XLOC_027116


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027116
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 9346919 ~ 9352632 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00057618
ACCACCTGCGTGACACAGATATTAGCGATGATCAGAAATACAGTTCAGTGTTTGGTCTCTGGTGTTAGGCCAATCACTGAACTTACAGATGGAGATGCATTATGTATGGCCACATGGCGACATCTGCAGTATTTAAATGATactaatgtcattttaatttagttaaaattaCTAGTTTGTAGCATATTCAAAGCCACAGTATCATGGAAtaatattacagtaatattatagtTTATTCCACATATAAATGAGGTAAAAGCATGGTATTACTCTGGTATATAATTGTGATATTTCACTGGAAGACTGACATAGTTAAAAAGGTAATTGTAAGCTTTTGGACTACATACATCTTCTTCAAACtgctaattaataaattaatcataaattaatttatgattaaattaatcataaatatttGCTTCAAATTAGTCCCAATTAGGAGATAACAATTCATACTCAGAATTTATTTCTGTGTTGTATTTGGTCAAATTCTGAACAAAAATACATCTAAAACAAAATTATTGCAATTATAAGACTTAATAAATCATCATAATTGTGTACTACCATAGTGTATTATAAACAACAGTAACATGACAAGTCATAATAATGATTAAACGTGAAAATTAGATTTGAAGTCAGTTTTGAAATGTACGGAAATTTAATTATCACTCGTAATTATGACACACTGTTTTAGTTTTATGCATAATAGCatcaaaatatgaaataaataagtcATAATGACAATTATTCctatataaaataaactgttaaaattatgaaaaagtaATCATTTTGTTACAACTTTTATGataatttgctttttaaatctcataaattggatttttttaaatgtaaattggtTAGTctcaaagtatttatttttaatatctaaTTTGATTTATCGCTTCTCATCGATATTTCActttctaataattttgacagtaAAAATAGCTCCTAATTTAAATTTGTTATAAagtattacagtaatattataatttattccaCATAAAAATGAGGTGAAAGCAAGGTATTACTCTGGTATATAATTGTGATATTTCACTAGAAGACTGCATAAGCATAATAGCatgaaattttaaacaaaaatacatctaTAACAAAATGATTGCAattataaaacttaataaatcATCATAATGGTGTAATACCATAactaatttaaatttgtttatttggaTTTTATCTTTTTATGTGAGCACATCTTATAAGTAGCCTCAAAATTGTAGCTTTCTGTCATAACTTATTtaggcattttatttatttaatatgcttTGATGCTTTGATGTCTTAGTATgtctatttaaatgtaataatatctCACAATTTATgcctattttttgtttctttgttatcGGTTCATttaatttctgcatttttaaagtatatatttattatgactCTGTATCTcataacttgtttatttttacataaatcttatttaataatttacgCTTTTTATATTATAATCATATTACCATTTTTTCCTTACAGAACAGTACAGTGAACATAATTTTGTTACAACCTTTgtgataatttgtttgtttttatctcaTAATTAGGACTGTTAAAAATCTGTTATGACTCTGTATCTCataacttttattcatttttttatatcttAATAATTTTGGCTTTTCATATTATAATCATATTACCATTTTGTCCTTACAGAACAGTACAGTAAACACTTCCCTGATACCTAGTTTCTGCCTGAGGAAAGTCATGTACTGGTAggcttttttaattcttttatatcAGAATTCTTTTATATTTGGCTTTTCATATTATAATATTACCATTTTTTTCCTTACAGAACACTAAAGTAAACGTAATCTTGTTATAACCTTTATgataatttgtttagtttttttttttatctcataacTAGAACTGTCAtagttgtgaaaatgaacttctttaatgtttaattttaaaattaaaccgGATATAAACCAACTTCACGCCAATATTTAATCtccacatttttaaaatccaATTATTATGATTCAGTATCTCataacttttattcattttttcataatttattttagaattttggcttttttttattataaatattattacattttttttccttacAGAACAATACAGTAAATGCTTCTTTGATAAACTGTTAaaccaaaagttaaggtaactcaaaccatttaagttcaactaatcctaatgagtactgcgaacttaatccatttcagtaaacaaagcaatttgagcacagtaaaccccaataaatgaagagaactcaaaccaactgagtactttaAAACCTAACAAATTAAGGTaaatcaaaccatttgaggaaaccaattactACAAACCACTGAAGTTAAAAAACTTatctatttgagtactgtgaacttcatttaagttgaagtaatggggTACTTAATTACTTCataaccttcaacactgagttcaaaactcttttcagatGAGTAGAATTTAACTTTCGGTAAATTTCAagtaaactacactcatttcatttgatgaagtggactgttttacagtgtactgagtttctgtttaatgaaagTCATGTTATGGTAGGCTTTctcatacattttatttcataattttgactttgtcATAACTTTAggcattttgatttattataaattcatacattttatttcataattatgtCTTAGTATGTAGATCTAAATCTACTAATATCCACAATTTCATGCCGATGTTTTGTTACTTTATCTATTCATTGCACTTTTTgaggtaaacatgtttttatatttgcacattcagactctggcactaaaaaaataatagaaaagcaGAATTTAAAAAGGTTAAAGCAGTAAGGACTTACTCTTATGAAAACGTGACAacggtccctatattgtttaccacactactttgaatattcagtcttaAATCGCATGCAAGAATGACCTCAAAACAACCTtaacactatttaattgactgtgtgtgaacaatgttgtactgtaATAGGCATTGGCTGCGTGCTAATATGACTTTtagaacaatattattaatattacttagaACTTTATCCCCAATAATTAATTCTCAATTATGTTATAAATCTAATAAGGCCTAATTATGACTCATAAttcataacttttatttaataattatggcTTTTCATATTGTAATCATATACCCGTTTTCCCCTTACAGAACAGTAAACGCTTCACTGATACCTAGTTTTTGGCCGAGGAAAGTCATGTTATGGTAGGCTTTCTCTGCGGCCGCCAGGTGCGCGAGGGCGGCCAGCAGAGACCCCCAAATGGCCCCTGCGCTCTTACTGGCGTCCTTCTCCTTCTCCACATAATCCTTCGCCCTGTCGAACCAGAACATTCCGAGCTGAGTGAAGAAACTCTCCAGCACGGCTCTCTCTTTCGGGACCGGCCGCAGTTCCTCATCGCGCTGCGGGTCACACATGATAATATGGAGAACTCACGAATGCTGATCATTAACGCGACAGTTATTAAACGACCGCTGAAAACGTATGCTGTGAGCGGTGTGTAGTGCCCGACAGTCTAAAAGTCCAAAACAATCCACACCAGCCAATTCAAAGGGATTCAAAAGGTCTTCTGTTGATAAAATGCACATTCTTAGTGGTGAACGCCACCATGACACTTTTCAACAACAACACTACGGCGCGCCGAAGGAGACAAATGTGTTTTGAAACGCGGATTCTGGTTCTTGTGGCGTTgacttaataataacaataacaataataataataaagtagtgaatTTATCTGTACGTGTTGTAGACTAGAGACTGTTACCAAGTTTCATGTTTGTCAGACAGAATctgtatggagctaataatatgccaacacaatctgaatttgaattgtgttcatttgaattaatgacaattgtaatttaataaatctgaattgttatatgctgttaaaaaaaatttgaatttgaatttcgtAGTTTAAACTTGAATATTAcccatctgaaatttaagaccaCTGAATTTTTCAAGGCAGATTTTTTTCAGACTTcaggttttttgtgtgtgttctgaATTCACAGACTGCAGATATttggtttgtaaaaatacagtttcaagttttcaagatgaagaaattcagaacatcaaattcaatatcataaaattcaaaaccagaaattcagatctTGAAATTAAAATTCAGCAGAAATTAGGTCAGGGGTCATCCACAGGGAAGAGTAGACGATCACTGAAAAGTCAAACGAAGCATTTTGGCTAATCACTGAGCTGCGTGAGTTTACTGGTGTATGTGAGGCTCAGTCAGGAGGACACAATTCTTCTGCAAACTGACTATCAGGGCTCAGCTATTTTCAGTAGTTTGTGTAATAAATATAGGCATGCTTCAGTAAAgcaaattcatatatttaatttaattacatcaatttatatttacgtttttttttttggtgttttgaGGGATAAAAAGCTGATTCTGACCTCAGATgtttccaaatatttaaaaatattacattattttaactaAAATTCATTGAGACCAAATGTCCAGTGGGTGGCGCCAAATCTCTATCTTTATCACTGAATTGTTCATTCAGATTCGTTCGAATCGGCTtaattataaatgaaataattgaCTCATTATAAATGACTCgcttagatattttttttttttgttaacctCATTTGTTAAGTGcttaaaactttgttttaaatGGTAACAACATAAGAGGTGTTGAAAAGTCTATATTGTTGTAAATAGCGTACAGGGAAAGCCacttgatgagttttcaacataaCGTTTGTTTTATGTGACCCGACATCGAAAGCAGCCTTgaaaaattcagttgtcttaaatttcagatgtttaacATTCAGGTTATGAAATTCAAATTGAGAAATtctaattcaaaacaattttaacagcatatgaaatttcagatttattaaattacaatggTCAATAATTCAAaggaacacaattcaaattcaaattgttTTGG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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00057618 True 5714 lncRNA 0.30 1 9346919 9352632

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027115 NA coding upstream 216 9340827 ~ 9346703 (+)
XLOC_027114 srgap1b coding upstream 11884 9279515 ~ 9335035 (+)
XLOC_027113 NA coding upstream 143851 9197350 ~ 9203068 (+)
XLOC_027112 nfyba coding upstream 163317 9177997 ~ 9183602 (+)
XLOC_027111 NA coding upstream 197965 9107259 ~ 9148954 (+)
XLOC_027117 ipo8 coding downstream 7900 9360532 ~ 9389359 (+)
XLOC_027118 tmtc1 coding downstream 41794 9394426 ~ 9466248 (+)
XLOC_027119 zgc:55888 coding downstream 114417 9467049 ~ 9476418 (+)
XLOC_027120 lmf2b coding downstream 125868 9478500 ~ 9502846 (+)
XLOC_027121 kitlgb coding downstream 155873 9508505 ~ 9515398 (+)
XLOC_027107 NA non-coding upstream 461196 8874565 ~ 8885723 (+)
XLOC_027105 NA non-coding upstream 620468 8716125 ~ 8726451 (+)
XLOC_027126 NA non-coding downstream 270659 9623291 ~ 9634704 (+)
XLOC_027129 NA non-coding downstream 374163 9726795 ~ 9730672 (+)
XLOC_027131 NA non-coding downstream 515278 9867910 ~ 9889097 (+)
XLOC_027135 NA non-coding downstream 705469 10058101 ~ 10061448 (+)
XLOC_027141 NA non-coding downstream 1362113 10714745 ~ 10715592 (+)

Expression


Co-expression Network