XLOC_026744 (BX769173.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026744
gene name BX769173.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 48986671 ~ 48993580 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052068
ATGTTTTGTCTTTGTGTGCCTCTATATTCGTTCAGTAAAATGGCAGAGGTGAGAATTTCAGTGGATCAGATTGAGTTTATGTGTCCAGTGTGTTTGGATCTCCTAAAGGATCCGGTGACCCTCCACTGCGGACACAGCTATTGTAAGAGCTGTATTACAGACTTCTGGGATCAGGAGTATGAGAAGAGAATCTACAGCTGCCCTCAGTGTAGACAGAGCTTCACTCCAAGACCTGCTTTAGCTAAAAACACCATGCTGGCTGAAGTGGTGGAGAAGCTCAAAAAGACTAAACCTCCTGCTGACTGTTGTGCTGGAGCTGGAGATGTGCAGTGTGATGCCTGTACTGGAACAAAATACAAAGCCGTCAAGTCCTGTCTGCAGTGTCAAGAATCTTACTGTCAAACTCATTTTGAGCGTCATGAGGAGTTTCACTCTCGTAAACCACACAAAGTGATTGATGCAACTGGACAACTGCGGGACATGATCTGCCAGAAACATGGGAAAGAGCTGGAAATCTACTGTATTACTGACCAACAATGCATCTGTGAGCTGTGTAAGGAGTATGAACATAAAAACCACGCAACTGTATCAACAGCAGAACAGATGACAGAGAAACAGCAAGAGCTGAAGGAGAGGCAGGTAAAGCTTCAGCAGAGAGAGAAAGCTCTTCGGAAACTGAAAAATGCAGTGGAGTCTCAAAAGGTGAGTGGAGAAGAGGAGAGGTTTTTCCTCAGTCTCAGTTTGACTTTCCTCAAGTCCTCGAGCTCTTTGATTCTTACTGAAGCTTACACTGTCTCTAATGTGTGATTGTGATTTGTTTATCAGCGATCTGCACAGACAGCAGTGGAGGACACTGAGAAGATCTTTACTGAGCTCATCCGCTCCATTCAGAAAAAACGTACTGAGCTCACACAGGTAATCAGTTCTGCAGAAAAGACTGCAGTGAGTCAAGCTGAAGAACACATGGAGTATCTGGAGCAAGAGATTGAAGATCTGAGGAGGAGAAACGCTGAGCTGGAGCAGCTTTCACAAACACAGGAACATGTTAATTTCCTGCAGGTAACAGAGATTGAGAAGAACAGCATCTTAGGGAAGTTGAGCATAATACTGCAGTAAAAGCGGGACAAATAGAGAAaagttcagcagaaaaaaaaaatcagcagctGATTTCTGTCAGGATTTGATTATTGTGTGAAGTGAAGGTGATGAGGTGGATTTGTGTTTTCTGCAGAGATTTCAGTCTCTCCCAGCTCCTCTTGAATCTACAGATGGTTACTTCAGTTCTTTCTTGTGTTTTGATGCTATGAAAGAATCTGTCCATGAGCTGAAGAGCAAACTGGAGAATTTGTGCAAAGAGGAGATCAAGATGATCTTAGACAGAGGTAAAGTCCTGGAGATTCATCTCCTCTTAAAAATggtgaaataaaatcaaatatggAATGAAATACTGAATGAAATACGGTTAATGTGTTTTGAtttccacagtcaccagctttGTTCCCAAGACCAGGAATGACTTCCTACAGTGtaagtgaataaaataataataataaaaaacaagcagAAAACTCAACTGTGGAACATGAAAAGATGACGAAGATAAAGATATAGAAGATAGAGgagtttaataaatgttgattAATGTTAAGAATGATGGCTAAGTGGACTTGATTTGAAAAagcaaaatagtaataaaatgattagcaaaaaattatattaagaaTTAAAACGAGATTCTTGTTTCATTACATTGAATAATCTTATGATATAAAGTCAAGAAATAGCATGATATTATTTGCCAGACAGTAAAATAACAAAGctcaaaaacatatttaatgtatACAACAACATTTCAACTGTAGCACAGTAGAAgacaaatacaaacaaaacaaaaattgcctCAAGCCATTAACTGGTTAGTAAGAAGAACAGAGTTCATCCTGACAACAGcccatatgccttcagtggttcaatcccCCTTAATACTGACATTGGGGAACAACAAAGAACAGAGGTAGCAACACatcgtcactttagaattattagattctatctgacatttgtgtcaaattattcatatattcttattaaataacaaCTTATTAATAggatgtgatttttttaaataagttgtttacattttaagaattttgattaaaaaaaagtaaaaaaaaaaaaaaggtcgaACCCTAGCCTAAAGAAACACATAATCAAAGTTGACTAAATAATGCTACGCTACACAAAATTGAGAGGAAACCTGAAAAGATGTAAAAAGACATGTAAATGTGATGCATTTGAAGcatttttttgacattgagatgaaatgttacattttacaatGTTGAAAAAGAAAGTTattaaataatgtcattttttttatttgtgcatatatagtcagtgaaacacttttcagtgtttattaaactcatttgctcattgtgtgttttcttttaaagtctttaaattcgATATTAAGCCTTGAGgggcaaataattaatttaattcatggggcaaatacttcaataaatataattcaaaagTTTATATTAAGCATAAAATTCAATAAGCATAAAATcaatagttaatataaagcatgCAATTCAATAAATATGACCATGTTAATTCCATAAAATTAACAGCGGCACtggataaaatatttaacatagCCTTGTGTGCTAAATTTCAACAAGAACAAATATTCACCCTAAAACATTAagtaaatgttatagaaagcaaaaaagtaactttcatttaacattcatttacatttttttatgtatttcttgaTAAGTAGTCCTTCAGTTAATGAGCTGccagagagaaccttataattccaagaggAAAATAGAAtaagaaggttctatctgcatttgccctgtttcttttaccccaatttgcaaatgtGAGAAAATTTTTGATTTATATTGAGCATACATTTCAGAattaaatcattcagaacacagatagaaacttataattctaaggtgatgacaTGTTACTAAGAGCTATTAGATTTTCGAGGGTCATTTACCTGCACatgcactctctctttctcttgctcCATGAATTAACATAAAATCTAGGTGGAGATGGACAATTATGGGAAATCtgtctatatataaatattagtggtgggccattattggcgttaacgtgctgcgttacTTTTATCGCACGCTAAAAAAATATCGCCATTGATCTATTCTCAAAGTTAAGTTGGGAGCtaggtctattctacgcaagctgtgatgactttcaccttgatattttagcacagATGTATTCCTGACTgatgagccgtctgacaaaaaagtgcccttctgaatcaaatcagcaggatgcctgactttaactggaGTTCAGCAGTTTAACTTTAACTCACGAAAATGTAGTTCATAACGGTGACAAACTGAGGtgttagacgcaaataaggagtaaggattggtgagagtgttatggaatttaataatgcacgctaaatggaaagaaaaaacttccacatttcgcgatgtatatatatatatatatatatatatatatatatatttattattattatatatataataatatttattattattattatatatatatatatatatatatataaatacagagttgaagtctgaattattagtccccctgtttattttttccccagtttctgtttaacggagagaagattttttttcaacacatttctaaacataatagtttttataactcatctctgttaactgattcattttatctttgtcatgatgacagcacataatattttactagatatttttcaagacacttctatacagcttaaagtgacatttaaatgcttaactaggttaattaggtcaactaggcaggttagggtaattaggcaagttattgtataacgatggtttgttctgtagactatcagaaaaaaaaaattgcctaaaggggctaataattttgtcctaattATTATTTGTcctaaaattaaaactgcttttattctagttgaaatagtacaaataagactttctcaagaagaaaaaatattatcagacatactgtgaaaattcccttgctctgttaaacattg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000110960

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052068 True 4087 mRNA 0.34 2 48986671 48993580

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026743 BX769173.3 coding downstream 6352 48965923 ~ 48980319 (-)
XLOC_026742 ARHGAP44 coding downstream 270249 48638594 ~ 48716422 (-)
XLOC_026741 ndel1b coding downstream 374593 48584684 ~ 48612078 (-)
XLOC_026740 atp5pd coding downstream 426765 48549294 ~ 48559906 (-)
XLOC_026739 NA coding downstream 512917 48461497 ~ 48473754 (-)
XLOC_026745 NA coding upstream 6323 48999903 ~ 49001293 (-)
XLOC_026746 BX769173.2 coding upstream 17407 49010987 ~ 49015203 (-)
XLOC_026747 NA coding upstream 30320 49023900 ~ 49036782 (-)
XLOC_026748 BX784040.1 coding upstream 84182 49077762 ~ 49077879 (-)
XLOC_026749 trim35-12 coding upstream 109630 49103210 ~ 49110710 (-)
XLOC_026738 NA non-coding downstream 658538 48323540 ~ 48328133 (-)
XLOC_026736 NA non-coding downstream 1153557 47827202 ~ 47833114 (-)
XLOC_026732 NA non-coding downstream 1789711 47194738 ~ 47196960 (-)
XLOC_026731 NA non-coding downstream 1855560 47130032 ~ 47131111 (-)
XLOC_026752 NA non-coding upstream 192818 49186398 ~ 49372676 (-)
XLOC_026754 NA non-coding upstream 412578 49406158 ~ 49418345 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G331619 NA non-coding CI01000113 null 1229103 ~ 1235130 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) rfk rfk,LOC107723557 misc NW_019172275.1 APWO02001873.1 384455 ~ 394189 (+)