G795141


Basic Information

Item Value
gene id G795141
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048573.1
NCBI id CM023227.2
chromosome length 79455637
location 32971724 ~ 33029181 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU904967
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>TU905001
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>TU904964
gtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcatcaaacatgattttagagcttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttgaacagttttgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttttgtttaaaacattgtatccagagttcattaaacatgattttagagcttgtttatggaaaagtggttatttctgtagtataattgctgcaacttgctaaaaattgtccatataatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagggcatcaaacatgattttagagcttgtttatgcaaaagtggttatttctgtagtataattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttttgtttaaaacattgtatccagagttcattaaacatgattttagagcttgtttatggaaaagtggttttatctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctattttgaacagttctgtaaaaaaatgtacttccaaagtgcaacaaacacgatttagaccttgtttatggaaaagtggctatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttttgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcatcaaacatcattttagagcttgtttatggaaaagtggttatatctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccatagtgtccctatcatctattttgaacagttctgtaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaaaatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttatgtttaaaacattgtatccagagttcattaaacatgattttagagcttgtttatggaaaagtggttatttctgtagtataattgctgcaacttgctaaaaattgtccatagtgtccctatcatctagtttcaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcatttgctgcaacttgctgaaatttgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaccaaacatgatttagacctttgtttatggaaaagtggttatttctgtagtgcaattgctgcaacttgctgaaaattgtccagtgtccctatcatctagtttgaacagttctgtaaaaaatgtacttccaaagtgcaaacaaacatgatttagaccttgtttatggaaaagtggttatttctgtagttcaattgc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU904967 False 1211 lncRNA 0.34 2 32971724 33025278
TU904974 False 878 lncRNA 0.33 3 32971724 32975210
TU904976 False 1129 lncRNA 0.33 4 32971724 32975210
TU904988 False 599 lncRNA 0.32 3 32971724 32975210
TU904991 False 488 lncRNA 0.33 3 32971724 32985071
TU904992 False 520 lncRNA 0.38 2 32971724 32973182
TU905008 False 1133 lncRNA 0.34 3 32971724 33023018
TU905009 False 900 lncRNA 0.34 2 32971724 32980111
TU905001 False 1561 lncRNA 0.34 2 32983375 33005205
TU904978 False 583 lncRNA 0.33 2 32984201 32999377
TU905000 False 857 lncRNA 0.34 2 32984201 32992350
TU905007 False 1312 lncRNA 0.33 3 32984201 33009392
TU905015 False 1553 lncRNA 0.34 2 32984201 32990474
TU905011 False 1425 lncRNA 0.34 3 33002743 33009392
TU904984 False 485 lncRNA 0.35 2 33009469 33025278
TU905010 False 529 lncRNA 0.34 2 33010877 33029181
TU904975 False 659 lncRNA 0.35 3 33012277 33025278
TU904990 False 1379 lncRNA 0.34 2 33013719 33025278
TU905006 False 492 lncRNA 0.34 2 33013719 33016369
TU905013 False 891 lncRNA 0.34 2 33013719 33018392
TU904964 True 1824 lncRNA 0.33 3 33016479 33029181

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ostc ostc coding upstream 432073 32520078 ~ 32539651 (+)
rpl34 rpl34 coding upstream 473122 32494490 ~ 32498602 (+)
zgc:112271 bola2 coding upstream 846971 32122682 ~ 32124851 (+)
LOC110531922 LOC106577451 coding upstream 857425 32111792 ~ 32114299 (+)
LOC118965935 NA coding upstream 893001 32077618 ~ 32078723 (+)
trnag-ucc-3 NA coding downstream 5764 33032239 ~ 33061120 (+)
trnag-ucc-4 NA coding downstream 6270 33035451 ~ 33035522 (+)
trnag-ucc-6 NA coding downstream 13411 33042592 ~ 33042663 (+)
trnag-ucc-7 NA coding downstream 14822 33044003 ~ 33044074 (+)
trnag-ucc-8 NA coding downstream 17630 33046811 ~ 33046882 (+)
G795146 NA non-coding upstream 9353 32960420 ~ 32962371 (+)
G795016 NA non-coding upstream 142597 32751174 ~ 32829127 (+)
G795010 NA non-coding upstream 232661 32738405 ~ 32739063 (+)
G795002 NA non-coding upstream 245445 32725966 ~ 32726279 (+)
G795000 NA non-coding upstream 248059 32723415 ~ 32723665 (+)
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trnag-ucc-10 NA non-coding downstream 17099 33046280 ~ 33049435 (+)
G795437 NA non-coding downstream 77068 33106249 ~ 33106723 (+)
G795438 NA non-coding downstream 87026 33116207 ~ 33123231 (+)
G794886 LOC106577459 other upstream 384336 32583606 ~ 32587388 (+)
G794893 NA other upstream 468975 32502396 ~ 32502749 (+)
G794892 NA other upstream 469369 32501847 ~ 32502355 (+)
LOC110531915 LOC106595846 other upstream 1215279 31753182 ~ 31757502 (+)
G796495 LOC106613263 other downstream 1092241 34121422 ~ 34121740 (+)
G797056 NA other downstream 1526750 34555931 ~ 34556622 (+)
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G799578 LOC106571900 other downstream 4005237 37034418 ~ 37035918 (+)

Expression


Co-expression Network