XLOC_026982


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_026982
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 1842969 ~ 1845156 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057511
TCTTGCAATTTATCCTGCAAGGATGTGCTGATTTTGTTATTAATCTTTCTTTTAATGTATAATTAGCATTATTGCTTACaacaatagtaacaataatatatAATCAAGTCGatataaatatagaaaataaaactaaaatattaatcgATGCTACTTTTGGGCGTCTGTCTCCATGGAGACGAAGCGTAGTTTCGCTTTTCTCTGGAGAAACTATTGCCTCCACTGTTAAATATTCTGATTATAAATATAATCAAAGACTGAGTAATACAAAAGGGGACTTTAATATGATGAATATGAGCTGTTTTAAAGGCGATATATCAGGTTTACAGTTTAACGGCCGAGAATCGAAGGTTAATCGCTGTCTGGAAAACACCTCAGGGCTTCCGTAGTTCAAGGTATTCTATGTAAACATGAGCCACGCTCTCTGCAAAGCCTCTAATCATGCTGTCAGTCACCTAAAGGCCTCAGAAATCATGCAAGTCAGGTAACAGTAGCTAATAAGGGCTAATAGATGtatatgatgataatgataacgcatgatgatgattaaaataagattattttgcttgtttaacgTGCTAACGGGATTGTTAAGTGCTTTTGGTCTTGTATTGTAAGCGGTTTAACATTTTTATCTTCACAGCAGTTCATATGTGTATGAACAATCATTTAATGCATACTTTAGATTTAATAAACAGTGAAATCAGCATTTATTTGACCGAAATAATCAGCAAGCCGGCTGTCAAGCGTAGTAAATGATCATATGAagatttcagatgcaaaaactctGAAATTTGtagcaaaattaacatttttctcaACTTCCTTTGTTTAAGttaagttattttactttaaagaccagTAAAAGAACGTATGCTTTGCCATGAAGGTTATTACTGGACATGTATACAGGAGTTtcagaaaaatacaaattttattggAAGATTTCGGACAtcatttagagatttttgcatctaaactcttcatagtAATGTCTGTAAACCAAAATATGATATATTTGGTCTGACCAACAATAAAACTTTTACATGTGACCTTAATAACATGTGACTTCATGAGCAGTAAAAACTTCCAGAAGCTCAATTAATAAGCATATATATTCAATTTGTCTTCTTTCAATTCATTCAATTTgtctctgtttatttatttatttattttttgaaataaaCAAGCTCTGGTTCCTATtcttacatatacatacacacgtgGTGGCGATAATGCACCTTTAATGCTGTTATGCAGTATAACCGAAGAAGAATAACTTCCGAAGCATTTCTTGAGTAGGCGGGACTAATTAAGATGCAGCAATGCCATTGGCTGTCAATGTGATTAATATCCGACACCTGCACGGAGCAAACGCTGGAAGATTGTCTGTTTGAAGACGCGAGCACGAGGTAAGGTTTTCTATGCCTTTGAGACATTTCTTTAGTCTCAATATGACTATCTTCATTAATCATACAAACAAATGAGATTTAGTcatctttaacttaatttgttagtaTAAATTCAGCCCTTGTAAGTTGTTTTCGAGCACTTTCTTTAGGGTTTTAAAAATCCAAGTCCTTTTTCAGTGTCTAGGCCAGTTGTAAAATTAACCATCCAGTAAACTGGTGTCTTTACCTGTTTTTGGGGGGCTGTTAAGCCTGATAATTAtagcatttaattaatttaataagcgTTGTGTGTTTATTAGCTTTATTTGGATTTAAAAGCATTATTACATGCATGTGTATACATTAACCTGACTGATGCTGAAATCTGTTGTGATTCTCactgttttctctttgttttttcaGTGGATGTCTGGATCATTGAGCTCCAGGGATGCAGGACAACCAGGATACTTTCCCAATTGTTTATTTCTCCATGATTGTTTCTCCATGTTGGCTGCTCCACAAACTCTTGTATCTGACGGTACAACGGTATCAGCTTGGACCCGTTCTTTGGTTTAAAGTGTTACTGAACTACGTTCATGGTGTCCTCCACTAGCACTGCACATTTTGCATGTCTCATTTCGAAGTCTTTGTATTTATGAGACGTGCAAATTGTGTTGTGTTGGAGGGATCCTGGAGTGTGGTTGAGCTGCACTGGCCCAAAGCTTTAAGCAATCTGTGTTGAATGCATTGTCTGTAATTTATGATGTTtgtgcaaaataaaagtttaaatgtta
>TCONS_00053252
aactaaaatattaatcgATGCTACTTTTGGGCGTCTGTCTCCATGGAGACGAAGCGTAGTTTCGCTTTTCTCTGGAGAAACTATTGCCTCCACTGTTAAATATTCTGATTATAAATATAATCAAAGACTGAGTAATACAAAAGGGGACTTTAATATGATGAATATGAGCTGTTTTAAAGGCGATATATCAGGTTTACAGTTTAACGGCCGAGAATCGAAGGTTAATCGCTGTCTGGAAAACACCTCAGGGCTTCCGTAGTTCAAGGTATTCTATGTAAACATGAGCCACGCTCTCTGCAAAGCCTCTAATCATGCTGTCAGTCACCTAAAGGCCTCAGAAATCATGCAAGTCAGGTAACAGTAGCTAATAAGGGCTAATAGATGtatatgatgataatgataacgcatgatgatgattaaaataagattattttgcttgtttaacgTGCTAACGGGATTGTTAAGTGCTTTTGGTCTTGTATTGTAAGCGGTTTAACATTTTTATCTTCACAGCAGTTCATATGTGTATGAACAATCATTTAATGCATACTTTAGATTTAATAAACAGTGAAATCAGCATTTATTTGACCGAAATAATCAGCAAGCCGGCTGTCAAGCGTAGTAAATGATCATATGAagatttcagatgcaaaaactctGAAATTTGtagcaaaattaacatttttctcaACTTCCTTTGTTTAAGttaagttattttactttaaagaccagTAAAAGAACGTATGCTTTGCCATGAAGGTTATTACTGGACATGTATACAGGAGTTtcagaaaaatacaaattttattggAAGATTTCGGACAtcatttagagatttttgcatctaaactcttcatagtAATGTCTGTAAACCAAAATATGATATATTTGGTCTGACCAACAATAAAACTTTTACATGTGACCTTAATAACATGTGACTTCATGAGCAGTAAAAACTTCCAGAAGCTCAATTAATAAGCATATATATTCAATTTGTCTTCTTTCAATTCATTCAATTTgtctctgtttatttatttatttattttttgaaataaaCAAGCTCTGGTTCCTATtcttacatatacatacacacgtgGTGGCGATAATGCACCTTTAATGCTGTTATGCAGTATAACCGAAGAAGAATAACTTCCGAAGCATTTCTTGAGTAGGCGGGACTAATTAAGATGCAGCAATGCCATTGGCTGTCAATGTGATTAATATCCGACACCTGCACGGAGCAAACGCTGGAAGATTGTCTGTTTGAAGACGCGAGCACGAGTGGATGTCTGGATCATTGAGCTCCAGGGATGCAGGACAACCAGGATACTTTCCCAATTGTTTATTTCTCCATGATTGTTTCTCCATGTTGGCTGCTCCACAAACTCTTGTATCTGACGGTACAACGGTATCAGCTTGGACCCGTTCTTTGGTTTAAAGTGTTACTGAACTACGTTCATGGTGTCCTCCACTAGCACTGCACATTTTGCATGTCTCATTTCGAAGTCTTTGTATTTATGAGACGTGCAAATTGTGTTGTGTTGGAGGGATCCTGGAGTGTGGTTGAGCTGCACTGGCCCAAAGCTTTAAGCAATCTGTGTTGAATGCATTGTCTGTAATTTATGATGTTtgtgcaaaataaaagtttaaatgtta
>TCONS_00057512
CAGTCACCTAAAGGCCTCAGAAATCATGCAAGTCAGGCGGGACTAATTAAGATGCAGCAATGCCATTGGCTGTCAATGTGATTAATATCCGACACCTGCACGGAGCAAACGCTGGAAGATTGTCTGTTTGAAGACGCGAGCACGAGTGGATGTCTGGATCATTGAGCTCCAGGGATGCAGGACAACCAGGATACTTTCCCAATTGTTTATTTCTCCATGATTGTTTCTCCATGTTGGCTGCTCCACAAACTCTTGTATCTGACGGTACAACGGTATCAGCTTGGACCCGTTCTTTGGTTTAAAGTGTTACTGAACTACGTTCATGGTGTCCTCCACTAGCACTGCACATTTTGCATGTCTCATTTCGAAGTCTTTGTATTTATGAGACGTGCAAATTGTGTTGTGTTGGAGGGATCCTGGAGTGTGGTTGAGCTGCACTGGCCCAAAGCTTTAAGCAATCTGTGTTGAATGCATTGTCTGTAATTTATGATGTTtgtgcaaaataaaagtttaaatgtta
>TCONS_00057513
CATTTCTTTAGTCTCAATATGACTATCTTCATTAATCATACAAACAAATGAGATTTAGTcatctttaacttaatttgttagtaTAAATTCAGCCCTTTGGATGTCTGGATCATTGAGCTCCAGGGATGCAGGACAACCAGGATACTTTCCCAATTGTTTATTTCTCCATGATTGTTTCTCCATGTTGGCTGCTCCACAAACTCTTGTATCTGACGGTACAACGGTATCAGCTTGGACCCGTTCTTTGGTTTAAAGTGTTACTGAACTACGTTCATGGTGTCCTCCACTAGCACTGCACATTTTGCATGTCTCATTTCGAAGTCTTTGTATTTATGAGACGTGCAAATTGTGTTGTGTTGGAGGGATCCTGGAGTGTGGTTGAGCTGCACTGGCCCAAAGCTTTAAGCAATCTGTGTTGAATGCATTGTCTGTAATTTATGATGTTtgtgcaaaataaaagtttaaatgtta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057511 False 2188 lncRNA 0.35 1 1842969 1845156
TCONS_00053252 False 1656 lncRNA 0.36 2 1843099 1845156
TCONS_00057512 False 520 lncRNA 0.44 3 1843417 1845156
TCONS_00057513 True 471 lncRNA 0.38 2 1844405 1845156

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_026981 NA coding upstream 15864 1825603 ~ 1827105 (+)
XLOC_026980 pmpcb coding upstream 71661 1761029 ~ 1771308 (+)
XLOC_026979 med21 coding upstream 83414 1757462 ~ 1759555 (+)
XLOC_026978 NA coding upstream 107745 1732827 ~ 1735224 (+)
XLOC_026977 fgfr1op2 coding upstream 112049 1722899 ~ 1730920 (+)
XLOC_026983 NA coding downstream 474 1845630 ~ 1852654 (+)
XLOC_026984 NA coding downstream 12327 1857483 ~ 1862512 (+)
XLOC_026985 NA coding downstream 20404 1865560 ~ 1866450 (+)
XLOC_026986 NA coding downstream 91321 1936477 ~ 1952999 (+)
XLOC_026987 NA coding downstream 104854 1950010 ~ 1974894 (+)
XLOC_026976 NA non-coding upstream 153612 1686486 ~ 1689357 (+)
XLOC_026975 NA non-coding upstream 157460 1684028 ~ 1685509 (+)
XLOC_026972 NA non-coding upstream 249157 1576850 ~ 1593812 (+)

Expression


Co-expression Network