XLOC_027118 (tmtc1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_027118
gene name tmtc1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 9394426 ~ 9466248 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00053442
ACCTGATCCGCTGCCCGGGCTCCAGCGCAGCACACGGGCTATGGAACGGGACACATCTCCTCTCCTTCGCTCCCGCGAGCAGCATGCGAGACGGGGACCGACATGACAGCAAACAACCGAGGGACCAAAAGCGCTCCTTCCCCTGTGCGGCGGCGGCTCTGCGTGCTGCCGAGGCCGGGAGCGGGAGTCCGGCTGCTCCGGTACGCCGCGCTGGTGGCAGTGTGCGCGCTCTGCTACAGTAACTCTCTCTGGGGCGAGTTCGTTCATGATGATATATGGGCGATCACCAATAATCCAGATGTCAAACCGGGCTCCAGCCTCCGGAGCATCTTCACCAATGACTTTTGGGGCAAACGGATGGCTGATAACACCAGCCACAAATCCTACCGTCCGCTCTGCATCCTCACTTTCAAGTTGAACATTTTGCTGGGCGGCTTGACTCCATTTTTCTTCCACCTGGTGAATGTGTTCCTGCACTGCGTGGTGACAGCGCTGCTCATGTACACCTGCCAGCAGTGTGTGTTCGAGGACAGCAACTTCTCCTTCCTCACCGCACTGCTGTTCTCTGTGCACCCCATTCACACTGAAGCTGTGTCTGGGATTGTCGGGAGAGCAGATGTGTTAGCCAGCATGCTGTTCCTCCTGGCCTTTCTCTCCTATATTAGGAGTGTGTCACCTATCAGGAGTGCGGATGAGTTTCCtcctacagtgtgtgtgtggtctctgGCTCTAAGCCTGTTGTTGGGCACCTGTGCCATGTTGGTGAAAGAAACCGGGGTGACGGTGTTTGGGGTGTGTGTCCTCTATGATTTCCTGGTGCTCTGCCGCAAACCGCTCATCTTGCACCTGTCCCGCTCCAGGCTGAAGGAGCTCGGCAGAATTTCCTCTCCGTTCGTCAAACGTGCTTGTGTCGTCTCGTTACATGTTACAGTCATCATGTCTGTCCGCTTATGGCTGATGGGTGGATCCATGCCGCTGTTCTCCGAGCAAGACAATCCTGCATCCTTCTCTCCATATCTGCTCACCAGGTTCCTCACATACTGCTATCTGCTCGCTTTCAACGCCTGGCTCCTGCTGGCTCCCATAATGCTTTGCTACGACTGGCAGGTGGGCAGCATTCCTTTAGTGGAGTCTCTGTGGGACGGACGCAATATTGCCTCGCTGACTTTGGCTCTTGTCATGCTGGCATTGAGCCTGAACTGTGTTACATGCCTACAGAAGATGAAAGGGAAGGAGGTGTTGGTGGGCCTGCTGTTCCTGGTCTTTCCCTTCATCCCAGCCAGTAATCTGTTCTTCCGCGTGGGATTTGTGGTGGCGGAAAGAGTTCTCTACATGcccagtaTGGGTTACTGTATTCTGGTGGTCCACGGGCTGAACAGACTGTATTCGGTGGTCAGTCGATGGGGAGCAGCTGCTCTGACCGTGTCCATGCTGGTCGTCCTCCTCCTGTTCTCCTGGAAAACCGTCCAACAGAATGAGATCTGGCTCTCCAGAGAAGCcctgttcagGTCTGGCATTCAGACTTTACCTCACAATGCTAAAGTACATTACAACTATGCCAATTTCCTGAAGGACAAAGGGCGAAACCAAGAAGCCATTTACCACTATAAAACAGCCCTCAGACTGTACCCTCGCCATGCCAGTGCTCTGAATAATCTCGGCACATTGACtcaccaggcggaggaggctgaGGTTTATTACAGGAGAGCGCTGGACATTAACCCTCAACACAACAGAGCCCTCTTCAACCTGGGAAACCTCCTCAAATCTCAGGGGAAAGAGGAAGAGGCGGAGCGCATGCTGAAAGAATCGATTCGGTTCGGCCCTCATTTCGCAGATGCGTACTCCAGTCTCGCCTCTCTATATGCTGACCAGggacACTCAAAAGAAGCGAATGAGATTTATACCAAGGGTATTGAGAACTGTCCTGAAAGTTCTGACCTACATAACAACTATGGCGTGTTCCTGGTGGACACAGGTCGTGGGGATCGTGCGGCCTTTCATTACCAGGAAGCTGTGCGTCTCAAGCCAGCTCATTATGTTGCCATGGTGAACCTGGGTCGTCTTCTCCGCTCATCCAATGATAATAAAGAGGCAGAGCTGTGGTACAAAAGGGCCCTGCAAGTGGTCCGTAAAGTGGATATCCTGACTCCTCTGGGTGCTTTATACTACAACACAGGTAGATATGAGGAGGCTCTGGAGGTTTACAGAGAGGCGTCCACACTGCAGCCTGACAGCACAGATATCTGGCTAGCCCTGGCGCAGGTTTTAGCCATGGCAGGTCGCTCTACGGAGGCAGAGAAAATGACCCTGGGCATCATTTCAAAGACCAGCAACTGCATTGAATGTTACCGCTTGTTGTCTGCCATCTACAGCAAACAAGGCAACCACACTGAGGCTCTGGATGCATTGAAGACGGCACTGCAGCAGGAATCTTCAGAGCCTGCGGTGAGGGCAGAGCTGCACTTCTCAATGGGAAACCAGCTTCGAGAAATGAACGAGCTGGATCGAGCCTTCCAGAGCTACAAGCTTGCTGTGGAGCTCAAACCCGAGCAGTCGCAAGCCTGGATGAATATGGGTGGCATTCAGCATATCAAGGGAGACTATGCAGCAGCACGAATGTACTACCAAAGAGCTCTTCTCCTCTCCCCCGACTCCAAACTGCTGAAGGAGAATCTGGCCAAGCTGGACAGACTGGAGAAAAAGCTGCAAGGGGCCTAGAAGAACAGCGTGACCCAAACCATCagccaaatgatggaggacaagaGAGGCAGAAGAGCCCAAATAAGACTCAGGAGATGATTAATGACTGCTTTTTCCCCTCCATGCTTTACACAGGGGGCTCTAGGATACAACTCCTCCAAATATGACTCTTTTTAAGCCACTACATCCAGGGCTGGACATGCAGATACCACTGACCTCCCCTACATGAAAAAGTACTATAATaacttacagaaaaaaaatgatagTGTTTTAAACCATACTTTAGTAAAGCACTTGAATTAATGCATTAGTTCACGATACTTGCTAAATGAACACAGTCACTATAGTAGTATAAACAAATGTggtggttctacagttgctatggtaacacaaaagcTGTAGTGATATAAGCAGATTTGGTGATACTATAGTTGTTATGGCAACACAACCActgtagtaatataaacaaatgtggtaattctatagttgctatggtaacacaacagctgtagtaatataaacaatgtggtgattctacagttgctatggtaacaccacAACTGAAATGTACACAGATGtgatgattctatagttgctatggtaacacaacacctaaaatgtaaacagacgtgatgattctatagttgctatggtaacacaacacctaaaatgtaaacagacgtgatgattctatagttgctatggtaccACAACTATAGTAGGAAAACACTTTGATTCAATAGTTAATATGgaaacaacaactatagtaatataaacaaacatgctaattctgtagttgctatggttacataaccactatagtaatataaacaaacaattaatggttctatagttgctatggtaacattaAAACtagtcatttaaaaagaaatggtGATTCTATtgttgttatggtaacacaactacagtagcATTAAATGTGATTTAATAGTTACTATGGAAACAATAACTATGGTAAAATAAACAAACTGGGTggttctatagttgccatggtaacacaaccactagtaatataaacaaacaattggTCAttctagttgctatggtaacaccaaaactatagtaattaaaaggatgtggtgattctatagttgctatggtaacatgaaaACCATAGTAATACAAACAAATgaggtgattctatagttgctatggtaacacaacaactatagtaatataaacaaatgaggtGATTCTATCGTAGCTATGGTAACACgaaaactatagtaatataaacaaatgtggtgattctatagttgctatagtaacacaacaactatagtaatttaaacaagcaggctgattctatagttgctatggtaaaacgAAAACTATAGTCAAATGGCCCAATACTGTAGTTTCCTTCAACTATAGTGCATtgtatactacaatacaccacagtttactgtagtaaaaactacaatatttattacagtttatcagttcactatatttaatactacagtgtgtTGCTGGAGTATTCGTTAAAGAGTTGTAGATATTCTAATATatgcagtataatacactttactaaagTATGGTTCgtaaacactgtagtatttactataaatactatagtattttcatCATGTGGCACAGCAGCATATTTCAGAAGTTCTCGCCATTTTCCCTGTTTGTTCTTGATTTATTCCAGGATGTTCGATCTCTGAGAGGGATTTTTTGGGATGTGGGGTCGTTCCACTCGACCGCTGCGACTCTGTTCTGCTTCACTGATTGCAAAGCCTCTGAAAGCGTTTTGGACAAATGCTGCGAGTTGTTATGAAATATGACTGGGCATCTACTATGTTCCATGAACATGGCAGATTTTTACATAAGAAGTGATTTTAAATGAAGGAAAAGCCACAGGGTTTTCCATCGTGtgctttaatttgattgtttatcAAGCGTCAATGTTGTGGAATGTATTTTGGACTAAAGGCGTATTGACCTGTGCAGTGAATTACATATCATATTTTTCCTCCTCGATAAGCTAGAATGCTGAATTCAGTTTCAATTTCAATCAGGGCTTGATGTTAATATTTTTAACCTAGTGGTTTTCCAAAGTTACAAGtggctaattttgttttattattattaaacctgACCATTGCATGCTAAAATTTGCTTGTCAGGGCATTTTTTTCTTACTTAAATGACATTTTCCCCTAACCTTTTATAATtcgtcatttttttaaatacttttatgaaaatacaataaaaatgaaatgaaaatggcaCTTAAATATGCATTCACAGTCAGATTAATGAAGCTCAAA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>TCONS_00053443
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>TCONS_00053444
GTCGTGGGGATCGTGCGGCCTTTCATTACCAGGAAGCTGTGCGTCTCAAGCCAGCTCATTATGTTGCCATGGTGAACCTGGGTCGTCTTCTCCGCTCATCCAATGATAATAAAGAGGCAGAGCTGTGGTACAAAAGGTAAAACGAGATCAAATGAAACTGAATAGTTTATACAGTGTATCCAGCTTACACACCTGTGAACTAAACCACaggtgtgcgtgcatgcgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctcacacaGGGCCCTGCAAGTGGTCCGTAAAGTGGATATCCTGACTCCTCTGGGTGCTTTATACTACAACACAGGTAGATATGAGGAGGCTCTGGAGGTTTACAGAGAGGCGTCCACACTGCAGCCTGACAGCACAGATATCTGGCTAGCCCTGGCGCAGGTTTTAGCCATGGCAGGTCGCTCTACGGAGGCAGAGAAAATGACCCTGGGCATCATTTCAAAGACCAGCAACTGCATTGAATGTTACCGCTTGTTGTCTGCCATCTACAGCAAACAAGGCAACCACACTGAGGCTCTGGATGCATTGAAGACGGCACTGCAGCAGGAATCTTCAGAGCCTGCGGTGAGGGCAGAGCTGCACTTCTCAATGGGAAACCAGCTTCGAGAAATGAACGAGCTGGATCGAGCCTTCCAGAGCTACAAGCTTGCTGTGGAGCTCAAACCCGAGCAGTCGCAAGCCTGGATGAATATGGGTGGCATTCAGCATATCAAGGGAGACTATGCAGCAGCACGAATGTACTACCAAAGAGCTCTTCTCCTCTCCCCCGACTCCAAACTGCTGAAGGAGAATCTGGCCAAGCTGGACAGACTGGAGAAAAAGCTGCAAGGGGCCTAG

Function

symbol description
tmtc1 Predicted to enable dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase activity. Predicted to be located in endoplasmic reticulum and membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human TMTC1 (transmembrane O-mannosyltransferase targeting cadherins 1).

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070705-219 Predicted to enable dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase activity. Predicted to be located in endoplasmic reticulum and membrane. Predicted to be integral component of membrane. Orthologous to human TMTC1 (transmembrane O-mannosyltransferase targeting cadherins 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000063149

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00053442 False 8773 mRNA 0.39 20 9394426 9466248
TCONS_00053443 False 1287 mRNA 0.51 11 9400012 9448700
TCONS_00053444 True 966 mRNA 0.51 5 9450415 9460196

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_027117 ipo8 coding upstream 5067 9360532 ~ 9389359 (+)
XLOC_027116 NA coding upstream 41794 9346919 ~ 9352632 (+)
XLOC_027115 NA coding upstream 47723 9340827 ~ 9346703 (+)
XLOC_027114 srgap1b coding upstream 59391 9279515 ~ 9335035 (+)
XLOC_027113 NA coding upstream 191358 9197350 ~ 9203068 (+)
XLOC_027119 zgc:55888 coding downstream 801 9467049 ~ 9476418 (+)
XLOC_027120 lmf2b coding downstream 12252 9478500 ~ 9502846 (+)
XLOC_027121 kitlgb coding downstream 42257 9508505 ~ 9515398 (+)
XLOC_027122 lsm8 coding downstream 70612 9536860 ~ 9539424 (+)
XLOC_027123 hspa14 coding downstream 126238 9592486 ~ 9601691 (+)
XLOC_027111 NA non-coding upstream 245472 9107259 ~ 9148954 (+)
XLOC_027107 NA non-coding upstream 508703 8874565 ~ 8885723 (+)
XLOC_027126 NA non-coding downstream 157043 9623291 ~ 9634704 (+)
XLOC_027129 NA non-coding downstream 260547 9726795 ~ 9730672 (+)
XLOC_027131 NA non-coding downstream 401662 9867910 ~ 9889097 (+)
XLOC_027135 NA non-coding downstream 591853 10058101 ~ 10061448 (+)
XLOC_027141 NA non-coding downstream 1248497 10714745 ~ 10715592 (+)

Expression


Co-expression Network