XLOC_027020



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_027020
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 4132090 ~ 4160221 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


>TCONS_00057543
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>TCONS_00057121
TGCTTATTCTTCAGTCAAACACATCAAccatattttaaatgatcttacagctgcttgtggggctttaaatgtcactaaacacaattaaacactgtaaatatcatCATTTACCTCTAAAGTCTCCTCATACTGTATTGAGGACTCTACACCAAATctggccaatcaaatgctttctacaGAAAGTCCCTCCCCCAACATACACGCGACAGAGCAGcagcacaacaaacacactttctGGACTCTCTACTGGAAATATGAGCTCATAAATACCTTTACTGGAGCTGTGAATCCGCCTGGATGTGGAGGAGTGTGTGGAGGAGCGTCAGAAAGAGGAAAGATGTGCAgcagaaacacaacagacacacgtgtgtatcttcactgctgcagaggaggagagagagcaatgcctgaacacaaacactacagcaaCATCACTACAAACAAACCCACCGAAACAAAGTCACTTACAGgatcagtgaagtgttgtggactgtaagcctgttgaacagaagcagagacgtgtggacagacactgactgtactgatgatgatcatctgctgctgcacaggtgatgtagatcatgtgtgtgattgtgtgtgtgtttgtcttgcacatgtcggttaccatcatttgctttgtggagggtcactcctctagaaagtaaatgatggtaaccgaaacgggtggggaagggacgaaggtccagaatttttatacagttcattttaaattttttggcaggctgtaaagtataacccctgctggacacggctccggaagctccagggggagaccgaactggtatccccccttcttcaggcgcgcctcacactcactcaccattCACACATATCGCAGAGTTCTGGCTGGGACCGATACCAGCAACCCCTGAAGCCGTGGGGCAGCGCTCTTACCACAGAGCCACAGATCTCCTGTCTGAACACCTGCTGGAACTGATGTTTGACTTGTTCTGAGctgtgattttaataaaaaacatagtAAAGTAACCGTGTTGTGAAC

Function


GO:

id name namespace
GO:0006082 organic acid metabolic process biological_process
GO:0044281 small molecule metabolic process biological_process
GO:0019752 carboxylic acid metabolic process biological_process
GO:0016705 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen molecular_function
GO:0004497 monooxygenase activity molecular_function
GO:0016491 oxidoreductase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TCONS_00057545 False 5965 lncRNA 0.40 3 4132133 4155476
TCONS_00057546 False 1249 lncRNA 0.43 3 4132133 4155476
TCONS_00057544 False 10592 lncRNA 0.39 3 4132133 4155476
TCONS_00057547 False 15166 lncRNA 0.39 3 4132247 4155476
TCONS_00057548 False 593 lncRNA 0.42 3 4132247 4159676
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TCONS_00057550 False 22834 lncRNA 0.38 1 4132643 4155476
TCONS_00057119 False 1184 lncRNA 0.46 2 4142911 4155645
TCONS_00057120 False 1187 lncRNA 0.46 2 4152162 4155645
TCONS_00057121 True 1021 lncRNA 0.46 2 4152162 4160221

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_027021 NA coding downstream 6101 4166322 ~ 4167787 (+)
XLOC_027022 NA coding downstream 10284 4170505 ~ 4206917 (+)
XLOC_027023 NA coding downstream 62213 4222434 ~ 4223533 (+)
XLOC_027024 NA coding downstream 71415 4231636 ~ 4233420 (+)
XLOC_027025 ano2b coding downstream 107230 4267451 ~ 4358940 (+)
XLOC_027014 NA non-coding upstream 316674 3813781 ~ 3815416 (+)
XLOC_027013 NA non-coding upstream 615180 3516703 ~ 3516910 (+)
XLOC_027026 CU468826.2 non-coding downstream 216277 4376498 ~ 4387008 (+)

Expression



Co-expression Network