XLOC_026584 (psmd11a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026584
gene name psmd11a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34801146 ~ 34816979 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00051791
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>TCONS_00053067
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>TCONS_00051793
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>TCONS_00051792
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>TCONS_00051794
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Function

symbol description
psmd11a Predicted to enable structural molecule activity. Predicted to be involved in proteasome assembly; stem cell differentiation; and ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be located in cytosol and nucleus. Predicted to be part of proteasome regulatory particle, lid subcomplex. Orthologous to human PSMD11 (proteasome 26S subunit, non-ATPase 11).

GO:

id name namespace
GO:0048863 stem cell differentiation biological_process
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process biological_process
GO:0043248 proteasome assembly biological_process
GO:0022624 proteasome accessory complex cellular_component
GO:0005829 cytosol cellular_component
GO:0008541 proteasome regulatory particle, lid subcomplex cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0000502 proteasome complex cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0005198 structural molecule activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-2711 Predicted to enable structural molecule activity. Predicted to be involved in proteasome assembly; stem cell differentiation; and ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be located in cytosol and nucleus. Predicted to be part of proteasome regulatory particle, lid subcomplex. Orthologous to human PSMD11 (proteasome 26S subunit, non-ATPase 11).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000060150

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00051791 False 4900 mRNA 0.37 13 34801146 34816979
TCONS_00053067 False 2378 lncRNA 0.32 2 34801999 34804718
TCONS_00051793 False 3080 lncRNA 0.33 3 34801999 34806079
TCONS_00051792 False 2015 mRNA 0.47 13 34803948 34816893
TCONS_00051794 True 734 nonsense_mediated_decay 0.50 8 34805839 34813969

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026583 nsfa coding downstream 105 34766989 ~ 34801041 (-)
XLOC_026582 thraa coding downstream 47541 34688022 ~ 34753605 (-)
XLOC_026581 znfl1 coding downstream 144401 34652144 ~ 34656745 (-)
XLOC_026580 NA coding downstream 159173 34641048 ~ 34641973 (-)
XLOC_026579 tac4 coding downstream 176401 34623560 ~ 34624745 (-)
XLOC_026585 NA coding upstream 130423 34947402 ~ 34948061 (-)
XLOC_026586 ndufab1b coding upstream 718142 35535121 ~ 35541381 (-)
XLOC_026587 dctn5 coding upstream 733891 35550870 ~ 35554809 (-)
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XLOC_026589 gng13b coding upstream 772233 35589212 ~ 35602233 (-)
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XLOC_026547 BX649502.5 non-coding downstream 736210 34063955 ~ 34064936 (-)
XLOC_026544 BX649502.10 non-coding downstream 742429 34058679 ~ 34058717 (-)
XLOC_026600 NA non-coding upstream 1503260 36320239 ~ 36323625 (-)
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XLOC_026612 FO744883.1 non-coding upstream 1939054 36756033 ~ 36756149 (-)

Expression


Co-expression Network