XLOC_026957


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026957
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 743864 ~ 747292 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057496
AGCAGCTCTGTCAGCTCATGGAGCACGTATACAAGattcacatttattaaatgagCAGACGAGCGCGCGGTTCACAGGTCACTGCAACAGACACAGACCATCAGATTCAGGAGAACACAGATGCACAGAgaacaggaagtgacatcacaaCACACTAAAAACACCAGCGTCACGCTATATTACGCACACACAGTGTTGATAATGAGACTGTTCTAGTGTCAGAGGGGTCTGTATGTGCTTTACGCCTGAAGGAATTCAGGGATTTCAGCAGCTTCGTGTGCAAAAAAACAGCTGCGTTTCACTCTTCCAGGATGCTACACATTGCAGAAAGTAATTTAGtaccaaacacacacatttaagttTGCACAAACACACTTACACGAGTATATCAAAAAGGCTTTATCCTGAAAATAATGCTACAGTATAAATAGACTTCACTGctcagaacaacaacaacaatgctcatcttaatagttttaatagtcaatgTTCATCTTAATAGTTTTCTTCTTTGATTTACTTTGACTTTAGATCTAGTTTTTGCGAGATTCTCTTTAATAAATTAAGTTTGACACACACAGAAGAACAGAGACAAAGACATCAGAATAAAGGCATTAAAGATTACTACACACGCGCAAaccacataacacacacacacacgcacacactcactgaACTCAAAGAAAGTGCGGTGTGACCATACACAGACGTCATGTTTCACAGCTTTACCGTCTTCAGGGaatctgcattattattattactagtgcTGGATTTTTCCAGAACACACTCAAACTTCAAATCAAAACCAAAAGCATTTTAGGGATGTGCAGTGTGAGCTCTTGATTTATTACACTTTCTCGAGACGGTAATCATATTTTAACCCAAAATCAAAAAAAATTCTGTTGAATGTTTCATAAGGCCTCGATATCACTAGATTAAGCAATAAAGTAAACATCTCTTTTGACTAATTAAGGTTTAGTCTtgaaaaatactgcaaaaatacaataaatatgcaaAGGGTGGCTTCATCTGTTGATTTTTTTGTGGGGTAAAATATGCTTTCTTTTCAAATCTTGTAATCTGAGGTCATAATCAATTAATACAGAATTTCAACAAACTCAAATGTATAATTAAGTCTAATCTAATTATGTCTAATCCCTTTtgtctaagtgaagtttatttataaactaatgtcgagaggatcacatgcttatgattgattgctgccggtcccgcattatccaatttatgattaaTCAATCAGAtgaagccactataaataccctcagttccataaaacagccatcttcatttttaagaatccccccttccaaccctactccccctcctttcctagatgggtggcacggtggcctagtggttagcactgtcgcctcacagcaagaacgtcactggttctagtccttaccaagccagcagacgtttctgtgcagagtttacacattctccccaaGCTCACattggtttcctcccaccgtccaaaatcatgcagcttaagttaattgactaattcaaatcAGCACCAGACATGCTgctagtcagtagttatctcttaagagcgatcactatctgtccATTAccctacagcaggggagttcttgagatctacctgagctcaaactcccctctcgccttgcaaacgggagggagccccgggctcgaggatcttatgagctcagggctctctgcagggacagcatgccaaacacgctttataatcaatcatcagctaagtgtcaacTCTTGAATTTAGGTTTAGTCTcgaaaataatgcaaaaataaaattaattatgcaAAGAATGACATCATCTGTTGATTTTGGGGGTAAAATATGCTTCATTTTCAAATAGATTCGGTGTTAATCTTATAATTGGAGCTCATATTCCATTAATGTACAATTACAAATTTTTTGTCACAATAAATCAAATCTTTTAATATTGCAGATTAATGTGTTGAATGATCTTCTcatgtgaaaaaacaaacaaactcaaatgTCTAATTAAGTCTAATCTCCTGTCTAACTGAGTTTAGTCTTCTCTCATAGCCCCTTTTgaaaataattcaaaaataaattatgcaAAGAATAATTTCATACTTTGATTTTGGGCTAAAATATTCGGTGTTAATCTTATAATTAGAGTTTGTATTGCATCACTGTAGAACTAAAGGCCTTAATGTAACAAACCttagtcataataaataaataaacttattaatattaattaatgtgaCGAATGATCCTCTCGTGTGAAAAAATCAAACGTTAATTcagtattaaaatgaaaaaataaaactaaactgtttTACTCAGGGGTGTTAGGGTGGCATGGGCCCCGGGGCCTGCAGGGAGGGCCGCGTGGACAGCGAGGGCAGGATCTGAGCCAGGCTGGGCGGCTGCATGGAGTACAGACCTGCCAGACTGATGGAGCCGGGGCCTGGGGCTGAGGACGAGGAGGACGGAGACGAGGAGGAGGACGAGGATGAGGAGGAGGGGGACAGAGGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057496 True 2524 lncRNA 0.39 2 743864 747292

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026956 ost4 coding upstream 6344 736395 ~ 737520 (+)
XLOC_026955 NA coding upstream 23059 703099 ~ 720805 (+)
XLOC_026954 fbxo7 coding upstream 43167 686157 ~ 700697 (+)
XLOC_026953 CU855889.1 coding upstream 60399 681501 ~ 683465 (+)
XLOC_026952 xpot coding upstream 68437 646154 ~ 675427 (+)
XLOC_026958 NA coding downstream 32177 779469 ~ 800589 (+)
XLOC_026959 NA coding downstream 94688 841980 ~ 845249 (+)
XLOC_026960 BX649468.1 coding downstream 145667 892959 ~ 928212 (+)
XLOC_026961 ripply2 coding downstream 165271 912563 ~ 914738 (+)
XLOC_026962 NA coding downstream 194354 941646 ~ 943901 (+)
XLOC_026950 NA non-coding upstream 156788 577850 ~ 587076 (+)
XLOC_026949 AL845512.1 non-coding upstream 189480 554267 ~ 554384 (+)
XLOC_026948 BX890562.4 non-coding upstream 324090 419659 ~ 419774 (+)
XLOC_026964 NA non-coding downstream 340238 1087530 ~ 1090187 (+)
XLOC_026966 CR548631.1 non-coding downstream 444235 1191527 ~ 1191644 (+)
XLOC_026947 BX890562.2 non-coding upstream 243918 402626 ~ 499946 (+)

Expression


Co-expression Network