LOC110532646 (LOC106572598)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110532646
gene name LOC106572598
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 64099643 ~ 64110913 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021616719.2
AAGGGTGATTATTCCGCGACTGTAAAAGCGACCAGACTACACCACACCTGCAATAATCCAAAACAGTCCCCAGACGAGGCGATATTCTGCATCCCTCGTCCAAACCAGGAATATGTTATAGATTAACTCACCCTTGTCTGCTGATTGTAGGCCCTTCGCATTTACTTTTCTGTCAGGCCATGGATACCAGAGAGGTTTCGTTTATTTGCCACAGATATTTAGAAATTATGTTTAGGGACACATGGCACATTTACGCCATCCACACCATTGACGTCAGTTCCTGTGACGTACCACGAGTCTAAAAAATTGTCCTTCTCAGTAATGGCGGCTTCGTTCCCTTCTCCTTCTGGAACAAACAACAAATGGTACTTCACCCGAGAACAGATCGAGAATAGCCCATCTCGTCGTGTGGGACTTGATCCAGACAAGGAATTATCCTACAGACAGCAAGCCGCGAACCTTCTACAGGACATGGGACAGCGACTCAATGTGTCCCAGCTAACAATTAATACTGCTATTGTGTATATGCACCGATTCTACATGATCCAGTCCTTCACCAGGTTCCACAGAAATGTCATAGCTCCAGCGACACTGTTCCTGGCTGCAAAGGTTGAGGAACAGCCCCGCAAGTTGGAGCATGTTATCAAGGTGACCCATGCATGCCTCAACCCTCAGGACCCTTCACCAGACGTCCGCAGTGATGCTTACCTGCAACAAGCCCAAGACCTGGTCATTCTTGAGAGCATTATACTCCAGACCCTGGCTTTTGAAATCACCATTGACCACCCACATACTCATGTTGTCAAGTGCACCCAGCTGGTCAGAGCGAGTAAGGATTTGGCCCAGACCTCatacttcatggctaccaacagCCTACACCTGACCACATTCTGCCTGCAGTACAGCCCACCCATAGTGGCCTGTGTCTGCATCCACCTGGCTTGCAAGTGGTCCAACTGGGAGATCCCTGTCTCCACAGACGGCAAGCACTGGTGGGAGTATGTGGACAATACTGTCACCCTTGAGCTGCTGGATGAACTCACTCACGACTTCCTACAGATCTTGGAGAAGACACCAAGCCGATTAAAACGCATTCGCAACTGGAAAGCGGCAGGTCAGACAGTGAAGGGAGGGAAGTCTAAGGTGCCAGAGGACGGGGACCAGACAGATTGTATGATGAGCATGATCTCCATGTCGTCCTCTGAGACCACGCTGGCCAGCCTCTCCAACCCTTCCTCTTCATCCATGGCTCCCATACTACTGGAGCTCAAGTCGACCCTGGGCAGTGGCTCCGACCAGCCCAACCACGTCGAGCTGCACGCCCCAGCCAAGGTGTCACTGAGTGAGTACCGGGCCAAGCACGCTGATGTCCTGGCTGCTCAGAAGAGGAAGCTGGAGAACATGGAGGCCAGCGTGAAGAGGGAGTATGCCTCGGCAGCCCAAGCTCTGATAGGCCAACATCAGAGGAAGGAGAAGTACAACCGTGATCAGCTGCAGTCCAGCTCCCACCATTCCAGCTTAGCCTCCTCTGACCTCAGCAGCCCCTCGCCCATCATCCTCAAGATCCCCCTGGAAAAGGAGAGGGGCGAGCGCAGCTCCCTGAAGATGCGCCTCCCTCTGGggactgggggaggaggggggcacAGTGGAGGAGGGAACAGAGGAGCCGGAGGAGAACAGGACATCAAAGTGAGAATCCGGGTGCCTGAGAAAGTACGCAGTGCAGGctcgggagaggaggggggcaagAGTAGGGAGGGCAAGCATCGAGATCgctcccaccaccaccatcaccaccaccaccatcattcatCGTCGTCTTTGAGCGGTGCTTCCGTCTCTTCGTCCTCGTCACATAAACACTCAGCCAGTGCTGCTGGAGCTGTAGGAGGAAGTGGTAGCAAAAAGACCCCCAGTGACTCATCTAGAATGAGCTCCTCCTCTGCTTCTCGAAAGAGGACACACTCCACTGAGTCCCAGGGATCCCACCCCTCCAAAGTCTCTAAGTCCTCCAGGAACTCAGCCTACCAACTACCTGCTCTGTTAGCTGCCTCCAGTGCACACTCCCTGGGGGCGCAAACTGCTGAGATCCTCCCATCCCTgggtctcccctccctccaccagGGAAACTTCTCTCACTCCAAGGGGGACAAGACTGACACTAACGGACACAATGCAGGCGGGGGGAGCCAGTCAAATGAGTACCAGGACACATTTGAGATGCTGAACTCTTTACTGAGTGCTCAGGGGGTCCAACCTGCTCAGCCTCCCATGTTTGACTACCGGTCTCAGTACGGGGAGTACAGATACAGTGGAGGGTCGAGGGGGGGCTCTCGACCGCCACCCCTGCCTGCTGAACCTCCACCCCCGCTACCCCCTTTACCCAAATGATCCCTGATGAAGGGGTGAATTACTGACAGTATCTGTAGACGCCTCCACATCCTTCCATAAGACATTTGCACTGTGACTTTGGGTCCCTTTATGTGTTTGAAGGAATCATGTTGTGGTTTTCAACTTGACAGCAAAGAAATGTACTTCCAATACATACTTATCAGTGATGCATGTACAGAAGTTTCTCCCTTGTTACATCATCATATCCAATACATCTGTGGGGCAATAACAGGTGTGAAAGAAAACAAAAGgaatttatttataaaaaaatgtaaatactatTTTTGATGTTATTCATTTTTGTATTGTGATATGAACTCAAATCCAATTTCATGGAATGACTGGACCTGATACTTTAAACATGGCTGTTTTAAGGAATTTTGAATGCACAGTAGAAGAAACAAACTTGTCTGCTTCACTTCTTAAATTGTGTATGTCTCGCTAACAATTAGTATTTTTcagaatgtttttaaatgtactaTTTATTATTAGTGTTGAATGCAATTAGAACATTTTGCCAACTGCCTCCCCTGCGCTTTCTGCTGTGTCCTGTTGAACTGAATGATAGTTGAGGGCTCCTTACACAAGTCTATTTGAGAATGCATGTCTTCAAAGCCATCGTTTGAAATGTTTTTGTTTAAAAAGTAGTCACTGAATCagatctccccccccctccattttGTCTATTATAGTACATTTTTCCCCTCTGCATTATTTGCAACACTTTATATATTAATTATGTAAAATGACTTTAGTGGATAAAATATTTTCACATTTAGTTAAAAGttgcaaaaaatacttgaaattTAAAAGGAACATTTCAGTTTTTCTACTTCATATTCATCTCTAGCACCACCCCTACATCAACATGTGAAAATTGTGCATTTTTTTTGTAGTAAAAAATAGAGTAatataagtgtttccaatgagtATGCAATGCCAACTCGTATTTGGTTTAAATCCAATGGTGCATATTAGGAAAACTTATCTTCCTCTCTTTTaaattttaaatgtaatttttttacTAAACATAAATGTGCCATTTTCACATGTTGATTTTGGGTAGATGCTGGACATGACAAATATGAAGTTgactttaaaaaatatttttttttattttccttgAGGCTTGTATTTTAGTTTCTAGATTTGAATGTGTTGCAGTCATTGTTTTAAATGGTTGTAAAATGTTAGTCATAATACTCAAATAATTACACTAACGTACAGAGTTTATACTACAGTACTTATCTACATATTCCTACACATTTTGATAATGGACTGATTTTTGTCTTAGTGCTTTGAACAGAATTCATAGTGTTGCTTCCACTACTGTTTTAACGATAACTGATGTCTTCACTCGTACATTTTGAATGCAactgaaattgtatttttgtgaGATTTTGATAAGGTGCATAATCATTTGTCTATATTATTTAGATAATTTGTTTTTCTGGTTTCATGCCACACCATATGGTTGCTTGTGGCAATCACACCATGTGGTTGCTTGTGGAGATCACACatgctcaactgagggactttTTTAGAGGTTTTAACATAACATCTCCGGTACCACTGTGTCAACCATCACTGTCTACATTTAATTTCAGTGAGAATGACCTGTTCAATTAAGATAATCTTTCCCTTCATGTTCCAGACTTGCTATTTGTCATGCTTATGAACAAACTGGTATAGTCTTTCTCCTTGAATCATGTTTAAAATTGTATGATAGTGGAAATGGGCTTGAACTTAGCTCTGACATGTTTCAGACCGTTTAACAGAACTCTCTTTGTCCaatagatgggttagctgacaacgtcacaAAAACGATGCACATGtttcaatggggcagaagtctgtgtgttgtgattctggatggccagatggcTAGAACCAATACAAGAGACTGCTCATTTCAGTTAGTtttcttgttcttgataccatgtcttgtttttaggtgttttgactgatgtcacaTCTTTGCTAATATGGCTAAACTTCacaagctagctaaccaacaactgtaacaatgtatttgagagacaagtgctcattgtgcaaatgtatttatgttttcaataaacattggagactaaatatagtttacatgtcaaCAATTTAAGCCAacactgtctgttttgccccatagttgtgcACACATCGCTTTTGCTTAGCAACCAACCAATCTATAAGCTGCCAATGGACAATTAATCAGCTGGAAATCATGTAACACAGCTGTGGCATACTTATTTGATGTGGTATTTTGCTATTGATTGGTTTTGTATATAATGGAAAGAGTTGACATTATGGGAGCTGTTTCCTAGTACTTTAACTGATGTATTAAGGGAACAGGTGTACGGTTCTACTGTTTCTACAGTCTGCTCAGTTTCTACAGTACTTGAGCCCAACCATTGATTCTTGTCACTCAGGTAAGCCTTTATGATGATATATGAAGAGGAACACATGGATATACTTTAAAATGCACTGAATCTCTATCCCAGCAAGATTGTAATCAGATGTTTTATTGTTAAAACTGAGGAAATTGTATTTTGTATTACCAAGAGCATTATGCTTCCATTCTGTGTTTTGTATTATAAGATAAGACACATTAT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>XM_021616718.2
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Function

NR:

description
cyclin-T1-like isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K15188 CCNT; cyclin T

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021616719.2 False 5379 mRNA 0.43 9 64099643 64110913
XM_021616718.2 True 5386 mRNA 0.43 9 64099645 64110913

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110532647 LOC106572599 coding upstream 5346 64088683 ~ 64094297 (+)
LOC110532642 LOC105013598 coding upstream 58418 64038575 ~ 64041225 (+)
jph2 LOC106572606 coding upstream 77410 63993156 ~ 64022233 (+)
LOC110532638 LOC106572608 coding upstream 127750 63967172 ~ 63971893 (+)
LOC110532631 ada coding upstream 236230 63845271 ~ 63863413 (+)
LOC110532648 LOC106572596 coding downstream 23775 64134688 ~ 64166582 (+)
LOC110532654 LOC106572591 coding downstream 169659 64280572 ~ 64308563 (+)
LOC110532652 LOC106572590 coding downstream 197721 64308634 ~ 64312974 (+)
LOC110516183 LOC106572588 coding downstream 332459 64443372 ~ 64453470 (+)
LOC110532661 LOC106572584 coding downstream 371642 64482555 ~ 64490204 (+)
G830471 NA non-coding upstream 12345 64087062 ~ 64087298 (+)
G830458 NA non-coding upstream 37145 64050821 ~ 64062498 (+)
G830408 LOC106572604 non-coding upstream 67292 64024602 ~ 64032351 (+)
G830445 NA non-coding upstream 106799 63992626 ~ 63992844 (+)
G830490 NA non-coding downstream 1633 64112546 ~ 64112988 (+)
G830492 yo84 non-coding downstream 4361 64115274 ~ 64115597 (+)
G830495 NA non-coding downstream 6473 64117386 ~ 64117880 (+)
G830496 NA non-coding downstream 7749 64118662 ~ 64118934 (+)
G830479 NA non-coding downstream 18802 64129715 ~ 64167508 (+)
LOC110532619 LOC106572645 other upstream 501875 63565578 ~ 63601970 (+)
LOC110532602 NA other upstream 1471801 62623239 ~ 62627845 (+)
G828274 NA other upstream 1909037 62189182 ~ 62190606 (+)
G827039 NA other upstream 2848405 61212461 ~ 61251238 (+)
G826751 NA other upstream 3437737 60661369 ~ 60661906 (+)
G830755 gp182 other downstream 203165 64314078 ~ 64316656 (+)
G830923 NA other downstream 554835 64665748 ~ 64666311 (+)
G831299 LOC100653477 other downstream 768794 64879707 ~ 64883543 (+)
LOC110531237 LOC106567057 other downstream 1255378 65186569 ~ 65405501 (+)
G831810 NA other downstream 1403480 65514393 ~ 65514985 (+)

Expression


Co-expression Network