGCCTTAGAAAACACTGGAACTATTGTATCTCTCTTGCAcgtttgtatagctgtgtatgcATGGGC
>TU863659
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>TU863662
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>TU863670
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>TU863675
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>TU863663
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>TU863667
CCACTTTCCATTGCTGATTAACTTGGCATCTGAGATGAACAGACATGGATTCATTTGGCATGTGATGGGGTCAAattggggtcatgataggggctgcaccaaatgattgatgtattataataattgattatgcttatgttgtattaatagaaggggaggggttatTGGACCCCACCTCCTCTACATTTATAGGATCatagactacagattaacaatatttatatattcattataatgttttaaaattgttcCAAAGTCTTTCAGGGGAGTAGAAGAGATAAGAGTCTAGTCTGACAGACCTCTATAAATCAACTTGGGGACATTTACTGCTGAGGCCTTAGAAAACACTGGAACTATTGTATCTCTCTTGCAcgtttgtatagctgtgtatgcATGGGCTTGGTCTGATGAGTAGCAGGTAATGACATATGCAGTGACATCACAAGGGGGTTGACTACAAGCATGACAAAAGCAACTTGGACTTTTCCTATGGGGCAGAACTCATGAGAGACATCAGttgtatgtgtgatgtttgatCTTTGACTTCTGTCTACAGATGTATTTTTATTGATTAAAATTGTTATGATTTATAAGTGCACACATTTTGAGTGTTCCTTATTTGTTAAGTAAACAGAACCAACACATGTGAGATGAACAGAAATGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACATGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACACGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACACGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACACGGAGTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGAAACACTAGCTACTGCAACTATCCAAAAGCCTCAATCTAAGACATGATCAAAAGGATTATAAAAACGCCTAGAACTGCAACAAAGAAAAATGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACAC
>TU863660
ACTCGGCATGTGAGATGAACAGACATGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACACGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACACGGATTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGACACGGAGTAACTCGGCATGTGAGATGAACAGAAACACTAGCTACTGCAACTATCCAAAAGCCTCAATCTAAGACATGATCAAAAGGATTATAAAAACGCCTAGAACTGCAACAAAGAAAAATGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACACTCGTCTTGTTCTAGAAGCAACAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU863666 False 795 lncRNA 0.36 1 89773472 89774266
TU863659 False 590 lncRNA 0.37 1 89773677 89774266
TU863662 False 1236 lncRNA 0.38 1 89773677 89774912
TU863670 False 786 lncRNA 0.37 1 89773677 89774462
TU863675 False 718 lncRNA 0.38 1 89773677 89774394
TU863663 False 399 lncRNA 0.38 1 89773868 89774266
TU863667 False 1045 lncRNA 0.39 1 89773868 89774912
TU863660 True 377 lncRNA 0.43 1 89774536 89774912

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118965583 LOC106569839 coding upstream 198308 89560138 ~ 89659347 (+)
pigk pigk coding upstream 451919 89296952 ~ 89321553 (+)
LOC110530860 LOC106569749 coding upstream 482131 89225089 ~ 89291341 (+)
LOC118965581 NA coding upstream 509522 89261614 ~ 89263950 (+)
usp33 LOC106569751 coding upstream 549766 89148990 ~ 89223706 (+)
yipf1 yipf1 coding downstream 15998 89790910 ~ 89837790 (+)
zgc:113691 LOC106569840 coding downstream 78554 89853466 ~ 89854375 (+)
ndc1 ndc1 coding downstream 86909 89861821 ~ 89911594 (+)
best4 LOC106569841 coding downstream 142130 89917042 ~ 89932074 (+)
hectd3 hectd3 coding downstream 157296 89932208 ~ 89947643 (+)
G759906 NA non-coding upstream 47185 89724812 ~ 89726287 (+)
G759905 NA non-coding upstream 49419 89723740 ~ 89724053 (+)
G759904 NA non-coding upstream 53587 89719525 ~ 89719885 (+)
G759901 NA non-coding upstream 60065 89713191 ~ 89713407 (+)
G759887 NA non-coding upstream 81370 89691549 ~ 89692102 (+)
G759950 NA non-coding downstream 21931 89796843 ~ 89814341 (+)
G759954 NA non-coding downstream 25630 89800542 ~ 89801733 (+)
G759967 NA non-coding downstream 79947 89854859 ~ 89855189 (+)
G759970 NA non-coding downstream 82547 89857459 ~ 89857740 (+)
G759979 NA non-coding downstream 136957 89911869 ~ 89912304 (+)
G759892 NA other upstream 76565 89696420 ~ 89696907 (+)
slc25a24l LOC106569755 other upstream 679078 89074624 ~ 89139486 (+)
G759598 NA other upstream 911644 88861079 ~ 88861828 (+)
G759556 NA other upstream 1072053 88697974 ~ 88701419 (+)
G760623 NA other downstream 385358 90160270 ~ 90208959 (+)
G760718 NA other downstream 599175 90362653 ~ 90400472 (+)
LOC110530875 rpl37a other downstream 925383 90700188 ~ 90709778 (+)
ndufb3 ndufb3 other downstream 962379 90737231 ~ 90743084 (+)
G760857 NA other downstream 995205 90770117 ~ 90771037 (+)

Expression


Co-expression Network