LOC110532396 (LOC106571991)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110532396
gene name LOC106571991
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 54245323 ~ 54249584 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021616271.2
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>TU931848
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>TU931849
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>TU931842
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>TU931844
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>TU931846
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>TU931843
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>TU931845
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Function

NR:

description
centrosomal protein of 104 kDa isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0006486 protein glycosylation biological_process
GO:0005794 Golgi apparatus cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0008378 galactosyltransferase activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021616271.2 False 2593 mRNA 0.39 1 54245323 54247915
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TU931842 False 1706 lncRNA 0.38 1 54247792 54249497
TU931844 False 737 lncRNA 0.37 1 54247792 54248528
TU931846 False 1793 lncRNA 0.39 1 54247792 54249584
TU931843 False 364 lncRNA 0.34 1 54248165 54248528
TU931845 True 1333 lncRNA 0.38 1 54248165 54249497

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110532392 dffb coding upstream 5817 54234796 ~ 54239506 (+)
LOC118966073 NA coding upstream 11876 54231749 ~ 54233447 (+)
LOC110532391 LOC106571996 coding upstream 571825 53596083 ~ 53676213 (+)
LOC110532390 gbrd coding upstream 819630 53404905 ~ 53425693 (+)
LOC110532385 LOC106572000 coding upstream 1030561 53202981 ~ 53214762 (+)
LOC110532395 LOC106571990 coding downstream 47107 54295022 ~ 54306173 (+)
twist3 LOC106572367 coding downstream 678813 54926728 ~ 54934570 (+)
LOC110532404 LOC106572363 coding downstream 944438 55192353 ~ 55207365 (+)
LOC110532406 LOC106572360 coding downstream 969691 55217606 ~ 55224372 (+)
LOC110532408 ctbl1 coding downstream 1080197 55328112 ~ 55372587 (+)
G819373 LOC106571994 non-coding upstream 1708 54241862 ~ 54243615 (+)
G819407 NA non-coding upstream 13805 54231284 ~ 54231518 (+)
G819403 NA non-coding upstream 17314 54227571 ~ 54228009 (+)
G819402 NA non-coding upstream 18078 54226939 ~ 54227245 (+)
G819401 NA non-coding upstream 19924 54225065 ~ 54225399 (+)
G819412 NA non-coding downstream 2789 54250704 ~ 54254479 (+)
G819416 NA non-coding downstream 7849 54255764 ~ 54256999 (+)
G819417 NA non-coding downstream 9197 54257112 ~ 54257452 (+)
G819418 NA non-coding downstream 9602 54257517 ~ 54257963 (+)
G819421 NA non-coding downstream 15463 54263378 ~ 54263601 (+)
LOC110532368 LOC106572016 other upstream 1517803 52692676 ~ 52734929 (+)
LOC110532349 LOC106591969 other upstream 1919683 52323001 ~ 52325924 (+)
G815767 casz1 other upstream 2898829 51345372 ~ 51346494 (+)
G815610 NA other upstream 3166381 51078447 ~ 51078942 (+)
G815428 NA other upstream 3444942 50796214 ~ 50800381 (+)
G819897 NA other downstream 478956 54726871 ~ 54727376 (+)
G820665 NA other downstream 985343 55233258 ~ 55233798 (+)
dlgap4a dlgap4 other downstream 1283122 55531033 ~ 55647541 (+)
G820944 NA other downstream 1449725 55697640 ~ 55697978 (+)
G821363 uhrf1bp1 other downstream 1726127 55974042 ~ 55975316 (+)

Expression


Co-expression Network