XLOC_027084 (tnni4a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027084
gene name tnni4a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 7391110 ~ 7409313 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00053384
AATCCAGGCCTCCGAGCATCAGTGAATGACATTTCAGGACAGTGGTGTGATGGGAGGCGCTGCATGCACGGGTTATTTTGGTTGTCCATTCACATGTGAGAGGTGAGGTTGGGATCAATGGTTGAAAATCTGCCTGTGCTCCATCACTCCTGCGCTCAAGCTCCTCGACTCCTCTTCAAAGGTCACATAGTGTATTTCAGCCATGTCTGAGGGAAAAAGAAGAACAAATCAGTGTCAAAGTACTCAGCAACACGCAGACTACTGCTAAAGAGTAAACTGCTGAAAAAGGCGGAAGGCCTGCTGGTGAAAGAGAAAGAGCTGAAGGATTTAGAGAGAGAAAACACCCTGCGGGAGCGAGCACCACCACTGAACCTCTCCGGTCTGTCTGTTCAAGAGCTGCAGGAGCTTTGTAAAGATTTGCACCACAAGATTGATGTTGTGGATGAAGCGCGATATGACCTTAATATTAAAGTCACCAGAAATGATGCTGAGATCCTGTCATTAACCCAGAAGATCTATGAGCTGAAGGGCAAAATGAAGCGTCCGAATCTGCGACGGGTGAAGAAGTCAGCAGAGGCCATGCTGGGAGCGTTAACAGACTCCAGAGTCTCCAAAGCAGACTTCAAAGCCAACCTCAAAACAGTGAAAAAAGAGGAGGAAAAGAAAGAAGAGGTCACAGACTGGAGGAAGAACGTGGAGGCGATGTCTGGCATGGAGGGCAGGAAGAAGCTTTTCGATGCCGGACAGTAAACAGGGTGAAAACAAAAAACGAGATGCAAGACTCGTGTCGTTTGTTTTGAACTGAAGTCACAGTCTGttgttgttaaagggatagttcacccaaaatttggaagaatgttggaaacctgtaaccattgacttttatatttgattttcctactatggcagtcaatggttaccggttaaTGGTTATGGTTACATCCCAAGAAAATCAAAAAAATCATCAACTGTTCTAATTTTTATCTGATATATGACATTTTTGTCCGCGAACAGATGTGCTGgtgtttttaaaacagttgaattttcataaacattatccaaaaatgacaaatttgtcATCGTTTTACTCACTCTTTCCTTATTTTAAACCTTTCTTTTGTCTGTTaagcacaaaggaagatatttggaagaatgttggaaacctgtagcccATGACTTAtatatgtttttcctactatgggagtcaatggttacaggttttttagctttcttcaaaatatcttcttttgtgtgcagCACAACTCACTCTTTACGTTTTTTCTTGTTCCAAACcgtaatgagtttttttttccatctgttaaacacaaaaaaaaagataatttgaagaatgttgaaaacctgtagccattgacttccatatttgtttttcctattataagagtcaatggttactggttttacattcttcaaaatattttcttttatgttcaacagatgaaaaaaaaaacttgtaaaggtttgaaatgagtaaatgtgtgtacatgatgacagaattgagattttttgggtaaactgtccttttatttgtgcatttgttttgatttgatttgcctGTTTGGCTTGAACACAATATTAAATTATGATTTGCTGCTTA
>TCONS_00053385
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>TCONS_00053386
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Function

symbol description
tnni4a Predicted to be involved in cardiac muscle contraction and skeletal muscle contraction. Predicted to be part of troponin complex. Is expressed in heart and heart tube.

GO:

id name namespace
GO:0006936 muscle contraction biological_process
GO:0003009 skeletal muscle contraction biological_process
GO:0060048 cardiac muscle contraction biological_process
GO:0005861 troponin complex cellular_component
GO:0003674 molecular_function molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041010-75 Predicted to be involved in cardiac muscle contraction and skeletal muscle contraction. Predicted to be part of troponin complex. Is expressed in heart and heart tube.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000099870

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00053384 False 1615 mRNA 0.39 8 7391110 7406253
TCONS_00053385 False 4787 mRNA 0.34 7 7391215 7409313
TCONS_00053387 False 1590 lncRNA 0.39 7 7391354 7406259
TCONS_00053386 False 835 mRNA 0.46 8 7391400 7405546
TCONS_00053388 False 389 lncRNA 0.31 2 7391462 7397025
TCONS_00053389 True 655 lncRNA 0.43 5 7391490 7402765

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027083 FO681358.1 coding upstream 227236 7163758 ~ 7163874 (+)
XLOC_027082 NA coding upstream 279088 7111729 ~ 7112022 (+)
XLOC_027081 FO681360.1 coding upstream 365827 7025167 ~ 7025283 (+)
XLOC_027080 NA coding upstream 371088 7005809 ~ 7020022 (+)
XLOC_027079 CR388190.1 coding upstream 476259 6914716 ~ 6914851 (+)
XLOC_027085 NA coding downstream 5967 7415280 ~ 7506470 (+)
XLOC_027086 tnnt2e coding downstream 99003 7508316 ~ 7544687 (+)
XLOC_027087 NA coding downstream 136347 7545660 ~ 7595697 (+)
XLOC_027088 NA coding downstream 243261 7652574 ~ 7666746 (+)
XLOC_027089 elk3 coding downstream 268005 7677318 ~ 7713665 (+)
XLOC_027090 NA non-coding downstream 306288 7715601 ~ 7717659 (+)
XLOC_027098 NA non-coding downstream 636129 8045442 ~ 8049258 (+)

Expression


Co-expression Network