XLOC_027008


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027008
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 3404869 ~ 3413155 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057538
GGAAGAGCAATGGCGACGCAGTACCGCCGCGCGCTCACACCGGAGCCAAACACGGGAGCCACAACACACACGGATCAGTGACGTGTTGTGGACTGTAAGCCTGTTGAACAGAAGCAGAGACGTGTGGACAGAcactgactgtactgatgatgatcatctgctgctgcacaggtgatgtagatcatgtgtgtgattgtgtgtgtgtgtttcacatgtcggttaccatcatttgctttgtggagggtcactcctctagaaagtaaatgatggtaaccgaaaaGGGTGGGGAAGGGACGAAGGTCCagaatttttatacagttcattttaaattttttggcaggctgtaaagtataacccctgctggacacggctccggaagct
>TCONS_00057539
AGCCACAACACACACGGTAAGTCCCGCTCAGCACCCGGTTCCGCTCCGGTAGGACACTCTTTAACGCCAGGCTTTTAGACGCATCCGTGCCTCCGTGCATCTGCATAAAAAACGCGCTGTAAACACGCATGCATTCATATCAGCGCACGTCActagtgattgacagctgtcgtGCACTACACGAGAACGCGCATATGTTGGTGCGCCACGAGACGAGTGTGTATAAGTTTACatattgtgtgtatttgtgtatgtttgcTGTGATACTGGTGAGAAGAAGCTCTTGATTTGATACAGAGGTGGTCAAACTCAGTCctgcaggtgtgtgtatgtgtgtgtgggcgtTTCTTCTCTGTCATtgtgttattattgttgtcagcGCTCTTACTGTTTACACTAGTTGTTTTTGGTGGTAATGTCAGGATACCAACATTTTAGTAGCTGATTCAACATGCTGATTATttgctaaatattattatttttgtttttatgcagcCAGATAAAATTAGTTTGAGGTTTATAAATATAGTAAGATgtcatttaaatattgtttttttattttagtacaaaacaaaacaattatagcTATAACACAAGCACTTTAATCatttaattgtatataatttatatattaatttataaataaaatcatatttatttacatgtatagTATCCCACCATTTTTATTTATAgtataaatatttgataaagtgacaacaaaaaatataatattgttattagtTTAATTCATAATATTGCAAtatgttttagtattttatttaccttaaaactttgtaaatgttttattttttcataagtaaaattggatttatttttacattaaattttgtaatatttggtgtttatttattattataaataataataataataatattaataataacaatcagaGTAGAGTTTTGCCATATTACCAATTACTGTAAAGTTGagccttctgaccaatcagagcagaacaGAGTAGAGCCTTCCGACCAATCAGAGTAAAGTAGagccttctgaccaatcagagcacaacaaaataaAGCCATCTAACCAGTCAAAGCAGAGTagaatcttctgaccaatcagagcagagtagactgTGATATGAGAGGGGTTCATATAGACTGGATTTTTTAGCAACCCGTTTCAGACACTGATCAAAAAAAGAGTTGATTCTGCTGTAAATATCAGGAGAAAATGGTGAAATAATACGCATGAAGTCCCTGCTGctgatattttactagttatcCAGCTTGACAAGTATAACAAGTTAGCATTAGCTTGTTAACCCTTAGAGCGGCAACTTAAAAAATCAAACTGAGCTTTGGCACGTTGGCTGGCGCTGAGCAgagaaagacgtgtcatattatcacaattatgcagcttTTTAATCgcctaatgcttattttatgtcttAGACATGTAAATAGACGtaagtactagtaaaacaagagatttagagtttgtaaaacacacaaggaagtctcaaaatccattcaaatataatttgccggTGTGTTTTATTCATACCAGATACACAtggtgaaagtaactataaagttgaatctactctTCTCTAAGTTTACCAGCCACTTACCTGCATGTATTTGGGGAGTAACTGGTGAATTTACGTGCTCAATCCTGCGTATTCTGCTTTAGCAATGAGTCAAACGCGCggccgcaagtaaacatggcgACGCCCATCTGACGTTATAGATCACAATCACTTACACGTTTATGTAAATTGGATTATCAGGTAGTTAATGACACGATGAGCAAGTGTGTGAATATGttgaaataaaagtaataatgaataaaagagCTAGATCTGTCATACAGAGCTATTGTGGCTGTGGTGTGTCATGTGACAAACATGAGGCGTCGCCACGGGAACATTAACGGTGAACGTTCTAAAAAAATGGTCGCCTAAAAAACCGGACTCCCGTTTCCAGATAGAACCTTTAAAACTCAGCAGTGAAAGGGTTAATAACAGAAGTAAAGCAGTGGTGGCAGAGTTACTTTGCGCTTTGCGTTGCAAGACTGAAGACATTTTTATTCACTCGCCTTTTTTGATCATTCATTTTACCATCTGTTGTCATGTAGAGCTGCACTGCAGAAAAGCTTTTCTTTATAGTTGTCAACATCAGTGGATGAACATACAGAAAACTACAGCTGCACCACAGGAAGCTGAAATCTCAATGCTTTGCTGAAATTCAGAAAAATCCCCACAATCATTCAAATCAACAGATCTGCAATAgtgtaattcagaaatatctccacaggagggcgaCATGTTTAAAGTCATTCAATTAGATTTGCAGttgtgtaattcaccaaaatcacCACCGGAGGGCGAATATTCTAAATTTATTATGTTGAAGATTTGCAAAGGTGTAATTCAGAAATTCTCCACACGAGGCTGAAACTTTCATTATTTTAGAGCGGCAGCAGTGCAGTTCACAAACATCACCACAAGAGGgcgaatattttaaatacattatattaaaaattcGCAAAGGCGTAATTCAGAATAATCTCCACATGAGGGCGCAATATTCAATACAAAtgtaatatttgcatatttgtctATTATTAGCTCAGATATTCAgtgtgtaataatgtgtgtatttgtttgtctgctctacaggatcagtgaagtgttgtggactgtaagcctgttgaacagaagcagagacgtgtggacagacactgactgtactgatgatgatcatctgctgctgctcaggtgatgtagatcatgtatgattgtgtgtgtgcgtgttccacatgtcggttaccatcatttgctttgtggagggtcactcctctagaaagtaaatgatggtaaccgaaacgGGTGGGGAAGGGACGAAGGTCTagaatttttatacagttcattttaaattttttggcaggctgtaaagtataacccctgctggacacggctccggaagctccagggggagaccgaactggtatccccccttcttcaggcgcgcctcacactcactcaccattCACACATATCGCAGAGTTCTGGCTGGGACCGTTACCAGCAACCCCTGAAGCCGTGGGGCAGCGCTCTTACCACAGAGCCACAGATCTCCTGTCTGAACACCTGCTGGAACTGATGTTTGGCTGCTGACCTGTGTGTGAGCTGATTCAATAAAACAAGATACAAGTCAGATGTGAACccttgtctttatgagtctcttcctcagagaacttgtgttCTGTATAATGAGTTGAACAATACCCTTAGCAAGGATTGAACCCGGGTCTTCTTGATTATAGTTCAACACTTTATGACCTGAGCCACCGAGTCTAGCTGTTGGAGGAGATATCTGAATGGAGCTTTATCACTAACTCCATCATGACCAAGGTTTGACACATGTTTCTTTGTAATTTGGTTCATAAAACAACAATTGCCTAAAGTCAAGCTCTGTGGTTCAGTGGGTGAGCGTTCAACTATTGTACAGAAGTGTGAAATATCGAATCCCACTCTTGCTAGAACAAGTCAGATTTGGActcttgtctttatgagtctcttcctcagagaacttgtgtttattcacTCAATCATCACGAGTTTCACATCAGCGTCCTTCATCCAGCTTGAGCTCATTATATTCAGCATCAGCTTCATCATCAGGGCAGGACACTGATGGTGAATATAATAAGCTCAAGCTGGACATTAGCCATAGTAaggtttgaacccgggtctcttTGATTAAAGTTCAACAATTTATGACCTGAGCCACAGAGTCTGGATGGCTAAGTGAATGTTTAAATGGAGCTTTATCTATTTCCTAATTCTAACCGTGATCTGAGATAAATTTGTTTGTAATTTGGCTCACAAAAAGACTACTGTCAGACGTGAAgtccagtagctcagtggatgAGTGTTAGACGGCCATACAGAAGACTGAAGGTACTTGGATACGAAACCCGCTGTGCAGATCACAACAAAAGAACAGCTGAAATGAAAGTAACTGAGGAGAAACTctttattgtttttgtatttagatCAGCAGTAAAGAGCAGTAACAGGGTCTGAATTTGAACCCAGATATGCTGTGAGAAATTCACATCTCAGGCTGTGTGCTCTGACCACTAcaccatcagcacacacacagtaACACACTTCTTTCTCCAATGTAAGGATGAccacatttacacattttgaaaaaaaagtaaataaatacaaataattaataacaaatgtaaaattattcaaTATTCATTCAAACTACATCATATgctgatatattattatatttcattgtTCAAAATGTGAAAAACCTGCTTATTCTCCAATCAAACACATCAACCATATTTCAGATGATCTTACAGCTGCTTgtggggctttaaatgtcactaaacacaattaaacactgtaaatatcatCATTTACCTCTAAAGTCTCCTCATACTGTATTGAGGACTCTACAccaaatctggccaatcagatGCTTCCTACAGAAAGTCCCTCCCCAAACATACACGCGACAGAGCAGcagcacaacaaacacactttctggactctctactggaaatatgagctcataaatacctttactggagctgtgaatccgcctggatgtggaggagcgtCAGAAAGAGGAAAGATGTGCAgcagaaacacaacagacacacgtgtgtatcttcactgctgcagaggaggagagagagcaatgcctgaacacaaacactacagcaaCATCACTACAAACAAACCCACCGAAACAAAGTCACTTACAGGTGAGTCGCGTTACTCTCCATTTCTGCACTTTGTGCCGCTTTTCTTCACTGTCGGGCTGTAATATGTGCTGTTGACTGACATTATGAGTCTGTCACTGAGCTGTCATCTGCTGGACTTGACGCCAGTAAAACGGTGTACCTGTGATGATCTGTGGCGCTGTTGTCAAAGGTGTTCAGGCTAAAAGAGCAGCTCGCTGATGCCTCCTAGTGGAGCAGATGGAAACTGCGCTTTA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Function

GO:

id name namespace
GO:0008528 G protein-coupled peptide receptor activity molecular_function
GO:0001653 peptide receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057538 False 381 lncRNA 0.49 2 3404869 3413155
TCONS_00057539 True 8231 lncRNA 0.38 1 3404925 3413155

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027007 sypl1 coding upstream 6484 3389866 ~ 3398385 (+)
XLOC_027006 nampta coding upstream 19417 3358383 ~ 3385452 (+)
XLOC_027005 NA coding upstream 65929 3309485 ~ 3338940 (+)
XLOC_027004 NA coding upstream 97015 3305178 ~ 3307854 (+)
XLOC_027003 CABZ01085700.1 coding upstream 114424 3287819 ~ 3290445 (+)
XLOC_027009 NA coding downstream 8316 3421471 ~ 3422463 (+)
XLOC_027010 atxn7l1 coding downstream 25355 3438510 ~ 3446758 (+)
XLOC_027011 znf800b coding downstream 41991 3455146 ~ 3475397 (+)
XLOC_027012 grm8a coding downstream 64894 3478049 ~ 3745093 (+)
XLOC_027013 NA coding downstream 103548 3516703 ~ 3516910 (+)
XLOC_027002 NA non-coding upstream 500828 2902347 ~ 2904041 (+)
XLOC_026998 NA non-coding upstream 816466 2588157 ~ 2588403 (+)
XLOC_026997 BX072538.1 non-coding upstream 822838 2581916 ~ 2582031 (+)
XLOC_027014 NA non-coding downstream 400626 3813781 ~ 3815416 (+)
XLOC_027015 NA non-coding downstream 531561 3944716 ~ 3952419 (+)
XLOC_027017 NA non-coding downstream 646712 4059867 ~ 4063556 (+)

Expression


Co-expression Network