XLOC_026628 (si:dkey-260c8.6)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026628
gene name si:dkey-260c8.6
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 37757385 ~ 37759996 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00051875
agtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTTTATACTCATATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTCTTGATGACAACTTGATGATCTGCAGGAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTCTTGGGATGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAGTTTGGCCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGACCGAAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAACAGAATCCACGAAACTGGCAGTGACCGGAAACCAGTTGGAAGACTTTGGTCTGTGACGTAGAGGAGTGGGCAGAGGtagcagaagcgaagacaacaaaaaacagaagtgatatggaTGTCTTCGTCATATGGCATGactctgctgacccagcaacaaagaggagggtgttcaacatcatcctgctagtcaggattcttcaggagcagtggattcttgtggcagagatggccaaccactataaatacctttcAACTAATCCTGGTTCCTTCAAAGAACTTTCCTGCTTGTTTGCTACTGAAaaattcgacatgtggcctaaacgaagaggggttaaaaggtctatggatcatcattctcagaaagcaacaaaatatctgagaaataaacaacaatacgatGGTGCAATCTGGAGACCTGCAAGGTACCTGCAAGTTTTGGCTGGAGCAGAGAacatagattttttaaataaagctccagctgatgagtttgacattgactgtggattttcttttactgtaatccagaagaggatgaccttaaccctgaatctaaagcatgtaataaaatctgtaaaaataaaataaaattttcatcatctataaccaaa
>TCONS_00051876
GTGATTCCTTTATACTCATATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTCTTGATGACAACTTGATGATCTGCAGGAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTTAGTGAAGTTTTTCATTccatgtatattaaatatctacATTGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAGTTTGGCCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGACCGAAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAACAGAATCCACGAAACTGGCAGTGACCGGAAACCAGTTGGAAGACTTTGGTCTGTGACGTAGAGGAGTGGGCAGAGGGTGAggaaattcttattaatattaaatgtagtcatgaaaaattgtaagtgttactattattgtcatttttttcagtagcagaagcgaagacaacaaaaaacagaagtgatatggaTGTCTTCGTCATATGGCATGactctgctgacccagcaacaaagaggagggtgttcaacatcatcctgctagtcaggattcttcaggagcagtggattcttgtggcagagatggccaaccactataaatacctttcAACTAATCCTGGTTCCTTCAAAGAACTTTCCTGCTTGTTTGCTACTGAAaaattcgacatgtggcctaaacgaagaggggttaaaaggtctatggatcatcattctcagaaagcaacaaaatatctgagaaataaacaacaatacgatGGTGCAATCTGGAGACCTGCAAGGTACCTGCAAGTTTTGGCTGGAGCAGAGAacatagattttttaaataaagctccagctgatgagtttgacattgactgtggattttcttttactgtaatccagaagaggatgaccttaaccctgaatctaaagcatgtaataaaatctgtaaaaataaaataaaattttcatcatcta
>TCONS_00053076
ccaaggttcactgcggttttccacaaggtaagtaaaaagtaaataaagacgatttgttgataaagcatgtactgtaaactagcgacgttatctaattacatcaagttcatttattaaaaacatatttttctcaaatataacgttggtcatgcatagctcagaacaatatatacattttaagatgaggaacagtgttaccagattgttgttttccacaatagaattcgtgcaaaatcttTATATGATATGCAgtatgcaactctaataatacaaatgtattcgtaattgtttcaatattaaagaacatcaagtgtttccaaaggttaattgtaaaaacaattattttccatgcctttaaaggaaaaaaggcagaaattttgcccgtctgagcacatttttaatttaatttaatttttatttttaatctaccacacacacacacacatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacaggtgtaaattataaggtgttcactgttcagatatgaatattttttctttgctcttttcaggttctttagatttctttaaaaatccaattttgttttctaataagcaAAAAGTAAAGCCACTTTACCCATGTCTATATGTTAAATTGAActtgtctctctctctatctctgttaacacatttgtatttgtttgattaattcttGTGTCTTTCAGCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTTTATACTCATATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTCTTGATGACAACTTGATGATCTGCAGGAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTTAGTGAAGTTTTTCATTccatgtatattaaatatctacATTGTTTAGGCATATATGATTGTACgagataaaatgcatttatttatgtatgtgttgaaactaaattaacaagaaaacagctctttGATGTTCACCTAGTAAAATTAGATTAGAAGATAATATTTTGAAGGTTTATTTACAGCTAAGGATTAAGGATTGACAGGAAGATTTGTGGACTACATCAACTAATGACACTACCTCCAAAGAGTTGCAAAAAGCTGTCCAAAGTTTCAGCACCATCTTTAAGCCCATGATTTTAGTGTGTTTCATGCCTAAGCACATGAGTTTAAATCTGAGATAGATGAACTATATGATTATCTTAAACTGATCTACAGGTAAATGCCAAAACTTATTGGTTtacttatttgcttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttttttgtatatgttaACCAGGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTCTTGGGATGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAGTTTGGCCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGGTAACGATATCCACTAGTGTTTGTTTTAGTTGTTCTGTAACCTATTTAAATAGTATTGTGATTTTTGATTGCTTATCACTGTAGACCGAAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAACAGAATCCACGAAACTGGCAGTGACCGGAAACCAGTTGGAAGACTTTGGTCTGTGACGTAGAGGAGTGGGCAGAGGGTGAggaaattcttattaatattaaatgtagtcatgaaaaattgtaagtgttactattattgtcatttttttcagtagcagaagcgaagacaacaaaaaacagaagtgatatggaTGTCTTCGTCATATGGCATGGTATGTACACTAGACTTCTGTCAGTGTTGATTCTTTAAAAGTTGACGTATAATCCTTGTTATAGAactttctttttataaatatatttcagactctgctgacccagcaacaaagaggagggtgttcaacatcatcctgctagtcaggattcttcaggagcagtggattcttgtggcagagatggccaaccactataaatacctttcAACTAATCCTGGTTCCTTCAAAGAACTTTCCTGCTTGTTTGCTACTGAAaagtatgtatttgtattatttggcacagacataagcataaggttacccagtccaaaggacattaatatatttttatgttgttgtgttcttttaagattcgacatgtggcctaaacgaagaggggttaaaaggtctatggatcatcattctcagaaagcaacaaaatatctgagaaataaacaacaatacgatGGTGCAATCTGGAGACCTGCAAGGTACCTGCAAGTTTTGGCTGGAGCAGAGAacatagattttttaaataaagctccagctgatgagtttgacattgactgtggattttcttttactgtaatccagaagag
>TCONS_00051877
cattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTTTATACTCATATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTCTTGATGACAACTTGATGATCTGCAGGAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAGTTTGGCCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGACCGAAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAACAGAATCCACGAAACTGGCAGTGACCGGAAACCAGTTGGAAGACTTTGGTCTGTGACGTAGAGGAGTGGGCAGAGGcagaagcgaagacaacaaaaaacagaagtgatatggaTGTCTTCGTCATATGGCATGactctgctgacccagcaacaaagaggagggtgttcaacatcatcctgctagtcaggattcttcaggagcagtggattcttgtggcagagatggccaaccactataaatacctttcAACTAATCCTGGTTCCTTCAAAGAACTTTCCTGCTTGTTTGCTACTGAAaagtat
>TCONS_00051878
CAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAGTTTGGCCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGGTAACGATATCCACTAGTGTTTGTTTTAGTTGTTCTGTAACCTATTTAAATAGTATTGTGATTTTTGATTGCTTATCACTGTAGACCGAAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAACAGAATCCACGAAACTGGCAGTGACCGGAAACCAGTTGGAAGACTTTGGTCTGTGACGTAGAGGAGTGGGCAGAGGcagaagcgaagacaacaaaaaacagaagtgatatggaTGTCTTCGTCATATGGCATGactctgctgacccagcaacaaagaggagggtgttcaacatcatcctgctagtcaggattcttcaggagcagtggattcttgtggcagagatggccaaccactataaatacctttcAACTAATCCTGGTTCCTTCAAAGAACTTTCCTGCTTGTTTGCTACTGAAaagt
>TCONS_00051879
ataaggtgttcactgttcagatatgaatattttttctttgctcttttcaggttctttagatttctttaaaaatccaattttgttttctaataagcaAAAAGTAAAGCCACTTTACCCATGTCTATATGTTAAATTGAActtgtctctctctctatctctgttaacacatttgtatttgtttgattaattcttGTGTCTTTCAGCCTGTTTCTGCCTATCACCATGAGTGATTCCTTTATACTCATATTTATCATCAAGATCTCAATTATAAGCTCAAGTCTTGATGACAACTTGATGATCTGCAGGAAGCACCACCATGTAAGGAAGGCCAAGACCACTCTGGAATCAGTCAAGGGTGAAATGGAGTGAGGCATACCAGGATATGCCTGGTTTTACTCTTGGGATGGAGGTTGAACAGTGCAATATTTCTTCTATAGGATTGCAGTGACCAGACATGCTACTGTAACTCTCATGGTCATGTGCTGGAATTAGCAGATATTCAACAGTTTGGCCATCTTGCTGACCTATTGATATCAGAAGACCGAAACAGCTCTGCAAAGCAAGTTGGAAAACAGAATCCACGAAACTGGCAGTGACCGGAAACCAGTTGGAAGACTTTGGTCTGTGACGTAGAGGAGTGGGCAGAGGcagaagcgaagacaacaaaaaacagaagtgatatggaTGTCTTCGTCATATGGCATGactctgctgacccagcaacaaagaggagg

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-120215-121 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096233

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00051875 False 1039 mRNA 0.42 7 37757385 37759969
TCONS_00051876 False 982 mRNA 0.39 5 37757393 37759147
TCONS_00053076 False 2472 lncRNA 0.33 1 37757463 37759934
TCONS_00051877 False 679 mRNA 0.44 6 37757780 37759996
TCONS_00051878 False 537 mRNA 0.42 3 37757782 37758487
TCONS_00051879 True 734 mRNA 0.40 5 37757921 37759373

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026627 gpatch8 coding downstream 57393 37662444 ~ 37699992 (-)
XLOC_026626 NA coding downstream 107996 37634100 ~ 37649389 (-)
XLOC_026624 arf2a coding downstream 168530 37558491 ~ 37588855 (-)
XLOC_026625 NA coding downstream 172578 37581522 ~ 37584807 (-)
XLOC_026623 SRCIN1 coding downstream 280910 37235924 ~ 37476475 (-)
XLOC_026629 baxa coding upstream 6477 37766473 ~ 37773800 (-)
XLOC_026630 baxa coding upstream 16493 37776489 ~ 37785873 (-)
XLOC_026631 BX936420.1 coding upstream 765983 38525979 ~ 38529416 (-)
XLOC_026632 mpp3a coding upstream 887991 38647987 ~ 38692920 (-)
XLOC_026633 si:ch211-198m17.1 coding upstream 945429 38705425 ~ 38745598 (-)
XLOC_026621 CT573704.2 non-coding downstream 681572 37075698 ~ 37075813 (-)
XLOC_026619 NA non-coding downstream 785163 36969403 ~ 36972222 (-)
XLOC_026618 CT573704.1 non-coding downstream 789392 36967871 ~ 36967993 (-)
XLOC_026636 NA non-coding upstream 1211439 38971435 ~ 38975698 (-)
XLOC_026637 NA non-coding upstream 1352318 39112314 ~ 39113547 (-)
XLOC_026646 CU464118.1 non-coding upstream 1611877 39371873 ~ 39454903 (-)
XLOC_026648 NA non-coding upstream 1801788 39561784 ~ 39563301 (-)

Expression


Co-expression Network