XLOC_026946


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026946
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 398517 ~ 402485 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057492
TTTGGTCTTTCCAACAATAAAACTTTCCCATGTGGTGAGTTTTTCCACCACTTCATAAGCAGAGACGAGTAGGAACTTTCGCaagctgaaataataaaatacaggtggtcatttttctttagtttattttattttaaaatagacaaACTAGTTCTCACTCCTACACAATAATACTCTTTAAACGTTGTTTTTAGCTGCCATTAAACCGAATAAGAGTAACTTCCTGAAGCATGTTTCTGTTAATAGTAGGCGGGGCTAATTCAGAAGCAGTAATGCCATTGGCTGTCAACGTGATTAATATGCGACACCTGCGAGCTCTCCGCGCGGGAGGGTTGTCAGTGTGAAGACACGAGCACGAGTGGATGTCTGGATCATTGAGCTTCAGGGATGCAGGAGAACTGGAATCCACATGGACTCGTGTGCCTGTCTGATTGCGGTGTCAGACCCATGCTTTGGTTTAAAGCCGTGTTTCTCAGCCATCATGCTGCTCCCTCCAGCACTGCACATTTTGCATGTCTCATTCTGCGTTTAAAGTCTTGTAGTCTGCACTAATGATGTGaagacattttcatttgtttaaacgGAGACGTGTGAAGTGTTGGAGGAGTACTGGAGTGTGGTTGAGTTGCACAGGCTCAAAGCTTTCAGCAATCTGTTTGAATGCTTTGTGTGTAATGCACGGTGTTTGTGTAAAATAAACTAGGTGTTGTGTCTTTGTCTGCATGATTTCCAGCTAAACTATAGTTCTCATCGACTCTTCTGAGGGGAAAGATAAATAAAACTGACTGAGAAATCCTAAACTACTGATTGATTAGTGGTCAGCCTGCTTACCAGTGAAGAATATTGTTAGCCTGtactcaaaactattttaataatcattttagcAGCAGTGGTTCTTCTACGTTTTAGTTGTATGAATATCATTGGAAAGGAAAAGATTAGTTATAATTTGAAAGCATGGAAATAGACGTTTTTCCATTGTAATATGTATTAACCttttttctttcatatatatatatatatttttttattattattattgtaaatataaaaattataaataattttgaatCTTATCTTTGTCTGAATAGCCTGCCTTTTCCGAATTGCATTAGCTCAACCGCCCTAGCCACTCATTGGCTGATCTTAACTAGCCCCTCCCCTAAAGGATCATCCACTACATGTAATTGGCTGTTCTTAATTAGCCCCTCCCTCTAATCAGTAACCCCTCCCTTGGGTGATTCTGGAATATTTTAGAAGAATGAGAGCTAAAAGTTCACTCCTCATCTTGATGGAGATCGTCTGAAAAGCTCTCTGGATCTTAACTCCACCCTAATTCTCCTGGGGATCGAACCCATGACCTTCCTATCTTGGTATGGCTCTTTACAGACCACTGTGCTACCATTTGCTACAGACTTTCTGgtaattttatctttttttttttcaggtaaatCCAGAAGAACTCTAATTTCATCTTCAGTGGGACTCGAACCTGAAGCTTTTGGATTGTGGGCTGACTCacagaccactgagccaccaagacTACAGTACACGCATATGGTTTTGTTAATTGTGTCTGTTTTATTCCAGGTTAAACGTCATCTAAAGAAGGAATCAAACTCTGCAACTCTGTCCATGAGCTGATGATCAGACCACTGCGCCACTGATGTGCTCACACTAGCTATTAATGCCTAGTATTTGAATAACCCCCGCCGCTGCGCTGCGCTGCTCGCTCTccgccactagatggcagtattACACCACAGATCACCGCTTCTCCTCAGCATTAAACGGTCAAACCTCATCTGAAGGAGAAATCAAAGATCACAGGCTGATGTGCTCACACTTTCTGCTGTTTTGGGTCATCCTGCCTTTTCTATTCCAGTTAAACCAGTAGAAGGTCATCTACAGAGAGACTCAAACCTGCATCTGTCATATCAGGGCTCTGCTGTTGTCCACTGATGCTTGCAGAGCCGTGAGCCGCTGCTTTGGTTTTGGGTAGAGCTTTTACAAATGTTGCCTGAGCTCAAAACCTGAACCCTCGCTCTCCTCCTGTTCTGTTAAACTCCCAATTCTCAGAAAGTCTCATGGGCAGATGACTCTCCAGAACTCCTCTGTCCGCTTTTGGGTTGGTTTGCATATAGTTTTTAATTATTCAGAAGAAATCAGACTGATTTTCCATTGGTCGTGAACTGCTGCTCAGTTTCATTGGTTTGCATCTACAGCTCATTTCTCCACAGCTCATTGTTGTTTATTAGCCGgtttatgatttattaaaaattagtaaATCATTGTGAGCTCAGAGATGGAATTTGTCGatttaaaatgtatgattttcaCTATTTTTAGcaggtttgtttttgtaaatactCGGCCGCTGCGCTTCTCTCTGTCCGCCACTAGATGGCAGCGCTTTACCACAAATCACCGCTTCTCCTCAGCGTTGAATAGTACCTCAGAGCAGCACGTGGATAATAGAGCTATAAATATTGCATAAGtaataatatgtacctttaaataTTGCCAAAATAGTGAGCAAACAATTTCGCATgtgatatttaaattaatttaccgAAGCTTTTTTAATACAGTAAACATGTAATTAAATAACACGGTCTAATTTTAAATGTTTGGTAAAAATTAACACCATTTTCAAACATTCTGCCAAACAAAATGTGCAGATCTCTGTAGA
>TCONS_00057493
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>TCONS_00053218
GATCGTCTGAAAAGCTCTCTGGATCTTAACTCCACCCTAATTCTCCTGGGGATCGAACCCATGACCTTCCTATCTTGgtaaatCCAGAAGAACTCTAATTTCATCTTCAGTGGGACTCGAACCTGAAGCTTTTGGATTGTGGGCTGACTCacagaccactgagccaccaagacTACAGTACACGCATATGGTTTTGTTAATTGTGTCTGTTTTATTCCAGGTTAAACGTCATCTAAAGAAGGAATCAAACTCTGCAACTCTGTCCATGAGCTGATGATCAGACCACTGCGCCACTGATGTGCTCACACTAGCTATTAATGCCTAGTATTTGAATAACCCCCGCCGCTGCGCTGCGCTGCTCGCTCTccgccactagatggcagtattACACCACAGATCACCGCTTCTCCTCAGCATTAAACGGTCAAACCTCATCTGAAGGAGAAATCAAAGATCACAGGCTGATGTGCTCACACTTTCTGCTGTTTTGGGTCATCCTGCCTTTTCTATTCCAGGTAAACATCATGTAAAGGAGGAAGCAAAGCTGTGAATTCCCCAATCATGAGCTGCTGTTCACAGCACTGAGCTGCTGATGCTCTCTTGCATCATGTTAAACCTTATCTGCTTCATATCTCAGGCTGATGTTCAGACCACGGACACACTCAACTGATTTTTGCTAATTTTGTCTGTTTATTCCAGTTAAACCAGTAGAAGGTCATCTACAGAGAGACTCAAACCTGCATCTGTCATATCAGGGCTCTGCTGTTGTCCACTGATGCTTGCAGAGCCGTGAGCCGCTGCTTTGGTTTTGGGTAGAGCTTTTACAAATGTTGCCTGAGCTCAAAACCTGAACCCTCGCTCTCCTCCTGTTCTGTTAAACTCCCAATTCTCAGAAAGTCTCATGGGCAGATGACTCTCCAGAACTCCTCTGTCCGCTTTTGGGTTGGTTTGCATATAGTTTTTAATTATTCAGAAGAAATCAGACTGATTTTCCATTGGTCGTGAACTGCTGCTCAGTTTCATTGGTTTGCATCTACAGCTCATTTCTCCACAGCTCATTGTTGTTTATTAGCCGgtttatgatttattaaaaattagtaaATCATTGTGAGCTCAGAGATGGAATTTGTCGatttaaaatgtatgattttcaCTATTTTTAGcaggtttgtttttgtaaatactCGGCCGCTGCGCTTCTCTCTGTCCGCCACTAGATGGCAGCGCTTTACCACAAATCACCGCTTCTCCTCAGCGTTGAATAGTACCTCAGAGCAGCACGTGGATAATAGAGCTATAAATATTGCATAAGtaataatatgtacctttaaataTTGCCAAAATAGTGAGCAAACAATTTCGCATgtgatatttaaattaatttaccgAAGCTTTTTTAATACAGTAAACATGTAATTAAATAACACGGTCTAATTTTAAATGTTTGGTAAAAATTAACACCATTTTCAAACATTCTGCCAAACAAAATGTGCAGATCTCTGTAGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0033036 macromolecule localization biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057492 False 2692 lncRNA 0.40 4 398517 402485
TCONS_00057493 False 2157 lncRNA 0.41 1 400329 402485
TCONS_00053218 True 1506 lncRNA 0.42 4 400376 402485

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026944 rpl18a coding upstream 66 391297 ~ 398451 (+)
XLOC_026945 BX890562.1 coding upstream 4615 393766 ~ 393902 (+)
XLOC_026943 tmem181 coding upstream 12349 357810 ~ 386168 (+)
XLOC_026942 tulp4a coding upstream 44593 331351 ~ 353924 (+)
XLOC_026941 si:ch211-51e12.7 coding upstream 80546 308688 ~ 317971 (+)
XLOC_026947 BX890562.2 coding downstream 141 402626 ~ 499946 (+)
XLOC_026948 BX890562.4 coding downstream 17174 419659 ~ 419774 (+)
XLOC_026949 AL845512.1 coding downstream 151782 554267 ~ 554384 (+)
XLOC_026950 NA coding downstream 175365 577850 ~ 587076 (+)
XLOC_026951 pthlha coding downstream 209878 612363 ~ 626550 (+)
XLOC_026937 NA non-coding upstream 151548 246350 ~ 246969 (+)
XLOC_026934 NA non-coding upstream 321846 74199 ~ 76671 (+)
XLOC_026953 CU855889.1 non-coding downstream 279016 681501 ~ 683465 (+)

Expression


Co-expression Network