XLOC_026812


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026812
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 54791553 ~ 54820900 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00053144
CACATTCAGACATGATAAAGTAGTCAGAGTACAAAACACATTGATAGTACTTTACAGTTTTAACTCAACACACACAGTTTTGTGTACCAACACAGTTTAGTGTAGTTCTTTGGTTTATCTATGAAAGTGATGCTCCGATCAATCAGCGGATAACTGATTATTTTTTGGCTTAAGTGTCACTAAAAATAACCGACCTCACAAAGTTGATggttttaaagttaattttcttaaaaatagATGCCACGTTAATAAGCAGAAATGCAAGCTAAATACACCACAAGATGTCAGAAATGCTCCTgcacacttaaagggatagttcacccaaaaatgtgaaTTCTGCCACTCTTGTTCTAAACCAGtttgagatttttaaaaattttcctTTGCattagtaccttatttatcagggatagccgcagcggaataaaccgccaactattaccgcatatgttttatgcagtggatgcccttccagccgcaacccagtactggaaaacacccatacactctcatatttacacacacacatacactatgaccaatttagcttattcaattcacctatagcgcatgtctttggactgtggggaaactggagcacctagagTAAACCCATGCttacacagagagaacatgcaaactgcacacagaaatgccaatcaGTCCAACTGTGTATCAAACCAgtaacctccttgctgtgaggtgaaaatatatggaaaaatgttgaaaacctgtaaccattggcatccagtagaaaaataaatattatggatgtcaatggttacaggttttgaaCGCACTTCATAatgtcttttttgtgttcaacagaaggggagtaagtaaatgatgatagatttatttatttattttttttggatgaactatgcctttaagcgAACCCCATTTTCACTAATATTTCTGCAGatcatgagagaaaaaaaaaaaatcaagtcacctttttattattaccaattgtacctttatttttgattttattttaataatacttcTGTTTATTATGCataggctttatttatttatatttatttataaacttatgaAGATTTATAAGATATAATCTTGCGATCATAAAGTCCAGCTCTGAGTGGGAAAACACTTTTAGAAAAGACTGAAATTACAACAGTCTCACAATTTTTAGAACAATGTATAGTtttttgatttggtggctaatttgtatgattttacACTCTAGTACAGGAGTGCCGTTAAGGGGTGTGTGGGGGGTTTAATAATTTAGGATGACCTCCCAGAGTTACTATTATTGGCCCCCCAATCAGCCCAAACATCCCCCACCCTCCTGCTCCTCATTTTCGCTTGCAACAACACTAATCCCCATTGACCACCAATCATCACacagctcttcactttcatccgccaTTGAAATATTGTCATAAGGCCTGTACGTGCCCCGGCTCTCATTAATACAtcttagtatgatttgctcatctccaAATGATGGTTGGGATTAGAGATGGGGTTTGGAGGCATGCCTctgtttaaaaatctttttatttttaaacatatctttttaaaaattagacaaaataaaacatctgaattAGTATAAATAAACCACCTTGTCACAGTTTGTAAAACAGCTTCACATCTTGACAAATAAGGCTGAGATTGCCAGAGCTAACATCACAATCGTGATAAAAAAACGAATCCCTTTAATATTCAgtaattaaaagaaataagaaataagTGCAGCTAATGATCATAGCCCTCACAACTGAAGCTGAATGTGAGAATGACTGAAGTGTCAGATCATGGCTATTACATTTAGGCTGCCTTCATAATTCTTTGCAGCACTGAGAACCAATCTAAccaatcacagacatttctgTTGAATTTATGAatgcagcagccaatcagaggcaTTATTAGTCACCACTGATCTAAATGAGTCACTTCTAAACACTGAATCTGGGTAAGAAATTCGTTTTGTAGCTTAAGCttgcagttttagtttattaaagtatttacatTATTGTATGATGTTTTCTTTTGTTGTCAGTCAAATATTGGATGCAATTTTGGATTGcaaagttacagtaaataacataAAAGCTATTTGTTTTCTTCCTTAATCTGATAAAGTACCATTCGAcagagtttacacttagataaAGCATGAATGCTCaggatcagccaatcacaatgagAAGAATTCAGCTGATCAGAGCAATCTGTGCATATCATGTGCAATCATATAACCCTATGAGCATTATTCTTCCATTGGACAGAAAAAGAACAAAGCACAAATTTCTGCATACGTGGAGCCTTGGGTACCAAAAAACAGGTTTACACTTATTTGAATGTGCATACGGCAAAATCAACACCAGGACTGagatttataaaaacattttgtacTGATGGGAAAAGAGCTCAGCACCCTGCCAACTAACACACAAACGTACACACTTTTCCTTGTGGCAGACACAAAGAATTTGGAAATTGGGTGATTCTGTTCATTTATCtgaactgtacacacacacatttgagaaAAGATCAAATACAAGCAACATTTTATAAAAGAAGCCTTATAAACTGTACAATGCAGTTCATATTAGACAAATGTTGTTAATTCACATTACATCTTTGTAATTCTTGATTTTCAACAACCAGATTCACATGAATGTTTTGCTTTGTCATCAGCCAGCAATTAAGTTAGCTAGCAGTTTTCAGATAATATTACAGTTAGTGTTAGTTTCAAGTAATCATAGCATGCTCTTGATCACTTATGCACCCCAAGATGAAAATGTTGCACCATTCCTttggtttaaaaaacaaatacatagaaaaaaagacatacattttCAATAGTAACAGCTCTACTGATGTAACTTTAGCTATAAAACTACAGTGGATGGACGAAACAGTCCATGAGGGAAAATTCATAGTCATGGTCTCAGTTTTGTagaacagattattattattatcacttgtgtactagggctgcacaatatattgtttctacATCGATATCGCAGTGTGTAAATCTGCAAAAGTCACATCACTGGATCTGCAGGAATTTTTATGTGCTTTTAAGGCTTGTTACAGTAAGATTTCAAGCTAATTTAAACTATTTGGACATAAAAAATGATAAAGTTCACCACCTTAacaaatttttattgtttatttattttttaaaaagcttataCGGTGTtactttacatttgattattgcgTTTCTGCACCTCTATGCTGTTAGACTTCACAGAAGGCCATGAAGCACTGTTTTTTGTAGCATTGTTCTATTGTTTTCATCAgtgcttaattttattttgtatattttacagcattttatgCAGAGCCTCTTCCCAACAAAATCATCCCAGTCAATGTAAAATATGAATTCATTACAAATAAAGTTACTCAATGTGAAATCATATTCATGTCGCAATATTTACTGCAGAAAAATGAAATATGGCAATGTCAGTTTTtccccaatatcgtgcagccctattgtgTCCTatgagtgcactgtaaaaaatatcagtCAATTCACCGTATTTTGTGtatcatgttttatttaatttatttatttcccctttatttattcatgcttttgaatcgcataatgggaccttgatcttttttTCCAACcatttttaaccttgaaaagttttaaagttattttattgacattttcatCAGTTTAAAGAGATAGATTGTCTgcgttggtgttgtatattacagtacacaaaccttgtaataagctgccagcaCATTTTCTCTTATTTTCTTATTCTGCTATTTCTTATCCGTTATTTTATTATtgcaaactactaaaatgtcaataaacgtcactttgttaaactgtagagttgaattttcaacaccaGAGCAGatatcaaggtctcataatgtaaataaacagtaaaacactTGAAAacttgttaattaacagatattttttacagtgtaggtcatCCATTACTGTAAATAACCTAACAGTACCTAATTAacatagacaataatataaaaatgtgaatattcaattgcttttaaaattaaaatatcacaatatatcaGGATTTATACATACATTGCACAATTAAATTCCAGGACCTTTAACAACGTTTTAAgcactttttgttgattttaaggaCTAAAAAGAAAttctaattaaaatacatttaaaaggttCTTATTCACTATAATCTATAGGCCTATAGCTTTTATTCTGAATGAAAAGATTTGTGTTTTATCACAAAAAAACTGTTCAATTATTTAGAATTTCATCTGCAGTTATTTTGTGAGATCCATTGGATTGTGTCATACTACAAGGGTCAGACCTCAGTTCCTCTTTGTTTTGCTCACATTTTTTATACTGTAGCAGCAATGTGATACCTTCAAAAAGTTCTGCACATTTTTTGTGATTCTCTTTCAGATTGTCTGGTAGATCGAGAAGTCTATAAACAGTGGTCGGAGCCATTTCCAAgtgggtgggacttgagctccaagtgggcggaacaaacctggagtttttatttatttaatgtcttgtacatgacacagcccagcaaacaattttgtgtttaatagacgtctaatagacatctaaacgtaaaCGGCTTAGCTAAATCAAGGCTAAACTTGGAGTGaaaatctattagacatctaagaatagcccaaaactagacttgtCGTCAAACAGAATAAAACTTTATGTGTagtcattaatttctgtttatttgatgactagtctagttttggcctattcttagacgtcttttagattttcactgacagtttAGCCTCTTTTTTAGctaagacgactatgtttagaccaggtggttctcaacctttttcacttcggggCCCACCTCCTTCTCTGATAAATCTTTGAAGGCCCATGTCTGGCATTTTTTCTTAAACTGAtagagaaaatgcttattttaaacctttatttacaaaaacatttcCTTTGCTTGTactgttaatatattaatttataatatctTATTTTTCTA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00053144 True 8473 lncRNA 0.35 2 54791553 54820900

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026811 NA coding downstream 7232 54748396 ~ 54784321 (-)
XLOC_026810 s1pr2 coding downstream 122368 54616015 ~ 54669185 (-)
XLOC_026809 dnmt1 coding downstream 184387 54591218 ~ 54607166 (-)
XLOC_026808 angptl6 coding downstream 246941 54524227 ~ 54544612 (-)
XLOC_026807 si:ch73-208g10.1 coding downstream 267359 54502350 ~ 54524194 (-)
XLOC_026813 ubald1b coding upstream 12758 54833658 ~ 54846444 (-)
XLOC_026814 NA coding upstream 52501 54873401 ~ 54884180 (-)
XLOC_026815 rhbdf1a coding upstream 75431 54896331 ~ 54993027 (-)
XLOC_026816 nprl3 coding upstream 224446 55045346 ~ 55079742 (-)
XLOC_026817 hbba2 coding upstream 270330 55091230 ~ 55092051 (-)
XLOC_026805 NA non-coding downstream 948769 53842532 ~ 53842784 (-)
XLOC_026804 BX004869.1 non-coding downstream 1102125 53689310 ~ 53689428 (-)
XLOC_026802 NA non-coding downstream 1202376 53573131 ~ 53589177 (-)
XLOC_026797 NA non-coding downstream 1338771 53449116 ~ 53452782 (-)
XLOC_026831 NA non-coding upstream 1017554 55838454 ~ 55839514 (-)
XLOC_026834 CU855917.1 non-coding upstream 1590241 56411141 ~ 56413023 (-)
XLOC_026840 NA non-coding upstream 2216194 57037094 ~ 57037670 (-)
XLOC_026851 CT583687.2 non-coding upstream 3236714 58057614 ~ 58059819 (-)

Expression


Co-expression Network