XLOC_026976


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026976
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 1686486 ~ 1689357 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057505
CCGAGGAAAAAATAGTGTAGTGAAACCAGTTACACTGAGATATCATACTAAAAGTTCACACAATGCCTGCAGATGAAATGAGATAACTCAATTATACAGTAAGCTTTCAGAAGATGCTCAAAAACAGTCAACAAATGCAGTATAGATCTTTATTTCAAGAGCACAGACGAACAAAAACAAGCTACATTCAAAACAAACATGTTCATAAAGTGCTGGAAGAATTTCTCTCACACAATCTGACAACATGAAAACACTTAAAAGAATAAACCGTAATCCAAAACAATCATAAAACCAATACTTTATATAATAACCTTTCTGTATAAACTCTTTAAACCAAATATTTAGCATAATAATAGCCGAGGTGTTATTGAGCATGACTGTATCAGTAGTATATTTGTGCTCCGTACAGGATGTAGTGTTTATTTAATGACAGCTGGCTGACCGACCaactcaaaaacacacatgcagattAAACCAAACCAACAATCCAGATTGAATATGGATCATTGACAATAGACACGTTCCAACAAAACACAAATGTAAGGCACACAAAccctaaatacatttaaaaagtttaaaatgtgttcTAAAAATGCTATTTGAGATtcaagcaaacaaaataaatctgCTTTGGCTGTCGTAGAGAAAGGTTTCTGCATATTTATGGGGTGTCAGAGCATCTACACGTGTCCCAGCAAGCatccttttgtgtttaaaagaagtctaatagacaGACATCCTGGCTAAAACAAAGccaaatttgggctgtcagtcaaaatctaatagacgtccaaGAATAGCCCAAAGCTAGACTAGTCATAGCAATAAATAATCACACATGAAGTCTATCTAATCTATTTATTTGGTgattagtctagttttgggctattagATGTTAACTGAAAATCCAAATTCAGCTTTGTTTTATCAAAGACATCTATGCTAGATGTCTAATTAACACACTATTGCTTAGTGAGTTATGTAATAGAGTAAAACAGTGctcttaaggtaaatattaagtGGAAACGACGTGTTTTACAGTATTACATGATCTGAATGCCCACAGCGCATCTGCTcatacatgaacacacacacacatatatacgcaCACACTTTTACCCTCATTTCTGCTGGCTTTTCTAATGAGCTCAGATGGAAGACATcaacatacagtaaaaaaaattgcatCATTGATATATAATCAGCATGATCCAGATTGAACTCAATCAGGAGTCAGATCAAAATTACAAACATGAACTGACCTAGAAGAgtaacagatattaagcacaaTAATGATATAAATGAACCGTGCATCCTTTTAGACTTAAATTAAACCCTATAACCTCTTAgctaaaataatgataattacagTAGCTAGAAAtcaatattaaaaagaaataaatgcatCCGAGGCATGTCCTGATGTGTTTTAGTATGGCACAAAAGACCACTGCAAAAAGGGTTTCTTTCTTAgagtttcaagtccaaatatctaaaaaaatccataaatcaagaagcatttttagacaaATAGAAGGTATTGTGTGGCTTTCAGAAATAATGggttaaaattaagtgagtttattattaaaataagcaaaataatcttgtttttggtttgaaataagtttattttgCGTACACCTCTAGCTgattattttggttattttataAGAACAAACTCTAACTTGAGTTATTActccttaaaacaagacaatatatgtaactcatctagaaaatgcttcttgatttaagattttttagatttttatattataaacaaGACAACTCAagaaagaaaatctttttttgcaGAGTGATGCAAAAGAAAACAGTTTGCGGCAAATTTAATTTGATATCAAAGAAAAATTAAGTCGTTTGTAGGTTGTACCCAAGTCAAATTTTCATAGCTTGTCTACTAGAAATGCTTTCTAAAACCATTTACTCACAGATTCAGAAATCTACAACCAA
>TCONS_00057506
CACACAATGCCTGCAGATGAAATGAGATAACTCAATTATACAGTAAGCTTTCAGAAGATGCTCAAAAACAGTCAACAAATGCAGTATAGATCTTTATTTCAAGAGCACAGACGAACAAAAACAAGCTACATTCAAAACAAACATGTTCATAAAGTGCTGGAAGAATTTCTCTCACACAATCTGACAACATGAAAACACTTAAAAGAATAAACCGTAATCCAAAACAATCATAAAACCAATACTTTATATAATAACCTTTCTGTATAAACTCTTTAAACCAAATATTTAGCATAATAATAGCCGAGGTGTTATTGAGCATGACTGTATCAGTAGTATATTTGTGCTCCGTACAGGATGTAGTGTTTATTTAATGACAGCTGGCTGACCGACCaactcaaaaacacacatgcagattAAACCAAACCAACAATCCAGATTGAATATGGATCATTGACAATAGACACGTTCCAACAAAACACAAATGTAAGGCACACAAAccctaaatacatttaaaaagtttaaaatgtgttcTAAAAATGCTATTTGAGATtcaagcaaacaaaataaatctgCTTTGGCTGTCGTAGAGAAAGGTTTCTGCATATTTATGGGGTGTCAGAGCATCTACACGTGTCCCAGCAAGCatccttttgtgtttaaaagaagtctaatagacaGACATCCTGGCTAAAACAAAGccaaatttgggctgtcagtcaaaatctaatagacgtccaaGAATAGCCCAAAGCTAGACTAGTCATAGCAATAAATAATCACACATGAAGTCTATCTAATCTATTTATTTGGTgattagtctagttttgggctattagATGTTAACTGAAAATCCAAATTCAGCTTTGTTTTATCAAAGACATCTATGCTAGATGTCTAATTAACACACTATTGCTTAGTGAGTTATGTAATAGAGTAAAACAGTGctcttaaggtaaatattaagtGGAAACGACATGTGTTTTACAGTATTACATGATCTGAATGCATGCACAtctgtgaaaatctaatagacgtctaagaatagctcaagactagactagtcatcaaatacacagcaATAAATAACCACACATGCTATCTAATCTATTTATTTGGTgattagtctagttttgggctattagATGTTAACTGATAATCCAAATTCTGCCTTGTTTTAGCAAAGACAGTTATGCTAGAtctctattagatgtctatttaGCACACAATTGCTTGTAGGGTTATGTACTACAGTAAAACAGTGCTCTCAATGTAAATACGAAACGGATCTGAATGCACACAGCGCATCTGTGAACATTTAATAGgcatctaagaatagcccaaatctagactagtcatcaaatacacaggaaTGAATTATTAGCAACACATGTGAACATATCTAATCTATTTCTTTCATgattagtctagttttgggctattagATTTTCAGTGCAAGTCCAAATTCTGCCTTGTTTTAGCAAAGGCATCCATGCTAgctgtctattagacgtctatttaACACACAATTGCTTGGTGGGTTATGTAAACAGTAAAACAGAGCTCCCAATCTAAATATGAAGTGGAAACGGCACGTGTTTTACAGTATTACATGATCTGAATGCCCACAGCGCATCTGCTcatacatgaacacacacacacatatatacgcaCACACTTTTACCCTCATTTCTGCTGGCTTTTCTAATGAGCTCAGATGGAAGACATcaacatacagtaaaaaaaattgcatCATTGATATATAATCAGCATGATCCAGATTGAACTCAATCAGGAGTCAGATCAAAATTACAAACATGAACTGACCTAGAAGAgtaacagatattaagcacaaTAATGATATAAATGAACCGTGCATCCTTTTAGACTTAAATTAAACCCTATAACCTCTTAgctaaaataatgataattacagTAGCTAGAAAtcaatattaaaaagaaataaatgcatCCGAGGCATGTCCTGATGTGTTTTAGTATGGCACAAAAGACCACTGCAAAAAGGGTTTCTTTCTTAgagtttcaagtccaaatatctaaaaaaatccataaatcaagaagcatttttagacaaATAGAAGGTATTGTGTGGCTTTCAGAAATAATGggttaaaattaagtgagtttattattaaaataagcaaaataatcttgtttttggtttgaaataagtttattttgCGTACACCTCTAGCTgattattttggttattttataAGAACAAACTCTAACTTGAGTTATTActccttaaaacaagacaatatatgtaactcatctagaaaatgcttcttgatttaagattttttagatttttatattataaacaaGACAACTCAagaaagaaaatctttttttgcaGAGTGATGCAAAAGAAAACAGTTTGCGGCAAATTTAATTTGATATCAAAGAAAAATTAAGTCGTTTGTAGGTTGTACCCAAGTCAAATTTTCATAGCTTGTCTACTAGAAATGCTTTCTAAAACCATTTACTCACAGATTCAGAAATCTACAACCAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057505 False 1971 lncRNA 0.32 2 1686486 1689357
TCONS_00057506 True 2533 lncRNA 0.33 2 1686542 1689357

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026975 NA coding upstream 977 1684028 ~ 1685509 (+)
XLOC_026974 scaf11 coding upstream 43385 1619584 ~ 1643101 (+)
XLOC_026973 slc38a2 coding upstream 68589 1600034 ~ 1617897 (+)
XLOC_026972 NA coding upstream 92674 1576850 ~ 1593812 (+)
XLOC_026971 slc38a4 coding upstream 119914 1516716 ~ 1566572 (+)
XLOC_026977 fgfr1op2 coding downstream 33542 1722899 ~ 1730920 (+)
XLOC_026978 NA coding downstream 43470 1732827 ~ 1735224 (+)
XLOC_026979 med21 coding downstream 68105 1757462 ~ 1759555 (+)
XLOC_026980 pmpcb coding downstream 71672 1761029 ~ 1771308 (+)
XLOC_026981 NA coding downstream 136246 1825603 ~ 1827105 (+)
XLOC_026969 NA non-coding upstream 235431 1447055 ~ 1451055 (+)
XLOC_026967 NA non-coding upstream 274353 1400312 ~ 1412133 (+)
XLOC_026968 NA non-coding upstream 278445 1405603 ~ 1408041 (+)
XLOC_026982 NA non-coding downstream 153612 1842969 ~ 1845156 (+)
XLOC_026983 NA non-coding downstream 156273 1845630 ~ 1852654 (+)
XLOC_026984 NA non-coding downstream 168126 1857483 ~ 1862512 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000068_00036316_00043236 GAS2L3 misc CI01000068 null 36316 ~ 45520 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G261199 NA non-coding NC_047611.1 CM018557.1 855534 ~ 855826 (+)